Étiquette : tutoriel
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Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq
Le ChIP-seq est une méthode aujourd'hui répandue qui consiste à cibler une partie du génome grâce à une protéine et à séquencer uniquement les parties du génome auxquelles celle-ci s'est fixée. On la capture ensuite avec un anticorps spécifique et on séquence uniquement l'ADN qu'elle protégeait (voir notre article : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de…
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Parser des fichiers HTML en Python
Langage : PythonBibliothèques : bioservices, HTMLParser, re (partiellement)Niveau : débutant-intermédiaire Dans un article précédent, je vous ai présenté le module bioservices en Python. Au cours de mon travail j'ai été amenée à récupérer des informations sur les termes Gene Ontology, et notamment sur les relations entre différents termes. Cependant, les formats de fichiers récupérés sont différents en fonction…
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Soirée BED & FASTA !
Après la petite histoire de l’analyse des séquences d’ADN, voici un tutoriel pour apprendre quelques trucs et astuces dans ce domaine. Biologiste en mal de connaissances de programmation ou pro de R, vous trouverez ici de quoi vous amuser avec un fichier Fasta ou un Bed. Nous allons voir comment faire un alignement multiple de…
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Fusionner des fichiers entre eux : la commande join
Langage : shell Commande présentée : join Niveau : débutant Présentation de la commande join La commande join est disponible nativement sur les systèmes d'exploitation GNU/Linux. Il s'agit d'une commande POSIX et elle est donc présente sur tous les systèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plupart des gens utilisent cette commande pour récupérer les lignes communes entre deux…
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Cours de R pour débutant pressé (introduction)
Bonjour à tous ! Aujourd’hui, je vous propose un premier petit cours/tutoriel de niveau « débutant », d’une série d’au moins 3, pour apprendre à faire quelques graphiques avec R et vous la péter devant vos collègues encore à grapher sous Excel. Ce tutoriel s’adresse aux gens qui n’ont jamais codé, qui ne connaissent pas grand-chose à la…
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Base de données - notions
Cet article a pour but d'introduire la notion de base de données. Il sera utile pour toute personne ayant déjà entendu le terme, mais ne sachant pas vraiment ce que c'est, ou à quoi cela sert. Définition Une base de données c'est tout simplement une collection d'informations diverses stockées de manière pérenne sur un ordinateur.…