- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Étiquette : débutant

  • Introduction sur les bonnes pratiques de développement

    Introduction sur les bonnes pratiques de développement

    Oyez Oyez jeune bio-infor­ma­ti­cien, étu­diant de mas­ter, pro­fes­sion­nel débu­tant ou autre curieux, cet article a été écrit spé­cia­le­ment pour vous par l'un des vôtres ! Pour tous les autres si cet article vous laisse un peu sur votre faim, je vous invite à lire deux autres billets déjà pré­sents sur le site, le pre­mier écrit par Nol­wenn,…

  • Cours de R pour débutant pressé : les régressions !

    Cours de R pour débutant pressé : les régressions !

    Bon­jour à tous et soyez les bien­ve­nus dans ce 3ème cours de R pour débu­tant pres­sé. Aujourd’hui, nous allons voir rapi­de­ment ce qu’est une régres­sion (linéaire ou qua­dra­tique), à quoi ça sert et ce que ça peut nous apprendre sur nos don­nées. Ne vous êtes-vous jamais deman­dé com­ment en apprendre plus sur vos don­nées, com­ment…

  • Python, dessine-moi un graphe

    Python, dessine-moi un graphe

    Der­rière ce titre énig­ma­tique, qui n'aura pas été sans vous rap­pe­ler la fameuse phrase du Petit Prince d'Antoine de Saint Exu­pé­ry, se cache un module pour Python qui dira sûre­ment quelque chose à nos lec­teurs assi­dus spé­cia­li­sés dans les graphes : pygra­ph­viz ! Ce module a été créé autour de Gra­ph­Viz et vous per­met ain­si de faire…

  • Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

    Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

    Dans cet article, je vous pré­sen­te­rai un nou­veau site qui peut être inté­res­sant aus­si bien pour les étu­diants que pour les ensei­gnants, voire éga­le­ment pour les bio­in­for­ma­ti­ciens déjà en fonc­tion. Ici je ne vous noie­rai pas sous les lignes de code, mais je vous décri­rai ce que le por­tail GOBLET vous pro­pose en terme d'exercice.…

  • Tests Statistiques : suivez l'guide

    Tests Statistiques : suivez l'guide

    Introduction : Pourquoi des tests statistiques ? Les tests sta­tis­tiques sont de puis­sants outils d’aide à la déci­sion pour le cher­cheur, qui lui per­mettent de véri­fier des hypo­thèses expé­ri­men­tales, avec un cer­tain seuil de pro­ba­bi­li­té. Ces tests sont simples à appli­quer, mais par­fois moins simples à com­prendre. C’est pour­quoi nous allons étu­dier ensemble ces tests pas à pas…

  • Cours de R pour débutant pressé, deuxième épisode

    Cours de R pour débutant pressé, deuxième épisode

    Voi­ci donc la suite de mon pre­mier cours de R pour débu­tants pres­sés où nous avions vu les bases. Je vous invite à le lire si vous ne l’avez pas déjà fait. Aujourd’hui le but est de s’approcher de la bio­lo­gie et de trai­ter d’un cas concret. Nous avons des don­nées de dif­fé­rents élé­ments fonc­tion­nels du…

  • Tester un système d'exploitation Unix

    Tester un système d'exploitation Unix

    Un bio­lo­giste de pas­sage sur bioin​fo​-fr​.net pour­ra se deman­der com­ment tes­ter un sys­tème d'exploitation libre tel qu'Ubuntu, sachant qu'il a tou­jours tra­vaillé sous Win­dows©. Dans cet article, je donne quelques pos­si­bi­li­tés per­met­tant d'essayer gra­tui­te­ment ces sys­tèmes d'exploitations, et ce sans cham­bou­ler son ordi­na­teur et ses don­nées… Les expli­ca­tions sont acces­sibles à tous, mais s'adressent avant…

  • Les matrices de substitution

    Les matrices de substitution

    Dans les pre­miers billets de ce blog, nous avons pré­sen­té les ali­gne­ments mul­tiples de séquences d'une part du point de vue des logi­ciels et ensuite du cal­cul de la conser­va­tion. Je vous pro­pose aujourd'hui de reve­nir sur un point impor­tant : les matrices de sub­sti­tu­tion. Com­men­çons par une défi­ni­tion très simple : une matrice de sub­sti­tu­tion per­met,…

  • Introduction aux pipelines

    Introduction aux pipelines

    Il vous est peut-être arri­vé d'attendre qu'un logi­ciel A ait fini son tra­vail pour pou­voir lan­cer un logi­ciel B, qui lui uti­lise la sor­tie du logi­ciel A. Si l'exécution de A ne prend que quelques secondes cela n'est pas trop grave. Par contre, si elle prend des heures et que vous devez véri­fier régu­liè­re­ment s’il…