Actualité :
État de l'emploi bioinformatique en France : analyse des offres de la SFBI (2ème partie)

Nous revoilà pour la suite de notre premier article sur l'analyse des offres de la SFBI. On vous avait promis une analyse de l'évolution du marché, et c'est ce dont nous allons parler dans cet article.
Je vous renvoie au premier article si vous voulez plus d'informations sur l'origine des données et la disponibilité du code. Les contributions sur le Github du projet ont été bien ternes... ou plutôt inexistantes...

Didacticiel :
Snakemake aller plus loin avec la parallélisation

Bonjour à tous, bienvenue dans un nouvel épisode de tutoriels sur Snakemake (épisode précédent).
Aujourd'hui nous allons voir ensemble comment paralléliser facilement par la donnée grâce à Snakemake. L'idée générale consiste à découper les fichiers bruts au début de notre pipeline et de les rassembler après les étapes lourdes en calcul.

Nous allons également voir comment utiliser le fichier de configuration au format Json...

Didacticiel :
Introduction à l'analyse des SNPs

Introduction
Un SNP (Single Nucleotid Polymorphism) est la mutation d'un seul nucléotide à une position donnée, entre individus d'une même population. Ces substitutions ponctuelles permettent d'identifier des sous-populations.
Vous avez sûrement étudié en cours l'exemple de la drépanocytose, une maladie causée par la mutation ponctuelle d'un gène. L'origine de cette maladie génétique peut être observée en analysant les SNPs dans la population humaine...

Découverte :
Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaire

Introduction
Cet article, d'une très longue série, a pour but de donner plus de détails et peut-être - qui sait - vous titiller suffisamment pour enjamber la barrière physique (au sens littéral) et rejoindre le fabuleux monde d'Oz de la bioinformatique structurale.
Avant de commencer, je vous conseille de prendre du papier, un crayon, un thé ou un café. Ces breuvages serviront à illustrer mes exemples et faire une pause dans votre lecture...

Didacticiel :
Automatiser la récupération de données biologiques

Qui dit bioinformatique, dit récupération et manipulation des données. Ces données peuvent être générées à partir d'algorithmes ou bien récupérées depuis des bases de données biologiques. Aujourd'hui, le nombre de ces bases de données est en constante augmentation. Chaque mécanisme biologique, famille moléculaire ou organisme est associé à un ou plusieurs de ces dépôts de données...

Didacticiel :
Écrire son parseur à la main — chroniques d'une mauvaise bonne idée

Nobody expect to be able to parse any (old) C.S.V. Crédit: Paul Downey
Partie 1
Où l'on prend conscience de l'existence de standards, et de leur nécessité.

Tout petit programme s'éveillant au monde se trouvera un jour face à ses obligations : s’interfacer avec ce dernier. La lumière extérieure devra alors pénétrer son petit antre, apportant malicieusement l'information de mille autres petits programmes, si hétéroclites et désordonnés que nul ne sais vraiment qui fait quoi...

Astuce :
Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)

Bonjour à tous, et bienvenue dans le premier épisode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipeline : Snakemake.
Si vous ne connaissez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûrement passés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les bénéfices de retranscrire vos pipelines déjà tout prêt en Snakefile ?
Lisibilité du code, gestion des ressources et reproductibilité
Snake | Crystal Sanchez
Lorsque vous êtes sur le point de publier,  il va bien falloir expliquer aux futurs lecteurs comment vous avez obtenu les résultats...

Didacticiel :
Comment faire de Sozi présentations avec inkscape

Vous avez sûrement vu le billet sur inkscape écrit par Zazo0o. Maintenant que vous avez franchi le pas et que vous maîtrisez cet outil, nous allons voir qu'il est également possible de créer des présentations dynamiques grâce au plugin Sozi (qui est en plus développé par des français "cocorico").
Les auteurs ont arrêté le développement du plugin Sozi pour inkscape pour se concentrer sur une version standalone...

Didacticiel :
Une licence? Pour quoi faire...

 
Cet article ne parle pas de la formation universitaire, ni des obligations des débits de boisson. Mais du petit texte qu'on vous demande de lire avant d'installer un logiciel ou qu'on cite en bas des pages des sites internet. Pour vous faire gagner du temps, voici, par exemple, ce que vous trouverez en bas de cette page :
 
Texte indiquant la licence des contenus sur bioinfo-fr.net.
 
Il existe une licence s'appellant CC BY-SA 2...

Didacticiel :
Dessiner des molécules avec LaTeX

Vous avez surement déjà entendu un barbu vous dire "Tu vas voir LaTeX c'est génial, tu peux même dessiner des molécules avec !". Et du coup vous vous êtes dit que c'est vrai que ça a l'air bien vu qu'on peut même dessiner des molécules avec !
Et effectivement, on peut ! La molécule suivante a été faite avec LaTeX (le premier qui trouve ce que c'est, gagne… le droit de nous écrire un article sur le sujet de son choix)...