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Le tour des labo­ra­toires pro­po­sant d'exercer notre métier de bio­in­for­ma­ti­cien conti­nue avec la pré­sen­ta­tion du tout jeune Ins­ti­tut de Tech­no­lo­gie en Micro­bio­lo­gie BIOASTER.

Logo BIOASTER
Logo de BIOASTER

Histoire et géographie

BIOASTER ne s'est pas fon­dé en un jour et ne s'est sur­tout pas fon­dé tout seul. Par­mi le col­lège de fon­da­teurs qui a per­mis à cet ins­ti­tut de voir le jour fin 2012, on dénombre des labo­ra­toires publics (INSERM, CEA, CNRS), l’Institut Pas­teur (fon­da­tion pri­vée) mais aus­si des par­te­naires pri­vés (Danone, Ins­ti­tut Mérieux, Sano­fi-Pas­teur). Une autre par­ti­cu­la­ri­té de BIOASTER, c'est qu'il béné­fi­cie éga­le­ment du sou­tien de l'État grâce au plan d'investissement d'avenir et de celui des col­lec­ti­vi­tés locales (la métro­pole de Lyon, la région Rhône-Alpes) et du pôle de com­pé­ti­ti­vi­té Lyon­Bio­pôle.

Aujourd'hui le siège de BIOASTER est clai­re­ment implan­té dans le pay­sage lyon­nais du Bio­dis­trict de  Ger­land grâce à son tout nou­veau bâti­ment com­pre­nant 2200 m² de labo­ra­toires (P2 et P3 avec un accès au P4 Jean Mérieux) et 1600 m² de bureaux, livré en juin 2015.

BIOASTER n’est pas uni­que­ment à Lyon, il est éga­le­ment pré­sent à Paris, au sein même de l'Institut Pas­teur, l’un de ses membres fon­da­teurs, avec 600 m²  de sur­face incluant 250 m² de labo­ra­toires (P1 et P2).

En 2015, 3 ans après sa créa­tion, les effec­tifs de BIOASTER atteignent une cen­taine de per­sonnes dont plus de 80 scien­ti­fiques et ingé­nieurs avec 17 natio­na­li­tés dif­fé­rentes repré­sen­tées.

Une position à l'interface entre public/​privé

L'Institut de Tech­no­lo­gie en Micro­bio­lo­gie fait par­tie des huit récents Ins­ti­tuts de Recherche Tech­no­lo­gique (IRT) fran­çais, mais est le seul dans le domaine de la san­té. L'un des inté­rêts du modèle d'un IRT est de réunir les com­pé­tences de l’industrie et de la recherche publique dans une logique de co-inves­tis­se­ment. BIOASTER a le sta­tut de Fon­da­tion de Coopé­ra­tion Scien­ti­fique et réin­ves­tit donc l’intégralité de ses reve­nus au ser­vice de la  recherche. Un but simple : ren­for­cer l’excellence de l’innovation dans la san­té en France. L'interface et la col­la­bo­ra­tion clai­re­ment assu­mée entre le sec­teur public et le sec­teur pri­vé est ain­si l'une des clés pour atteindre cet objec­tif majeur.

Les huit IRT se sont d'ailleurs regrou­pés récem­ment en une asso­cia­tion des IRT. Cette asso­cia­tion a pour objec­tifs de :

  • être l'interlocuteur de la Com­mis­sion Euro­péenne
  • faire décou­vrir et expli­quer le sys­tèmes des IRT
  • faci­li­ter l'échange et la col­la­bo­ra­tion inter-IRT
  • ren­for­cer les liens entre les aca­dé­miques et les pri­vés

 

Un cas concret afin de com­prendre l'importance d'une struc­ture tel qu'un IRT : la par­ti­ci­pa­tion de BIOASTER, par exemple, dans un pro­jet d'innovation scien­ti­fique peut per­mettre à des labo­ra­toires dit concur­rents de se réunir le temps d'un pro­jet pour lever des ver­rous sur une tech­no­lo­gie iden­ti­fiée comme blo­quante pour eux jusqu'ici. Bien sûr, on peut très bien ima­gi­ner que ce déblo­cage aurait pu être réa­li­sé au final dans un des labo­ra­toires, mais cer­tai­ne­ment pas aus­si rapi­de­ment que lorsque les dif­fé­rentes forces/​compétences sont unies.

La recherche et la bioinformatique à BIOASTER

Les pro­jets de Recherche et Déve­lop­pe­ment s'articulent autour des quatre grands domaines de la san­té et des mala­dies en micro­bio­lo­gie regrou­pés en quatre uni­tés thé­ma­tiques :

  • Les vac­cins
  • L'antimicrobien
  • Le diag­nos­tic
  • Le micro­biote

 

Accom­pa­gnées par l’unité des sciences trans­la­tion­nelles pour har­mo­ni­ser et coor­don­ner l'ensemble des quatre uni­tés thé­ma­tiques pré­cé­dem­ment citées.

Au total, ce sont quatre uni­tés thé­ma­tiques et sept uni­tés tech­no­lo­giques  coor­don­nées qui se repar­tissent les tra­vaux en interne. La col­la­bo­ra­tion et la coor­di­na­tion sont donc de mise entre les équipes et les dif­fé­rentes spé­cia­li­tés.

La découpe des équipes s'est d'ailleurs faite autour de ces spé­cia­li­tés.
Celles des uni­tés tech­no­lo­giques :

  • col­lec­tions bio­lo­giques et micro­bio­lo­gie,
  • géno­mique et trans­crip­to­mique,
  • immu­no­mo­ni­to­ring,
  • ingé­nie­rie des pro­téines et sys­tèmes d'expression,
  • modèles pré­cli­niques et ima­ge­rie,
  • ges­tion et ana­lyses des don­nées scien­ti­fiques,
  • méta­bo­lo­mique et pro­téo­mique.

Clai­re­ment et vous l'aurez com­pris, la bio­in­for­ma­tique est pré­sente et repré­sen­tée dans l'ensemble de ces uni­tés. D'ailleurs, les bioinformaticien(ne)s en 2015 à BIOASTER ont atteint 10% de la masse sala­riale totale. Par­mi cette bonne dizaine de bioinformaticien(ne)s, on retrouve un panel de pro­fils que peut nous pro­po­ser notre pro­fes­sion : des ana­lystes de don­nées, des bio­sta­tis­ti­ciens, des déve­lop­peurs et des "data mana­gers".

L'Institut a aus­si une mis­sion de for­ma­tion des jeunes scien­ti­fiques et pro­pose régu­liè­re­ment des stages pour aider ces der­niers à com­plé­ter leurs études et à plon­ger dans le monde actif. Des CDD et CDI sont aus­si à pour­voir, n'hésitez pas à consul­ter la page d'offres d'emplois du site offi­ciel qui est régu­liè­re­ment ali­men­tée.

Un partenariat avec le centre de calcul de l'IN2P3

En plus de leurs ser­veurs en interne, les bio­in­for­ma­ti­ciens bio­as­té­riens peuvent pro­fi­ter de la "force de frappe" du centre de cal­cul de l'IN2P3 loca­li­sé à Vil­leur­banne.

Logo du Centre de Calcul de l'IN2P3 à Villeurbanne (France)
Logo du Centre de Cal­cul de l'IN2P3 à Vil­leur­banne (France)

Ain­si, les bio­as­té­riens évo­luent au jour le jour avec :

  • 6 ser­veurs VMWare ESX (2*10 cores et 256 Go par machine)
  • envi­ron 100 To de capa­ci­té de sto­ckage de fichiers en GPFS "backu­pés"
  • envi­ron 50 Go  de capa­ci­té de sto­ckage de fichiers en AFS "backu­pés"
  • 4 ser­veurs OpenS­tack (16 cores + 768Go RAM + 9To de disque local par ser­veur)
  • une ferme de cal­cul (4*10^6 HS06 connec­tés aux sys­tèmes de sto­ckage GPFS et AFS)

Cette "artille­rie" n'est sur­tout pas figée dans le marbre. L'analyse de l'utilisation de tout ce beau maté­riel per­met de le faire évo­luer d'année en année.

Exemple de projet à BIOASTER

BIOASTER faci­lite et va dans le sens des col­la­bo­ra­tions avec des par­te­naires exté­rieurs, mais l'Institut sait aus­si mener à bien des pro­jets tout seul. Un exemple concret : Bios­pe­ci­mens.

Logo de Biospecimens
Logo de Bios­pe­ci­mens

Bios­pe­ci­mens est une pla­te­forme web d'accès à des res­sources bio­lo­giques pour la com­mu­nau­té scien­ti­fique et qui a jus­te­ment pour but de fédé­rer de nou­velles col­la­bo­ra­tions autour des col­lec­tions bio­lo­giques (échan­tillons humains, souches bac­té­riennes, souches virales). L'application a vu le jour en 2014 au sein de BIOASTER et est déjà très sol­li­ci­tée par les divers acteurs natio­naux et inter­na­tio­naux du monde des res­sources bio­lo­giques.

Son accès est gra­tuit et ne néces­site pas for­cé­ment de créa­tion de compte asso­cié. N'hésitez pas à le décou­vrir si cela vous inté­resse.

 

Mer­ci à mes relec­teurs (Kum­qua­tum, m4rsu et Syl­vain) qui m'ont aidé à res­ter objec­tif (puisque je tra­vaille pour BIOASTER) ain­si qu'aux ser­vices de com­mu­ni­ca­tion de BIOASTER et de l'IN2P3 pour leurs aides et leurs accords pour publi­ca­tion.



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Commentaires

6 réponses à “BIOASTER”

  1. Avatar de Clément DELESTRE
    Clément DELESTRE

    Salut !

    Je pro­fite jus­te­ment de cet article pour adres­ser un mes­sage à Yoann :

    Je suis aus­si issu du mas­ter de Bor­deaux et je t'écris sous les conseils avi­sés de tata et de Cyn­thia qui était en stage avec toi à Lau­sanne. Je tra­vaille actuel­le­ment à Lyon (peut être que l'on s'est croi­sé lors du work­shop illu­mi­na qui a eu lieu en Sep­tembre à la fac de mede­cine ?), ça serait pas mal que l'on prenne contact je pense, donc je laisse mon adresse mail ici.

    A bien­tôt j'espère et bonne année 2016 !

    Clé­ment

    1. Yoann M.

      Salut Clé­ment,

      Tu as bien fait de te lan­cer, je t'écris dans la semaine !
      Bonne année éga­le­ment 🙂

      1. Hel­lo Yoann, est-ce pos­sible de dis­cu­ter un peu de Bio­as­ter ? Je te laisse mon email si c'est pos­sible d'échanger un peu à ce sujet 🙂

        1. Yoann M.

          Salut Kévin,

          Ok je te contacte 🙂

  2. Avatar de GHARBI Houssem
    GHARBI Houssem

    Salut Yoann,
    Je suis en M2 Bio­in­for­ma­tique à Paris Saclay, j'aimerai bien dis­cu­ter avec vous sur Bio­as­ter. Je vous laisse mon mail si c'est pos­sible de dis­cu­ter un peu.
    Mer­ci d'avance

    1. Yoann M.

      Salut Hous­sem,

      Je t'invite à envoyer un mail sur admi­nAT­bioin­fo-frPOINT­net avec tes ques­tions direc­te­ment dedans, je te répon­drai volon­tiers.

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