Archives par tags: débutant

Didacticiel :
LaTeX : la mise en forme du texte et des paragraphes

Bon maintenant qu'on sait compiler et insérer des flottants, un truc critique à voir c'est comment mettre en forme : mettre en italique, en emphase, en gras, souligner, faire des listes à puces, insérer du code…
Préparez-vous, ça risque d'être un peu long :). (Et par un peu long je veux aussi dire un peu enquiquinant, mais il faut y passer…)
Mise en forme du texte
Faire joujou avec la police
Par défaut, LaTeX met les caractères en forme droite en minuscule...

Didacticiel :
"IRC ? Mais c'est quoi en fait ?"

Cette question, je l'entends maintenant depuis pas mal de temps quand je parle du blog à mon entourage (étudiants de mon ex-master, personnes rencontrées aux JeBiF Pubs et TOBi, collègues, bioinformaticiens croisés, etc.). C'en est arrivé au point que je me sens vieille je me suis dit que faire un article de présentation de cet outil qu'est IRC, adjoint d'un mini tutoriel serait une bonne idée...

Didacticiel :
LaTeX : les flottants !

Chose promise, chose due dans le précédent article voilà les flottants dans LaTeX
Les flottants sont l'ensemble des éléments qui perturbent le flot du texte (pour faire simple) et désignent classiquement les tables et les figures ;on peut définir des environnements custom de flottants, mais on y reviendra dans un autre article ;).
Les flottants « nagent » dans le texte, et vont se positionner là où il faut pour que la lecture soit fluide...

Didacticiel :
LaTeX : le premier document !

On s'est rendu compte sur #bioinfo-fr et sur #jebif (les canaux IRC sur freenode) qu'au cours des rédactions de rapports de stage ou même de thèse on avait plein de questions portant sur LaTeX et on a décidé qu'on allait se fendre de quelques articles sur LaTeX pour avoir une suite de liens appropriés à donner pour répondre aux questions. 🙂
Alors voilà le premier article, très basique, qui reprend tout (presque) au début pour prendre de bonnes habitudes...

Astuce :
Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)

Bonjour à tous, et bienvenue dans le premier épisode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipeline : Snakemake.
Si vous ne connaissez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûrement passés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les bénéfices de retranscrire vos pipelines déjà tout prêt en Snakefile ?
Lisibilité du code, gestion des ressources et reproductibilité

Lorsque vous êtes sur le point de publier,  il va bien falloir expliquer aux futurs lecteurs comment vous avez obtenu les résultats...

En image :

Aie confiance...

On apprend pas à faire d'omelette sans casser des oeufs

On n'apprend pas à faire d'omelette sans casser des oeufs

Opinion :
Introduction sur les bonnes pratiques de développement

Oyez Oyez jeune bio-informaticien, étudiant de master, professionnel débutant ou autre curieux, cet article a été écrit spécialement pour vous par l'un des vôtres ! Pour tous les autres si cet article vous laisse un peu sur votre faim, je vous invite à lire deux autres billets déjà présents sur le site, le premier écrit par Nolwenn, et le second par Nisaea. Mais aussi à partager votre précieuse expérience en commentaire...

Didacticiel :
Cours de R pour débutant pressé : les régressions !

Bonjour à tous et soyez les bienvenus dans ce 3ème cours de R pour débutant pressé.
Aujourd’hui, nous allons voir rapidement ce qu’est une régression (linéaire ou quadratique), à quoi ça sert et ce que ça peut nous apprendre sur nos données.
Ne vous êtes-vous jamais demandé comment en apprendre plus sur vos données, comment savoir quel paramètre est le plus important ou plus simplement s’il est possible « de faire une belle ligne sur mon graphique » ?
Non ? Ah… et bien merci à bientôt...

Didacticiel :
Python, dessine-moi un graphe

Derrière ce titre énigmatique, qui n'aura pas été sans vous rappeler la fameuse phrase du Petit Prince d'Antoine de Saint Exupéry, se cache un module pour Python qui dira sûrement quelque chose à nos lecteurs assidus spécialisés dans les graphes : pygraphviz !
Ce module a été créé autour de GraphViz et vous permet ainsi de faire des graphes sous Python en respectant les normes établies par GraphViz et, par conséquent, d'exporter ou d'importer très facilement vos graphes pour vos différents projets...

Brèves :
Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

Dans cet article, je vous présenterai un nouveau site qui peut être intéressant aussi bien pour les étudiants que pour les enseignants, voire également pour les bioinformaticiens déjà en fonction. Ici je ne vous noierai pas sous les lignes de code, mais je vous décrirai ce que le portail GOBLET vous propose en terme d'exercice. Prêts ? À vos claviers !
À propos de GOBLET
GOBLET, the Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training, est une fondation dont les mission sont, entre autres, de :

fournir un support global de formation à l'intention des étudiants et des formateurs en bioinformatique au travers d'un réseau structuré et stable ;
faciliter les capacités de développement en bioinformatique dans tous les pays ;
développer des standards et des guides pour la formation en bioinformatique...