Étiquette : base de données
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Introduction aux ontologies
Qu'est-ce que c'est ? Les ontologies telles qu'on les emploie en informatique (car le concept est philosophique avant tout) ont d'abord été mises au point pour l'intelligence artificielle. Leur objectif est de décrire ce qui existe et la définition formelle est assez complexe mais je vais m'efforcer de présenter les choses plus simplement. Dans sa définition,…
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J'ai lu : Bioinformatique, Cours et cas pratiques
Ce mois-ci, j'ai lu pour vous "Bioinfomatique, Cours et cas pratique," un ouvrage de Gilbert Deléage et Manolo Gouy, paru en 2013 aux éditions Dunod. Il s'agit d'un livre à destination des étudiants en licence et master qui souhaitent découvrir la bioinformatique des protéines du point de vue du biologiste. C'est donc un ouvrage très…
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Jouez avec vos données : utilisez un ORM
Il y a quelques temps, je vous ai parlé de base de données, un super moyen pour structurer vos données. Vous êtes maintenant j'en suis sûr, des professionnels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais maintenant je vais vous apprendre à vous en passer. Et oui, la ligne de…
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SQLite
Dans un précédent article, nous vous avons parlé des bases de données, leur importance et leur intérêt. Ici je vais vous parler de SQLite, une bibliothèque donnant accès à un moteur de base de données relationnelle qui vous permettra de travailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de configurer ou d'installer quoi que…
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Les identifiants : a (name)space oddity
Sur Bioinfo-fr.net, nous avons plusieurs fois parlé des bases de données biologiques. Que ce soit du point de vue de la gestion, de l'exploitation ou même du stockage physique. J'aimerai revenir aujourd'hui sur un souci qui se présente souvent lors de l'exploitation de plusieurs bases de données : les identifiants. Un objet biologique dans une base…
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Que faire de nos données biologiques produites ?
Qu'on soit affilié à un laboratoire de génomique, d'imagerie ou encore de protéomique nous avons tous un point commun : nous devons avoir un moyen fiable et dont la pérennité ne laisse pas à désirer pour ce qui est de la gestion de nos données produites/recueillies. Les vieux sages vous diront, à juste titre, qu'il n'existe…
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Bioinformatique : de sa génèse à nos jours, vue par la génétique
Pour de nombreux bioinformaticiens, les origines de la bioinformatique coulent de source. Cela nous a été enseigné lors de nos cursus ou, pour certains, ça a été une conversion normale par rapport à la formation d'origine -comprendre un informaticien qui travaille dans le domaine biologique.Pour d'autres personnes, bioinformaticiennes ou non, les origines de la bioinformatique…
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Travailler avec des bases de données publiques
Dans un précédent article, intitulé "Base de données - notions" de nahoy, nous vous avons présenté ce qu'est une base de données et le principe de fonctionnement. Si vous n'avez aucune notion en base de données, ou si vous souhaitez une piqûre de rappel, je vous invite chaudement à lire cet excellent article avant de…