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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Catégorie : Didacticiel

  • L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    Les anno­ta­tions sont essen­tielles lors d'analyses fonc­tion­nelles à large échelle sur le génome.  Lorsque l’on pra­tique des ana­lyses en géno­mique, basées sur des tech­niques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec res­pec­ti­ve­ment une liste de trans­crits ou de pics (régions géno­miques). Dans le cas des ana­lyses de ChIP-seq, on sou­haite carac­té­ri­ser les gènes cibles du…

  • SARTools : l'analyse différentielle pour tous

    SARTools : l'analyse différentielle pour tous

    Un article court aujourd’hui pour pré­sen­ter SAR­Tools, un outil d’analyse dif­fé­ren­tielle de don­nées de RNA-seq. Plus qu’un outil, SAR­Tools est plu­tôt un pipe­line sim­pli­fié pour trai­ter des don­nées d’analyses réa­li­sées dans un plan d’expérience assez basique. En effet le cadre d’utilisation de SAR­Tools est volon­tai­re­ment limi­té aux plans d’expérience simples, à savoir des com­pa­rai­sons de…

  • L'analyse en composantes principales (avec R)

    L'analyse en composantes principales (avec R)

    L'ACP, ou Ana­lyse en Com­po­santes Prin­ci­pales, est une méthode d'exploration de don­nées qui consiste à réduire la dimen­sion­na­li­té du pro­blème pour en extraire l'essentiel. Par une pro­jec­tion dans un espace plus petit, on réduit le nombre de variables, et si on réduit suf­fi­sam­ment on peut en faire un outil de diag­nos­tic gra­phique. Comme c'est une…

  • Python fait la numba

    Python fait la numba

    Suite à cet article, j'ai eu envie de com­pa­rer les temps d'exécution de Cython et Num­ba.Il est tou­jours inté­res­sant de faire des tests de per­for­mances (bench­marks) de temps à autre, pour voir si on ne peut pas amé­lio­rer cer­tains de nos algo­rithmes 🙂 Cython est un très bon moyen pour opti­mi­ser vos pro­grammes, mais il…

  • Cython : votre programme Python mais 100x plus vite

    Cython : votre programme Python mais 100x plus vite

    Python est un lan­gage extrê­me­ment pra­tique car il est facile à lire et à écrire, com­pa­ré à un lan­gage de "bas niveau" et com­pi­lé comme le C. D'un autre côté, à l'exécution il est beau­coup plus lent. C'est un com­pro­mis entre les deux qu'offre Cython, per­met­tant d'accélérer votre pro­gramme d'un fac­teur 2 à plus de…

  • Introduction à la ligne de commande

    Introduction à la ligne de commande

    Lan­gage : ShellNiveau : Grand débu­tant Ce tuto­riel n'a ori­gi­nel­le­ment pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bio­in­for­ma­ti­ciens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se fami­lia­ri­ser avec la ligne de com­mande et sera sûre­ment très utile…

  • Parser des fichiers HTML en Python

    Parser des fichiers HTML en Python

    Lan­gage : PythonBiblio­thèques : bio­ser­vices, HTML­Par­ser, re (par­tiel­le­ment)Niveau : débu­tant-inter­mé­diaire Dans un article pré­cé­dent, je vous ai pré­sen­té le module bio­ser­vices en Python. Au cours de mon tra­vail j'ai été ame­née à récu­pé­rer des infor­ma­tions sur les termes Gene Onto­lo­gy, et notam­ment sur les rela­tions entre dif­fé­rents termes. Cepen­dant, les for­mats de fichiers récu­pé­rés sont dif­fé­rents en fonc­tion…

  • Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

    Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

    Gephi est un logi­ciel de visua­li­sa­tion et d'analyse de graphes. Il est dis­tri­bué sous les licences CDDL 1.0 et GPLv3, et est dis­po­nible sur les prin­ci­paux sys­tèmes d'exploitation. Gephi est pré­vu d'emblée pour tous types de graphes (pas seule­ment en bio­in­for­ma­tique) dans les prin­ci­paux for­mats. Tulip et Cytos­cape sont des outils simi­laires. Cepen­dant, chez moi…