Étiquette : bioinformatique
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Introduction à Circos
La visualisation de données est un problème récurrent dans un grand nombre de disciplines. En bioinformatique, il est souvent difficile de représenter de manière efficace des quantités massives de données. Une « bonne » représentation graphique doit être adaptée au type de données que l’on souhaite visualiser et surtout aux résultats que l’on souhaite mettre en évidence. Par…
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La modélisation moléculaire
La modélisation moléculaire est un ensemble de méthodes permettant d'expliquer comment fonctionne le vivant. En effet, le vivant est une succession d’interactions entre différentes molécules : protéines, ADN, ARN, membranes, etc. Ces molécules interagissent les unes par rapport aux autres en fonction de plusieurs paramètres : leurs formes, leurs propriétés chimiques et leur environnement. La modélisation moléculaire permet de prédire la…
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Trouver un emploi/une thèse en bioinformatique : quelques pistes
Parmi les lecteurs de Bioinfo-fr, il y a très probablement des étudiants de M2 qui, absorbés par leur stage de fin d'année, n'ont pas encore vraiment réfléchi à ce qu'ils voudraient faire à la rentrée ; des thésards dont la soutenance approche et qui aimeraient faire un post-doc à l'étranger ; ou encore des ingénieurs dont le…
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Bien commencer en bioinformatique
"Je n'y connais rien en informatique", "C'est trop compliqué pour moi" ou "Je ne sais pas par où commencer" sont des phrases qui nous servent souvent d'excuse pour ne pas nous lancer dans le grand bain de la bioinformatique. Biologiste de formation, j'ai moi-même à plusieurs reprises repoussé l'échéance avant de sauter, ne sachant comment…
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J'ai lu : Bioinformatique - Principe d'utilisation des outils
Dans l'édito du mois de mai, nous vous avons promis une nouvelle rubrique J'ai lu. Et donc, le mois dernier, j'ai lu pour vous "Bio-informatique - Principes d'utilisation des outils" dont voici la revue. Bioinformatique Principes d'utilisation des outils Ouvrage coordonné par Denis Tagu et Jean-Loup Risler, publié en 2010 aux éditions Quæ dans la collection Savoir…
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À la découverte de BioMart !
Dans le cadre de mon travail, j'ai récemment découvert un outil formidable pour la consultation et la récupération de données à partir de certaines banques : BioMart. Après avoir passé la frustration de devoir utiliser l'interface du service fourni pour télécharger les différentes données dont j'avais besoin, je me suis renseignée davantage sur ce logiciel. De…
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Alignements multiples : Calculer la conservation
Après le premier billet de Yoann introduisant les logiciels principaux permettant de produire des alignements multiples, je suis très heureux de continuer cette série d'articles en vous parlant du calcul de la conservation. Entendons-nous bien, je ne prétends pas vous donner la formule ultime permettant de calculer à coup sûr un score de conservation. De…
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Edito
Nouvelle semaine, nouveaux articles. Cette semaine encore nous accorderons une place à l'une des formations bioinformatique disponible en France. Il s'agira de l'IUT Bioinformatique d'Aurillac. Notre reporter d'excellence devrait également nous faire un petit résumé de ce qui s'est passé à l’International Human Microbiome Congress 2012. Vous êtes maintenant de plus en plus nombreux à…