Catégorie : Découverte
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Mendeley : Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie
Je profite de l'élan initié par max dans son excellent article, "comment organiser sa veille en bioinformatique", pour vous parler un peu d'un logiciel que j'ai découvert récemment, et qui m'a été d'une aide considérable dans mon travail bibliographique. Organiser et alimenter une veille efficace implique une recherche bibliographique régulière, donc lire, évaluer, garder ou…
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ROSALIND : devenez le meilleur bioinformaticien du monde
ROSALIND est un nouveau site web commençant à se faire un nom dans le milieu de la bioinformatique. C'est une plateforme permettant d’apprendre la bioinformatique de manière ludique en donnant des problèmes a résoudre. Chez bioinfo-fr on aime bien et on a trouvé judicieux de vous le présenter afin que vous puissiez vous en faire…
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Tester un système d'exploitation Unix
Un biologiste de passage sur bioinfo-fr.net pourra se demander comment tester un système d'exploitation libre tel qu'Ubuntu, sachant qu'il a toujours travaillé sous Windows©. Dans cet article, je donne quelques possibilités permettant d'essayer gratuitement ces systèmes d'exploitations, et ce sans chambouler son ordinateur et ses données… Les explications sont accessibles à tous, mais s'adressent avant…
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Les matrices de substitution
Dans les premiers billets de ce blog, nous avons présenté les alignements multiples de séquences d'une part du point de vue des logiciels et ensuite du calcul de la conservation. Je vous propose aujourd'hui de revenir sur un point important : les matrices de substitution. Commençons par une définition très simple : une matrice de substitution permet,…
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Introduction aux pipelines
Il vous est peut-être arrivé d'attendre qu'un logiciel A ait fini son travail pour pouvoir lancer un logiciel B, qui lui utilise la sortie du logiciel A. Si l'exécution de A ne prend que quelques secondes cela n'est pas trop grave. Par contre, si elle prend des heures et que vous devez vérifier régulièrement s’il…
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Travailler avec des bases de données publiques
Dans un précédent article, intitulé "Base de données - notions" de nahoy, nous vous avons présenté ce qu'est une base de données et le principe de fonctionnement. Si vous n'avez aucune notion en base de données, ou si vous souhaitez une piqûre de rappel, je vous invite chaudement à lire cet excellent article avant de…
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Métagénomique et Graphique de Recrutement : chercher l'aiguille dans la botte de foin !
Un intérêt certain se développe pour la compréhension d'écosystèmes complexes comme les eaux, les sols ou encore les microbiomes (plus de 90% des cellules du corps humain sont en fait les bactéries qui peuplent son tube digestif). Plusieurs difficultés se posent : Face à une tâche aussi ingrate que passionnante, les chercheurs ont trouvé une solution…
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Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?
Librement traduit, complété et adapté de l’article “How to Stay Current in Bioinformatics/Genomics” par Stephen Turner. Stephen est "assistant professor" (c'est à dire professeur non encore titularisé) en santé publique, et directeur du bioinformatics core de l'Université de Virginie, et tient le blog Getting Things Done in Genetics & Bioinformatics Research. Plusieurs personnes ayant demandé à Stephen comment il restait…