Étiquette : base de données
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SQLite
Dans un précédent article, nous vous avons parlé des bases de données, leur importance et leur intérêt. Ici je vais vous parler de SQLite, une bibliothèque donnant accès à un moteur de base de données relationnelle qui vous permettra de travailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de configurer ou d'installer quoi que…
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Que faire de nos données biologiques produites ?
Qu'on soit affilié à un laboratoire de génomique, d'imagerie ou encore de protéomique nous avons tous un point commun : nous devons avoir un moyen fiable et dont la pérennité ne laisse pas à désirer pour ce qui est de la gestion de nos données produites/recueillies. Les vieux sages vous diront, à juste titre, qu'il n'existe…
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Bioinformatique : de sa génèse à nos jours, vue par la génétique
Pour de nombreux bioinformaticiens, les origines de la bioinformatique coulent de source. Cela nous a été enseigné lors de nos cursus ou, pour certains, ça a été une conversion normale par rapport à la formation d'origine ‑comprendre un informaticien qui travaille dans le domaine biologique. Pour d'autres personnes, bioinformaticiennes ou non, les origines de la…
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Travailler avec des bases de données publiques
Dans un précédent article, intitulé "Base de données — notions" de nahoy, nous vous avons présenté ce qu'est une base de données et le principe de fonctionnement. Si vous n'avez aucune notion en base de données, ou si vous souhaitez une piqûre de rappel, je vous invite chaudement à lire cet excellent article avant de…
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Base de données — notions
Cet article a pour but d'introduire la notion de base de données. Il sera utile pour toute personne ayant déjà entendu le terme, mais ne sachant pas vraiment ce que c'est, ou à quoi cela sert. Définition Une base de données c'est tout simplement une collection d'informations diverses stockées de manière pérenne sur un ordinateur.…
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SQL Tips : Les transactions
But : Comprendre ce qu'est une transaction au sens SQL du terme, savoir l'utiliser : les avantages, les limitations. J'aborderai superficiellement la notion de degré d'isolation. Prérequis : Savoir faire des requêtes. Difficulté : 1 (Facile) Tout d'abord une définition volontairement simple : une transaction est un ensemble d'une ou plusieurs requêtes SQL regroupées au sein d'un bloc qui est…
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TurboGears, petite mise en bouche
TurboGears, Django ou encore Ruby on Rails. Qui n'a jamais entendu parler d'un de ces Frameworks Web de nos jours ? Mais vous y êtes-vous déjà intéressé un peu de plus près ? Cet article sera l'occasion de s'y mettre par exemple ! Késako ? Commençons donc par le commencement : qu'est ce qu'un "web meta framework" ? C'est un…
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Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBI
En bioinformatique il n'est pas rare que l'on ait besoin d’accéder à des informations disponibles sur des bases de données internationales, nous verrons ici le cas de la banque Gene du NCBI. Avant de s'intéresser à la récupération d'une fiche d'un gène en passant par les Eutils, un peu de théorie et d'explications sur une fiche…