Catégorie : Suivez l'guide
-
Guide de démarrage pour ggplot2, un package graphique pour R
Le traitement et l’analyse de données sont une part importante des tâches demandées à un bioinformaticien. L’utilisation de R facilite grandement la manipulation des données et permet également leur représentation de multiples façons. Malgré le potentiel de R, ce dernier est souvent sous-exploité à cause d’une syntaxe parfois trop complexe. Je vais vous présenter aujourd’hui…
-
BLAST en pratique
Cet article a pour but de vous montrer une application pratique de BLAST, le fameux programme d'alignement de séquences détenant un record de citations, avec certains problèmes qu'on peut rencontrer et ce qu'on peut tirer de son résultat. BLAST a au moins deux usages typiques en génomique : Pour les initiés, le premier point est à…
-
Soirée BED & FASTA !
Après la petite histoire de l’analyse des séquences d’ADN, voici un tutoriel pour apprendre quelques trucs et astuces dans ce domaine. Biologiste en mal de connaissances de programmation ou pro de R, vous trouverez ici de quoi vous amuser avec un fichier Fasta ou un Bed. Nous allons voir comment faire un alignement multiple de…
-
Tests Statistiques : suivez l'guide
Introduction : Pourquoi des tests statistiques ? Les tests statistiques sont de puissants outils d’aide à la décision pour le chercheur, qui lui permettent de vérifier des hypothèses expérimentales, avec un certain seuil de probabilité. Ces tests sont simples à appliquer, mais parfois moins simples à comprendre. C’est pourquoi nous allons étudier ensemble ces tests pas à pas…
-
Suivez le guide : en quête de HMM
Bases Théoriques : Une chaîne de Markov , ça vous dit quelque chose ? Une classe de modèles de Markov, appelée Modèle de Markov Caché (Hidden Markov Model, HMM), est un modèle mathématique permettant de segmenter un signal observé en régions (états cachés) définis par le modèle. Lequel est composé de quatre éléments : N états, une matrice d’émissions, des conditions…
-
Jouez avec vos données : utilisez un ORM
Il y a quelques temps, je vous ai parlé de base de données, un super moyen pour structurer vos données. Vous êtes maintenant j'en suis sûr, des professionnels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais maintenant je vais vous apprendre à vous en passer. Et oui, la ligne de…
-
SQLite
Dans un précédent article, nous vous avons parlé des bases de données, leur importance et leur intérêt. Ici je vais vous parler de SQLite, une bibliothèque donnant accès à un moteur de base de données relationnelle qui vous permettra de travailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de configurer ou d'installer quoi que…
-
Cours de R pour débutant pressé, deuxième épisode
Voici donc la suite de mon premier cours de R pour débutants pressés où nous avions vu les bases. Je vous invite à le lire si vous ne l’avez pas déjà fait. Aujourd’hui le but est de s’approcher de la biologie et de traiter d’un cas concret. Nous avons des données de différents éléments fonctionnels du…