Étiquette : bioinformatique
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GGMM 2013 : le bilan
Votre super reporter s'est rendu à deux congrès au mois de Mai, que vous avez pu suivre en direct via des live-tweets. Pour ceux qui ont raté le coche et pour les autre aussi, voici un résumé de ce qui s'est passé durant le premier congrès. GGMM, pour Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, est un congrès…
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Lâchez vos coms !
Je souhaiterais partager avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote personnelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en voudrez pas si je prends le risque de baisser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trottait en tête. Les…
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Bioinformatique : de sa génèse à nos jours, vue par la génétique
Pour de nombreux bioinformaticiens, les origines de la bioinformatique coulent de source. Cela nous a été enseigné lors de nos cursus ou, pour certains, ça a été une conversion normale par rapport à la formation d'origine -comprendre un informaticien qui travaille dans le domaine biologique.Pour d'autres personnes, bioinformaticiennes ou non, les origines de la bioinformatique…
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Questions à… Jean-François Gibrat
Nous lançons aujourd'hui une nouvelle rubrique sur Bioinfo-Fr.net : Questions à… C'était un projet que nous avions en tête depuis un moment, le voilà concrétisé. Dans cette rubrique, vous trouverez des interviews de chercheurs en bioinformatique mais aussi d'ingénieurs, de doctorants, de post-doctorants, de chefs d'entreprise, etc. Bref, de toutes les personnes qui font de la bioinformatique. Nous…
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J'ai lu : Apprentissage artificiel
Apprentissage Artificiel - Concepts et algorithmes Ouvrage d'Antoine Cornuéjols et Laurent Miclet, deuxième édition parue en 2010 aux éditions EYROLLES. Sujet Un recueil sur les différentes méthodes d'apprentissage artificiel (plus communément appelé "apprentissage machine" ou pour les anglophones "machine learning"). Résumé Les auteurs abordent, au fil des chapitres, un panel assez varié de méthodes et…
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Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?
Librement traduit, complété et adapté de l’article “How to Stay Current in Bioinformatics/Genomics” par Stephen Turner. Stephen est "assistant professor" (c'est à dire professeur non encore titularisé) en santé publique, et directeur du bioinformatics core de l'Université de Virginie, et tient le blog Getting Things Done in Genetics & Bioinformatics Research. Plusieurs personnes ayant demandé à Stephen comment il restait…
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Astuce programmation BioPython : Parser les multi-genbank et les multi-FASTA produits par Batch Entrez
Prérequis : Savoir 'un peu' se servir d'un shell et avoir installé Python et son module Bio. But : Redécouper des multi-genbank ou des multi-FASTA en un fichier par entrée. Difficulté : 2/5 (Facile) Principe : Le NCBI propose un outil très pratique pour récupérer facilement des jeux de données diversifiés : BatchEntrez, vous trouverez plus d'information ici. On télécharge ainsi un…
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De l'intérêt des disciplines transversales
La bioinformatique fait partie de ce qu'on appelle les disciplines transversales, ces disciplines qui forment un trait d'union entre les disciplines dites classiques. Avec l'avancée des nouvelles technologies et l'étendues des connaissances qu'elles permettent d'acquérir, il devient de plus en plus nécessaire de repenser les différents domaines scientifiques, tant leur cloisonnement historique perd en pertinence.…