Étiquette : Découverte
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Monter un serveur de test pour des besoins d’analyses en bioinformatique
Dans cet article je vais vous parler d'une facette un peu moins connue de la bioinformatique en vous présentant comment il est possible, à l'heure actuelle, d'assembler un serveur d’analyse bioinformatique avec un budget serré. Il ne s'agit pas d'une étude de marché très poussée mais d'un simple exemple du matériel qu'il est possible d'utiliser pour réaliser un serveur de développement performant.…
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Tester un système d'exploitation Unix
Un biologiste de passage sur bioinfo-fr.net pourra se demander comment tester un système d'exploitation libre tel qu'Ubuntu, sachant qu'il a toujours travaillé sous Windows©. Dans cet article, je donne quelques possibilités permettant d'essayer gratuitement ces systèmes d'exploitations, et ce sans chambouler son ordinateur et ses données… Les explications sont accessibles à tous, mais s'adressent avant…
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Les matrices de substitution
Dans les premiers billets de ce blog, nous avons présenté les alignements multiples de séquences d'une part du point de vue des logiciels et ensuite du calcul de la conservation. Je vous propose aujourd'hui de revenir sur un point important : les matrices de substitution. Commençons par une définition très simple : une matrice de substitution permet,…
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La modélisation moléculaire
La modélisation moléculaire est un ensemble de méthodes permettant d'expliquer comment fonctionne le vivant. En effet, le vivant est une succession d’interactions entre différentes molécules : protéines, ADN, ARN, membranes, etc. Ces molécules interagissent les unes par rapport aux autres en fonction de plusieurs paramètres : leurs formes, leurs propriétés chimiques et leur environnement. La modélisation moléculaire permet de prédire la…
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Bien commencer en bioinformatique
"Je n'y connais rien en informatique", "C'est trop compliqué pour moi" ou "Je ne sais pas par où commencer" sont des phrases qui nous servent souvent d'excuse pour ne pas nous lancer dans le grand bain de la bioinformatique. Biologiste de formation, j'ai moi-même à plusieurs reprises repoussé l'échéance avant de sauter, ne sachant comment…
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À la découverte de BioMart !
Dans le cadre de mon travail, j'ai récemment découvert un outil formidable pour la consultation et la récupération de données à partir de certaines banques : BioMart. Après avoir passé la frustration de devoir utiliser l'interface du service fourni pour télécharger les différentes données dont j'avais besoin, je me suis renseignée davantage sur ce logiciel. De…
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Edito : Retour sur le mois d'avril
Bonjour à toutes et tous 🙂 Vous êtes toujours nombreux à nous visiter et nous vous en remercions ! Même si l'arrivée de nouveaux visiteurs a quelque peu baissé pendant le mois d'avril, le nombre de ceux qui reviennent sur le site a augmenté : nous avons donc des aficionados fidèles. Firefox et Chrome continuent à se…
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Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique
Qu'est ce que la métagénomique ? Depuis quelques années, la métagénomique semble s'installer de plus en plus parmi les sciences du vivant. Bien que plusieurs techniques et modi operandi se cachent derrière le terme "métagénomique", on peut y apposer une définition générale : la métagénomique vise à étudier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ainsi que…