Auteur/autrice : Léopold Carron
Ses publications :
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Télécharger des données de séquençage sur le NCBI.. pour les débutants !
Toi petit étudiant de M1 qui arrive en premier jour de stage… Viens par ici… Oui TOI ! Toi à qui ton maître de stage te demande de récupérer les données de séquençage d'un article vachement bien, sans que tu saches le faire… TOI ! Toi le physicien qui se met à la biologie mais qui ignore…
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Transformer une carte de contact chromosomique en une structure 3D
Après vous avoir montré tout un tas de choses sur comment visualiser et extraire une carte, je vais vous montrer aujourd'hui comment une carte de contact chromosomique peut être observée sous la forme d'une structure 3D à partir de VMD. Pour cela nous allons partir de la méthode développée dans mon laboratoire : Shrec3D. Cet article…
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Quelques publications importantes récentes autour de la chromatine
Pour ceux qui travaillent sur la structure 3D de l'ADN et son comportement dans le noyau cellulaire, l'année 2017 a été une riche année. Comprendre les liens entre une séquence d'ADN et son repliement reste aujourd'hui un enjeu majeur pour cette communauté. Pour tous ceux qui ne savent pas ce qui se passe dans notre…
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Petite introduction sur… les éléments répétés
Suite à l'excellent billet proposé par un autre auteur du blog, de nombreuses questions sur ce que sont les éléments répétés sont restées en suspens. Après le séquençage du génome humain dans les années 2000, de nombreux chercheurs ont constaté que la majeure partie du génome n'était pas composée de gènes, mais d'ADN à l'époque…
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Vous ne savez pas comment analyser vos données Hi‑C ? Exemple d'utilisation de HiC-pro
Partir de quelconques données de séquençage haut débit brutes pour arriver à une analyse complète demande au mieux, une certaine pratique de ces technologies. Dans bien des cas, on va alors mettre en place un pipeline reposant sur tout un tas d'outils. Il faudra probablement des heures pour comprendre les paramètres de chacun d’entre eux…
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Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomique
Vous ne connaissez pas le Hi‑C ? Avant de commencer cette lecture, peut être vous faut-il la base, précédemment expliquée (maladroitement certes, premier article oblige) sur cet autre article. Sur la fin de mon stage de Master 2, j'ai eu la joie de revenir faire un tour dans les cartes de contacts chromosomiques (Hi‑C) pour diverses…
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Généralité autour du concept de machine learning à partir d'automate
Pour beaucoup de personnes, le machine learning consiste à apprendre un classifieur de données. Un exemple d'application principal serait d'être capable de différencier de manière automatique plusieurs variétés d'iris selon la taille de leurs pétales. Mais selon moi, le machine learning représente beaucoup plus : c'est une science qui permet d'expliquer à un ordinateur comment réaliser une tâche d'apprentissage…
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Remise des diplômes du master BIG (Rennes)
Le 27 Novembre 2015 s'est déroulé le BIG-Day, c'est à dire la remise des diplômes du master Bio-informatique et Génomique de Rennes. Pour cette journée, les responsables du master ainsi que les membres de l'association locale E‑Bigo ont décidé de marquer le coup. Plus de 8 heures avec les étudiants du master actuel, des anciens ainsi…
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Introduction sur les bonnes pratiques de développement
Oyez Oyez jeune bio-informaticien, étudiant de master, professionnel débutant ou autre curieux, cet article a été écrit spécialement pour vous par l'un des vôtres ! Pour tous les autres si cet article vous laisse un peu sur votre faim, je vous invite à lire deux autres billets déjà présents sur le site, le premier écrit par Nolwenn,…