Étiquette : programmation

  • Git : cloner un projet, travailler à plusieurs et créer des branches

    Git : cloner un projet, travailler à plusieurs et créer des branches

     Git est un logi­ciel de contrôle de ver­sions de fichiers. Il est dis­tri­bué sous licence GNU GPLv2 et est dis­po­nible sur les prin­ci­paux sys­tèmes d'exploitation. Dans l'article pré­cé­dent, nous avions vu com­ment ins­tal­ler et confi­gu­rer git, com­ment créer un dépôt pour un pro­jet, ain­si que les prin­cipes de base de ges­tion de ver­sions. Dans cet article,…

  • Gérer les versions de vos fichiers : premiers pas avec git

    Gérer les versions de vos fichiers : premiers pas avec git

    Git est un logi­ciel de contrôle de ver­sions de fichiers. Il est dis­tri­bué sous licence GNU GPLv2 et est dis­po­nible sur les prin­ci­paux sys­tèmes d'exploitation. Cet article est le pre­mier d'une série de deux. Nous allons voir ici (1) à quoi sert le contrôle de ver­sions, (2) com­ment confi­gu­rer git et (3) les bases de…

  • L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    Les anno­ta­tions sont essen­tielles lors d'analyses fonc­tion­nelles à large échelle sur le génome.  Lorsque l’on pra­tique des ana­lyses en géno­mique, basées sur des tech­niques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec res­pec­ti­ve­ment une liste de trans­crits ou de pics (régions géno­miques). Dans le cas des ana­lyses ChIP-seq, on sou­haite carac­té­ri­ser les gènes cibles du fac­teur…

  • Cython : votre programme Python mais 100x plus vite

    Cython : votre programme Python mais 100x plus vite

    Python est un lan­gage extrê­me­ment pra­tique car il est facile à lire et à écrire, com­pa­ré à un lan­gage de "bas niveau" et com­pi­lé comme le C. D'un autre côté, à l'exécution il est beau­coup plus lent. C'est un com­pro­mis entre les deux qu'offre Cython, per­met­tant d'accélérer votre pro­gramme d'un fac­teur 2 à plus de…

  • The Bio Code : guide du bon broinformaticien

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    The Bio Code : guide du bon broinformaticien

    Mal­gré la mul­ti­tude d’outils déjà exis­tants, les occa­sions d'écrire du code sont nom­breuses en bio­in­for­ma­tique. Hor­mis pour les pousse-bou­tons aver­tis, le déve­lop­pe­ment fait sou­vent par­tie du quo­ti­dien d’un bio­in­for­ma­ti­cien. Per­son­nel­le­ment, c’est une acti­vi­té qui me plaît beau­coup dans ce métier. Déve­lop­per ses propres appli­ca­tions et outils apporte tou­jours une cer­taine satis­fac­tion (et quand ça fonc­tionne,…

  • Parser des fichiers HTML en Python

    Parser des fichiers HTML en Python

    Lan­gage : Python Biblio­thèques : bio­ser­vices, HTML­Par­ser, re (par­tiel­le­ment) Niveau : débu­tant-inter­mé­diaire Dans un article pré­cé­dent, je vous ai pré­sen­té le module bio­ser­vices en Python. Au cours de mon tra­vail j'ai été ame­née à récu­pé­rer des infor­ma­tions sur les termes Gene Onto­lo­gy, et notam­ment sur les rela­tions entre dif­fé­rents termes. Cepen­dant, les for­mats de fichiers récu­pé­rés sont dif­fé­rents…

  • Julia : le successeur de R ?

    Julia : le successeur de R ?

    Actuel­le­ment le lan­gage R est incon­tour­nable pour qui veut mani­pu­ler des don­nées en bio­in­for­ma­tique, en par­ti­cu­lier pour l'analyse sta­tis­tique. Mais un suc­ces­seur est en passe de s'imposer : Julia, com­bi­nant puis­sance du lan­gage avec les fonc­tion­na­li­tés de R, et com­blant les nom­breux défauts de ce der­nier — mais plus encore ! Voi­ci une pré­sen­ta­tion de ce tout…

  • Jouez avec vos données : utilisez un ORM

    Il y a quelques temps, je vous ai par­lé de base de don­nées, un super moyen pour struc­tu­rer vos don­nées. Vous êtes main­te­nant j'en suis sûr, des pro­fes­sion­nels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais main­te­nant je vais vous apprendre à vous en pas­ser. Et oui, la ligne de…

  • Lâchez vos coms !

    Lâchez vos coms !

    Je sou­hai­te­rais par­ta­ger avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote per­son­nelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en vou­drez pas si je prends le risque de bais­ser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trot­tait en tête. Les…