Archives par tags: régulation

Découverte :
DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de la régulation de l'expression des gènes

La régulation de la transcription est un processus indispensable aux cellules pour permettre leur différenciation, exprimer leur spécificité, assurer leur développement, leur prolifération ou encore pour leur permettre de s'adapter à un environnement. L'étude de la régulation de la transcription passe par l'identification d'éléments clés gouvernant ces processus biologiques.
Ces éléments de régulations se distinguent en deux groupes : les régions cis-régulatrices (région de l'ADN ayant la particularité de contrôler l'expression de gènes plus ou moins éloignés), et les éléments trans (protéines de liaison à l'ADN reconnaissant la plupart du temps les séquences cis)...

Journal Club :
Comment détecter, compiler et annoter des facteurs de transcription ?

Après la réunion de rentrée de tous les contributeurs du blog, nous avons décidé d'étendre la rubrique "Journal Club". Ainsi, il est désormais non seulement possible mais aussi fortement recommandé de proposer des billets discutant d'un article en particulier. Nous inaugurons cette extension avec un sujet passionnant : la détection de facteurs de transcription. Bonne lecture 🙂
Ce billet résume un article de revue rédigé sous forme de tutoriel et publié récemment en tant que protocole dans Gene Regulatory Networks : "How do you find transcription factors? Computational approaches to compile and annotate repertoires of regulators for any genome"...

Découverte :
Étude de la régulation de l'épissage alternatif

Je vais vous exposer dans cet articles un exemple de collaboration entre biologistes et bioinformaticiens afin de répondre à un problème biologique complexe : l'étude de la régulation de l'épissage alternatif. Je vais vous présenter dans un premier temps le contexte biologique, à savoir ce qu'est l'épissage et comment il est régulé. Puis je vais vous décrire les méthodes de biologie moléculaires permettant de détecter d'une part les événements épissages alternatifs (puces à exons, RNAseq), et d'autre part les liaisons protéines/ARN (iCLIP)...