… et ses "presque" réponses !

Dans cet article, je vais ten­ter de reprendre les grandes inter­ro­ga­tions que l'on peut avoir avant ou en com­men­çant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa car­rière pour cer­taines) et plus par­ti­cu­liè­re­ment en bio­in­for­ma­tique (mais pas que). Si cer­taines seront très détaillées, d'autres res­te­ront plus éva­sives. Cela non pas, for­cé­ment, par manque de connais­sance, mais plu­tôt par dif­fi­cul­té d'être très pré­cis au vu de la varié­té des thèses et des thé­ma­tiques en bio­in­for­ma­tique. Les per­sonnes visées sont autant les jeunes que les aspi­rants doc­to­rants, voire même les diplô­més de longue date pour qu'ils se remé­morent ce que c'est de ne pas savoir.

Évi­dem­ment, cet article por­te­ra la marque incons­ciente de ma sub­jec­ti­vi­té (et influence du Qué­bec vu que j'y fais mon doc­to­rat), je vous enjoins donc à réagir dans les com­men­taires si vous sou­hai­tez appor­ter votre avis !

Sommaire

1. Ce qu'il faut savoir/​faire avant d'entrer en doc­to­rat
2. Par où je com­mence ?
3. Dois-je suivre aveu­glé­ment les direc­tives du DT/​CE au début ?
4. Com­ment je m'approprie mon sujet ?
5. Jusqu'à quel point dois-je véri­fier ce qu'avance la lit­té­ra­ture pour débu­ter ma propre recherche ?
6. Com­ment je m'y retrouve dans un sujet qui part dans tous les sens ?
7. Com­ment expri­mer un désac­cord avec son/​sa DT/​CE ?
8. Et si ça se passe quand même mal ?

Note 1 : Dans ce docu­ment, le géné­rique mas­cu­lin est uti­li­sé dans le seul et unique but d allé­ger le texte et désigne aus­si bien tous les genres.

Note 2 : par abus de lan­gage, les termes "thèse" et "doc­to­rat" seront ici sou­vent uti­li­sés de façon inter­chan­geable. Cepen­dant il est bon de rap­pe­ler que la thèse désigne en réa­li­té le mémoire résu­mant les tra­vaux de recherche, et le doc­to­rat un grade uni­ver­si­taire. Le terme Ph.D. est quant à lui le pen­dant anglo­phone, voire inter­na­tio­nal.

Ce qu'il faut savoir/​faire avant d'entrer en doctorat

Vous envi­sa­gez une thèse ou vous avez déjà une offre ? Bien, mais ne brû­lez pas les étapes avant de vous lan­cer dans l'aventure. Tout d'abord, je ne sau­rais que vous conseiller de (re)lire l'article d'Estel De l'utilité (ou pas) d'une thèse en bioin­fo­ma­tique. Il vous aide­ra à déter­mi­ner si vous souhaitez/​nécessitez une thèse pour votre choix de car­rière. À pré­sent, si vous êtes sûr que la thèse et donc le doc­to­rat sont faits pour vous, il vous faut encore vous assu­rer que l'offre que vous visez est réel­le­ment celle qui vous convien­dra le mieux.

On va rado­ter un peu mais : une thèse c'est entre 3 ans (France) et 4 à 5 ans (Cana­da). De même en termes de conte­nu, cela n'a rien à voir avec un "gros stage de m2 qui dure plus long­temps". Com­pre­nez par là que le doc­to­rat c'est avant tout un tra­vail de recherche scien­ti­fique à part entière et non pas une sous par­tie d'un pro­jet qu'on donne à un étu­diant pour qu'il se forme (en France vous êtes même, en plus d'étudiant, consi­dé­ré comme sala­rié). La rigueur et l'investissement per­son­nel sont donc de mise. Autant vous dire qu'il vau­drait mieux que vous vous plai­siez dans votre doc­to­rat, autre­ment le temps va vous paraître long et vous rejoin­drez la longue liste des doc­to­rants dépri­més et dégoû­tés de la recherche. Ce bien être dans votre doc­to­rat va dépendre de plu­sieurs fac­teurs :

• Votre inté­rêt pour le sujet : si vous êtes un adepte de la bio­in­for­ma­tique struc­tu­rale, vous lan­cer dans un sujet de modé­li­sa­tion des sys­tèmes bio­lo­giques car c'est la seule équipe qui vous a accep­té en thèse n'est vrai­ment pas une bonne idée. Ce sujet vous allez devoir en faire une revue de lit­té­ra­ture appro­fon­die (c'est-à-dire lire des publi­ca­tions en masse) et ensuite pous­ser la réflexion des­sus à chaque jour de vos années de thèse pour en faire res­sor­tir de la nou­velle connais­sance. Et sans moti­va­tion, vous irez moins loin que si le sujet vous tenait à cœur.
• La rela­tion entre vous et votre direc­teur de thèse (DT) : la com­mu­ni­ca­tion entre vous deux est pri­mor­diale car sur elle repose une par­tie de votre com­pré­hen­sion du sujet, votre sti­mu­la­tion scien­ti­fique, votre sens cri­tique, et bien évi­dem­ment votre avan­cée. Et quand je parle de rela­tion, elle va bien enten­du dans les deux sens ! Vous devez être le plus hon­nête et tra­vailleur pos­sible pour que votre DT soit à même de vous aiguiller dans votre tra­vail et vous gui­der vers l'autonomie en recherche. Mais lui se doit d'être dis­po­nible pour vous écou­ter et diri­ger, d'être expert dans le domaine dans lequel votre sujet s'inscrit (ex : l'analyse de trans­crip­tome végé­tal), de mon­trer son inté­rêt pour votre tra­vail, et éga­le­ment d'être hon­nête.
• L'adéquation entre votre men­ta­li­té et celle du labo : des gens seront-ils dis­po­nibles pour vous répondre quand votre DT ne le pour­ra pas ? Si un super­vi­seur vous est assi­gné, est-il expert dans le domaine de votre sujet ? Y règne-t-il une ambiance com­pé­ti­tion ? Les gens sont-ils du genre à faire des sor­ties de labo comme vous ? Pré­fé­rez-vous un labo où cha­cun garde son inti­mi­té ? Sont-ils inclu­sifs, res­pec­tueux vis-à-vis de sujets de dis­cri­mi­na­tion (cou­leur, han­di­cap, diver­si­té de genre, de sexua­li­té, etc.) ?
• Le salaire : sauf excep­tion (CIFRE, CEA, bourses d'excellence, etc. en France, bourse Vanier, bourses d'excellence, DT géné­reux, etc. au Cana­da) vous allez gagner le mini­mum ou presque. Si en France il existe un salaire mini­mal obli­ga­toire qui vous per­met de vivre pas trop mal (excep­tion faite de l'Île-de-France…), dans plu­sieurs autres pays aucun mon­tant n'est défi­ni. Mieux vaut donc poser la ques­tion assez tôt dans vos entre­tiens pour faire vos cal­culs de coût de la vie sur place.

Un peu fleur bleue, vous allez avoir ten­dance à faire pri­mer le sujet sur tous les autres points. Cepen­dant les dis­cus­sions avec de nom­breux doctorants/​docteurs (ain­si que de nom­breux avis exté­rieurs) ont bien fait res­sor­tir cet avis : la rela­tion doctorant/​DT et l'ambiance au labo priment sur le reste. Vous pou­vez être l'étudiant le mieux payé et le plus moti­vé du monde, vous aurez besoin de l'aide de votre DT et des autres membres du labo pour avan­cer dans votre sujet de recherche (ou sinon vous n'auriez pas besoin de faire un doc­to­rat) et tenir men­ta­le­ment.

On en a vu des doc­to­rants négli­ger ces aspects pour choi­sir un grand labo /​ un sujet à la mode. Quand le DT s'est avé­ré être un har­ce­leur, un incom­pé­tent, un sadique et/​ou le labo une jungle où règne la loi du plus fort et du cha­cun pour soi… Ça s'est rare­ment bien fini pour le doc­to­rant !

Voi­ci donc une liste de conseils pour que votre choix tienne compte de ces aspects :

• Contac­tez des gens du labo ! Si vous ne deviez rete­nir qu'un seul conseil, ce serait celui-ci. Vous devez par­ler avec plu­sieurs gens, en com­men­çant par ceux déjà pré­sents sur place et à toutes les posi­tions : chargés/​professionnels de recherche (C/​PR, le pre­mier est fran­çais, le deuxième cana­dien), ingé­nieurs, tech­ni­ciennes, et bien évi­dem­ment les doc­to­rants ! Ces der­niers vous racon­te­ront ce que vous serez ame­nés à vivre. Il se peut cepen­dant qu'ils aient des avis dif­fé­rents, et/​ou allègent la réa­li­té pour ne pas avoir d'ennuis. N'hésitez donc pas à regar­der les anciens pas­sés par le labo pour les contac­ter (astuce : ils sont par­fois lis­tés sur le site web du labo, ou retrou­vables par l'affiliation du labo et le par­cours des publi­ca­tions asso­ciées puis de ses auteurs). Si vous le pou­vez éga­le­ment, visi­tez le labo­ra­toire pour ren­con­trer les gens en per­sonne et voir l'ambiance. Cer­taines écoles doc­to­rales (France) et uni­ver­si­tés (par­tout ailleurs) pos­sèdent des asso­cia­tions de doc­to­rants qui peuvent éga­le­ment vous ren­sei­gner sur votre futur labo/​DT (cer­taines tiennent des listes offi­cieuses de DT bla­ck­lis­tés).
• Faites de la biblio sur votre sujet avant l'entretien, voire deman­dez des articles à votre (poten­tiel) DT qu'il consi­dère comme incon­tour­nables. Ça vous per­met­tra d'être moins pris de court aux ques­tions et de voir si votre sujet a vrai­ment été étayé ou s'il consis­tait juste en ce des­crip­tif d'une tren­taine de lignes que vous avez pu lire sur l'annonce.
• Recher­chez si ce sujet est géné­ra­liste ou de niche. Cela impac­te­ra déjà votre pour­suite de car­rière.
• Deman­dez à votre futur DT com­ment il envi­sage vos pre­miers mois dans son labo : lit­té­ra­ture ou ana­lyses direc­te­ment ? Le pre­mier est bien plus sage car com­ment avan­cer sur quelque chose qu'on ne connaît pas encore ?
• Regar­dez la liste des publi­ca­tions du labo­ra­toire. Sont-elles nom­breuses ? Régu­lières ? Si la plu­part ne contiennent pas de membre du labo en pre­mier et/​ou der­nier auteur, c'est que le labo­ra­toire ne repose que sur des col­la­bo­ra­tions et que les membres du labo font office de main d’œuvre bioin­fo.
• Si vous êtes un adepte du libre, deman­dez leur poli­tique concer­nant la publi­ca­tion dans bioRxiv (ou tout autre ser­veur de pre­print) et la divul­ga­tion du code source sur un dépôt public.
• Si cela vous tient à cœur, pour­rez-vous faire de l'enseignement ? Enca­drer des sta­giaires ?
• Deman­dez-vous si vous êtes vrai­ment prêt à tra­vailler plu­sieurs années de suite sur un même pro­jet, et ce de façon de plus en plus auto­nome ? De sur­mon­ter les (nom­breux) échecs* suc­ces­sifs pour repar­tir de plus belle ? D'être chal­len­gé sur vos connais­sances régu­liè­re­ment ? De don­ner des coups de col­lier pour faire des heures sup­plé­men­taires quand excep­tion­nel­le­ment il le faut ? De sup­por­ter l'éloignement si vous êtes ame­nés à par­tir loin de votre zone de confort ?

* À rela­ti­vi­ser tout de même car un échec dans notre cas c'est sou­vent une hypo­thèse inva­li­dée, une p‑value supé­rieure à notre seuil, etc. contrai­re­ment à un chi­rur­gien ou un chauf­feur-rou­tier pour qui un échec c'est de bles­ser (voir tuer) un patient ou mettre son camion dans la voi­ture qui vient en face.

Si vous vous êtes posé toutes ces ques­tions, avez réflé­chit à tous ces conseils, et êtes tou­jours moti­vés, bien­ve­nue en doc­to­rat !

Par où je commence ?

Par le début là où on vous dira de com­men­cer. A moins d'avoir déjà appri­voi­sé votre sujet par un stage de M1/​M2 ou une lec­ture inten­sive de biblio, vous arri­ve­rez dans votre tout nou­veau bureau sans avoir de vue suf­fi­sam­ment large pour esti­mer quel axe, quelle ques­tion pri­vi­lé­gier. C'est à votre DT ou votre comi­té d'encadrement (CE, c'est-à-dire les char­gés de recherche et/​ou post-doc pas loin le plus sou­vent) qu'adviendra cette tâche dans un pre­mier temps.

Le plus sou­vent il s'agira de lire un bon nombre de publi­ca­tions que votre enca­drant vous aura sélec­tion­nées, sans comp­ter celles que vous décou­vri­rez par vous-même en regar­dant les cita­tions ou celles issues de vos recherches d'explication de telle ou telle infor­ma­tion. Cepen­dant, il se peut aus­si qu'on vous donne juste deux/​trois publi­ca­tions et/​ou qu'on vous charge dès le débu­ter d'expérimenter un outil, une méthode, un package, … (ce fut mon cas). Dans ce cas, remon­tez vos manches et par­tez en quête de la lit­té­ra­ture scien­ti­fique vous-même : les pre­mières publications/​le résu­mé de l'offre d'emploi/les pre­mières dis­cus­sion avec votre DT/​CE pos­sèdent for­cé­ment des mots clefs. Même si ce ne sont pas les bons ou qu'ils ne sont pas très pré­cis (ex : trans­crip­to­mique), par­tez de là, trou­vez une review et essayez de voir quelles infor­ma­tions se recoupent entre les dif­fé­rentes publi­ca­tions et/​ou avec ce qu'on vous a deman­dé de faire/​dit du sujet.

Pour résu­mer : lisez et bidouillez !

Dois-je suivre aveuglément les directives du DT/​CE au début ?

Aveu­glé­ment non, clai­re­ment pas. Mais pour pou­voir dis­cu­ter les choix qu'ils ont faits dans un pre­mier temps, il vous faut un mini­mum d'arguments. A défaut, si vous avez une intui­tion ou une incom­pré­hen­sion, posez des ques­tions ! Plein de ques­tions ! Les pre­mières semaines, voire mois, sont le ter­rain idéal pour expri­mer tous vos doutes, idées sau­gre­nues et blo­cages (pas que ce soit impos­sible après, mais on esti­me­ra que vous serez capable d'aller cher­cher les réponses par vous-même). Non seule­ment vous affi­ne­rez votre idée de votre sujet, mais en plus vous mon­tre­rez votre inté­rêt pour celui-ci, ce qui ras­su­re­ra votre DT (oui, on oublie bien sou­vent qu'ils ont une âme et des émo­tions et qu'avoir un doc­to­rant à charge c'est une source d'emmerdes d'inquiétudes).

Rete­nez tout de même (qu'en théo­rie) lui et/​ou votre CE est com­pé­tent sur les bases de votre sujet et que per­sonne n'a inté­rêt à vous envoyer dans la "mau­vaise direc­tion". Et je mets ceci entre guille­mets car il n'y en a pas vrai­ment : au pire ce que vous aurez fait ne sera pas bon et vous aurez éli­mi­né une source d'erreur, au mieux vous refe­rez quelque chose qui existe déjà et cela vous for­me­ra et vous confor­te­ra dans ce que vous faites.

Pour résu­mer : écou­tez bien, mais res­tez curieux.

Comment je m'approprie mon sujet ?

Pas de recette magique ici : "Keep pushing".

Ne cher­chez pas à faire le tour de votre sujet dès vos pre­miers mois, vous n'aurez pas encore le recul néces­saire pour cela. Toute per­sonne ayant dis­cu­té avec un doc­teur sait par ailleurs qu'un sujet de thèse change tou­jours au cours de vos années d'étude. Com­men­cez par maî­tri­ser la/​les méthodes clefs qui, dans notre domaine, s’avéreront sou­vent être un/​deux langage/​framework/​logiciel + une tech­nique statistique/​théorie de l'information dans un contexte bio­lo­gique défi­nit. Cher­chez autant à les com­prendre qu'à recher­cher leurs limites, leurs concur­rents, et la suite logique dans laquelle ils s'inscrivent. Appli­quez celles-ci à vos dif­fé­rentes don­nées, expé­ri­men­tez des para­mé­trages un peu foi­reux pour vous-même com­prendre les fron­tières de votre approche.

Mais aus­si et sur­tout, par­lez avec votre DT/​CE de vos idées (même si elles ne vous paraissent pas per­ti­nentes car ce sont par­fois les meilleures…) et de vos envies de test (car ils pour­ront vous évi­ter de perdre du temps s'ils connaissent la réponse), et même de votre frus­tra­tion ou de votre démo­ti­va­tion face à votre angle d'attaque. Ils sont cen­sés être à même de vous ré-orien­ter, de vous aider à sur­mon­ter une dif­fi­cul­té et de créer un dia­logue scien­ti­fique pour sti­mu­ler votre recherche. Et si ce n'est pas le cas, tour­nez-vous vers vos col­lègues doc­to­rants, vers la com­mu­nau­té bioin­fo tel que le chan irc #bioin­fo-fr, Twit­ter, l'association JeBiF, ou toute autre struc­ture bioin­fo pré­sente dans votre pays d'étude (le réseaux RSG de l'ISCB est un bon point de départ), "We are legion" !

Il est par ailleurs nor­mal d'éprouver des doutes : "Suis-je assez bon ?", "Est-ce que ce que je fais est utile ?", "Est-ce juste ?'", etc. Loin de s'arrêter à la fin du doc­to­rat, ils vont per­sis­ter toute votre car­rière et c'est une bonne chose. En effet, des cer­ti­tudes sys­té­ma­tiques vous ren­draient satis­fait de ce que vous avez déjà appris (et donc stag­ner), vous feraient par­tir sur des sujets sans pro­blé­ma­tique réelle, ou encore vous feraient man­quer vos propres erreurs. Il est éga­le­ment à noter que ces doutes ne sont pas l'exclusivité du doc­to­rat, et on les retrou­ve­ra ain­si chez des ingé­nieurs, des tech­ni­ciens, des direc­teurs de labo­ra­toire, etc. Pour autant, trop de doutes peuvent vous blo­quer. Sachez alors culti­ver votre confiance en vous, si pri­mor­diale pen­dant la thèse.

Vous vous aper­ce­vrez bien sou­vent après 8 à 12 mois de thèse (ou à l'occasion de la rédac­tion d'un poster/d'une publication/d'une demande de bourse/​… ) que vous êtes à pré­sent capable de por­ter un regard cri­tique argu­men­té sur ce que vous avez accom­pli jusqu'à pré­sent, et cela va s'amplifier avec le temps (si vous êtes comme moi, vous allez trou­ver que vous étiez débile chaque 2/​3 mois avant). Avant cela, soyez indul­gent avec vous s'il vous plaît, il est tout à fait nor­mal de ne pas être capable de savoir où on en est et approxi­ma­ti­ve­ment vers où on va.

Pour résu­mer : engran­gez un maxi­mum de connais­sances, tant dans la lit­té­ra­ture que dans vos expé­ri­men­ta­tions et lais­sez le temps faire son office.

Jusqu'à quel point dois-je vérifier ce qu'avance la littérature pour débuter ma propre recherche ?

Et autre ques­tion liée : Com­ment jus­ti­fier le choix d'une méthode, d'un outil, plu­tôt qu'un autre ?

On entend sou­vent dire "plus de la moi­tié des résul­tats de publi­ca­tions ne sont pas repro­duc­tibles", alors com­ment faire confiance à ce qu'on lit ?

Les pre­miers conseils qui vous seront sou­vent don­nés sont :

• Faire confiance aux publi­ca­tions avec un "bon" nombre de cita­tions et pro­ve­nant de jour­naux avec un "bon" impact fac­tor (la notion de "bon" variant selon la per­sonne à qui vous posez la ques­tion et/​ou votre domaine de recherche).
• Prendre les publi­ca­tions avec les outils/​méthodes les plus uti­li­sées par la com­mu­nau­té et/​ou les plus récents (l'équilibre entre les deux dépen­dant encore une fois de votre appré­cia­tion si vous en avez et de votre dis­cus­sion avec votre DT/​CE).
• Cher­cher une review/​un bench­mark fai­sant la com­pa­rai­son de plu­sieurs outils/​méthode pour vous et sou­li­gnant les aspects de cha­cun (et s'il n'y en a pas, voi­là peut être votre poten­tiel pre­mier article comme diraient cer­tains).
• Lisez toute nou­velle publi­ca­tion qui peut vous concer­ner (sou­vent l'abstract + intro vous suf­fi­ra) car elle pour­rait jus­te­ment venir cor­ri­ger une erreur faite dans une publi­ca­tion que vous aviez lue.

Côté tech­nique, cela vous suf­fi­ra au début pour vous évi­ter de vous épar­piller dans mille et un test d'outils. Mais vous ver­rez qu'à force d'utilisation sur vos propres don­nées, d'optimisation de para­mé­trage, et tou­jours et encore de lec­ture, vous devien­drez cri­tique et capable de les éva­luer.

Côté connais­sance, le pre­mier et le der­nier des conseils ci-des­sus res­te­ront votre dogme pour la plu­part de la thèse à moins que vos résul­tats d'analyse ne les remettent en ques­tion. Faites tout de même confiance par défaut, les publi­ca­tions passent par des étapes de peer review qui sont jus­te­ment là pour évi­ter toute infor­ma­tion erro­née. Par ailleurs, si un doute per­siste, ou une incom­pré­hen­sion, n'hésitez pas à envoyer un mail ou pas­ser voir votre DT/​CE pour lui poser la ques­tion (avec un bout de gâteau pour les moti­ver c'est encore plus effi­cace !).

Pour résu­mer : faites confiance, et tenez-vous à jour dans votre lit­té­ra­ture.

Comment je m'y retrouve dans un sujet qui part dans tous les sens ?

Le sujet de thèse c'est à la fois ce titre hyper pré­cis (et qui va chan­ger au moins 20 fois pen­dant votre doc­to­rat), et ce flou ten­ta­cu­laire qui vous habite tous les jours. Comme dit plus tôt, la lec­ture de la lit­té­ra­ture scien­ti­fique va être le pilier de base, mais elle peut vite par­tir dans tous les sens à vou­loir aller dans le détail de chaque piste de réflexion. Il va donc vous fal­loir apprendre à mettre des limites et à orga­ni­ser les idées majeures qui vont en res­sor­tir et prio­ri­ser les lec­tures pour se tenir à jour. Pour ce faire, rien ne vaut une bonne mind­map, ou carte heu­ris­tique !

Note : je rap­pelle que cette biblio est volon­tai­re­ment tron­quée, toute la par­tie bio­lo­gique a notam­ment été mas­quée.

Cette repré­sen­ta­tion pré­sente plu­sieurs avan­tages :

• Ren­for­cer l'information qui est retrou­vée plu­sieurs fois
• Gar­der une trace orga­ni­sée de ses lec­tures, avoir le lien logique entre les dif­fé­rentes idées, publi­ca­tions
• Évi­ter de trop aller dans le détail en ayant visuel­le­ment un témoin du détail dans lequel on se lance (si les branches se rami­fient trop c'est qu'on va pro­ba­ble­ment trop loin)
• Explo­rer les dif­fé­rents pans de son sujet (et par­ti­cu­liè­re­ment en bio­in­for­ma­tique, arri­ver à rat­ta­cher la par­tie exclu­si­ve­ment bio, la par­tie exclu­si­ve­ment info/​stat avec la par­tie bioin­fo)

Mais bon, vous allez me dire qu'on peut faire la plus belle mind­map qui soit, sans idée de ce que sont les limites de votre sujet, ça n'aide pas. C'est là qu'intervient votre DT/​CE : par la dis­cus­sion ensemble de votre des­crip­tif ini­tial de sujet sur lequel vous avez été sélec­tion­né, vous allez pou­voir faire res­sor­tir une pro­blé­ma­tique, une hypo­thèse à laquelle vous devrez répondre. Chaque nou­velle avan­cée la fera pro­ba­ble­ment évo­luer, et c'est encore une fois un point de dis­cus­sion constant qui vous per­met­tra de conser­ver le dia­logue ! Cette pro­blé­ma­tique va gui­der vos choix, vos lec­tures car ce sont l'ensemble des moyens que vous allez mettre en œuvre pour y répondre qui vont for­mer votre thèse. Si vous per­dez de vue ce point, vous allez vous épar­piller et très vite vous décou­ra­ger car un sen­ti­ment inac­com­pli s'installera.

Pour gar­der le cap coûte que coûte, voi­ci quelques outils pra­tiques d'organisation que je vous recom­mande :

• Fra­mind­map : outil web de créa­tion de mind­map. Simple, libre, élé­gant, et per­son­na­li­sable à sou­hait ! What else ?
• Zote­ro : un ges­tion­naire de biblio­gra­phie (par­mi d'autres mais libre) qui vous per­met de sau­ve­gar­der vos publi­ca­tions, les clas­ser, les taguer, voir leur suite chro­no­lo­gique, etc. . L'indispensable pour tout cher­cheur qui se res­pecte !
• Tai­ga : ini­tia­le­ment pré­vu pour les équipes de déve­lop­pe­ment Agile, cet outil (cou­sin libre de Trel­lo) s'est révé­lé être un allié redou­table pour m’éviter de me dis­per­ser dans les tâches à réa­li­ser pour avan­cer. Défi­nis­sez vos objec­tifs actuels, décou­pez-les en taches, don­nez-leur des com­men­taires au besoin pour vous gui­der. Il est éga­le­ment pos­sible d'y acti­ver un wiki dont je me sers per­son­nel­le­ment pour faire mon cahier de labo ! (Si l'outil vous inté­resse, un article pour­rait lui être dédié. Mani­fes­tez-vous en com­men­taires)
• Fra­ma­gen­da : agen­da clas­sique (libre) qui vous per­met­tra de gar­der en tête les dead­lines à tenir, ain­si qu'à pla­ni­fier vos réunions qui doivent être régu­lières avec votre DT/​CE (même si elle doit se faire en visio-confé­rence et/​ou être déca­lé de quelques jours) afin de gar­der le dia­logue ouvert et ne pas se dis­per­ser. Remarque : beau­coup de labos ont déjà leur propre calen­drier, fra­ma­gen­da per­met de syn­chro­ni­ser n'importe quel agen­da four­nis­sant un lien iCal.

Enfin, pour orga­ni­ser votre veille biblio­gra­phique et vous tenir à jour, je ne sau­rais que trop vous conseiller de (re)lire l'excellent article de Max : Com­ment orga­ni­ser sa veille en bio­in­for­ma­tique ?

Pour résu­mer : de l'organisation, de la rigueur et quelques outils pra­tiques.

Comment exprimer un désaccord avec son/​sa DT/​CE ?

Si vous en arri­vez à ce point, c'est que vous avez déjà bien avan­cé dans votre prise en main du sujet (et par consé­quent plus vrai­ment doc­to­rant débu­tant, mais encore un peu).

Au fur et à mesure que vous avan­ce­rez dans votre recherche, il faut bien prendre conscience que vous allez petit à petit sur­pas­ser les connais­sances que votre DT/​CE a sur votre sujet. Cepen­dant gare à ne pas fan­fa­ron­ner non sans for­fan­te­rie quelques fief­fés for­faits far­fe­lus effron­tés ! (c'est-à-dire ne vous la pétez pas trop quand même). Fort de vos connais­sances acquises, il se peut que vous en veniez à vous allez ne pas être du même avis sur cer­tains points. À vous alors de défendre (sans ani­mo­si­té, c'est impor­tant) votre point de vue sur le sujet et/​ou sur les pro­chaines étapes à faire. À moins de faire face à une incar­na­tion de la mau­vaise foi et d'entêtement (et je parle de vous comme de votre DT/​CE bien évi­dem­ment), vous devriez arri­ver à abou­tir sur un com­pro­mis, voire une vali­da­tion totale de votre idée, moyen­nant par­fois un temps maxi­mum alloué pour tes­ter l'idée (bonus : cette limite de temps marche aus­si quand votre DT/​CE vous force à tes­ter une idée).

Dans le cas où un accord ne pour­rait être trou­vé, il existe plu­sieurs solu­tions dépen­dant de vous, votre DT/​CE, et/​ou de votre pays/​système doc­to­ral. Elles sont ici clas­sées par ordre de "gra­vi­té" :

• Conve­nir d'un ren­dez-vous pro­chain pour reve­nir cha­cun avec d'autres argu­ments. Sou­vent lais­ser pas­ser une nuit per­met de faire matu­rer les argu­ments de l'un et de l'autre dans cha­cun des esprits, et le chan­ge­ment d'avis de l'un des deux (étu­diant comme DT) peut inter­ve­nir !
• Faire appel à une troi­sième par­tie, tel qu'un autre C/​PR, un autre cher­cheur proche de votre pro­blé­ma­tique (et qui n'est pas en concur­rence avec vous).
• Deman­der un média­teur à votre école doc­to­rale /​ for­ma­tion d'encadrement (on s'entend que si vous en arri­vez à consi­dé­rer cette der­nière solu­tion, ce ne sont pas les mêmes consé­quences pour votre fin de doc­to­rat).

Vous consta­te­rez que ces conseils s'appliquent à n'importe quelle situa­tion pro­fes­sion­nelle (avec tou­te­fois des enti­tés de média­tion dif­fé­rentes). Gar­dez-les donc sous le coude, même une fois deve­nu doc­teur. Au cours de sa car­rière, cha­cun d'entre nous y sera for­cé­ment confron­té (bon, cer­tains plus que d'autres, c'est vrai) et ce, dans les deux sens (je ne suis pas d'accord avec quelqu'un ou quelqu'un n'est pas d'accord avec moi).

Pour résu­mer : res­tez humble et pri­vi­lé­giez le dia­logue.

Et si ça se passe quand même mal ?

Le doc­to­rat ce n'est pas tou­jours une par­tie de plai­sir, mais on ne va pas vous le cacher, il se peut que ça aille par­fois vrai­ment trop mal. Les rai­sons peuvent être nom­breuses et pour­tant, à moins de connaître un doc­to­rant dans ce cas, on ne les apprend qu'une fois dans le même cas :

• Har­cè­le­ment moral : pres­sion constante, demande de résul­tats publiables à chaque semaine sans logique, accu­sa­tion du doc­to­rant pour des erreurs com­mises par le DT/​CE, remarques sexistes/​racistes/​homophobes/​…, sur­veillance des heures de tra­vail et critique/​blâme si pas assez aux yeux du DT/​CE, intru­sion dans la vie pri­vée, etc.
• Abus de pou­voir : obli­ga­tion de ges­tion de pro­jets n'ayant rien à voir avec le tra­vail de thèse, demande de revue d'article à la place du revie­wer nom­mé, demande de rédac­tion de demandes de sub­ven­tion, manips/​réunions en dehors des horaires conven­tion­nels, impo­si­tion d'un auteur sur sa publi­ca­tion alors qu'il n'a pas par­ti­ci­pé au tra­vail, etc.
• Aban­don de l'étudiant : non défi­ni­tion du sujet ini­tial (voir Ce qu'il faut savoir/​faire avant d'entrer en doc­to­rat pour l'éviter) pas ou presque de réponses aux mails (scien­ti­fiques comme admi­nis­tra­tifs), pas d'aide en cas de pro­blème technique/​méthodologique/​…, absence de for­ma­tion pour le tra­vail deman­dé, etc.
• Déva­lo­ri­sa­tion du tra­vail : aucun encou­ra­ge­ment et/​ou que des cri­tiques néga­tives, empê­cher d'aller pré­sen­ter son tra­vail en dehors de l'université (ex : aucun envois en confé­rence), non prise en compte du temps de biblio­gra­phie comme "tra­vail", ne pas être écou­té par le DT/​CE quand on pré­sente ses résul­tats en réunion, don­ner une par­tie du sujet d'un doc­to­rant à un autre pour jus­ti­fier des demandes de fonds, mise en concur­rence de deux étu­diants sur un même sujet, etc.
• Vol de données/​résultats : uti­li­sa­tion de don­nées géné­rées par le doc­to­rant sur autre chose sans lui en parler/​sans le mettre auteur sur la publi­ca­tion qui en résulte, pré­sen­ter le tra­vail du doc­to­rant en s'en attri­buant les résul­tats, exclu­sion du doc­to­rant d'un pro­jet une fois qu'il a réa­li­sé sa part de tra­vail (et donc absence de son nom sur la publi­ca­tion finale), etc.

Note : Pour plus d'exemples, je vous invite à par­cou­rir le croi­si­mot #Mon­Di­rec­teur­Ma­Dit

Et sou­vent on entend des jus­ti­fi­ca­tions plus que dou­teuses à ces abus : "Mais il y en a qui réus­sissent quand même", "On a tou­jours fait comme ça", "Mais ce cher­cheur est brillant pour com­pen­ser", "Fal­lait pas faire une thèse dans ce cas", "Le doc­to­rant prend ça trop à cœur", "C'est rare ces cas-là", etc. Cepen­dant rien ne jus­ti­fie de tels com­por­te­ments envers des doc­to­rants, et comme tout employé, il devrait avoir droit au res­pect de sa per­sonne et de ses droits. Mal­heu­reu­se­ment il est sou­vent bien dur de faire remon­ter tous ces pro­blèmes pour que des mesures cor­rec­tives soient prises. Si vous sou­hai­tez emprun­ter ce che­min, l'école doc­to­rale sera votre pre­mier recours en France, et votre res­pon­sable facul­taire ailleurs.

Alors bien sou­vent cer­tains aban­donnent face à ces abu­seurs, et cette déci­sion n'est ni facile, ni agréable, ni dénuée de consé­quences. Voi­ci quelques points à prendre en compte, et quelques conseils :

• Pre­nez le temps d'y réflé­chir, quit­ter une thèse sur un seul des pro­blèmes pré­cé­dem­ment cité est peut être exces­sif, mais y res­ter alors que vous vous recon­nais­sez dans bon nombre l'est tout autant. Votre san­té phy­sique et men­tale doit pas­ser avant vos objec­tifs de car­rière.
• Envi­sa­gez de pro­po­ser une co-direc­tion. Si ce genre d'accord est géné­ra­le­ment négo­cié avant d'arriver en thèse, le recours à l'ajout d'un co-direc­teur a déjà per­mis de sau­ver des doc­to­rants de l'abandon.
• Il se peut que votre uni­ver­si­té mette à dis­po­si­tion des ser­vices de consul­ta­tion en sou­tien psy­cho­lo­gique, média­tion avec le DT/​CE. Faites en usage autant que pos­sible.
• Pen­sez à vous ren­sei­gner sur s'il existe un syn­di­cat étu­diant local pour avoir de l'aide, un sou­tien et/​ou des conseils sup­plé­men­taires pour vous accom­pa­gner dans votre démarche.
• Ren­sei­gnez-vous dis­crè­te­ment sur les moda­li­tés d'abandon. Cer­tains pro­grammes demandent par­fois le rem­bour­se­ment des bourses/​fonds per­çus en cas de départ.
• Quit­ter une thèse c'est pro­ba­ble­ment ne pas pou­voir en reprendre un autre (même si cela existe), mais ce n'est pas pour autant un arrêt de mort pour votre car­rière. Les années déjà pas­sées sont re-valo­ri­sables en années d'expérience dans le domaine.

Pour résu­mer : il existe une mino­ri­té de DT/​CE abu­sifs, et dans une situa­tion d'abus sans dia­logue pos­sible, il est néces­saire de recon­si­dé­rer sérieu­se­ment la pour­suite ou non de la thèse.

Conclusion

Pour finir sur une note un peu moins pes­si­miste (car ras­su­rez-vous la majo­ri­té des thèses se passent bien et se finissent bien), sachez que la thèse reste une expé­rience unique et néces­sai­re­ment intense. Le titre de doc­teur vient cou­ron­ner cette exper­tise acquise, cette spé­ci­fi­ci­té de tra­vail scien­ti­fique à la pointe de la recherche.

On y apprend énor­mé­ment, tant sur le plan pro­fes­sion­nel que per­son­nel ! Pro­gres­ser de façon géné­rale, gagner en auto­no­mie, savoir mener et s'épanouir dans un sujet de recherche, faire avan­cer la science, se rendre compte qu'on est capable d'avancer même hors de sa zone de confort, prendre des res­pon­sa­bi­li­tés, tra­vailler en équipe et par­fois la gérer, etc. Toutes ces choses (vous réuti­li­se­rez dans n'importe quel contexte pro­fes­sion­nel) font que je vous conseille de ten­ter l'expérience si elle vous convient !

Et si jamais vous avez un coup de mou, venez nous voir sur le chan IRC #bioin­fo-fr pour qu'on vous remo­tive ou allez jeter un œil sur Ciel mon doc­to­rat 😉

Mer­ci aux relec­teurs Oli­vier Dame­ron, Pierre Mari­jon, et Guillaume Devailly pour leur temps dédié à cet article bien plus long que pré­vu !

Lectures ayant inspiré la rédaction de cet article :

• Advice for new Ph.D. stu­dents
• I have a fake author on my paper — what should I do ?
• What You Need to Know Before Consi­de­ring a PhD
• Plu­sieurs billets du blog Point Vir­gule (qui bien qu'orienté sciences humaines et sociales, s'applique très bien)
  • 1 – Quelques véri­tés (crues) sur la thèse
  • 2 – Quelques beau­tés (mer­veilleuses) de la thèse
  • 3 – Quelques conseils (indis­pen­sables) concer­nant la thèse
  • Face aux blo­cages de la thèse : quelques solu­tions