Archives par tags: réseaux

Découverte :
Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

Après les différentes méthodes d'analyse et de représentation de réseaux métaboliques biologiques, je vais vous parler des différents outils de visualisation.  Car oui, la visualisation d'un réseau ou de ses sous-parties peut être le début de son analyse, car elle permet de se rendre compte de sa topologie, de sa complexité, sa connectivité...
Crée avec https://memegenerator.net
En biologie, on peut mettre sous la forme d'un réseau à peu près n'importe quel type de données à condition qu'elles présentent des relations entre elles...

Didacticiel :
Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités

Le deuxième article sur la représentation du métabolisme et son analyse!
Pour rappel, le premier volet est ici!

Un grand nombre de phénomènes biologiques peuvent être représentés sous la forme d'un réseau. Qui n'a jamais entendu parler de réseaux d'intéraction protéine-protéine (fameux réseaux "PPI"), de réseaux de gènes ou encore de réseaux métaboliques? En fait, dès qu'il s'agit de représenter des connexions ou des intéractions entre des entités, que ce soit en biologie ou dans un autre domaine...

Didacticiel :
Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

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Gephi est un logiciel de visualisation et d'analyse de graphes. Il est distribué sous les licences CDDL 1.0 et GPLv3, et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation.
Gephi est prévu d'emblée pour tous types de graphes (pas seulement en bioinformatique) dans les principaux formats. Tulip et Cytoscape sont des outils similaires. Cependant, chez moi Cytoscape demande plein de dépendances difficiles à satisfaire, et Tulip fait un segfault au lancement...