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Étiquette : base de données

  • SQLite

    SQLite

    Dans un pré­cé­dent article, nous vous avons par­lé des bases de don­nées, leur impor­tance et leur inté­rêt. Ici je vais vous par­ler de SQLite, une biblio­thèque don­nant accès à un moteur de base de don­nées rela­tion­nelle qui vous per­met­tra de tra­vailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de confi­gu­rer ou d'installer quoi que…

  • Les identifiants : a (name)space oddity

    Les identifiants : a (name)space oddity

    Sur Bioin​fo​-fr​.net, nous avons plu­sieurs fois par­lé des bases de don­nées bio­lo­giques. Que ce soit du point de vue de la ges­tion, de l'exploitation ou même du sto­ckage phy­sique. J'aimerai reve­nir aujourd'hui sur un sou­ci qui se pré­sente sou­vent lors de l'exploitation de plu­sieurs bases de don­nées : les iden­ti­fiants. Un objet bio­lo­gique dans une base…

  • Que faire de nos données biologiques produites ?

    Que faire de nos données biologiques produites ?

    Qu'on soit affi­lié à un labo­ra­toire de géno­mique, d'imagerie ou encore de pro­téo­mique nous avons tous un point com­mun : nous devons avoir un moyen fiable et dont la péren­ni­té ne laisse pas à dési­rer pour ce qui est de la ges­tion de nos don­nées produites/​recueillies. Les vieux sages vous diront, à juste titre, qu'il n'existe…

  • Bioinformatique : de sa génèse à nos jours, vue par la génétique

    Bioinformatique : de sa génèse à nos jours, vue par la génétique

    Pour de nom­breux bio­in­for­ma­ti­ciens, les ori­gines de la bio­in­for­ma­tique coulent de source. Cela nous a été ensei­gné lors de nos cur­sus ou, pour cer­tains, ça a été une conver­sion nor­male par rap­port à la for­ma­tion d'origine ‑com­prendre un infor­ma­ti­cien qui tra­vaille dans le domaine bio­lo­gique.Pour d'autres per­sonnes, bio­in­for­ma­ti­ciennes ou non, les ori­gines de la bio­in­for­ma­tique…

  • Travailler avec des bases de données publiques

    Travailler avec des bases de données publiques

    Dans un pré­cé­dent article, inti­tu­lé "Base de don­nées — notions" de nahoy, nous vous avons pré­sen­té ce qu'est une base de don­nées et le prin­cipe de fonc­tion­ne­ment. Si vous n'avez aucune notion en base de don­nées, ou si vous sou­hai­tez une piqûre de rap­pel, je vous invite chau­de­ment à lire cet excellent article avant de…

  • Base de données — notions

    Base de données — notions

    Cet article a pour but d'introduire la notion de base de don­nées. Il sera utile pour toute per­sonne ayant déjà enten­du le terme, mais ne sachant pas vrai­ment ce que c'est, ou à quoi cela sert. Définition Une base de don­nées c'est tout sim­ple­ment une col­lec­tion d'informations diverses sto­ckées de manière pérenne sur un ordi­na­teur.…

  • SQL Tips : Les transactions

    SQL Tips : Les transactions

    But : Com­prendre ce qu'est une tran­sac­tion au sens SQL du terme, savoir l'utiliser : les avan­tages, les limi­ta­tions. J'aborderai super­fi­ciel­le­ment la notion de degré d'isolation. Pré­re­quis : Savoir faire des requêtes. Dif­fi­cul­té : 1 (Facile) Tout d'abord une défi­ni­tion volon­tai­re­ment simple : une tran­sac­tion est un ensemble d'une ou plu­sieurs requêtes SQL regrou­pées au sein d'un bloc qui est…

  • TurboGears, petite mise en bouche

    TurboGears, petite mise en bouche

    Tur­bo­Gears, Djan­go ou encore Ruby on Rails. Qui n'a jamais enten­du par­ler d'un de ces Fra­me­works Web de nos jours ? Mais vous y êtes-vous déjà inté­res­sé un peu de plus près ? Cet article sera l'occasion de s'y mettre par exemple !  Késako ? Com­men­çons donc par le com­men­ce­ment : qu'est ce qu'un "web meta fra­me­work" ? C'est un…

  • Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBI

    En bio­in­for­ma­tique il n'est pas rare que l'on ait besoin d’accéder à des infor­ma­tions dis­po­nibles sur des bases de don­nées inter­na­tio­nales, nous ver­rons ici le cas de la banque Gene du NCBI. Avant de s'intéresser à la récu­pé­ra­tion d'une fiche d'un gène en pas­sant par les Eutils, un peu de théo­rie et d'explications sur une fiche…