Étiquette : Tips

  • Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

    Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

    Nous revoi­là pour de nou­velles aven­tures sur Inks­cape ! Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inks­cape, quand des outils qu’on uti­lise tous les jours le font très bien, que de se fami­lia­ri­ser avec un outil puis­sant en mani­pu­lant des notions de bases qui peuvent ser­vir ensuite notam­ment dans l’élaboration de…

  • Packrat ou comment gérer ses packages R par projet

    Packrat ou comment gérer ses packages R par projet

    Qui ne s'est jamais retrou­vé coin­cé entre deux pro­jets R uti­li­sant deux ver­sions dif­fé­rentes d'un même package ? Qui n'a jamais eu cette idée folle, un jour d'inventer un cas d'école (via R) qu'il sou­hai­tait par­ta­ger ? Qui n'a jamais eu à cher­cher quelle ver­sion de package est néces­saire avec un code récu­pé­ré d'un col­lègue pour qu'il fonc­tionne comme celui…

  • Introduction sur les bonnes pratiques de développement

    Introduction sur les bonnes pratiques de développement

    Oyez Oyez jeune bio-infor­ma­ti­cien, étu­diant de mas­ter, pro­fes­sion­nel débu­tant ou autre curieux, cet article a été écrit spé­cia­le­ment pour vous par l'un des vôtres ! Pour tous les autres si cet article vous laisse un peu sur votre faim, je vous invite à lire deux autres billets déjà pré­sents sur le site, le pre­mier écrit par Nol­wenn,…

  • Twitter, arme de communication massive et outil scientifique

    Twitter, arme de communication massive et outil scientifique

    Twit­ter est un réseau social incon­tour­nable. Son prin­cipe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "fol­lo­wers", des mes­sages ou "tweets" de 140 cha­rac­tères maxi­mum. Il est sur­tout uti­li­sé aux Etats-Unis, mais la fièvre Twit­ter gagne peu à peu l'Europe.  De nom­breux scien­ti­fiques, chefs de labos, doc­to­rants et même des ins­ti­tu­tions informent par ce biais. En créant…

  • Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

    Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

    But : com­prendre le fonc­tion­ne­ment de getopt en Bash pour évi­ter la mul­ti­pli­ca­tions de script là où un seul géné­rique pour­rait suf­fire. Pré­re­quis : savoir faire des scripts Bash, connaître la sub­sti­tu­tion de com­mande et savoir mani­pu­ler les argu­ments. Dif­fi­cul­té : 2 (moyen) Pour ceux qui codent en Perl, vous connais­sez déjà sûre­ment le module GetOpt et plus…

  • Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?

    Libre­ment tra­duit, com­plé­té et adap­té de l’article “How to Stay Cur­rent in Bioinformatics/​Genomics” par Ste­phen Tur­ner. Ste­phen est "assis­tant pro­fes­sor" (c'est à dire pro­fes­seur non encore titu­la­ri­sé) en san­té publique, et direc­teur du bio­in­for­ma­tics core de l'Université de Vir­gi­nie, et tient le blog Get­ting Things Done in Gene­tics & Bio­in­for­ma­tics Research. Plu­sieurs per­sonnes ayant deman­dé à Ste­phen com­ment il res­tait…

  • Command line Tips : passage de variable dans awk

    Command line Tips : passage de variable dans awk

    But : Dans un fichier orga­ni­sé en colonnes, nous allons extraire les lignes conte­nant un mot (don­né en argu­ment) dans une colonne fixée à l'avance (1ère colonne). Pré­re­quis : Connaître un peu le shell (pour l'exercice). Dif­fi­cul­té : 2/​5 (Facile) Exer­cice : Pour agré­men­ter la note, on extrai­ra dans quatre fichiers dis­tincts les lignes conte­nant les quatre mots les…

  • SQL Tips : Créer une table avec le résultat d'une requête

    But : Notre but dans cette exemple est de pou­voir tra­vailler sur une copie des lignes ayant une lon­gueur com­prisent entre 10 et 400. Mais cette astuce peux aus­si être uti­li­sée pour : Créer un clone d'une table, figer les don­nées à un ins­tant don­né, tra­vailler sur un sous ensemble de don­nées, sim­pli­fier un ordre sql, etc.…