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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Catégorie : Astuce

  • Maîtrisez le cache de Rmarkdown !

    Maîtrisez le cache de Rmarkdown !

    Pour des rai­sons de repro­duc­tion de la science, il est impor­tant de conser­ver une trace de tout ce que l'on fait sur son ordi­na­teur. Pour cela, faire des rap­ports est la meilleure manière que je connaisse qui per­mette d'inclure le code et les résul­tats d'une ana­lyse. Pour faire ça bien avec R, on a déjà…

  • Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

    Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

    Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a qua­si sys­té­ma­ti­que­ment un gra­phique d'ACP pour mon­trer les don­nées. Et à chaque fois, il s'agit d'un gra­phique de base, géné­ré avec R, avec la fonc­tion plot(), des cou­leurs qui piquent les yeux et des…

  • Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

    Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

    La diver­si­té des ques­tions que se posent nos amis bio­lo­gistes entraîne une diver­si­té des don­nées : géno­miques, images, etc. De plus, ces don­nées sont géné­rées à des vitesses folles. Pour mani­pu­ler les don­nées et extraire les infor­ma­tions utiles, des solu­tions et outils bio­in­for­ma­tiques sont néces­saires. De nom­breux outils existent déjà pour répondre à de nom­breuses ques­tions.…

  • S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

    S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

    TL;DR La repro­duc­ti­bi­li­té, c’est la vie (dans le monde scien­ti­fique) ! Tout résul­tat doit pou­voir être repro­duit. La tech­no­lo­gie per­met de faci­li­ter la recherche de repro­duc­ti­bi­li­té. Les cahiers de labo­ra­toire papiers ne sont plus du tout adap­tés à la recherche actuelle et au besoin de repro­duc­ti­bi­li­té. Je pré­co­nise donc d’utiliser git et GitHub, de bien…

  • C'est l'enfeR.

    C'est l'enfeR.

    Cer­tains bio-infor­ma­ti­ciens ne jurent que par R (j'en fais par­tie). Je suis amou­reux de sa sim­pli­ci­té (sic), son élé­gance (re-sic), sa docu­men­ta­tion et ses innom­brables packages tous plus utiles les uns que les autres. Et sur­tout c'est le seul lan­gage que je maî­trise un peu conve­na­ble­ment, alors for­cé­ment je trouve tous les autres lan­gages nuls,…

  • Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)

    Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)

    Bon­jour à tous, et bien­ve­nue dans le pre­mier épi­sode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipe­line : Sna­ke­make. Si vous ne connais­sez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûre­ment pas­sés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les béné­fices de retrans­crire vos pipe­lines déjà…

  • Inkscape : l'outil idéal pour vos figures et posters

    Inkscape : l'outil idéal pour vos figures et posters

    Je sais pas pour vous mais dans mon labo, le pre­mier réflexe de mes col­lègues lorsqu'il faut faire une figure ou un pos­ter c'est soit de dégai­ner la suite Ad*be, soit d'ouvrir P*werPoint. Quel est le pro­blème me direz-vous ? Outre le fait qu'ils soient très coû­teux pour le labo/l'université/l'entreprise où vous tra­vaillez, ces outils ne…

  • Créer sa carte géographique avec R

    Créer sa carte géographique avec R

    Aujourd’hui je vais vous mon­trer com­ment, en uti­li­sant R, on peut faire de belles cartes géo­gra­phiques. Et là, vous allez me deman­der, mais pour­quoi faire des cartes géo­gra­phique ? Et pour­quoi avec R ? Et bien ima­gi­nons que, vous, bio­in­for­ma­ti­cien de ter­rain, soyez allé échan­tillon­ner des ani­maux à l’autre bout du monde sur plu­sieurs sites, par exemple…