Archives par tags: Communauté

Actualité :
Migration de notre IRC de Freenode vers Libera

Actualité 3

Vous le savez sûrement, Bioinfo-fr ce n'est pas qu'un blog, c'est aussi un salon de discussion (ou chat) en ligne pour discuter en direct. Historiquement, notre salon IRC (Internet Relay Chat) #bioinfo-fr était hébergé sur un réseau nommé Freenode, dédié aux projets et logiciels libres en tous genres. Ce réseau fondé en 1994, comptait en moyenne jusqu'à 50 000 utilisateurs connectés.

Migrons! (CC BY-SA par Nasser Akabab)

En ce mois de juin 2021, suite à un rachat du réseau par une compagnie privée, une majeur partie des administrateurs ont démissionné par crainte du non respect de la philosophie open source du réseau originel...

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Opinion :
Doctorant dis toi que...

Opinion 1

Je vous propose aujourd'hui un petit article résumant les travers typiques pendant une thèse. Ces propos sont purement issus de mon expérience récente de thèse (finie en 2019) de thèse ainsi que d'autres doctorants/docteurs dans mon entourage. Toute la suite de l'article ne reflète que mon opinion personnelle de ce grand moment de la vie qu'est la thèse.

Il est assez connu que l'état de santé mentale des chercheurs n'est pas toujours glorieux (principalement chez les doctorants, ref 1 et 2), et que le syndrome de l'imposteur (ref3) est autant présent que la boite de nouille chinoise sur le bureau au cas où "on oublierait de manger"...

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Opinion :
L'intérêt d'une communauté scientifique bioinformatique

Opinion 5

"Tout seul on va plus vite, ensemble, on va plus loin".
Proverbe africain

Il est un constat que je fais de plus en plus souvent et qui m'attriste à chaque fois un peu plus : notre belle société semble tendre vers l'individualisme. Il est probable que l'émergence des réseaux sociaux et à l'actuel culte du nombrilisme associé y soit pour quelque chose. Mais discuter de tout cela ici serait totalement hors-sujet et inadapté à la ligne éditoriale de notre blog bio-informatique...

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Opinion :
Pourquoi vous avez besoin d'un blog scientifique !

Opinion 5

Mon titre étant volontairement provocateur je vais commencer par le modérer et l'expliquer.

Vous n'avez pas forcément besoin de votre blog, vous avez besoin d'un espace ou vous pouvez écrire des textes structurés avec des tableaux, des images et la possibilité de les rendre publics facilement. Un dépôt Github comme un compte Twitter peuvent ainsi convenir. Si ces plateformes peuvent apparaître comme ayant des contraintes différentes, elles sont en réalité complémentaires...

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Editorial :
Partage ta bioinfo !

Editorial 0

Une bien belle affiche à imprimer

Nous venons de fêter nos 7 ans d'existence sur les Internets. Ce n'est pas rien !En 7 ans, c'est 317 articles qui ont été publiés. 317 articles qui ont été relus avant publication par au moins 2 personnes. 317 articles qui n'auraient pas pu être lus sans le temps que chacun de leurs auteurs respectifs leur ont consacré. 317 articles qui résultent chacun d'un "et si je partageais à la communauté ?"...

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Découverte :
Bioconvert - simplifier les conversions de formats

Découverte 4

Bioconvert

Qui n'a jamais eu à convertir un fichier de données biologiques dans un autre format ? Il y a bien sur le classique fastq vers fasta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un convertisseur "maison", pas forcément optimal. D'autres formats sont parfois plus problématiques, par exemple la conversion vers et depuis GFF2/GFF3. De ces différents constats − convertisseurs "maison" (donc pas toujours parfaits), grande diversité de formats (parfois très complexes et peu documentés) nouveaux formats ou formats obsolètes, etc − est née l'idée de créer un outil de conversion dédié aux formats utilisés en bioinformatique : Bioconvert...

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Actualité :
ELIXIR, un savant mélange de pays

Actualité, Découverte 0

Logo d'ELIXIR - © EMBL-EBI, 2013
Vous avez peut-être entendu parler d'ELIXIR récemment, car la France vient de rejoindre le projet. Mais ELIXIR, c'est quoi ?
Pour faire simple, ELIXIR c'est la réponse aux défis suivants, chers aux chercheurs en Science de la Vie :

maintenir un accès libre aux données biologiques pour permettre une meilleure innovation.
gérer le data deluge (le déluge de données arrivant grâce/à cause des nouvelles technologies à très haut-débit)...

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Astuce :
Un bookmarklet pour accéder plus facilement aux publications

Astuce 2

Si vous êtes au CNRS, ou à l'Inserm, vous êtes probablement familiers avec BiblioInserm ou BiblioVIE, les portails d’informations et d’accès aux revues de ces institutions.
 

 

Ces portails vous permettent d’accéder par exemple à PUBMED et d’y chercher des articles, sous réserve d’avoir un identifiant et le mot de passe associé (souvent par labo, ou par équipe).
En utilisant les services BiblioInserm ou BiblioVIE pour vous rendre sur PUBMED, vous passez par un proxy qui vous identifie et vous accompagne dans vos recherches bibliographiques...

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