Étiquette : visualisation

  • Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R

    Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R

    En géno­mique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons sou­vent de tra­cer des grosses matrices sous forme d'heat­map. Par grosse matrice, j'entends une matrice dont le nombre de lignes et/​ou de colonnes est plus grand que le nombre de pixels sur l'écran que vous uti­li­sez. Par exemples,…

  • Contrarié par les diagrammes de Venn ? Découvrez les diagrammes UpSet

    Contrarié par les diagrammes de Venn ? Découvrez les diagrammes UpSet

    Titre incluant un moyen mné­mo­tech­nique ;D Avec ses cercles entre­croi­sés, on ne pré­sente plus le célèbre dia­gramme de Venn. Cette repré­sen­ta­tion est uti­li­sée dans le cas où l'on sou­haite repré­sen­ter le recou­pe­ment de don­nées de nombre fini selon plu­sieurs variables qua­li­ta­tives. De façon plus simple lorsqu'on a 2 variables qua­li­ta­tives : com­bien d'éléments pré­sents dans la…

  • ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    Pour mon pre­mier article, je vais vous pré­sen­ter un outil que j'ai déve­lop­pé lorsque je tra­vaillais sur le pro­jet "Myo­cap­ture"; un pro­jet natio­nal de séquen­çage d'exomes qui por­tait sur les myo­pa­thies (https://​www​.afm​-tele​thon​.fr/​m​y​o​p​a​t​h​i​e​-​c​o​n​g​e​n​i​t​a​l​e​-​6​675). Ce pro­jet visait à trou­ver de nou­velles muta­tions res­pon­sables de ces mala­dies rares. Il a éga­le­ment per­mis d'identifier de nou­veaux gènes impli­qués dans…

  • Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

    Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

    Après les dif­fé­rentes méthodes d'analyse et de repré­sen­ta­tion de réseaux méta­bo­liques bio­lo­giques, je vais vous par­ler des dif­fé­rents outils de visua­li­sa­tion.  Car oui, la visua­li­sa­tion d'un réseau ou de ses sous-par­ties peut être le début de son ana­lyse, car elle per­met de se rendre compte de sa topo­lo­gie, de sa com­plexi­té, sa connec­ti­vi­té… En bio­lo­gie, on peut…

  • iPath partout !

    iPath partout !

    Depuis quelques mois j'utilise un outil nom­mé iPath2.0 qui peut être très utile pour cer­tains. Présentation de l'outil iPath2.0 est un outil en ligne, acces­sible à l'adresse http://​path​ways​.embl​.de/​i​P​a​t​h​2​.​cgi. Son prin­ci­pal inté­rêt est la visua­li­sa­tion et l'analyse de voies méta­bo­lique.

  • Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

    Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

    Gephi est un logi­ciel de visua­li­sa­tion et d'analyse de graphes. Il est dis­tri­bué sous les licences CDDL 1.0 et GPLv3, et est dis­po­nible sur les prin­ci­paux sys­tèmes d'exploitation. Gephi est pré­vu d'emblée pour tous types de graphes (pas seule­ment en bio­in­for­ma­tique) dans les prin­ci­paux for­mats. Tulip et Cytos­cape sont des outils simi­laires. Cepen­dant, chez moi…

  • Fabriquer un trackhub dans UCSC

    Fabriquer un trackhub dans UCSC

    J'ai déci­dé de par­ta­ger avec vous la petite astuce du moment que j'ai décou­verte grâce à Jona­than et que j'ai incor­po­rée dans mon tra­vail actuel (mer­ci encore à lui, il a lu toute l’infâme docu­men­ta­tion de UCSC). [edit : Il vient d'ailleurs de me signa­ler que la docu­men­ta­tion pour les track­hubs vient d'être mise à jour…

  • La nouvelle mode d'été : Journal Club au bord de la piscine

    La nouvelle mode d'été : Journal Club au bord de la piscine

    Comme vous l'avez cer­tai­ne­ment remar­qué, le Jour­nal Club du mois der­nier n'a pas eu lieu. Je sais que vous en êtes pro­fon­dé­ment affligé(e)s, donc à charge de revanche, j'ai inclus des articles du mois pas­sé. Il y a un peu plus de mots que d'habitude, mais quand on aime, on ne compte pas ! Et parce…

  • La modélisation moléculaire

    La modélisation moléculaire

    La modé­li­sa­tion molé­cu­laire est un ensemble de méthodes per­met­tant d'expliquer com­ment fonc­tionne le vivant. En effet, le vivant est une suc­ces­sion d’interactions entre dif­fé­rentes molé­cules : pro­téines, ADN, ARN, mem­branes, etc. Ces molé­cules inter­agissent les unes par rap­port aux autres en fonc­tion de plu­sieurs para­mètres : leurs formes, leurs pro­prié­tés chi­miques et leur envi­ron­ne­ment. La modé­li­sa­tion molé­cu­laire per­met de pré­dire la…