Étiquette : réseaux

  • Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

    Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

    Après les dif­fé­rentes méthodes d'analyse et de repré­sen­ta­tion de réseaux méta­bo­liques bio­lo­giques, je vais vous par­ler des dif­fé­rents outils de visua­li­sa­tion.  Car oui, la visua­li­sa­tion d'un réseau ou de ses sous-par­ties peut être le début de son ana­lyse, car elle per­met de se rendre compte de sa topo­lo­gie, de sa com­plexi­té, sa connec­ti­vi­té… En bio­lo­gie, on peut…

  • Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités

    Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités

    Le deuxième article sur la repré­sen­ta­tion du méta­bo­lisme et son ana­lyse ! Pour rap­pel, le pre­mier volet est ici ! Un grand nombre de phé­no­mènes bio­lo­giques peuvent être repré­sen­tés sous la forme d'un réseau. Qui n'a jamais enten­du par­ler de réseaux d'intéraction pro­téine-pro­téine (fameux réseaux "PPI"), de réseaux de gènes ou encore de réseaux méta­bo­liques ? En fait,…

  • Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

    Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

    Gephi est un logi­ciel de visua­li­sa­tion et d'analyse de graphes. Il est dis­tri­bué sous les licences CDDL 1.0 et GPLv3, et est dis­po­nible sur les prin­ci­paux sys­tèmes d'exploitation. Gephi est pré­vu d'emblée pour tous types de graphes (pas seule­ment en bio­in­for­ma­tique) dans les prin­ci­paux for­mats. Tulip et Cytos­cape sont des outils simi­laires. Cepen­dant, chez moi…