Étiquette : tutoriel
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Python, dessine-moi un graphe
Derrière ce titre énigmatique, qui n'aura pas été sans vous rappeler la fameuse phrase du Petit Prince d'Antoine de Saint Exupéry, se cache un module pour Python qui dira sûrement quelque chose à nos lecteurs assidus spécialisés dans les graphes : pygraphviz ! Ce module a été créé autour de GraphViz et vous permet ainsi de faire…
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Twitter, arme de communication massive et outil scientifique
Twitter est un réseau social incontournable. Son principe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "followers", des messages ou "tweets" de 140 charactères maximum. Il est surtout utilisé aux Etats-Unis, mais la fièvre Twitter gagne peu à peu l'Europe. De nombreux scientifiques, chefs de labos, doctorants et même des institutions informent par ce biais. En créant…
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De la procrastination dans l'R
Connaissances requises Connaissances basiques en R. Si vous ne faites pas la différence entre un test exact de Fisher et le test du Chi‑2, cela ne devrait pas poser de problème. Euh, bah c'est tout ! Introduction Si l'on s'en réfère à la définition : Un informaticien, et a fortiori un bioinformaticien, fera tout pour mettre en œuvre des…
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L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement
Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques). Dans le cas des analyses ChIP-seq, on souhaite caractériser les gènes cibles du facteur…
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Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !
Dans cet article, je vous présenterai un nouveau site qui peut être intéressant aussi bien pour les étudiants que pour les enseignants, voire également pour les bioinformaticiens déjà en fonction. Ici je ne vous noierai pas sous les lignes de code, mais je vous décrirai ce que le portail GOBLET vous propose en terme d'exercice.…
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Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq
Le ChIP-seq est une méthode aujourd'hui répandue qui consiste à cibler une partie du génome grâce à une protéine et à séquencer uniquement les parties du génome auxquelles celle-ci s'est fixée. On la capture ensuite avec un anticorps spécifique et on séquence uniquement l'ADN qu'elle protégeait (voir notre article : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de…
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Parser des fichiers HTML en Python
Langage : Python Bibliothèques : bioservices, HTMLParser, re (partiellement) Niveau : débutant-intermédiaire Dans un article précédent, je vous ai présenté le module bioservices en Python. Au cours de mon travail j'ai été amenée à récupérer des informations sur les termes Gene Ontology, et notamment sur les relations entre différents termes. Cependant, les formats de fichiers récupérés sont différents…
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Soirée BED & FASTA !
Après la petite histoire de l’analyse des séquences d’ADN, voici un tutoriel pour apprendre quelques trucs et astuces dans ce domaine. Biologiste en mal de connaissances de programmation ou pro de R, vous trouverez ici de quoi vous amuser avec un fichier Fasta ou un Bed. Nous allons voir comment faire un alignement multiple de…
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Fusionner des fichiers entre eux : la commande join
Langage : shell Commande présentée : join Niveau : débutant Présentation de la commande join La commande join est disponible nativement sur les systèmes d'exploitation GNU/Linux. Il s'agit d'une commande POSIX et elle est donc présente sur tous les systèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plupart des gens utilisent cette commande pour récupérer les lignes communes entre deux…