Étiquette : Python
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Jouez avec vos données : utilisez un ORM
Il y a quelques temps, je vous ai parlé de base de données, un super moyen pour structurer vos données. Vous êtes maintenant j'en suis sûr, des professionnels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais maintenant je vais vous apprendre à vous en passer. Et oui, la ligne de…
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ROSALIND : devenez le meilleur bioinformaticien du monde
ROSALIND est un nouveau site web commençant à se faire un nom dans le milieu de la bioinformatique. C'est une plateforme permettant d’apprendre la bioinformatique de manière ludique en donnant des problèmes a résoudre. Chez bioinfo-fr on aime bien et on a trouvé judicieux de vous le présenter afin que vous puissiez vous en faire…
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Astuce programmation BioPython : Parser les multi-genbank et les multi-FASTA produits par Batch Entrez
Prérequis : Savoir 'un peu' se servir d'un shell et avoir installé Python et son module Bio. But : Redécouper des multi-genbank ou des multi-FASTA en un fichier par entrée. Difficulté : 2/5 (Facile) Principe : Le NCBI propose un outil très pratique pour récupérer facilement des jeux de données diversifiés : BatchEntrez, vous trouverez plus d'information ici. On télécharge ainsi un…
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TurboGears, petite mise en bouche
TurboGears, Django ou encore Ruby on Rails. Qui n'a jamais entendu parler d'un de ces Frameworks Web de nos jours ? Mais vous y êtes-vous déjà intéressé un peu de plus près ? Cet article sera l'occasion de s'y mettre par exemple ! Késako ? Commençons donc par le commencement : qu'est ce qu'un "web meta framework" ? C'est un…
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Bien commencer en bioinformatique
"Je n'y connais rien en informatique", "C'est trop compliqué pour moi" ou "Je ne sais pas par où commencer" sont des phrases qui nous servent souvent d'excuse pour ne pas nous lancer dans le grand bain de la bioinformatique. Biologiste de formation, j'ai moi-même à plusieurs reprises repoussé l'échéance avant de sauter, ne sachant comment…
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Galaxy : Bien plus qu'un gestionnaire de workflows
Qu'est-ce que Galaxy ? Galaxy est une application web écrite en Python destinée à faciliter la manipulation et l'analyse des données, dans le cadre de la recherche biomédicale. Elle permet d'utiliser des logiciels habituellement exécutés en ligne de commande de manière graphique, grâce à un système de plugins (« outils ») en XML et de templates Mako. Ces…
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Les langages de programmation
Bonjour à tous et toutes, j'ai l'honneur d'écrire l'un des tout premiers articles du blog Bioinfo-fr. Étant (presque) plus passionné par l'informatique que par la biologie, je vais vous expliquer l'un des outils les plus importants pour un bioinformaticien : la programmation. En effet, il n'existerait pas de bioinformatique sans informatique et donc sans programmation. Pour…