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Découverte :
Bioconvert - simplifier les conversions de formats

Bioconvert

Qui n'a jamais eu à convertir un fichier de données biologiques dans un autre format ? Il y a bien sur le classique fastq vers fasta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un convertisseur "maison", pas forcément optimal. D'autres formats sont parfois plus problématiques, par exemple la conversion vers et depuis GFF2/GFF3. De ces différents constats − convertisseurs "maison" (donc pas toujours parfaits), grande diversité de formats (parfois très complexes et peu documentés) nouveaux formats ou formats obsolètes, etc − est née l'idée de créer un outil de conversion dédié aux formats utilisés en bioinformatique : Bioconvert...

Actualité :
ELIXIR, un savant mélange de pays

Vous avez peut-être entendu parler d'ELIXIR récemment, car la France vient de rejoindre le projet. Mais ELIXIR, c'est quoi ?
Pour faire simple, ELIXIR c'est la réponse aux défis suivants, chers aux chercheurs en Science de la Vie :

maintenir un accès libre aux données biologiques pour permettre une meilleure innovation.
gérer le data deluge (le déluge de données arrivant grâce/à cause des nouvelles technologies à très haut-débit)...

Astuce :
Un bookmarklet pour accéder plus facilement aux publications

Si vous êtes au CNRS, ou à l'Inserm, vous êtes probablement familiers avec BiblioInserm ou BiblioVIE, les portails d’informations et d’accès aux revues de ces institutions.
 

 

Ces portails vous permettent d’accéder par exemple à PUBMED et d’y chercher des articles, sous réserve d’avoir un identifiant et le mot de passe associé (souvent par labo, ou par équipe).
En utilisant les services BiblioInserm ou BiblioVIE pour vous rendre sur PUBMED, vous passez par un proxy qui vous identifie et vous accompagne dans vos recherches bibliographiques...