Catégorie : Découverte
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Les arbres phylogénétiques : construction et interprétation
Après avoir discuté des alignements multiples (MSA), il s'avérait logique de vous présenter l'étape suivante : la construction d'arbres phylogénétiques. Je précise que je ne parlerai ici que de phylogénie moléculaire. Le but de la phylogénie est de comprendre les relations de parenté, de retracer l’historique évolutif d’un gène, d’une famille de gènes ou d’une espèce. Les…
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La complétion de réseaux métaboliques
Il y a quelques temps, sur ce blog, j'ai publié un article qui parlait de la reconstruction automatique de réseaux métaboliques à partir d'un génome annoté. Dans cet article je vous ai promis de continuer à parler de ce sujet, notamment pour voir comment l'on pouvait améliorer la qualité d'un réseau métabolique fraichement créé. Pour…
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Base de données — notions
Cet article a pour but d'introduire la notion de base de données. Il sera utile pour toute personne ayant déjà entendu le terme, mais ne sachant pas vraiment ce que c'est, ou à quoi cela sert. Définition Une base de données c'est tout simplement une collection d'informations diverses stockées de manière pérenne sur un ordinateur.…
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De l'intérêt des disciplines transversales
La bioinformatique fait partie de ce qu'on appelle les disciplines transversales, ces disciplines qui forment un trait d'union entre les disciplines dites classiques. Avec l'avancée des nouvelles technologies et l'étendues des connaissances qu'elles permettent d'acquérir, il devient de plus en plus nécessaire de repenser les différents domaines scientifiques, tant leur cloisonnement historique perd en pertinence.…
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Expo virtuelle "Le génome humain et la bioinformatique"
C'est ludique, c'est clair, c'est coloré, c'est intéressant… Non, nous ne sommes pas devenu(e)s adeptes d'une secte, cher lecteur. Nous venons de découvrir l'exposition virtuelle ChromosomeWalk, lancée par l'Institut Suisse de Bioinformatique. Quand vous entrez, vous pouvez vous "arrêter devant" tout chromosome qui vous intéresse. Au fil des mots, on découvre plein de choses, souvent…
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Comment travailler sur une grappe de serveurs (cluster)
Avec les avancées en biologie ces dernières années, la quantité de données produites et les ressources informatiques nécessaires à leur traitement ont grandement augmenté. Pour faire face à ces problèmes, l'une des solutions les plus répandues est la mise en place de grappes de serveurs (plus souvent désignées par le terme anglais computer cluster ou…
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Les éléments transposables : de l’appellation "ADN poubelle" à leur étude.
Les éléments transposables sont des séquences d'ADN mobiles dont l'existence à été mise en évidence par Barbara McClintock dans les années 40 chez le maïs. Ces séquences sont présentes dans toutes les branches de l'arbre du vivant et peuvent représenter une grande partie du génome (environ 40% du génome chez l'Homme et jusqu'à 90% chez…
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Introduction à Circos
La visualisation de données est un problème récurrent dans un grand nombre de disciplines. En bioinformatique, il est souvent difficile de représenter de manière efficace des quantités massives de données. Une « bonne » représentation graphique doit être adaptée au type de données que l’on souhaite visualiser et surtout aux résultats que l’on souhaite mettre en évidence. Par…