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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Étiquette : base de données

  • Introduction aux ontologies

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    par

    François Vallée
    dans
    Introduction aux ontologies

    Qu'est-ce que c'est ? Les onto­lo­gies telles qu'on les emploie en infor­ma­tique (car le concept est phi­lo­so­phique avant tout) ont d'abord été mises au point pour l'intelligence arti­fi­cielle. Leur objec­tif est de décrire ce qui existe et la défi­ni­tion for­melle est assez com­plexe mais je vais m'efforcer de pré­sen­ter les choses plus sim­ple­ment. Dans sa défi­ni­tion,…

  • J'ai lu : Bioinformatique, Cours et cas pratiques

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    J'ai lu : Bioinformatique, Cours et cas pratiques

    Ce mois-ci, j'ai lu pour vous "Bioin­fo­ma­tique, Cours et cas pra­tique," un ouvrage de Gil­bert Deléage et Mano­lo Gouy, paru en 2013 aux édi­tions Dunod. Il s'agit d'un livre à des­ti­na­tion des étu­diants en licence et mas­ter qui sou­haitent décou­vrir la bio­in­for­ma­tique des pro­téines du point de vue du bio­lo­giste. C'est donc un ouvrage très…

  • Jouez avec vos données : utilisez un ORM

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    par

    nahoy
    dans ,

    Il y a quelques temps, je vous ai par­lé de base de don­nées, un super moyen pour struc­tu­rer vos don­nées. Vous êtes main­te­nant j'en suis sûr, des pro­fes­sion­nels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais main­te­nant je vais vous apprendre à vous en pas­ser. Et oui, la ligne de…

  • SQLite

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    par

    nahoy
    dans , ,
    SQLite

    Dans un pré­cé­dent article, nous vous avons par­lé des bases de don­nées, leur impor­tance et leur inté­rêt. Ici je vais vous par­ler de SQLite, une biblio­thèque don­nant accès à un moteur de base de don­nées rela­tion­nelle qui vous per­met­tra de tra­vailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de confi­gu­rer ou d'installer quoi que…

  • Les identifiants : a (name)space oddity

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    Les identifiants : a (name)space oddity

    Sur Bioin​fo​-fr​.net, nous avons plu­sieurs fois par­lé des bases de don­nées bio­lo­giques. Que ce soit du point de vue de la ges­tion, de l'exploitation ou même du sto­ckage phy­sique. J'aimerai reve­nir aujourd'hui sur un sou­ci qui se pré­sente sou­vent lors de l'exploitation de plu­sieurs bases de don­nées : les iden­ti­fiants. Un objet bio­lo­gique dans une base…

  • Que faire de nos données biologiques produites ?

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    par

    Yoann M.
    dans ,
    Que faire de nos données biologiques produites ?

    Qu'on soit affi­lié à un labo­ra­toire de géno­mique, d'imagerie ou encore de pro­téo­mique nous avons tous un point com­mun : nous devons avoir un moyen fiable et dont la péren­ni­té ne laisse pas à dési­rer pour ce qui est de la ges­tion de nos don­nées produites/​recueillies. Les vieux sages vous diront, à juste titre, qu'il n'existe…

  • Bioinformatique : de sa génèse à nos jours, vue par la génétique

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    par

    Nolwenn
    dans
    Bioinformatique : de sa génèse à nos jours, vue par la génétique

    Pour de nom­breux bio­in­for­ma­ti­ciens, les ori­gines de la bio­in­for­ma­tique coulent de source. Cela nous a été ensei­gné lors de nos cur­sus ou, pour cer­tains, ça a été une conver­sion nor­male par rap­port à la for­ma­tion d'origine -com­prendre un infor­ma­ti­cien qui tra­vaille dans le domaine bio­lo­gique.Pour d'autres per­sonnes, bio­in­for­ma­ti­ciennes ou non, les ori­gines de la bio­in­for­ma­tique…

  • Travailler avec des bases de données publiques

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    par

    Nolwenn
    dans
    Travailler avec des bases de données publiques

    Dans un pré­cé­dent article, inti­tu­lé "Base de don­nées - notions" de nahoy, nous vous avons pré­sen­té ce qu'est une base de don­nées et le prin­cipe de fonc­tion­ne­ment. Si vous n'avez aucune notion en base de don­nées, ou si vous sou­hai­tez une piqûre de rap­pel, je vous invite chau­de­ment à lire cet excellent article avant de…