Étiquette : tutoriel

  • Python, dessine-moi un graphe

    Python, dessine-moi un graphe

    Der­rière ce titre énig­ma­tique, qui n'aura pas été sans vous rap­pe­ler la fameuse phrase du Petit Prince d'Antoine de Saint Exu­pé­ry, se cache un module pour Python qui dira sûre­ment quelque chose à nos lec­teurs assi­dus spé­cia­li­sés dans les graphes : pygra­ph­viz ! Ce module a été créé autour de Gra­ph­Viz et vous per­met ain­si de faire…

  • Twitter, arme de communication massive et outil scientifique

    Twitter, arme de communication massive et outil scientifique

    Twit­ter est un réseau social incon­tour­nable. Son prin­cipe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "fol­lo­wers", des mes­sages ou "tweets" de 140 cha­rac­tères maxi­mum. Il est sur­tout uti­li­sé aux Etats-Unis, mais la fièvre Twit­ter gagne peu à peu l'Europe.  De nom­breux scien­ti­fiques, chefs de labos, doc­to­rants et même des ins­ti­tu­tions informent par ce biais. En créant…

  • De la procrastination dans l'R

    De la procrastination dans l'R

    Connaissances requises Connais­sances basiques en R. Si vous ne faites pas la dif­fé­rence entre un test exact de Fisher et le test du Chi‑2, cela ne devrait pas poser de pro­blème. Euh, bah c'est tout ! Introduction Si l'on s'en réfère à la défi­ni­tion : Un infor­ma­ti­cien, et a for­tio­ri un bio­in­for­ma­ti­cien, fera tout pour mettre en œuvre des…

  • L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    Les anno­ta­tions sont essen­tielles lors d'analyses fonc­tion­nelles à large échelle sur le génome.  Lorsque l’on pra­tique des ana­lyses en géno­mique, basées sur des tech­niques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec res­pec­ti­ve­ment une liste de trans­crits ou de pics (régions géno­miques). Dans le cas des ana­lyses ChIP-seq, on sou­haite carac­té­ri­ser les gènes cibles du fac­teur…

  • Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

    Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

    Dans cet article, je vous pré­sen­te­rai un nou­veau site qui peut être inté­res­sant aus­si bien pour les étu­diants que pour les ensei­gnants, voire éga­le­ment pour les bio­in­for­ma­ti­ciens déjà en fonc­tion. Ici je ne vous noie­rai pas sous les lignes de code, mais je vous décri­rai ce que le por­tail GOBLET vous pro­pose en terme d'exercice.…

  • Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq

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    Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq

    Le ChIP-seq est une méthode aujourd'hui répan­due qui consiste à cibler une par­tie du génome grâce à une pro­téine et à séquen­cer uni­que­ment les par­ties du génome aux­quelles celle-ci s'est fixée. On la cap­ture ensuite avec un anti­corps spé­ci­fique et on séquence uni­que­ment l'ADN qu'elle pro­té­geait (voir notre article : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de…

  • Parser des fichiers HTML en Python

    Parser des fichiers HTML en Python

    Lan­gage : Python Biblio­thèques : bio­ser­vices, HTML­Par­ser, re (par­tiel­le­ment) Niveau : débu­tant-inter­mé­diaire Dans un article pré­cé­dent, je vous ai pré­sen­té le module bio­ser­vices en Python. Au cours de mon tra­vail j'ai été ame­née à récu­pé­rer des infor­ma­tions sur les termes Gene Onto­lo­gy, et notam­ment sur les rela­tions entre dif­fé­rents termes. Cepen­dant, les for­mats de fichiers récu­pé­rés sont dif­fé­rents…

  • Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

    Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

    Lan­gage : shell Com­mande pré­sen­tée : join Niveau : débu­tant Présentation de la commande join La com­mande join est dis­po­nible nati­ve­ment sur les sys­tèmes d'exploitation GNU/​Linux. Il s'agit d'une com­mande POSIX et elle est donc pré­sente sur tous les sys­tèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plu­part des gens uti­lisent cette com­mande pour récu­pé­rer les lignes com­munes entre deux…