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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Étiquette : programmation

  • Parser des fichiers HTML en Python

    Parser des fichiers HTML en Python

    Lan­gage : PythonBiblio­thèques : bio­ser­vices, HTML­Par­ser, re (par­tiel­le­ment)Niveau : débu­tant-inter­mé­diaire Dans un article pré­cé­dent, je vous ai pré­sen­té le module bio­ser­vices en Python. Au cours de mon tra­vail j'ai été ame­née à récu­pé­rer des infor­ma­tions sur les termes Gene Onto­lo­gy, et notam­ment sur les rela­tions entre dif­fé­rents termes. Cepen­dant, les for­mats de fichiers récu­pé­rés sont dif­fé­rents en fonc­tion…

  • Julia : le successeur de R ?

    Julia : le successeur de R ?

    Actuel­le­ment le lan­gage R est incon­tour­nable pour qui veut mani­pu­ler des don­nées en bio­in­for­ma­tique, en par­ti­cu­lier pour l'analyse sta­tis­tique. Mais un suc­ces­seur est en passe de s'imposer : Julia, com­bi­nant puis­sance du lan­gage avec les fonc­tion­na­li­tés de R, et com­blant les nom­breux défauts de ce der­nier — mais plus encore ! Voi­ci une pré­sen­ta­tion de ce tout…

  • Jouez avec vos données : utilisez un ORM

    Il y a quelques temps, je vous ai par­lé de base de don­nées, un super moyen pour struc­tu­rer vos don­nées. Vous êtes main­te­nant j'en suis sûr, des pro­fes­sion­nels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais main­te­nant je vais vous apprendre à vous en pas­ser. Et oui, la ligne de…

  • Lâchez vos coms !

    Lâchez vos coms !

    Je sou­hai­te­rais par­ta­ger avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote per­son­nelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en vou­drez pas si je prends le risque de bais­ser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trot­tait en tête. Les…

  • ROSALIND : devenez le meilleur bioinformaticien du monde

    ROSALIND : devenez le meilleur bioinformaticien du monde

    ROSALIND est un nou­veau site web com­men­çant à se faire un nom dans le milieu de la bio­in­for­ma­tique. C'est une pla­te­forme per­met­tant d’apprendre la bio­in­for­ma­tique de manière ludique en don­nant des pro­blèmes a résoudre. Chez bioin­fo-fr on aime bien et on a trou­vé judi­cieux de vous le pré­sen­ter afin que vous puis­siez vous en faire…

  • Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

    Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

    But : com­prendre le fonc­tion­ne­ment de getopt en Bash pour évi­ter la mul­ti­pli­ca­tions de script là où un seul géné­rique pour­rait suf­fire. Pré­re­quis : savoir faire des scripts Bash, connaître la sub­sti­tu­tion de com­mande et savoir mani­pu­ler les argu­ments. Dif­fi­cul­té : 2 (moyen) Pour ceux qui codent en Perl, vous connais­sez déjà sûre­ment le module GetOpt et plus…

  • Bioconductor

    Bioconductor

    Bioconductor Voi­là le sujet que l'on va abor­der ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, com­ment l'installer et bien-sûr l'utiliser. Qu'est-ce donc ? Je décri­rais Bio­con­duc­tor comme un pro­jet par­ti­ci­pa­tif. Il est libre d'accès et son déve­lop­pe­ment dépend de ce que la com­mu­nau­té veut bien y appor­ter. L'objectif est simple, offrir…

  • SQL Tips : Les transactions

    SQL Tips : Les transactions

    But : Com­prendre ce qu'est une tran­sac­tion au sens SQL du terme, savoir l'utiliser : les avan­tages, les limi­ta­tions. J'aborderai super­fi­ciel­le­ment la notion de degré d'isolation. Pré­re­quis : Savoir faire des requêtes. Dif­fi­cul­té : 1 (Facile) Tout d'abord une défi­ni­tion volon­tai­re­ment simple : une tran­sac­tion est un ensemble d'une ou plu­sieurs requêtes SQL regrou­pées au sein d'un bloc qui est…