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Étiquette : réseaux

  • Dans l'antre des réseaux : Principes et perspectives dans la biologie

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    par

    Ista
    dans , ,
    Dans l'antre des réseaux : Principes et perspectives dans la biologie

    Avant d'aller plus loin sur ce billet, je sou­haite pré­ci­ser que je ne connais abso­lu­ment pas tout sur la théo­rie des graphes. Ceci n'est qu'une modeste intro­duc­tion, visant soit à ins­pi­rer de nou­velles idées pour de futurs articles, soit à sus­ci­ter un simple "Hmmm… inté­res­sant." chez le lec­teur. Mes connais­sances sont assez limi­tées à ce…

  • Les Bioinformations n°38 sont là !

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    par

    Les admin·e·s
    dans , ,
    Les Bioinformations n°38 sont là !

    Quelles sont les der­nières actua­li­tés des com­mu­nau­tés fran­çaises de bio­in­for­ma­tique ? Vous sau­rez tout dans ce nou­veau numé­ro des Bio­in­for­ma­tions : https://​www​.bio​in​for​ma​tions​.fr C'est quoi déjà les Bioinformations ? Il s'agit d'une news­let­ter tri­mes­trielle créée en 2012, à l'initiative de la Socié­té Fran­çaise de Bio­in­for­ma­tique (SFBI), l'association de Jeunes Bio­in­for­ma­ti­ciens de France (JeBiF) et nous-mêmes, le blog col­la­bo­ra­tif Bioin​fo​-fr​.net,…

  • Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

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    par

    Bunny
    dans
    Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

    Après les dif­fé­rentes méthodes d'analyse et de repré­sen­ta­tion de réseaux méta­bo­liques bio­lo­giques, je vais vous par­ler des dif­fé­rents outils de visua­li­sa­tion.  Car oui, la visua­li­sa­tion d'un réseau ou de ses sous-par­ties peut être le début de son ana­lyse, car elle per­met de se rendre compte de sa topo­lo­gie, de sa com­plexi­té, sa connec­ti­vi­té… En bio­lo­gie, on peut…

  • Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités

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    par

    Bunny
    dans
    Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités

    Le deuxième article sur la repré­sen­ta­tion du méta­bo­lisme et son ana­lyse ! Pour rap­pel, le pre­mier volet est ici ! Un grand nombre de phé­no­mènes bio­lo­giques peuvent être repré­sen­tés sous la forme d'un réseau. Qui n'a jamais enten­du par­ler de réseaux d'intéraction pro­téine-pro­téine (fameux réseaux "PPI"), de réseaux de gènes ou encore de réseaux méta­bo­liques ? En fait,…

  • Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

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    par

    Olivier Dameron
    dans
    Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

    Gephi est un logi­ciel de visua­li­sa­tion et d'analyse de graphes. Il est dis­tri­bué sous les licences CDDL 1.0 et GPLv3, et est dis­po­nible sur les prin­ci­paux sys­tèmes d'exploitation. Gephi est pré­vu d'emblée pour tous types de graphes (pas seule­ment en bio­in­for­ma­tique) dans les prin­ci­paux for­mats. Tulip et Cytos­cape sont des outils simi­laires. Cepen­dant, chez moi…