Opinion :
Les grandes questions du doctorant en devenir/débutant

... et ses "presque" réponses !

 

Dans cet article, je vais tenter de reprendre les grandes interrogations que l'on peut avoir avant ou en commençant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa carrière pour certaines) et plus particulièrement en bioinformatique (mais pas que). Si certaines seront très détaillées, d'autres resteront plus évasives. Cela non pas, forcément, par manque de connaissance, mais plutôt par difficulté d'être très précis au vu de la variété des thèses et des thématiques en bioinformatique. Les personnes visées sont autant les jeunes que les aspirants doctorants, voire même les diplômés de longue date pour qu'ils se remémorent ce que c'est de ne pas savoir.

Évidemment, cet article portera la marque inconsciente de ma subjectivité (et influence du Québec vu que j'y fais mon doctorat), je vous enjoins donc à réagir dans les commentaires si vous souhaitez apporter votre avis !

 

Sommaire

  1. Ce qu'il faut savoir/faire avant d'entrer en doctorat
  2. Par où je commence ?
  3. Dois-je suivre aveuglément les directives du DT/CE au début ?
  4. Comment je m'approprie mon sujet ?
  5. Jusqu'à quel point dois-je vérifier ce qu'avance la littérature pour débuter ma propre recherche ?
  6. Comment je m'y retrouve dans un sujet qui part dans tous les sens ?
  7. Comment exprimer un désaccord avec son/sa DT/CE ?
  8. Et si ça se passe quand même mal ?

 

Note 1 : Dans ce document, le générique masculin est utilisé dans le seul et unique but d alléger le texte et désigne aussi bien tous les genres.

Note 2 : par abus de langage, les termes "thèse" et "doctorat" seront ici souvent utilisés de façon interchangeable. Cependant il est bon de rappeler que la thèse désigne en réalité le mémoire résumant les travaux de recherche, et le doctorat un grade universitaire. Le terme Ph.D. est quant à lui le pendant anglophone, voire international.

 

Ce qu'il faut savoir/faire avant d'entrer en doctorat

Vous envisagez une thèse ou vous avez déjà une offre ? Bien, mais ne brûlez pas les étapes avant de vous lancer dans l'aventure. Tout d'abord, je ne saurais que vous conseiller de (re)lire l'article d'Estel De l'utilité (ou pas) d'une thèse en bioinfomatique. Il vous aidera à déterminer si vous souhaitez/nécessitez une thèse pour votre choix de carrière. À présent, si vous êtes sûr que la thèse et donc le doctorat sont faits pour vous, il vous faut encore vous assurer que l'offre que vous visez est réellement celle qui vous conviendra le mieux.

On va radoter un peu mais : une thèse c'est entre 3 ans (France) et 4 à 5 ans (Canada). De même en termes de contenu, cela n'a rien à voir avec un "gros stage de m2 qui dure plus longtemps". Comprenez par là que le doctorat c'est avant tout un travail de recherche scientifique à part entière et non pas une sous partie d'un projet qu'on donne à un étudiant pour qu'il se forme (en France vous êtes même, en plus d'étudiant, considéré comme salarié). La rigueur et l'investissement personnel sont donc de mise. Autant vous dire qu'il vaudrait mieux que vous vous plaisiez dans votre doctorat, autrement le temps va vous paraître long et vous rejoindrez la longue liste des doctorants déprimés et dégoûtés de la recherche. Ce bien être dans votre doctorat va dépendre de plusieurs facteurs :

  • Votre intérêt pour le sujet : si vous êtes un adepte de la bioinformatique structurale, vous lancer dans un sujet de modélisation des systèmes biologiques car c'est la seule équipe qui vous a accepté en thèse n'est vraiment pas une bonne idée. Ce sujet vous allez devoir en faire une revue de littérature approfondie (c'est-à-dire lire des publications en masse) et ensuite pousser la réflexion dessus à chaque jour de vos années de thèse pour en faire ressortir de la nouvelle connaissance. Et sans motivation, vous irez moins loin que si le sujet vous tenait à cœur.
  • La relation entre vous et votre directeur de thèse (DT) : la communication entre vous deux est primordiale car sur elle repose une partie de votre compréhension du sujet, votre stimulation scientifique, votre sens critique, et bien évidemment votre avancée. Et quand je parle de relation, elle va bien entendu dans les deux sens ! Vous devez être le plus honnête et travailleur possible pour que votre DT soit à même de vous aiguiller dans votre travail et vous guider vers l'autonomie en recherche. Mais lui se doit d'être disponible pour vous écouter et diriger, d'être expert dans le domaine dans lequel votre sujet s'inscrit (ex : l'analyse de transcriptome végétal), de montrer son intérêt pour votre travail, et également d'être honnête.
  • L'adéquation entre votre mentalité et celle du labo : des gens seront-ils disponibles pour vous répondre quand votre DT ne le pourra pas ? Si un superviseur vous est assigné, est-il expert dans le domaine de votre sujet ? Y règne-t-il une ambiance compétition ? Les gens sont-ils du genre à faire des sorties de labo comme vous ? Préférez-vous un labo où chacun garde son intimité ? Sont-ils inclusifs, respectueux vis-à-vis de sujets de discrimination (couleur, handicap, diversité de genre, de sexualité, etc.) ?
  • Le salaire : sauf exception (CIFRE, CEA, bourses d'excellence, etc. en France, bourse Vanier, bourses d'excellence, DT généreux, etc. au Canada) vous allez gagner le minimum ou presque. Si en France il existe un salaire minimal obligatoire qui vous permet de vivre pas trop mal (exception faite de l'Île-de-France...), dans plusieurs autres pays aucun montant n'est défini. Mieux vaut donc poser la question assez tôt dans vos entretiens pour faire vos calculs de coût de la vie sur place.

 

Un peu fleur bleue, vous allez avoir tendance à faire primer le sujet sur tous les autres points. Cependant les discussions avec de nombreux doctorants/docteurs (ainsi que de nombreux avis extérieurs) ont bien fait ressortir cet avis : la relation doctorant/DT et l'ambiance au labo priment sur le reste. Vous pouvez être l'étudiant le mieux payé et le plus motivé du monde, vous aurez besoin de l'aide de votre DT et des autres membres du labo pour avancer dans votre sujet de recherche (ou sinon vous n'auriez pas besoin de faire un doctorat) et tenir mentalement.

On en a vu des doctorants négliger ces aspects pour choisir un grand labo / un sujet à la mode. Quand le DT s'est avéré être un harceleur, un incompétent, un sadique et/ou le labo une jungle où règne la loi du plus fort et du chacun pour soi... Ça s'est rarement bien fini pour le doctorant !

Voici donc une liste de conseils pour que votre choix tienne compte de ces aspects :

  • Contactez des gens du labo ! Si vous ne deviez retenir qu'un seul conseil, ce serait celui-ci. Vous devez parler avec plusieurs gens, en commençant par ceux déjà présents sur place et à toutes les positions : chargés/professionnels de recherche (C/PR, le premier est français, le deuxième canadien), ingénieurs, techniciennes, et bien évidemment les doctorants ! Ces derniers vous raconteront ce que vous serez amenés à vivre. Il se peut cependant qu'ils aient des avis différents, et/ou allègent la réalité pour ne pas avoir d'ennuis. N'hésitez donc pas à regarder les anciens passés par le labo pour les contacter (astuce : ils sont parfois listés sur le site web du labo, ou retrouvables par l'affiliation du labo et le parcours des publications associées puis de ses auteurs). Si vous le pouvez également, visitez le laboratoire pour rencontrer les gens en personne et voir l'ambiance. Certaines écoles doctorales (France) et universités (partout ailleurs) possèdent des associations de doctorants qui peuvent également vous renseigner sur votre futur labo/DT (certaines tiennent des listes officieuses de DT blacklistés).
  • Faites de la biblio sur votre sujet avant l'entretien, voire demandez des articles à votre (potentiel) DT qu'il considère comme incontournables. Ça vous permettra d'être moins pris de court aux questions et de voir si votre sujet a vraiment été étayé ou s'il consistait juste en ce descriptif d'une trentaine de lignes que vous avez pu lire sur l'annonce.
  • Recherchez si ce sujet est généraliste ou de niche. Cela impactera déjà votre poursuite de carrière.
  • Demandez à votre futur DT comment il envisage vos premiers mois dans son labo : littérature ou analyses directement ? Le premier est bien plus sage car comment avancer sur quelque chose qu'on ne connaît pas encore ?
  • Regardez la liste des publications du laboratoire. Sont-elles nombreuses ? Régulières ? Si la plupart ne contiennent pas de membre du labo en premier et/ou dernier auteur, c'est que le laboratoire ne repose que sur des collaborations et que les membres du labo font office de main d’œuvre bioinfo.
  • Si vous êtes un adepte du libre, demandez leur politique concernant la publication dans bioRxiv (ou tout autre serveur de preprint) et la divulgation du code source sur un dépôt public.
  • Si cela vous tient à cœur, pourrez-vous faire de l'enseignement ? Encadrer des stagiaires ?
  • Demandez-vous si vous êtes vraiment prêt à travailler plusieurs années de suite sur un même projet, et ce de façon de plus en plus autonome ? De surmonter les (nombreux) échecs* successifs pour repartir de plus belle ? D'être challengé sur vos connaissances régulièrement ? De donner des coups de collier pour faire des heures supplémentaires quand exceptionnellement il le faut ? De supporter l'éloignement si vous êtes amenés à partir loin de votre zone de confort ?

* À relativiser tout de même car un échec dans notre cas c'est souvent une hypothèse invalidée, une p-value supérieure à notre seuil, etc. contrairement à un chirurgien ou un chauffeur-routier pour qui un échec c'est de blesser (voir tuer) un patient ou mettre son camion dans la voiture qui vient en face.

Si vous vous êtes posé toutes ces questions, avez réfléchit à tous ces conseils, et êtes toujours motivés, bienvenue en doctorat !

 

Par où je commence ?

Par le début là où on vous dira de commencer. A moins d'avoir déjà apprivoisé votre sujet par un stage de M1/M2 ou une lecture intensive de biblio, vous arriverez dans votre tout nouveau bureau sans avoir de vue suffisamment large pour estimer quel axe, quelle question privilégier. C'est à votre DT ou votre comité d'encadrement (CE, c'est-à-dire les chargés de recherche et/ou post-doc pas loin le plus souvent) qu'adviendra cette tâche dans un premier temps.

Le plus souvent il s'agira de lire un bon nombre de publications que votre encadrant vous aura sélectionnées, sans compter celles que vous découvrirez par vous-même en regardant les citations ou celles issues de vos recherches d'explication de telle ou telle information. Cependant, il se peut aussi qu'on vous donne juste deux/trois publications et/ou qu'on vous charge dès le débuter d'expérimenter un outil, une méthode, un package, ... (ce fut mon cas). Dans ce cas, remontez vos manches et partez en quête de la littérature scientifique vous-même : les premières publications/le résumé de l'offre d'emploi/les premières discussion avec votre DT/CE possèdent forcément des mots clefs. Même si ce ne sont pas les bons ou qu'ils ne sont pas très précis (ex : transcriptomique), partez de là, trouvez une review et essayez de voir quelles informations se recoupent entre les différentes publications et/ou avec ce qu'on vous a demandé de faire/dit du sujet.

Pour résumer : lisez et bidouillez !

 

Dois-je suivre aveuglément les directives du DT/CE au début ?

Aveuglément non, clairement pas. Mais pour pouvoir discuter les choix qu'ils ont faits dans un premier temps, il vous faut un minimum d'arguments. A défaut, si vous avez une intuition ou une incompréhension, posez des questions ! Plein de questions ! Les premières semaines, voire mois, sont le terrain idéal pour exprimer tous vos doutes, idées saugrenues et blocages (pas que ce soit impossible après, mais on estimera que vous serez capable d'aller chercher les réponses par vous-même). Non seulement vous affinerez votre idée de votre sujet, mais en plus vous montrerez votre intérêt pour celui-ci, ce qui rassurera votre DT (oui, on oublie bien souvent qu'ils ont une âme et des émotions et qu'avoir un doctorant à charge c'est une source d'emmerdes d'inquiétudes).

Retenez tout de même (qu'en théorie) lui et/ou votre CE est compétent sur les bases de votre sujet et que personne n'a intérêt à vous envoyer dans la "mauvaise direction". Et je mets ceci entre guillemets car il n'y en a pas vraiment : au pire ce que vous aurez fait ne sera pas bon et vous aurez éliminé une source d'erreur, au mieux vous referez quelque chose qui existe déjà et cela vous formera et vous confortera dans ce que vous faites.

Pour résumer : écoutez bien, mais restez curieux.

 

Comment je m'approprie mon sujet ?

Pas de recette magique ici : "Keep pushing".

Librement traduit de The illustrated guide to a Ph.D. par Matt Might | Plus de détails sur son article http://matt.might.net/articles/phd-school-in-pictures | CC-BY-NC

 

Ne cherchez pas à faire le tour de votre sujet dès vos premiers mois, vous n'aurez pas encore le recul nécessaire pour cela. Toute personne ayant discuté avec un docteur sait par ailleurs qu'un sujet de thèse change toujours au cours de vos années d'étude. Commencez par maîtriser la/les méthodes clefs qui, dans notre domaine, s’avéreront souvent être un/deux langage/framework/logiciel + une technique statistique/théorie de l'information dans un contexte biologique définit. Cherchez autant à les comprendre qu'à rechercher leurs limites, leurs concurrents, et la suite logique dans laquelle ils s'inscrivent. Appliquez celles-ci à vos différentes données, expérimentez des paramétrages un peu foireux pour vous-même comprendre les frontières de votre approche.

Mais aussi et surtout, parlez avec votre DT/CE de vos idées (même si elles ne vous paraissent pas pertinentes car ce sont parfois les meilleures...) et de vos envies de test (car ils pourront vous éviter de perdre du temps s'ils connaissent la réponse), et même de votre frustration ou de votre démotivation face à votre angle d'attaque. Ils sont censés être à même de vous ré-orienter, de vous aider à surmonter une difficulté et de créer un dialogue scientifique pour stimuler votre recherche. Et si ce n'est pas le cas, tournez-vous vers vos collègues doctorants, vers la communauté bioinfo tel que le chan irc #bioinfo-fr, Twitter, l'association JeBiF, ou toute autre structure bioinfo présente dans votre pays d'étude (le réseaux RSG de l'ISCB est un bon point de départ), "We are legion" !

Il est par ailleurs normal d'éprouver des doutes : "Suis-je assez bon ?", "Est-ce que ce que je fais est utile ?", "Est-ce juste ?'", etc. Loin de s'arrêter à la fin du doctorat, ils vont persister toute votre carrière et c'est une bonne chose. En effet, des certitudes systématiques vous rendraient satisfait de ce que vous avez déjà appris (et donc stagner), vous feraient partir sur des sujets sans problématique réelle, ou encore vous feraient manquer vos propres erreurs. Il est également à noter que ces doutes ne sont pas l'exclusivité du doctorat, et on les retrouvera ainsi chez des ingénieurs, des techniciens, des directeurs de laboratoire, etc. Pour autant, trop de doutes peuvent vous bloquer. Sachez alors cultiver votre confiance en vous, si primordiale pendant la thèse.

Vous vous apercevrez bien souvent après 8 à 12 mois de thèse (ou à l'occasion de la rédaction d'un poster/d'une publication/d'une demande de bourse/... ) que vous êtes à présent capable de porter un regard critique argumenté sur ce que vous avez accompli jusqu'à présent, et cela va s'amplifier avec le temps (si vous êtes comme moi, vous allez trouver que vous étiez débile chaque 2/3 mois avant). Avant cela, soyez indulgent avec vous s'il vous plaît, il est tout à fait normal de ne pas être capable de savoir où on en est et approximativement vers où on va.

Pour résumer : engrangez un maximum de connaissances, tant dans la littérature que dans vos expérimentations et laissez le temps faire son office.

 

Jusqu'à quel point dois-je vérifier ce qu'avance la littérature pour débuter ma propre recherche ?

Et autre question liée : Comment justifier le choix d'une méthode, d'un outil, plutôt qu'un autre ?

On entend souvent dire "plus de la moitié des résultats de publications ne sont pas reproductibles", alors comment faire confiance à ce qu'on lit ?

Les premiers conseils qui vous seront souvent donnés sont :

  • Faire confiance aux publications avec un "bon" nombre de citations et provenant de journaux avec un "bon" impact factor (la notion de "bon" variant selon la personne à qui vous posez la question et/ou votre domaine de recherche).
  • Prendre les publications avec les outils/méthodes les plus utilisées par la communauté et/ou les plus récents (l'équilibre entre les deux dépendant encore une fois de votre appréciation si vous en avez et de votre discussion avec votre DT/CE).
  • Chercher une review/un benchmark faisant la comparaison de plusieurs outils/méthode pour vous et soulignant les aspects de chacun (et s'il n'y en a pas, voilà peut être votre potentiel premier article comme diraient certains).
  • Lisez toute nouvelle publication qui peut vous concerner (souvent l'abstract + intro vous suffira) car elle pourrait justement venir corriger une erreur faite dans une publication que vous aviez lue.

Côté technique, cela vous suffira au début pour vous éviter de vous éparpiller dans mille et un test d'outils. Mais vous verrez qu'à force d'utilisation sur vos propres données, d'optimisation de paramétrage, et toujours et encore de lecture, vous deviendrez critique et capable de les évaluer.

Côté connaissance, le premier et le dernier des conseils ci-dessus resteront votre dogme pour la plupart de la thèse à moins que vos résultats d'analyse ne les remettent en question. Faites tout de même confiance par défaut, les publications passent par des étapes de peer review qui sont justement là pour éviter toute information erronée. Par ailleurs, si un doute persiste, ou une incompréhension, n'hésitez pas à envoyer un mail ou passer voir votre DT/CE pour lui poser la question (avec un bout de gâteau pour les motiver c'est encore plus efficace !).

Pour résumer : faites confiance, et tenez-vous à jour dans votre littérature.

 

Comment je m'y retrouve dans un sujet qui part dans tous les sens ?

Étudiant cherchant à retrouver la problématique initiale de son sujet | Source : Giphy

 

Le sujet de thèse c'est à la fois ce titre hyper précis (et qui va changer au moins 20 fois pendant votre doctorat), et ce flou tentaculaire qui vous habite tous les jours. Comme dit plus tôt, la lecture de la littérature scientifique va être le pilier de base, mais elle peut vite partir dans tous les sens à vouloir aller dans le détail de chaque piste de réflexion. Il va donc vous falloir apprendre à mettre des limites et à organiser les idées majeures qui vont en ressortir et prioriser les lectures pour se tenir à jour. Pour ce faire, rien ne vaut une bonne mindmap, ou carte heuristique !

Capture d’écran de ma biblio personnelle (mais volontairement simplifiée)
Pour voir la version simplifiée dans son intégralité : https://framindmap.org/c/maps/559983/public

Note : je rappelle que cette biblio est volontairement tronquée, toute la partie biologique a notamment été masquée.

Cette représentation présente plusieurs avantages :

  • Renforcer l'information qui est retrouvée plusieurs fois
  • Garder une trace organisée de ses lectures, avoir le lien logique entre les différentes idées, publications
  • Éviter de trop aller dans le détail en ayant visuellement un témoin du détail dans lequel on se lance (si les branches se ramifient trop c'est qu'on va probablement trop loin)
  • Explorer les différents pans de son sujet (et particulièrement en bioinformatique, arriver à rattacher la partie exclusivement bio, la partie exclusivement info/stat avec la partie bioinfo)

Mais bon, vous allez me dire qu'on peut faire la plus belle mindmap qui soit, sans idée de ce que sont les limites de votre sujet, ça n'aide pas. C'est là qu'intervient votre DT/CE : par la discussion ensemble de votre descriptif initial de sujet sur lequel vous avez été sélectionné, vous allez pouvoir faire ressortir une problématique, une hypothèse à laquelle vous devrez répondre. Chaque nouvelle avancée la fera probablement évoluer, et c'est encore une fois un point de discussion constant qui vous permettra de conserver le dialogue ! Cette problématique va guider vos choix, vos lectures car ce sont l'ensemble des moyens que vous allez mettre en œuvre pour y répondre qui vont former votre thèse. Si vous perdez de vue ce point, vous allez vous éparpiller et très vite vous décourager car un sentiment inaccompli s'installera.

Pour garder le cap coûte que coûte, voici quelques outils pratiques d'organisation que je vous recommande :

  • Framindmap : outil web de création de mindmap. Simple, libre, élégant, et personnalisable à souhait ! What else ?
  • Zotero : un gestionnaire de bibliographie (parmi d'autres mais libre) qui vous permet de sauvegarder vos publications, les classer, les taguer, voir leur suite chronologique, etc. . L'indispensable pour tout chercheur qui se respecte !
  • Taiga : initialement prévu pour les équipes de développement Agile, cet outil (cousin libre de Trello) s'est révélé être un allié redoutable pour m’éviter de me disperser dans les tâches à réaliser pour avancer. Définissez vos objectifs actuels, découpez-les en taches, donnez-leur des commentaires au besoin pour vous guider. Il est également possible d'y activer un wiki dont je me sers personnellement pour faire mon cahier de labo ! (Si l'outil vous intéresse, un article pourrait lui être dédié. Manifestez-vous en commentaires)
  • Framagenda : agenda classique (libre) qui vous permettra de garder en tête les deadlines à tenir, ainsi qu'à planifier vos réunions qui doivent être régulières avec votre DT/CE (même si elle doit se faire en visio-conférence et/ou être décalé de quelques jours) afin de garder le dialogue ouvert et ne pas se disperser. Remarque : beaucoup de labos ont déjà leur propre calendrier, framagenda permet de synchroniser n'importe quel agenda fournissant un lien iCal.

Enfin, pour organiser votre veille bibliographique et vous tenir à jour, je ne saurais que trop vous conseiller de (re)lire l'excellent article de Max : Comment organiser sa veille en bioinformatique ?

Pour résumer : de l'organisation, de la rigueur et quelques outils pratiques.

 

Comment exprimer un désaccord avec son/sa DT/CE ?

Si vous en arrivez à ce point, c'est que vous avez déjà bien avancé dans votre prise en main du sujet (et par conséquent plus vraiment doctorant débutant, mais encore un peu).

Au fur et à mesure que vous avancerez dans votre recherche, il faut bien prendre conscience que vous allez petit à petit surpasser les connaissances que votre DT/CE a sur votre sujet. Cependant gare à ne pas fanfaronner non sans forfanterie quelques fieffés forfaits farfelus effrontés ! (c'est-à-dire ne vous la pétez pas trop quand même). Fort de vos connaissances acquises, il se peut que vous en veniez à vous allez ne pas être du même avis sur certains points. À vous alors de défendre (sans animosité, c'est important) votre point de vue sur le sujet et/ou sur les prochaines étapes à faire. À moins de faire face à une incarnation de la mauvaise foi et d'entêtement (et je parle de vous comme de votre DT/CE bien évidemment), vous devriez arriver à aboutir sur un compromis, voire une validation totale de votre idée, moyennant parfois un temps maximum alloué pour tester l'idée (bonus : cette limite de temps marche aussi quand votre DT/CE vous force à tester une idée).

Dans le cas où un accord ne pourrait être trouvé, il existe plusieurs solutions dépendant de vous, votre DT/CE, et/ou de votre pays/système doctoral. Elles sont ici classées par ordre de "gravité" :

  • Convenir d'un rendez-vous prochain pour revenir chacun avec d'autres arguments. Souvent laisser passer une nuit permet de faire maturer les arguments de l'un et de l'autre dans chacun des esprits, et le changement d'avis de l'un des deux (étudiant comme DT) peut intervenir !
  • Faire appel à une troisième partie, tel qu'un autre C/PR, un autre chercheur proche de votre problématique (et qui n'est pas en concurrence avec vous).
  • Demander un médiateur à votre école doctorale / formation d'encadrement (on s'entend que si vous en arrivez à considérer cette dernière solution, ce ne sont pas les mêmes conséquences pour votre fin de doctorat).

Vous constaterez que ces conseils s'appliquent à n'importe quelle situation professionnelle (avec toutefois des entités de médiation différentes). Gardez-les donc sous le coude, même une fois devenu docteur. Au cours de sa carrière, chacun d'entre nous y sera forcément confronté (bon, certains plus que d'autres, c'est vrai) et ce, dans les deux sens (je ne suis pas d'accord avec quelqu'un ou quelqu'un n'est pas d'accord avec moi).

Pour résumer : restez humble et privilégiez le dialogue.

 

Et si ça se passe quand même mal ?

Le doctorat ce n'est pas toujours une partie de plaisir, mais on ne va pas vous le cacher, il se peut que ça aille parfois vraiment trop mal. Les raisons peuvent être nombreuses et pourtant, à moins de connaître un doctorant dans ce cas, on ne les apprend qu'une fois dans le même cas :

  • Harcèlement moral : pression constante, demande de résultats publiables à chaque semaine sans logique, accusation du doctorant pour des erreurs commises par le DT/CE, remarques sexistes/racistes/homophobes/..., surveillance des heures de travail et critique/blâme si pas assez aux yeux du DT/CE, intrusion dans la vie privée, etc.
  • Abus de pouvoir : obligation de gestion de projets n'ayant rien à voir avec le travail de thèse, demande de revue d'article à la place du reviewer nommé, demande de rédaction de demandes de subvention, manips/réunions en dehors des horaires conventionnels, imposition d'un auteur sur sa publication alors qu'il n'a pas participé au travail, etc.
  • Abandon de l'étudiant : non définition du sujet initial (voir Ce qu'il faut savoir/faire avant d'entrer en doctorat pour l'éviter) pas ou presque de réponses aux mails (scientifiques comme administratifs), pas d'aide en cas de problème technique/méthodologique/..., absence de formation pour le travail demandé, etc.
  • Dévalorisation du travail : aucun encouragement et/ou que des critiques négatives, empêcher d'aller présenter son travail en dehors de l'université (ex : aucun envois en conférence), non prise en compte du temps de bibliographie comme "travail", ne pas être écouté par le DT/CE quand on présente ses résultats en réunion, donner une partie du sujet d'un doctorant à un autre pour justifier des demandes de fonds, mise en concurrence de deux étudiants sur un même sujet, etc.
  • Vol de données/résultats : utilisation de données générées par le doctorant sur autre chose sans lui en parler/sans le mettre auteur sur la publication qui en résulte, présenter le travail du doctorant en s'en attribuant les résultats, exclusion du doctorant d'un projet une fois qu'il a réalisé sa part de travail (et donc absence de son nom sur la publication finale), etc.

Note : Pour plus d'exemples, je vous invite à parcourir le croisimot #MonDirecteurMaDit

 

Et souvent on entend des justifications plus que douteuses à ces abus : "Mais il y en a qui réussissent quand même", "On a toujours fait comme ça", "Mais ce chercheur est brillant pour compenser", "Fallait pas faire une thèse dans ce cas", "Le doctorant prend ça trop à cœur", "C'est rare ces cas-là", etc. Cependant rien ne justifie de tels comportements envers des doctorants, et comme tout employé, il devrait avoir droit au respect de sa personne et de ses droits. Malheureusement il est souvent bien dur de faire remonter tous ces problèmes pour que des mesures correctives soient prises. Si vous souhaitez emprunter ce chemin, l'école doctorale sera votre premier recours en France, et votre responsable facultaire ailleurs.

Alors bien souvent certains abandonnent face à ces abuseurs, et cette décision n'est ni facile, ni agréable, ni dénuée de conséquences. Voici quelques points à prendre en compte, et quelques conseils :

  • Prenez le temps d'y réfléchir, quitter une thèse sur un seul des problèmes précédemment cité est peut être excessif, mais y rester alors que vous vous reconnaissez dans bon nombre l'est tout autant. Votre santé physique et mentale doit passer avant vos objectifs de carrière.
  • Envisagez de proposer une co-direction. Si ce genre d'accord est généralement négocié avant d'arriver en thèse, le recours à l'ajout d'un co-directeur a déjà permis de sauver des doctorants de l'abandon.
  • Il se peut que votre université mette à disposition des services de consultation en soutien psychologique, médiation avec le DT/CE. Faites en usage autant que possible.
  • Pensez à vous renseigner sur s'il existe un syndicat étudiant local pour avoir de l'aide, un soutien et/ou des conseils supplémentaires pour vous accompagner dans votre démarche.
  • Renseignez-vous discrètement sur les modalités d'abandon. Certains programmes demandent parfois le remboursement des bourses/fonds perçus en cas de départ.
  • Quitter une thèse c'est probablement ne pas pouvoir en reprendre un autre (même si cela existe), mais ce n'est pas pour autant un arrêt de mort pour votre carrière. Les années déjà passées sont re-valorisables en années d'expérience dans le domaine.

Pour résumer : il existe une minorité de DT/CE abusifs, et dans une situation d'abus sans dialogue possible, il est nécessaire de reconsidérer sérieusement la poursuite ou non de la thèse.

 

Conclusion

Pour finir sur une note un peu moins pessimiste (car rassurez-vous la majorité des thèses se passent bien et se finissent bien), sachez que la thèse reste une expérience unique et nécessairement intense. Le titre de docteur vient couronner cette expertise acquise, cette spécificité de travail scientifique à la pointe de la recherche.

On y apprend énormément, tant sur le plan professionnel que personnel ! Progresser de façon générale, gagner en autonomie, savoir mener et s'épanouir dans un sujet de recherche, faire avancer la science, se rendre compte qu'on est capable d'avancer même hors de sa zone de confort, prendre des responsabilités, travailler en équipe et parfois la gérer, etc. Toutes ces choses (vous réutiliserez dans n'importe quel contexte professionnel) font que je vous conseille de tenter l'expérience si elle vous convient !

 

Et si jamais vous avez un coup de mou, venez nous voir sur le chan IRC #bioinfo-fr pour qu'on vous remotive ou allez jeter un œil sur Ciel mon doctorat 😉

 

 

Merci aux relecteurs Olivier Dameron, Pierre Marijon, et Guillaume Devailly pour leur temps dédié à cet article bien plus long que prévu !

 

Lectures ayant inspiré la rédaction de cet article :

 

 

  • À propos de
  • Doctorante rousse à vocation bioinformatique / biostatistiques, je suis admin de bioinfo-fr depuis 2017, et ex-trésorière de JeBiF. Après un parcours assez inhabituel (BTS Bio, Licence Stats/Info, Master BIBS de l'U. Paris Sud/Polytechnique), je suis actuellement en doctorat au CHUL de Québec/U. Laval au Canada où je travaille dans le cadre de ma thèse sur les réseaux de co-expression appliqués au vieillissement de la peau.

4 commentaires sur “Les grandes questions du doctorant en devenir/débutant

  1. Super article ! Vraiment hyper intéressant je pense que je viendrai le relire de temps en temps quand je serai dans le bain 🙂 Merci Gwenaelle !

  2. Merci pour cet article Gwenaelle. Tout à fait d\'accord avec l\'importance des choix humans (directeur de thèse, labo) au-delà du sujet. Par ailleurs, il me semble que \"... que si le sujet vous tenez à cœur\" s\'écrit \"... que si le sujet vous tenait à cœur\".

  3. Alors, je ne sais pas si je suis atteinte du syndrome de Stockholm, mais dans les abus que tu cites je trouve des choses qui pour moi sont normales:

    \"obligation de gestion de projets n\'ayant rien à voir avec le travail de thèse\", j\'ai tendance à croire que ce n\'est pas forcément mauvais. Avoir un projet de backup avec succès garanti peut sauver une thèse si l\'école doctorale impose une publication pour la soutenance. De plus, au début de la thèse, le doctorant peut ne pas être apte à juger de lui même ce qui peut se révéler bénéfique pour lui. Oui gérer 2 projets ça peut paraître insurmontable, mais ça apprend le sens de l\'organisation et de la priorisation du travail. près, évidemment, il ne faut pas se retrouver avec 2 gros projets dans les pattes, c\'est pas gérable, mais je conseille à tous d\'essayer d\'avoir un petit projet en plus. Le must est d\'avoir un petit projet que vous avez vous-même monté.
    \"demande de revue d\'article à la place du reviewer nommé\", là tout dépend de comment ça se passe. J\'ai souvent reviewer des articles, mais s\'était en mode \"exercice\". Genre mon DT me dit \"tiens, j\'ai reçu cet article, lit le et dis moi si tu vois des choses qui clochent\". À la fin c\'est tout de même lui qui rédige, mais souvent j\'ai vu des choses qu\'il n\'avait pas vu, ça forme.
    \"demande de rédaction de demandes de subvention\", là encore, j\'ai participé à l\'écriture de demandes de fonds, j\'ai écris des paragraphes entiers, parce que ça décrivait mon projet et même les futurs travaux dérivés de mon projet. Ça forme à l\'écriture, et à voir comment son travail s\'inscrit dans une démarche plus large.
    \"manips/réunions en dehors des horaires conventionnels\", pour les manip\' c\'est des fois impossible de faire autrement. Le vivant n\'attend pas. J\'ai par le passé repousser des manip\' parce que pour générer des embryons au bon âge, il fallait parfois aller au labo le week-end. Résultat, je me rend compte avec le recul que j\'ai perdu un temps monstre en tentant de contourner le problème. L\'objectif à atteindre est la réussite du projet dans un temps restreint, il faut parfois savoir sacrifier un après-midi de week-end pour y arriver (voire même un 25 décembre T_T). Après, rien ne vous empêche de compenser ce temps pendant la semaine en rentrant plus tôt ou en arrivant plus tard.
    \"imposition d\'un auteur sur sa publication alors qu\'il n\'a pas participé au travail\", ça, c\'est de la politique. C\'est pas éthique, j\'en conviens, mais ça arrive assez souvent. Tant que vous avez la place d\'honneur, c\'est ce qui compte le plus pour votre carrière.

    Je lis souvent des articles sur le doctorat (ça s\'applique même après pour les postdoc), mais de temps en temps je ne peux m\'empêcher de penser qu\'il ne faut pas non plus sur-protéger un doctorant. La thèse, c\'est dur, et c\'est normal. C\'est une épreuve d\'endurance, un apprentissage de la gestion de projet, c\'est aussi une période où l\'on apprend l\'humilité, et à dépasser ses limites (surtout à la fin, quand il faut gérer l\'écriture de la thèse, finir les manip\', gérer les papiers en révisions ou à soumettre, et chercher un boulot pour après). Il faut accepter que ça va pas être tout rose, mais il faut aussi de temps en temps dire \"non, ça, c\'est trop\". Toute la difficulté se trouve là, trouver le juste milieu entre se dépasser et ne pas se faire complètement submerger.

    Ce que je retiens de mon doctorat (5 ans en Suisse), c\'est vraiment qu\'il faut à tout prix créer une relation de confiance avec son DT. Moi j\'en avait 2, avec l\'un s\'était \"simple\" parce qu\'on se disait tout (on s\'engueulait souvent d\'ailleurs parce qu\'on est très têtu tous les 2), mais avec le second, j\'ai carrément foiré, parce que s\'est une personne qui passe par la dévalorisation du travail pour pousser les gens à s\'améliorer, sauf que chez moi ça marche pas, même si au final j\'ai beaucoup appris tout en le détestant. J\'ai joué la technique de l\'évitement, mais je me prenais la raclée à chaque présentation en lab meeting (c\'est sa marque de fabrique et il en est très fière).

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