Formation :
Présentation du Master Bioinformatique & Génomique de Rennes

Présentation

Le Master Bioinformatique & Génomique (BIG) de l'Université de Rennes 1 a pris en 2013 la suite du Master Modélisation de Systèmes Biologiques (MSB). L’objectif principal de ce Master est de former des étudiants issus d’un cursus biologique, informatique ou mathématique aux besoins pluridisciplinaires en bio-informatique et en technologies à haut-débit de génomique fonctionnelle et post-génomique. Néanmoins, le Master a su conserver des enseignements pluridisciplinaires très variés qui permettent à leurs étudiants de se lancer dans la vie active dans de nombreux domaines de la bioinformatique.
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Logo de l'Université de Rennes 1 avec son emblématique triton rouge (tous droits réservés)

 

Formation

Le Master BIG est un Master "indifférencié", c'est-à-dire qu'il forme en deux années des étudiants qui pourront partir en thèse ou en milieu professionnel privé/public. Ce sont principalement le choix des options ainsi que les stages qui déterminent l'orientation de chaque étudiant. Une des caractéristiques principales du Master est qu'il accueille aussi bien des étudiants biologistes que des étudiants mathématiciens et/ou informaticiens, ainsi que naturellement des étudiants titulaires d'une licence de bioinformatique. Cela crée un environnement pluridisciplinaire enrichissant propice à l’interaction interdisciplinaire. La quasi-totalité des Unités d'Enseignements (UE) sont suivies par l'ensemble des étudiants, bien qu'il existe des UEs de "remise à niveau" en début de première année, ainsi que plusieurs UEs optionnelles au cours des deux années.

Voici quelques-uns des thèmes abordés par la formation : Génomique, Post-Génomique, Protéomique, Métabolomique, Technologies à Haut-Débit, Phylogénie, Statistiques, Modélisation, Algorithmique, Utilisation de systèmes UNIX, Programmation Orienté Objet, Gestion de Projet Informatique, Base de Données et Ontologie.

L'objectif du M1 est plutôt d'apporter des connaissances communes à tous les étudiants en tenant compte de l'hétérogénéité de leur cursus d'origine. Celui du M2 est alors d'aborder des questions plus pointues du domaine. En conséquence, le M2 comprend une part plus importantes d'enseignements théoriques approfondies. Sur les 718 heures de cours que comprend l'ensemble du Master, il y a deux tiers d'enseignements théoriques (CM ou TD) et un tiers de travaux pratiques. De plus, de nombreuses UEs demandent la réalisation de projets à réaliser en équipe, ce qui permet de bien se préparer à la vie professionnelle d'un bioinformaticien, voir même d'ajouter une expérience significative sur son CV.

En première année du Master, les étudiants effectuent un stage sur la période d'avril à juin (pouvant tout à fait être prolongé jusqu'à fin août) et en deuxième année, les étudiants effectuent un stage de janvier à juin. Le Master comprend donc environ 9 mois de stages obligatoires répartis sur 2 ans. A noter que le Master connaît une forte augmentation des demandes d'intégration et voit donc ses effectifs augmenter depuis 2013 (cf. tableau ci-dessous). Le passage en M2 est automatique pour les étudiants obtenant la moyenne à l'issue du M1. On observe cependant que d'une année sur l'autre, le nombre d'étudiants en M2 est inférieur au nombre d'étudiants en M1 l'année précédente, malgré l'arrivée régulière de quelques étudiants intégrant directement en M2. Ceci s'explique principalement par des abandons (c'est une volonté affirmée de laisser leur chance à des étudiants aux profils atypiques que l'on devine motivés) et quelques redoublements.

Année M1 M2
2012-2013 28 12
2013-2014 33 15
2014-2015 38 20

 

Comment intégrer ce Master ?

A moins de déjà posséder des compétences en bioinformatique et de justifier d'un niveau Master 1, il est courant d'intégrer ce Master durant sa première année. Il est ouvert de plein droit pour les diplômés de licence de biologie ou d'informatique d'une université française, ou avec un diplôme reconnu équivalent, et sur avis de la commission de "validation des acquis" pour les autres cas. Il est donc aussi ouvert naturellement aux étudiants ayant une licence en bioinformatique. La deuxième année est ouverte de plein droit pour les étudiants ayant réussi la première année (ainsi que sur dossier pour les candidats pouvant justifier de connaissances équivalentes). Tout étudiant souhaitant faire carrière dans le secteur de la bioinformatique pourra donc être intéressé par ce Master.

 

Les activités du Master

Certains élèves du Master s'engagent régulièrement dans des compétitions étudiantes : citons notamment une participation à la compétition internationale de biologie synthétique iGEM et au concours national d'entrepreneuriat Les Entrepreneuriales.

Depuis 2014, le Master est actif sur les réseaux sociaux avec la création d'un groupe officiel d'anciens élèves sur la plateforme professionnelle LinkedIn. Si vous avez fait ce Master ou sa précédente version, n'hésitez donc pas à demander à le rejoindre !

Le Master vient également d'afficher son dynamisme en célébrant sa première remise officielle de diplômes (faits rares dans les Universités françaises) avec sa première promotion BIG (promo 2014), conjointement organisée par la promo 2014 et les responsables du Master. Le parrain de cette promotion n'est autre que Francis Galibert, professeur émérite à l'Université de Rennes 1 et l'un des pères de la révolution ADN. Il est aussi titulaire de la médaille d’argent du CNRS, membre de l’EMBO et de l’Académie Nationale de Médecine. Ce genre d'événement permet d'illustrer l'importance attribuée par le Master à l'animation d'un réseau professionnel.

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La promotion 2014, leur parrain Francis Galibert et plusieurs enseignants pour la 1ère remise des diplômes du Master

 

Les mots des responsables

"Nous sommes actuellement en pleine préparation de la nouvelle version du Master qui ouvrira en septembre 2017 (les masters sont accrédités pour 5 ans). Nous accompagnons l'évolution de la bioinformatique en introduisant de nouveaux cours sur les données massives, la métagénomique ou la biologie des systèmes. Un des points forts de la version actuelle est le fait que nous accueillons des étudiants issus de cursus variés : biologie, informatique, mathématiques ainsi que quelques étudiants du parcours santé. Nous souhaitons maintenir cette situation qui est vécue de façon très positive aussi bien par les étudiants que par l'équipe enseignante, même si cela ne simplifie pas l'organisation.

Nous envisageons donc de proposer trois parcours génomique, santé et informatique correspondant à des dominantes. Le champs couvert par le futur Master va donc s'élargir par rapport à la version actuelle. L'objectif est qu'à la fin du M1, les étudiants aient en gros acquis les mêmes bases et qu'ils puissent choisir le parcours qui leur convient le mieux en M2, en se spécialisant dans certains domaines. Le tronc commun portera notamment sur la génomique, la protéomique, la biologie des systèmes, les statistiques et les techniques classiques de programmation. En M1, le jeu des options permettra de renforcer les acquis (en gros, plus de biologie pour les informaticiens et plus d'informatique pour les biologistes). En M2, les options seront dictées par le parcours auquel se destine l'étudiant. Même si l'on anticipe que le parcours génomique ou le parcours santé sont les voies les plus confortables pour les étudiants issus des sciences de la vie et que ça sera le parcours informatique pour les étudiants issus de mathématiques ou d'informatique, ce dispositif devrait être bien adapté aux étudiants polyvalents (notamment issus des licences de bioinformatique, mais pas seulement) dont nous voyons le nombre augmenter depuis quelques années."

-- Christian Delamarche et Olivier Dameron

 

Rennes et sa vie étudiante (en savoir plus : Wikipedia)

Thabor

Le parc du Thabor, accolé à l'hypercentre de Rennes (CC BY-NC-ND 2.0 by Mabel Lamour / Belma / ReineMab)

Au centre du Grand Ouest, Rennes dispose d'une situation géographique privilégiée à moins d'une heure des côtes (et de St-Malo) et à bientôt moins de deux heures de Paris en TGV. Elle fait partie d'une métropole de plus de 400 000 habitants, ce qui en fait la plus grande ville de Bretagne et la onzième plus grande ville de France. Pourtant, elle a su garder une dimension humaine et il est relativement simple de partir randonner dans la légendaire forêt de Brocéliande et autres alentours sans être bloqué dans des embouteillages ! Grâce à sa fière identité bretonne, elle a su développer des pôles d'excellence et de compétitivité reconnues de part le monde. Elle représente par exemple le premier technopole européen dans les Télécommunications. Elle jouit d'un dynamisme important qui tend à s'accroître d'année en année. Elle est souvent dans le top du palmarès du magazine L'Express des "villes les plus agréables à vivre en France" et sa métropole est même arrivée première en 2012.

Premier pôle universitaire du Grand Ouest, elle compte 2 Universités, 28 grandes écoles et 63 000 étudiants (ce qui en fait la huitième ville de France en nombre d'étudiants). Et oui, à Rennes, presque un sixième de la population est étudiante ! Des plus grandes villes de France, c'est même celle qui a la plus grande densité d'étudiants. Elle participe aussi actuellement à la création de la communauté d'Universités Bretagne-Loire qui devrait fédérer à terme plus de 160 000 étudiants sur les deux régions. Au palmarès l'Etudiant des villes de France où il fait bon étudier, Rennes est régulièrement bien placée, atteignant même la troisième place en 2013-2014. Enfin, les associations foisonnent et la ville porte tout au long de l'année de nombreux projets sociaux, culturels et sportifs. Sans oublier les nombreuses infrastructures classiques de la vie étudiante pour passer vos soirées !

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La rue St-Michel : l'une des rues les plus animées de Rennes (CC BY 3.0 by Ayush Bhandari)

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La place de la République, au centre de Rennes, au croisement des lignes de bus et de métro (CC BY-SA 3.0 by Pline)

 

Le témoignage d'un ancien, Sylvain P.

J'ai effectué mon master de "bioinformatique" à Rennes, de 2008 à 2010, dans le master qui s'appelait alors "Modélisation des Systèmes Biologiques. Hormis l'excellente ambiance au sein même des promotions et la très bonne entente avec l'équipe enseignante, je retiens de ces deux années une très bonne formation en modélisation de systèmes au sens large du terme (des écosystèmes à la modélisation de structure des protéines). Si à cette époque nous regrettions globalement un petit manque en apprentissage de l'informatique au sens "je sais coder" (j'ai d'ailleurs complété mon M2 Rennais par un second M2 en informatique pour cette raison), nos retours sur la formation semblent avoir été bien écouté étant donné que le "nouveau" master contient désormais plus de place pour cet apprentissage qui est d'ailleurs complété par les différents projets proposés.

En résumé, un bon master à l'époque, qui a su évoluer pour combler les lacunes et devenir encore meilleur ! Et si vous hésitez encore un petit peu après lecture de la plaquette, sachez que la vie Rennaise saura vous convaincre !

 


 Pour en savoir plus :
- Site officiel du Master
- Groupe LinkedIn des anciens élèves (lecteur, si tu es un "ancien", n'hésite pas à demander à le rejoindre !)
- Interview d'étudiants du Master lors de la cérémonie de remise des diplômes

 

Merci à Olivier Dameron pour son aide et sa relecture. Merci à Sylvain P. pour sa relecture et son témoignage. Merci à m4rsu pour sa relecture. Merci à Yoann M. pour son suivi et sa motivation. Et enfin merci à Jean Coquet pour ses conseils.

 

  • À propos de
  • Je suis ingénieur de Recherche dans la région de Saclay (91). Je travaille actuellement à la conception d'une ontologie pour un sujet de biologie des systèmes. Sinon, je suis un cinéphile amateur de bonne gastronomie qui joue du piano et pratique des sports de combats depuis plusieurs années. Je m'intéresse beaucoup aux nouvelles technologies (particulièrement les NBIC) et aux liens entre la Science et la société.

2 commentaires sur “Présentation du Master Bioinformatique & Génomique de Rennes

  1. Je suis rentré cette année dans le Master BIG, de l\'université Rennes 1 et je confirme que le master a su évoluer. Le programme s\'est modifié pour intégrer plus d\'informatique, (notamment des cours de JAVA et de Python), l\'ambiance est toujours aussi bonne entre les étudiants et les enseignants, qui sont à notre écoute. Le grand nombre de projets, dans les matières biologiques et informatiques, favorise le travail en équipe, l\'autonomie et la prise d\'initiative. Cette formation me semble très intéressante pour toute personne souhaitant découvrir ce monde à travers les aspects de la programmation et de la génomique.
    Je tiens aussi à indiquer qu\'une association est en cours de création, regroupant les étudiants actuels ainsi que les diplômés. Ses objectifs sont de créer des liens entre eux et d\'organiser plusieurs événements en accord avec la bio-informatique.

  2. Pour faire suite au commentaire ci-dessus, il y a aussi un groupe alumni à destination uniquement des anciens diplômés du M2 bioinformatique de Rennes sur linkedin, qui a notamment été créé par l\'auteur de cet article. Et en projet sérieux et concret qui s\'inscrit dans le fil de ce groupe alumni et hors de l\'association, il y a aussi des anciens diplômés qui commencent à se rassembler dans une optique de tisser des liens entre eux,de partager sur leur métier qui peut être différent de la bioinfo, et autres.

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