Étiquette : programmation

  • ROSALIND : devenez le meilleur bioinformaticien du monde

    ROSALIND : devenez le meilleur bioinformaticien du monde

    ROSALIND est un nou­veau site web com­men­çant à se faire un nom dans le milieu de la bio­in­for­ma­tique. C'est une pla­te­forme per­met­tant d’apprendre la bio­in­for­ma­tique de manière ludique en don­nant des pro­blèmes a résoudre. Chez bioin­fo-fr on aime bien et on a trou­vé judi­cieux de vous le pré­sen­ter afin que vous puis­siez vous en faire…

  • Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

    Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

    But : com­prendre le fonc­tion­ne­ment de getopt en Bash pour évi­ter la mul­ti­pli­ca­tions de script là où un seul géné­rique pour­rait suf­fire. Pré­re­quis : savoir faire des scripts Bash, connaître la sub­sti­tu­tion de com­mande et savoir mani­pu­ler les argu­ments. Dif­fi­cul­té : 2 (moyen) Pour ceux qui codent en Perl, vous connais­sez déjà sûre­ment le module GetOpt et plus…

  • Bioconductor

    Bioconductor

    Bioconductor Voi­là le sujet que l'on va abor­der ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, com­ment l'installer et bien-sûr l'utiliser. Qu'est-ce donc ? Je décri­rais Bio­con­duc­tor comme un pro­jet par­ti­ci­pa­tif. Il est libre d'accès et son déve­lop­pe­ment dépend de ce que la com­mu­nau­té veut bien y appor­ter. L'objectif est simple, offrir…

  • SQL Tips : Les transactions

    SQL Tips : Les transactions

    But : Com­prendre ce qu'est une tran­sac­tion au sens SQL du terme, savoir l'utiliser : les avan­tages, les limi­ta­tions. J'aborderai super­fi­ciel­le­ment la notion de degré d'isolation. Pré­re­quis : Savoir faire des requêtes. Dif­fi­cul­té : 1 (Facile) Tout d'abord une défi­ni­tion volon­tai­re­ment simple : une tran­sac­tion est un ensemble d'une ou plu­sieurs requêtes SQL regrou­pées au sein d'un bloc qui est…

  • TurboGears, petite mise en bouche

    TurboGears, petite mise en bouche

    Tur­bo­Gears, Djan­go ou encore Ruby on Rails. Qui n'a jamais enten­du par­ler d'un de ces Fra­me­works Web de nos jours ? Mais vous y êtes-vous déjà inté­res­sé un peu de plus près ? Cet article sera l'occasion de s'y mettre par exemple !  Késako ? Com­men­çons donc par le com­men­ce­ment : qu'est ce qu'un "web meta fra­me­work" ? C'est un…

  • Filtre de Bloom

    Filtre de Bloom

    Comme vous le savez sans doute, la géno­mique tend à géné­rer de plus en plus de don­nées grâce à une forte réduc­tion des coûts (cf gra­phique ci des­sous). Depuis peu de temps, la géné­ra­tion des don­nées n’est plus for­ce­ment le point limi­tant d’une étude, mais c’est l’analyse des don­nées qui devient vrai­ment longue et coû­teuse.…

  • GPGPU, le "supercalculateur" du pauvre

    GPGPU, le "supercalculateur" du pauvre

    En bio­in­for­ma­tique, nous sommes sou­vent ame­nés à tra­vailler avec des don­nées à grande échelle. Il suf­fit de voir le nombre de publi­ca­tions incluant les termes “large-scale”, “exten­sive” ou encore “high-through­put” pour s’en rendre compte. Dans la majo­ri­té des cas, on est satis­fait du déve­lop­pe­ment d’un outil quand celui-ci fait son job cor­rec­te­ment en se sou­ciant…

  • Les langages de programmation

    Les langages de programmation

    Bon­jour à tous et toutes, j'ai l'honneur d'écrire l'un des tout pre­miers articles du blog Bioin­fo-fr. Étant (presque) plus pas­sion­né par l'informatique que par la bio­lo­gie, je vais vous expli­quer l'un des outils les plus impor­tants pour un bio­in­for­ma­ti­cien : la pro­gram­ma­tion. En effet, il n'existerait pas de bio­in­for­ma­tique sans infor­ma­tique et donc sans pro­gram­ma­tion. Pour…