Présentation du Master Bioinformatique & Génomique de Rennes

Présentation

Le Mas­ter Bio­in­for­ma­tique & Géno­mique (BIG) de l'Université de Rennes 1 a pris en 2013 la suite du Mas­ter Modé­li­sa­tion de Sys­tèmes Bio­lo­giques (MSB). L’objectif prin­ci­pal de ce Mas­ter est de for­mer des étu­diants issus d’un cur­sus bio­lo­gique, infor­ma­tique ou mathé­ma­tique aux besoins plu­ri­dis­ci­pli­naires en bio-infor­ma­tique et en tech­no­lo­gies à haut-débit de géno­mique fonc­tion­nelle et post-géno­mique. Néan­moins, le Mas­ter a su conser­ver des ensei­gne­ments plu­ri­dis­ci­pli­naires très variés qui per­mettent à leurs étu­diants de se lan­cer dans la vie active dans de nom­breux domaines de la bio­in­for­ma­tique.

Formation

Le Mas­ter BIG est un Mas­ter "indif­fé­ren­cié", c'est-à-dire qu'il forme en deux années des étu­diants qui pour­ront par­tir en thèse ou en milieu pro­fes­sion­nel privé/​public. Ce sont prin­ci­pa­le­ment le choix des options ain­si que les stages qui déter­minent l'orientation de chaque étu­diant. Une des carac­té­ris­tiques prin­ci­pales du Mas­ter est qu'il accueille aus­si bien des étu­diants bio­lo­gistes que des étu­diants mathé­ma­ti­ciens et/​ou infor­ma­ti­ciens, ain­si que natu­rel­le­ment des étu­diants titu­laires d'une licence de bio­in­for­ma­tique. Cela crée un envi­ron­ne­ment plu­ri­dis­ci­pli­naire enri­chis­sant pro­pice à l’interaction inter­dis­ci­pli­naire. La qua­si-tota­li­té des Uni­tés d'Enseignements (UE) sont sui­vies par l'ensemble des étu­diants, bien qu'il existe des UEs de "remise à niveau" en début de pre­mière année, ain­si que plu­sieurs UEs option­nelles au cours des deux années.

Voi­ci quelques-uns des thèmes abor­dés par la for­ma­tion : Géno­mique, Post-Géno­mique, Pro­téo­mique, Méta­bo­lo­mique, Tech­no­lo­gies à Haut-Débit, Phy­lo­gé­nie, Sta­tis­tiques, Modé­li­sa­tion, Algo­rith­mique, Uti­li­sa­tion de sys­tèmes UNIX, Pro­gram­ma­tion Orien­té Objet, Ges­tion de Pro­jet Infor­ma­tique, Base de Don­nées et Onto­lo­gie.

L'objectif du M1 est plu­tôt d'apporter des connais­sances com­munes à tous les étu­diants en tenant compte de l'hétérogénéité de leur cur­sus d'origine. Celui du M2 est alors d'aborder des ques­tions plus poin­tues du domaine. En consé­quence, le M2 com­prend une part plus impor­tantes d'enseignements théo­riques appro­fon­dies. Sur les 718 heures de cours que com­prend l'ensemble du Mas­ter, il y a deux tiers d'enseignements théo­riques (CM ou TD) et un tiers de tra­vaux pra­tiques. De plus, de nom­breuses UEs demandent la réa­li­sa­tion de pro­jets à réa­li­ser en équipe, ce qui per­met de bien se pré­pa­rer à la vie pro­fes­sion­nelle d'un bio­in­for­ma­ti­cien, voir même d'ajouter une expé­rience signi­fi­ca­tive sur son CV.

En pre­mière année du Mas­ter, les étu­diants effec­tuent un stage sur la période d'avril à juin (pou­vant tout à fait être pro­lon­gé jusqu'à fin août) et en deuxième année, les étu­diants effec­tuent un stage de jan­vier à juin. Le Mas­ter com­prend donc envi­ron 9 mois de stages obli­ga­toires répar­tis sur 2 ans. A noter que le Mas­ter connaît une forte aug­men­ta­tion des demandes d'intégration et voit donc ses effec­tifs aug­men­ter depuis 2013 (cf. tableau ci-des­sous). Le pas­sage en M2 est auto­ma­tique pour les étu­diants obte­nant la moyenne à l'issue du M1. On observe cepen­dant que d'une année sur l'autre, le nombre d'étudiants en M2 est infé­rieur au nombre d'étudiants en M1 l'année pré­cé­dente, mal­gré l'arrivée régu­lière de quelques étu­diants inté­grant direc­te­ment en M2. Ceci s'explique prin­ci­pa­le­ment par des aban­dons (c'est une volon­té affir­mée de lais­ser leur chance à des étu­diants aux pro­fils aty­piques que l'on devine moti­vés) et quelques redou­ble­ments.

Année	M1	M2
2012–2013	28	12
2013–2014	33	15
2014–2015	38	20

Comment intégrer ce Master ?

A moins de déjà pos­sé­der des com­pé­tences en bio­in­for­ma­tique et de jus­ti­fier d'un niveau Mas­ter 1, il est cou­rant d'intégrer ce Mas­ter durant sa pre­mière année. Il est ouvert de plein droit pour les diplô­més de licence de bio­lo­gie ou d'informatique d'une uni­ver­si­té fran­çaise, ou avec un diplôme recon­nu équi­valent, et sur avis de la com­mis­sion de "vali­da­tion des acquis" pour les autres cas. Il est donc aus­si ouvert natu­rel­le­ment aux étu­diants ayant une licence en bio­in­for­ma­tique. La deuxième année est ouverte de plein droit pour les étu­diants ayant réus­si la pre­mière année (ain­si que sur dos­sier pour les can­di­dats pou­vant jus­ti­fier de connais­sances équi­va­lentes). Tout étu­diant sou­hai­tant faire car­rière dans le sec­teur de la bio­in­for­ma­tique pour­ra donc être inté­res­sé par ce Mas­ter.

Les activités du Master

Cer­tains élèves du Mas­ter s'engagent régu­liè­re­ment dans des com­pé­ti­tions étu­diantes : citons notam­ment une par­ti­ci­pa­tion à la com­pé­ti­tion inter­na­tio­nale de bio­lo­gie syn­thé­tique iGEM et au concours natio­nal d'entrepreneuriat Les Entre­pre­neu­riales.

Depuis 2014, le Mas­ter est actif sur les réseaux sociaux avec la créa­tion d'un groupe offi­ciel d'anciens élèves sur la pla­te­forme pro­fes­sion­nelle Lin­ke­dIn. Si vous avez fait ce Mas­ter ou sa pré­cé­dente ver­sion, n'hésitez donc pas à deman­der à le rejoindre !

Le Mas­ter vient éga­le­ment d'afficher son dyna­misme en célé­brant sa pre­mière remise offi­cielle de diplômes (faits rares dans les Uni­ver­si­tés fran­çaises) avec sa pre­mière pro­mo­tion BIG (pro­mo 2014), conjoin­te­ment orga­ni­sée par la pro­mo 2014 et les res­pon­sables du Mas­ter. Le par­rain de cette pro­mo­tion n'est autre que Fran­cis Gali­bert, pro­fes­seur émé­rite à l'Université de Rennes 1 et l'un des pères de la révo­lu­tion ADN. Il est aus­si titu­laire de la médaille d’argent du CNRS, membre de l’EMBO et de l’Académie Natio­nale de Méde­cine. Ce genre d'événement per­met d'illustrer l'importance attri­buée par le Mas­ter à l'animation d'un réseau pro­fes­sion­nel.

Les mots des responsables

"Nous sommes actuel­le­ment en pleine pré­pa­ra­tion de la nou­velle ver­sion du Mas­ter qui ouvri­ra en sep­tembre 2017 (les mas­ters sont accré­di­tés pour 5 ans). Nous accom­pa­gnons l'évolution de la bio­in­for­ma­tique en intro­dui­sant de nou­veaux cours sur les don­nées mas­sives, la méta­gé­no­mique ou la bio­lo­gie des sys­tèmes. Un des points forts de la ver­sion actuelle est le fait que nous accueillons des étu­diants issus de cur­sus variés : bio­lo­gie, infor­ma­tique, mathé­ma­tiques ain­si que quelques étu­diants du par­cours san­té. Nous sou­hai­tons main­te­nir cette situa­tion qui est vécue de façon très posi­tive aus­si bien par les étu­diants que par l'équipe ensei­gnante, même si cela ne sim­pli­fie pas l'organisation.

Nous envi­sa­geons donc de pro­po­ser trois par­cours géno­mique, san­té et infor­ma­tique cor­res­pon­dant à des domi­nantes. Le champs cou­vert par le futur Mas­ter va donc s'élargir par rap­port à la ver­sion actuelle. L'objectif est qu'à la fin du M1, les étu­diants aient en gros acquis les mêmes bases et qu'ils puissent choi­sir le par­cours qui leur convient le mieux en M2, en se spé­cia­li­sant dans cer­tains domaines. Le tronc com­mun por­te­ra notam­ment sur la géno­mique, la pro­téo­mique, la bio­lo­gie des sys­tèmes, les sta­tis­tiques et les tech­niques clas­siques de pro­gram­ma­tion. En M1, le jeu des options per­met­tra de ren­for­cer les acquis (en gros, plus de bio­lo­gie pour les infor­ma­ti­ciens et plus d'informatique pour les bio­lo­gistes). En M2, les options seront dic­tées par le par­cours auquel se des­tine l'étudiant. Même si l'on anti­cipe que le par­cours géno­mique ou le par­cours san­té sont les voies les plus confor­tables pour les étu­diants issus des sciences de la vie et que ça sera le par­cours infor­ma­tique pour les étu­diants issus de mathé­ma­tiques ou d'informatique, ce dis­po­si­tif devrait être bien adap­té aux étu­diants poly­va­lents (notam­ment issus des licences de bio­in­for­ma­tique, mais pas seule­ment) dont nous voyons le nombre aug­men­ter depuis quelques années."

– Chris­tian Dela­marche et Oli­vier Dame­ron

Rennes et sa vie étudiante (en savoir plus : Wikipedia)

Au centre du Grand Ouest, Rennes dis­pose d'une situa­tion géo­gra­phique pri­vi­lé­giée à moins d'une heure des côtes (et de St-Malo) et à bien­tôt moins de deux heures de Paris en TGV. Elle fait par­tie d'une métro­pole de plus de 400 000 habi­tants, ce qui en fait la plus grande ville de Bre­tagne et la onzième plus grande ville de France. Pour­tant, elle a su gar­der une dimen­sion humaine et il est rela­ti­ve­ment simple de par­tir ran­don­ner dans la légen­daire forêt de Bro­cé­liande et autres alen­tours sans être blo­qué dans des embou­teillages ! Grâce à sa fière iden­ti­té bre­tonne, elle a su déve­lop­per des pôles d'excellence et de com­pé­ti­ti­vi­té recon­nues de part le monde. Elle repré­sente par exemple le pre­mier tech­no­pole euro­péen dans les Télé­com­mu­ni­ca­tions. Elle jouit d'un dyna­misme impor­tant qui tend à s'accroître d'année en année. Elle est sou­vent dans le top du pal­ma­rès du maga­zine L'Express des "villes les plus agréables à vivre en France" et sa métro­pole est même arri­vée pre­mière en 2012.

Pre­mier pôle uni­ver­si­taire du Grand Ouest, elle compte 2 Uni­ver­si­tés, 28 grandes écoles et 63 000 étu­diants (ce qui en fait la hui­tième ville de France en nombre d'étudiants). Et oui, à Rennes, presque un sixième de la popu­la­tion est étu­diante ! Des plus grandes villes de France, c'est même celle qui a la plus grande den­si­té d'étudiants. Elle par­ti­cipe aus­si actuel­le­ment à la créa­tion de la com­mu­nau­té d'Universités Bre­tagne-Loire qui devrait fédé­rer à terme plus de 160 000 étu­diants sur les deux régions. Au pal­ma­rès l'Etudiant des villes de France où il fait bon étu­dier, Rennes est régu­liè­re­ment bien pla­cée, attei­gnant même la troi­sième place en 2013–2014. Enfin, les asso­cia­tions foi­sonnent et la ville porte tout au long de l'année de nom­breux pro­jets sociaux, cultu­rels et spor­tifs. Sans oublier les nom­breuses infra­struc­tures clas­siques de la vie étu­diante pour pas­ser vos soi­rées !

Le témoignage d'un ancien, Sylvain P.

J'ai effec­tué mon mas­ter de "bio­in­for­ma­tique" à Rennes, de 2008 à 2010, dans le mas­ter qui s'appelait alors "Modé­li­sa­tion des Sys­tèmes Bio­lo­giques. Hor­mis l'excellente ambiance au sein même des pro­mo­tions et la très bonne entente avec l'équipe ensei­gnante, je retiens de ces deux années une très bonne for­ma­tion en modé­li­sa­tion de sys­tèmes au sens large du terme (des éco­sys­tèmes à la modé­li­sa­tion de struc­ture des pro­téines). Si à cette époque nous regret­tions glo­ba­le­ment un petit manque en appren­tis­sage de l'informatique au sens "je sais coder" (j'ai d'ailleurs com­plé­té mon M2 Ren­nais par un second M2 en infor­ma­tique pour cette rai­son), nos retours sur la for­ma­tion semblent avoir été bien écou­té étant don­né que le "nou­veau" mas­ter contient désor­mais plus de place pour cet appren­tis­sage qui est d'ailleurs com­plé­té par les dif­fé­rents pro­jets pro­po­sés.

En résu­mé, un bon mas­ter à l'époque, qui a su évo­luer pour com­bler les lacunes et deve­nir encore meilleur ! Et si vous hési­tez encore un petit peu après lec­ture de la pla­quette, sachez que la vie Ren­naise sau­ra vous convaincre !

Pour en savoir plus :
- Site offi­ciel du Mas­ter

- Groupe Lin­ke­dIn des anciens élèves (lec­teur, si tu es un "ancien", n'hésite pas à deman­der à le rejoindre !)
- Inter­view d'étudiants du Mas­ter lors de la céré­mo­nie de remise des diplômes

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Mer­ci à Oli­vier Dame­ron pour son aide et sa relec­ture. Mer­ci à Syl­vain P. pour sa relec­ture et son témoi­gnage. Mer­ci à m4rsu pour sa relec­ture. Mer­ci à Yoann M. pour son sui­vi et sa moti­va­tion. Et enfin mer­ci à Jean Coquet pour ses conseils.