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Étiquette : tutoriel

  • Pourquoi je ne lis pas tous les CVs de la même manière

    Pourquoi je ne lis pas tous les CVs de la même manière

    Dans un pré­cé­dent billet je me suis lais­sé vaga­bon­der autour de l'idée qu'un bio­in­for­ma­ti­cien était un data truc comme un autre. Dans ces lignes je vais expri­mer pour­quoi il est impor­tant à mon sens de bien tra­vailler son CV… et ce qui per­son­nel­le­ment me fait réflé­chir sur la forme de CV liée à nos métiers.…

  • Qu'est-ce qu'un bon fichier Lisez-moi.txt

    Qu'est-ce qu'un bon fichier Lisez-moi.txt

    Vous venez de finir votre outil sur lequel vous tra­vaillez depuis 1 semaine/​1 mois/​1 an/​10 ans (rayez la men­tion inutile) qui va révo­lu­tion­ner votre domaine. Votre code est ver­sion­né, for­ma­té, com­men­té, docu­men­té, tes­té, les résul­tats sont éva­lués selon le gold stan­dard de la dis­ci­pline sur des jeux de don­nées repré­sen­ta­tifs de la réa­li­té, votre publi­ca­tion…

  • Introduction à la manipulation d'intervalles dans R

    Introduction à la manipulation d'intervalles dans R

    Introduction "Quelle est la pro­fon­deur de ce séquen­çage ?" "Quelle pro­por­tion de SNPs se situent dans des exons ?" "Y a‑t-il des pics dans ces don­nées de ChIP-seq ?" "Quelle pro­por­tion de pro­mo­teurs che­vauchent des îlots CpG ?" Voi­là le genre de ques­tions ren­con­trées fré­quem­ment en bio­in­for­ma­tique. Nous pou­vons y répondre à l'aide de la…

  • Installer JupyterHub pour des Notebooks hébergés sur votre serveur

    Installer JupyterHub pour des Notebooks hébergés sur votre serveur

    Vous connais­sez sans doute déjà les note­books Jupy­ter [1], ces docu­ments web où l'on peut rédi­ger du conte­nu en Mark­down, pou­vant conte­nir des for­mules mathé­ma­tiques en LaTeX, mêlées à des cel­lules de code Python, (ou R, Julia etc.) que l'on peut exé­cu­ter au cas par cas de façon inter­ac­tive. Ils sont pas mal uti­li­sés en…

  • Pourquoi et comment déposer un package R sur Bioconductor ?

    Pourquoi et comment déposer un package R sur Bioconductor ?

    Ça y est, votre code R un poil brut com­mence à avoir de la sub­stance et vous envi­sa­gez d'en faire un outil à part entière. Comme tout bio­in­for­ma­ti­cien qui se res­pecte, vous envi­sa­gez donc de packa­ger (ou paque­ter en fran­çais) pro­pre­ment cet ensemble de scripts R. Non on ne largue pas une nuée de scripts…

  • Contrarié par les diagrammes de Venn ? Découvrez les diagrammes UpSet

    Contrarié par les diagrammes de Venn ? Découvrez les diagrammes UpSet

    Titre incluant un moyen mné­mo­tech­nique ;D Avec ses cercles entre­croi­sés, on ne pré­sente plus le célèbre dia­gramme de Venn. Cette repré­sen­ta­tion est uti­li­sée dans le cas où l'on sou­haite repré­sen­ter le recou­pe­ment de don­nées de nombre fini selon plu­sieurs variables qua­li­ta­tives. De façon plus simple lorsqu'on a 2 variables qua­li­ta­tives : com­bien d'éléments pré­sents dans la…

  • Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

    Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

    Nous revoi­là pour de nou­velles aven­tures sur Inks­cape ! Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inks­cape, quand des outils qu’on uti­lise tous les jours le font très bien, que de se fami­lia­ri­ser avec un outil puis­sant en mani­pu­lant des notions de bases qui peuvent ser­vir ensuite notam­ment dans l’élaboration de…

  • Inkscape pour biologistes

    Inkscape pour biologistes

    Fini les rec­tangles pour faire des pro­téines ou les images pixe­li­sées cho­pées sur des sites dou­teux ! Dans 10 minutes vous serez un pro d'Inks­cape qui est un logi­ciel gra­tuit pour "des­si­ner" avec une prise en main très rapide per­met­tant de réa­li­ser des figures vec­to­rielles, non construites en pixels, pou­vant être alors redi­men­sion­nées à l'infini en conser­vant…

  • Les commandements du stagiaire en bioinformatique

    Les commandements du stagiaire en bioinformatique

    La période des stages n'est pas loin et toi, jeune étudiant(e) bioinformaticien(ne) — futur(e) sta­giaire, te demandes com­ment choi­sir par­mi toutes ces annonces. Pas de panique, c'est tout à fait nor­mal de se poser toute une ribam­belle de ques­tions, nous y sommes tous pas­sés. La bonne nou­velle c'est que c'est ton jour de chance : les…