Étiquette : R

  • Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse

    Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse

    Dans un pré­cé­dent article, nous avions regar­dé le fichier d'annotation des gènes du génome humain d’après Gen­code. J'avais uti­li­sé pour cela la puis­sante com­bi­nai­son dplyr + ggplot2 (packages cen­traux du tidy­verse), par­ti­cu­liè­re­ment adap­tée à tout ce qui est mani­pu­la­tion et visua­li­sa­tion de don­nées tabu­laires. Mais notre génome n'est pas consti­tué que de gènes, loin s'en…

  • Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

    Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

    Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a qua­si sys­té­ma­ti­que­ment un gra­phique d'ACP pour mon­trer les don­nées. Et à chaque fois, il s'agit d'un gra­phique de base, géné­ré avec R, avec la fonc­tion plot(), des cou­leurs qui piquent les yeux et des…

  • Packrat ou comment gérer ses packages R par projet

    Packrat ou comment gérer ses packages R par projet

    Qui ne s'est jamais retrou­vé coin­cé entre deux pro­jets R uti­li­sant deux ver­sions dif­fé­rentes d'un même package ? Qui n'a jamais eu cette idée folle, un jour d'inventer un cas d'école (via R) qu'il sou­hai­tait par­ta­ger ? Qui n'a jamais eu à cher­cher quelle ver­sion de package est néces­saire avec un code récu­pé­ré d'un col­lègue pour qu'il fonc­tionne comme celui…

  • dplyr et le génome humain

    dplyr et le génome humain

    Introduction Non, ne fuyez pas tout de suite, chers lec­teurs, tout va s'éclaircir : dplyr, c’est plyr pour les data.frame (les tableaux de don­nées). Atten­dez, j’y viens, plyr, c’est un package R pour appli­quer (apply) des fonc­tions. Donc, dplyr (pro­non­cez “diplir”), c’est un package R, pour appli­quer des fonc­tions à un tableau de don­nées. Et ça,…

  • C'est l'enfeR.

    C'est l'enfeR.

    Cer­tains bio-infor­ma­ti­ciens ne jurent que par R (j'en fais par­tie). Je suis amou­reux de sa sim­pli­ci­té (sic), son élé­gance (re-sic), sa docu­men­ta­tion et ses innom­brables packages tous plus utiles les uns que les autres. Et sur­tout c'est le seul lan­gage que je maî­trise un peu conve­na­ble­ment, alors for­cé­ment je trouve tous les autres lan­gages nuls,…

  • Cours de R pour débutant pressé : les régressions !

    Cours de R pour débutant pressé : les régressions !

    Bon­jour à tous et soyez les bien­ve­nus dans ce 3ème cours de R pour débu­tant pres­sé. Aujourd’hui, nous allons voir rapi­de­ment ce qu’est une régres­sion (linéaire ou qua­dra­tique), à quoi ça sert et ce que ça peut nous apprendre sur nos don­nées. Ne vous êtes-vous jamais deman­dé com­ment en apprendre plus sur vos don­nées, com­ment…

  • Twitter, arme de communication massive et outil scientifique

    Twitter, arme de communication massive et outil scientifique

    Twit­ter est un réseau social incon­tour­nable. Son prin­cipe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "fol­lo­wers", des mes­sages ou "tweets" de 140 cha­rac­tères maxi­mum. Il est sur­tout uti­li­sé aux Etats-Unis, mais la fièvre Twit­ter gagne peu à peu l'Europe.  De nom­breux scien­ti­fiques, chefs de labos, doc­to­rants et même des ins­ti­tu­tions informent par ce biais. En créant…

  • La bière décodée dans un Hackuarium

    La bière décodée dans un Hackuarium

    Vous aimez la bière et la science ? Vous vou­lez connaître la com­po­si­tion de votre mousse favo­rite ? Vous avez envie de goû­ter de nou­velles bières proches de celles que vous connais­sez, ou com­plè­te­ment dif­fé­rentes ? Il y a quelques temps déjà, je vous ai décrit la place de la bio­in­for­ma­tique dans les labo­ra­toires citoyens. Aujourd'hui, un pro­jet sym­pa­thique…

  • Créer sa carte géographique avec R

    Créer sa carte géographique avec R

    Aujourd’hui je vais vous mon­trer com­ment, en uti­li­sant R, on peut faire de belles cartes géo­gra­phiques. Et là, vous allez me deman­der, mais pour­quoi faire des cartes géo­gra­phique ? Et pour­quoi avec R ? Et bien ima­gi­nons que, vous, bio­in­for­ma­ti­cien de ter­rain, soyez allé échan­tillon­ner des ani­maux à l’autre bout du monde sur plu­sieurs sites, par exemple…