Étiquette : Tips
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Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)
Nous revoilà pour de nouvelles aventures sur Inkscape ! Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inkscape, quand des outils qu’on utilise tous les jours le font très bien, que de se familiariser avec un outil puissant en manipulant des notions de bases qui peuvent servir ensuite notamment dans l’élaboration de…
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Packrat ou comment gérer ses packages R par projet
Je vais m'arrêter là, je pense que vous avez compris que la gestion de packages sous R est une source d'erreurs faciles. Mais pas d'inquiétude : Packrat fait tout ça , Packrat est simple, Packrat vous veut du bien ! Packrat ? Kézako ? Packrat c'est un petit package R. "Encore un ?!" vous allez me dire, oui mais il…
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Introduction sur les bonnes pratiques de développement
Oyez Oyez jeune bio-informaticien, étudiant de master, professionnel débutant ou autre curieux, cet article a été écrit spécialement pour vous par l'un des vôtres ! Pour tous les autres si cet article vous laisse un peu sur votre faim, je vous invite à lire deux autres billets déjà présents sur le site, le premier écrit par Nolwenn,…
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Twitter, arme de communication massive et outil scientifique
Twitter est un réseau social incontournable. Son principe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "followers", des messages ou "tweets" de 140 charactères maximum. Il est surtout utilisé aux Etats-Unis, mais la fièvre Twitter gagne peu à peu l'Europe. De nombreux scientifiques, chefs de labos, doctorants et même des institutions informent par ce biais. En créant…
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Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt
But : comprendre le fonctionnement de getopt en Bash pour éviter la multiplications de script là où un seul générique pourrait suffire. Prérequis : savoir faire des scripts Bash, connaître la substitution de commande et savoir manipuler les arguments. Difficulté : 2 (moyen) Pour ceux qui codent en Perl, vous connaissez déjà sûrement le module GetOpt et plus…
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Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?
Librement traduit, complété et adapté de l’article “How to Stay Current in Bioinformatics/Genomics” par Stephen Turner. Stephen est "assistant professor" (c'est à dire professeur non encore titularisé) en santé publique, et directeur du bioinformatics core de l'Université de Virginie, et tient le blog Getting Things Done in Genetics & Bioinformatics Research. Plusieurs personnes ayant demandé à Stephen comment il restait…
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Command line Tips : passage de variable dans awk
But : Dans un fichier organisé en colonnes, nous allons extraire les lignes contenant un mot (donné en argument) dans une colonne fixée à l'avance (1ère colonne). Prérequis : Connaître un peu le shell (pour l'exercice). Difficulté : 2/5 (Facile) Exercice : Pour agrémenter la note, on extraira dans quatre fichiers distincts les lignes contenant les quatre mots les…
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SQL Tips : Créer une table avec le résultat d'une requête
But : Notre but dans cette exemple est de pouvoir travailler sur une copie des lignes ayant une longueur comprisent entre 10 et 400. Mais cette astuce peux aussi être utilisée pour : Créer un clone d'une table, figer les données à un instant donné, travailler sur un sous ensemble de données, simplifier un ordre sql, etc.…