Lorsque l'on se lance dans l'aventure du séquençage haut débit de transcriptome, on est amené à se poser LA question, oui LA, celle que l'on redoute à peu près tous quand on a un budget serré :
À quelle profondeur dois-je séquencer mes échantillons ?
Toutes les publications s'accordent à le dire, plus on a de réplicats, plus on a de puissance statistique pour détecter les gènes différentiellement exprimés...
Dans cet article, nous allons découvrir un moyen de vous faire gagner du temps à travers deux notions étrangères à la Biologie : Le ping et Ajax. Pour les termes techniques, reportez vous au glossaire juste après l'introduction.
Mesurer le délai entre un serveur et un client web (on utilisera facilement anglicisme "ping", francisé en "pinguer") d'un site consiste à lui demander juste l'en-tête de sa page principale (afin de diminuer l'impact du poids du site) et à mesurer le temps passé pour recevoir la réponse...
Malgré la multitude d’outils déjà existants, les occasions d'écrire du code sont nombreuses en bioinformatique. Hormis pour les pousse-boutons avertis, le développement fait souvent partie du quotidien d’un bioinformaticien. Personnellement, c’est une activité qui me plaît beaucoup dans ce métier. Développer ses propres applications et outils apporte toujours une certaine satisfaction (et quand ça fonctionne, c’est encore mieux !)...
Le ChIP-seq est une méthode aujourd'hui répandue qui consiste à cibler une partie du génome grâce à une protéine et à séquencer uniquement les parties du génome auxquelles celle-ci s'est fixée. On la capture ensuite avec un anticorps spécifique et on séquence uniquement l'ADN qu'elle protégeait (voir notre article : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de la régulation de l'expression des gènes )...
Vous avez dit protocole?
Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement pragmatiques et éprouvées par les années...
J'ai décidé de partager avec vous la petite astuce du moment que j'ai découverte grâce à Jonathan et que j'ai incorporée dans mon travail actuel (merci encore à lui, il a lu toute l’infâme documentation de UCSC).
[edit : Il vient d'ailleurs de me signaler que la documentation pour les trackhubs vient d'être mise à jour et est devenue beaucoup plus digeste. Tant mieux pour les suivants.]
Le navigateur génomique (pour ne pas dire genome browser) de UCSC nous autorise donc à générer et visualiser des "trackhubs"...
Si vous êtes au CNRS, ou à l'Inserm, vous êtes probablement familiers avec BiblioInserm ou BiblioVIE, les portails d’informations et d’accès aux revues de ces institutions.
Ces portails vous permettent d’accéder par exemple à PUBMED et d’y chercher des articles, sous réserve d’avoir un identifiant et le mot de passe associé (souvent par labo, ou par équipe).
En utilisant les services BiblioInserm ou BiblioVIE pour vous rendre sur PUBMED, vous passez par un proxy qui vous identifie et vous accompagne dans vos recherches bibliographiques...
Langage : shell, sous GNU/Linux
Commandes présentées : wc, awk, sed, tr, head, nl, cut
Niveau : débutant
Dans le cadre de notre travail, nous sommes souvent amenés à manipuler de nombreux fichiers contenant des milliers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons souvent tendance à virer à la paranoïa et à vouloir nous assurer que nos fichiers sont bien formatés et contiennent bien le nombre de lignes, champs ou éléments attendus...
Langage : shell
Commande présentée : join
Niveau : débutant
Présentation de la commande join
La commande join est disponible nativement sur les systèmes d'exploitation GNU/Linux. Il s'agit d'une commande POSIX et elle est donc présente sur tous les systèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plupart des gens utilisent cette commande pour récupérer les lignes communes entre deux fichiers mais elle ne se limite pas à ce seul cas...
Dans un précédent article, nous vous avons parlé des bases de données, leur importance et leur intérêt. Ici je vais vous parler de SQLite, une bibliothèque donnant accès à un moteur de base de données relationnelle qui vous permettra de travailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de configurer ou d'installer quoi que ce soit: simple, rapide et efficace. Vous pouvez à loisir l'inclure dans tous vos projets, le code source de SQLite étant dans le domaine public...
