Catégorie : Découverte
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La magie de LXD
Écrire un pipeline en bioinformatique, c'est bien ! Le rendre portable c'est encore mieux ! Les bioinformaticiens oublient souvent ce dernier point et rare sont les pipelines qui marchent du premier coup. À vrai dire les circonstances ne sont pas en leur faveur. Un pipeline c'est plein de dépendances d'applications dans telle ou telle version, qu'il faut…
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Nextflow, pour votre prochain pipeline ?
Pour commencer Vous savez déjà tout sur les pipelines et les bonnes pratiques de développement. Vous faites bien évidemment de la recherche reproductive. Vous travaillez peut-être avec un cluster. Vous avez écrit votre propre pipeline en Bash, Python ou même en Perl qui gérait les appels à différents scripts et outils (voire même l'appel à…
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Rust, un super héros au secours de la bio-informatique ?
Rust est la traduction du mot "rouille" en anglais, ainsi qu'un jeu vidéo de survie post-apocalyptique, mais c'est aussi un langage de programmation. Et vous devez maintenant vous demander : Encore un autre langage, mais pourquoi ? Les origines En 2006 Graydon Hoare, un développeur chez Mozilla, commence un projet personnel, un nouveau langage de programmation…
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Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes
N'importe quel bioinformaticien, débutant ou confirmé, s'est confronté au moins une fois dans sa vie à ce problème : l'annotation d'une séquence. Vous me direz, faciiiiiile ! Il y a désormais des tonnes d'outils qui permettent, très rapidement en plus, de trouver une fonction pour une séquence ! Alors, déjà, il y a BLAST, InterPro, Pfam, PRIAM, HMMER, ……
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Software Carpentry ou la transmission de bonnes pratiques en informatique
Avec l’augmentation de la capacité des ordinateurs et de la qualité des algorithmes, l’informatique prend une place de plus en plus importante dans la vie de tous les jours, mais aussi dans la recherche. Cela est rendu aussi possible grâce à la programmation et aux améliorations des languages, des outils et des pratiques. Les développeurs sont…
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Introduction à la structure secondaire des ARN
Quand j'étais étudiante en master, la grande majorité des cours de structure étaient réservés aux protéines, ce qui fait que la structure des ARN n'a pas été très développée au cours de mon cursus. Du coup, je vous livre ici une partie de ce que j'ai appris en stage. Définition 0 : ARN L'ARN (acide ribonucléique) est…
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Généralité autour du concept de machine learning à partir d'automate
Pour beaucoup de personnes, le machine learning consiste à apprendre un classifieur de données. Un exemple d'application principal serait d'être capable de différencier de manière automatique plusieurs variétés d'iris selon la taille de leurs pétales. Mais selon moi, le machine learning représente beaucoup plus : c'est une science qui permet d'expliquer à un ordinateur comment réaliser une tâche d'apprentissage…
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Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaire
Introduction Cet article, d'une très longue série, a pour but de donner plus de détails et peut-être — qui sait — vous titiller suffisamment pour enjamber la barrière physique (au sens littéral) et rejoindre le fabuleux monde d'Oz de la bioinformatique structurale. Avant de commencer, je vous conseille de prendre du papier, un crayon, un…