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ELIXIR, un savant mélange de pays

Logo d'ELIXIR - © EMBL-EBI, 2013
Logo d'ELIXIR — © EMBL-EBI, 2013

Vous avez peut-être enten­du par­ler d'ELIXIR récem­ment, car la France vient de rejoindre le pro­jet. Mais ELIXIR, c'est quoi ?

Pour faire simple, ELIXIR c'est la réponse aux défis sui­vants, chers aux cher­cheurs en Science de la Vie :

  • main­te­nir un accès libre aux don­nées bio­lo­giques pour per­mettre une meilleure inno­va­tion.
  • gérer le data deluge (le déluge de don­nées arri­vant grâce/​à cause des nou­velles tech­no­lo­gies à très haut-débit).
  • inté­grer les don­nées pour réduire l'éparpillement de la recherche et des efforts.
  • explo­rer de nou­veaux types de don­nées.

Ces défis étant jus­te­ment d'une por­tée trop vaste pour être géré par une seule ins­ti­tu­tion ou un seul pays, tout l'intérêt d'ELIXIR réside dans sa dimen­sion euro­péenne.

Son but est donc de construire et d'exploiter dura­ble­ment une infra­struc­ture per­met­tant l'échange et le sto­ckage de don­nées bio­lo­giques, au niveau euro­péen.

En Octobre 2006, l'Euro­pean Stra­te­gy Forum on Research and Inno­va­tion (ESFRI), orga­nisme mis en place par 33 pays sous l'initiative du Conseil Euro­péen, a iden­ti­fié 35 infra­struc­tures de recherche à l'échelle euro­péenne. Et ELIXIR a été rete­nu comme une des rares pou­vant avoir une impor­tance glo­bale dans le déve­lop­pe­ment de la science et de l'innovation.

ELIXIR ne par­ti­ra cepen­dant pas de rien, et sera bien évi­de­ment construit à par­tir des res­sources et ser­vices exis­tants.
Pour la France, par exemple cela serait l'Infra­struc­ture RENABI GRISBI, qui pilote la mise en place d'une infra­struc­ture de cloud entre les dif­fé­rents pôles de l'Ins­ti­tut Fran­çais de Bio­in­for­ma­tique (IFB).

L'Infrastructure RENABI GRISBI (CC-BY-SA Isabelle Stévant)
L'Infrastructure RENABI GRISBI (CC-BY-SA Isa­belle Sté­vant)

Ce pro­jet est coor­don­né par l'Euro­pean Mole­cu­lar Bio­lo­gy Laboratory’s Euro­pean Bio­in­for­ma­tics Ins­ti­tute (EMBL-EBI).
Son infra­struc­ture est basée sur le modèle hub/​nœuds : un hub cen­tral sera loca­li­sé à l'EMBL-EBI à Hin­x­ton et un nombre impor­tant de nœuds dans des centres d'excellence à tra­vers l'Europe.

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Orga­ni­sa­tion d'ELIXIR sui­vant le modèle Hub/​Noeuds — (Image adap­tée, source)

57 orga­ni­sa­tions dans 24 pays ont fait part de leur inté­rêt pour deve­nir un nœud dans ce pro­jet (cf carte inter­ac­tive).

Le 12 novembre 2013, la France a été le 16ème pays a signer le Memo­ran­dum of Unders­tan­ding (MoU) pour par­ti­ci­per à ce pro­jet. C'est le CNRS, qui a signé, repré­sen­tant les ins­ti­tu­tions natio­nales (le CEA, l'INRA, l'INRIA, l'Inserm et bien évi­dem­ment le CNRS lui-même).

En 2012, la com­mu­nau­té fran­çaise de Bio­in­for­ma­tique a éta­bli une infra­struc­ture natio­nale : l'IFB. Un des but étant de ser­vir de nœud fran­çais pour ELIXIR.

Le MoU est une pre­mière étape for­melle vers l'implémentation d'ELIXIR.

La France a donc rejoint l'EMBL et les 15 autres pays signa­taires : le Dane­mark, l'Espagne, l'Estonie, la Fin­lande, la Grèce, Israël, l'Italie, la Nor­vège, les Pays-Bas, le Por­tu­gal, la Répu­blique Tchèque, le Royaume Uni, la Slo­vé­nie, la Suède et la Suisse.

La pro­chaine étape est la rati­fi­ca­tion de l'ELIXIR Consor­tium Agree­ment (ECA), qui sera la base légale per­ma­nente pour ELIXIR. L'ECA a déjà été rati­fié par le Royaume Uni, la Suède, la Suisse et l'EMBL. ELIXIR exis­te­ra comme une enti­té légale à part entière, une fois que deux pays de plus auront rati­fié l'ECA. Ce qui devrait en tout logique arri­ver dans les pro­chains mois.

Plu­sieurs per­son­na­li­tés ont com­men­té cet évé­ne­ment :

Le Pro­fes­seur Søren Bru­nak, Pré­sident du conseil d'administration pro­vi­soire d'ELIXIR :

La France rejoint à un ins­tant inté­res­sant ELIXIR qui va bien­tôt ren­trer dans la phase de construc­tion et d'opération. Je suis ravi qu'un pays pos­sé­dant une aus­si forte culture scien­ti­fique et d'aussi impor­tants ser­vices bio­in­for­ma­tiques rejoigne ELIXIR à ce moment.

Le Doc­teur Jean-Fran­çois Gibrat, Direc­teur de l'IFB :

Le nœud fran­çais d'ELIXIR ras­semble une exper­tise pré­cieuse et des res­sources consi­dé­rables dans les domaines de  la meta­gé­no­mique, la san­té, les mala­dies rares et la bio­lo­gie. Nous avons hâte de par­ti­ci­per à la construc­tion de cette infra­struc­ture vitale.

Le Doc­teur Nik­las Blom­berg, Direc­teur d'ELIXIR :

Je suis ravi que la France nous rejoigne à ce stade. Les ser­vices pro­po­sés par le nœud fran­çais d'ELIXIR vont ajou­ter une valeur consi­dé­rable à l'ensemble de l'infrastructure et appor­ter un réel avan­tage pour les uti­li­sa­teurs.

C'est une excel­lente nou­velle que la France rejoigne ce pro­jet. Cela augure de bons pré­sages pour l'IFB, qui réa­lise ici un de ses pre­miers objec­tifs. Un ave­nir par­ti­cu­liè­re­ment inté­res­sant et inno­vant se des­sine pour la Recherche et plus spé­ci­fi­que­ment la Bio­in­for­ma­tique, en France mais aus­si en Europe.

Donc sur­veillez les news.

Mer­ci aux super-relec­teurs : Nol­wenn, ZaZo0o et Yoann M. (+1 pour l'inspiration).

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