Mendeley : Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie

Je pro­fite de l'élan ini­tié par max dans son excellent article, "com­ment orga­ni­ser sa veille en bio­in­for­ma­tique", pour vous par­ler un peu d'un logi­ciel que j'ai décou­vert récem­ment, et qui m'a été d'une aide consi­dé­rable dans mon tra­vail biblio­gra­phique.

Orga­ni­ser et ali­men­ter une veille effi­cace implique une recherche biblio­gra­phique régu­lière, donc lire, éva­luer, gar­der ou mettre de côté des articles scien­ti­fiques. Beau­coup d'entre eux. Or, les articles se pré­sen­tant sous for­mat PDF, dis­tri­bué par des sources variées et ne répon­dant à qua­si­ment aucun stan­dard à part ceux qui défi­nissent le for­ma­lisme de rédac­tion et de pro­duc­tion, on se retrouve très vite avec une pro­blé­ma­tique de taille : "Mais com­ment ran­ger tout ça?"

Plu­sieurs logi­ciels existent afin de répondre à cette pro­blé­ma­tique. Par­mi les plus connus, nous retrou­vons Zote­ro, une exten­tion pour Mozilla Fire­fox, qui a l'avantage d'être très souple et tout ter­rain, mais aus­si d'être gra­tuit. Mais il faut uti­li­ser Fire­fox, sinon il pré­sente peu d'intérêt. (Une ver­sion stan­da­lone est dis­po­nible depuis le début de l'année mais n'existait pas encore au moment des faits.) On peut éga­le­ment y trou­ver des appli­ca­tions indé­pen­dantes, telles que End­Note et Papers, mais qui coûtent très cher (jusqu'à 305€ pour End­Note) et ne sont pas com­pa­tibles avec toutes les plate-formes. Si comme moi vous tra­vaillez sous GNU/​Linux, vous pou­vez, vous aus­si, pas­ser votre che­min.

J'ai néan­moins fait de nou­velles recherches, dans l'espoir de trou­ver quelque chose de nou­veau. C'est là que je suis tom­bée sur Men­de­ley. Sans trop y croire, je véri­fie les sys­tèmes com­pa­tibles et, ô miracle, une ver­sion GNU/​Linux est dis­po­nible ! Je me alors lan­cée sans hési­ter et ai com­men­cé à tes­ter la trou­vaille. Je vais donc vous par­ta­ger mes impres­sions, en pre­nant Papers pour com­pa­rai­son, car c'est à ma connais­sance l'alternative la plus répan­due.

Pre­mière sur­prise : Men­de­ley est très orien­té Cloud, avec un sys­tème de compte en ligne, de sto­ckage dis­tant et de syn­chro­ni­sa­tion. De ce point de vue, je suis très ten­tée de le com­pa­rer à Ever­note, dans la dyna­mique avouée de per­mettre le tra­vail nomade, d'une machine à l'autre et d'une plate-forme à l'autre, en retrou­vant toutes ses don­nées à chaque fois. Papers, en revanche, assume par­fai­te­ment sa res­sem­blance avec iTunes, et implique un tra­vail beau­coup plus local et asso­cié à une machine unique. Bien enten­du, l'un comme l'autre four­nissent des outils de tra­vail col­la­bo­ra­tif et d'échange, ce qui est à mon avis et à l'heure actuelle la moindre des choses, mais Men­de­ley va plus loin en pro­po­sant un sys­tème d'annotations direc­te­ment sur les docu­ments : sur­li­gneur et notes à ancrer n'importe-où, en plus de méta­don­nées simi­laires à ce que Papers pro­pose.

Ma seconde sur­prise fut l'interface sur le site Inter­net de Men­de­ley. En plus de per­mettre d'accéder à l'intégralité de sa biblio­thèque, recher­cher des papiers par groupe d'intérêt ou mots clefs, et de construire un pro­fil pro­fes­sion­nel com­plet à la manière de Lin­ke­dIn, il pro­pose un sys­tème de com­mu­ni­ca­tion très simi­laire à Face­book où l'ont peut se créer un réseau de col­lègues et par­ta­ger des infor­ma­tions sur un mur, que les col­lègues pour­ront "liker" et com­men­ter.

Au cours de mes explo­ra­tions, j'ai éta­bli un petit tableau com­pa­ra­tif des deux logi­ciels, selon des caté­go­ries qui m'ont paru les plus per­ti­nentes mais qui n'ont pas l'ambition d'être exhaus­tives et que je n'ai pas tes­tées dans leur inté­gra­li­té. Il s'agit juste de se don­ner une idée des prin­ci­pales simi­la­ri­tés et dif­fé­rences :

[table] ,Mendeley,Papers
Compatibilité,Windows~~Mac~~GNU/Linux~~iOS*,Windows~~Mac~~iOS
Licence,Propriétaire,Propriétaire
Prix,Gratuit~~Options payantes~~(Sto­ckage/​groupes améliorés),59€
Import d'articles,Depuis disque dur~~Par moteur de recherche~~Depuis navi­ga­teur web~~Depuis Papers~~Depuis Endnote~~Depuis Zotero,Depuis disque dur~~Par moteur de recherche
Moteur de recherche,Sur catalogue,Choix de bases de don­nées externes
Char­ge­ment local,Choix de dos­siers à surveiller~~Manuel,Manuel
Affi­chage des articles,Onglets,Partition de la fenêtre
Citations,Génération de cita­tions pour MS Word/​OpenOffice/​LaTeX,Magic Manus­cripts com­pa­tible avec la plu­part des logi­ciels
Anno­ta­tions sur docu­ment,Notes extensibles~~Surlignage de texte et en zone,Aucune
Classement,Favoris~~Dossiers non exclusifs~~Lus/Non lus,Flags~~Collections non exclusives~~Lus/Non lus
Partage,Groupes de papiers~~Partage et ajout col­la­bo­ra­tif des annotations~~Équipes de tra­vail pri­vées de 50 per­sonnes,Col­lec­tions Livfe~~public reviews
Cloud,Sauvegarde/​Synchronisation~~Documents/métadonnées/annotations,Non
Social,Système simi­laire à Facebook~~("Likes" et commentaires),Non
[/​table]

* Men­de­ley pro­po­sant une API web, plu­sieurs appli­ca­tions Androïd ont éga­le­ment vu le jour.

Si vous sou­hai­tez voir un com­pa­ra­tif plus com­plet mais plus publi­ci­taire (donc pro­ba­ble­ment très biai­sé), vous pou­vez consul­ter celui que pro­pose Men­de­ley. Mais ce que je retiens de ce com­pa­ra­tif, après avoir uti­li­sé Men­de­ley pen­dant quelques mois, c'est que les deux outils se valent. Ils ne reposent néan­moins pas sur les mêmes prin­cipes de fonc­tion­ne­ment, et j'avoue avoir une pré­fé­rence pour Men­de­ley. Peut-être est-ce parce que j'utilise Ever­note ? Pro­ba­ble­ment. Mais pour une fois que les uti­li­sa­teurs GNU/​Linux ne sont pas oubliés, cela mérite d'être men­tion­né. Le seul atout de Papers que je regrette beau­coup de ne pas trou­ver dans Men­de­ley, c'est le sys­tème de Magic Manus­cripts, qui, il est vrai, fait quand même une grosse dif­fé­rence.

Pour ter­mi­ner, afin d'avoir une meilleure idée de l'allure de l'application, voi­ci une pré­sen­ta­tion pro­mo­tion­nelle sous forme de dia­po­ra­ma :

Men­de­ley Tea­ching Pre­sen­ta­tion

Toutes les images uti­li­sées sont sou­mises à la licence Crea­tive Com­mons, et sont uti­li­sées avec l'aimable accord de l'équipe Men­de­ley.

Mer­ci à max pour l'inspiration d'origine, la relec­ture et les retours, ain­si qu'à Aki­ra, Yoann et Clem pour la relec­ture et les cor­rec­tions.