Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?

max /​ CC BY-SA 3.0

Libre­ment tra­duit, com­plé­té et adap­té de l’article “How to Stay Cur­rent in Bioinformatics/​Genomics” par Ste­phen Tur­ner. Ste­phen est "assis­tant pro­fes­sor" (c'est à dire pro­fes­seur non encore titu­la­ri­sé) en san­té publique, et direc­teur du bio­in­for­ma­tics core de l'Université de Vir­gi­nie, et tient le blog Get­ting Things Done in Gene­tics & Bio­in­for­ma­tics Research.

Plu­sieurs per­sonnes ayant deman­dé à Ste­phen com­ment il res­tait au cou­rant de ce qu’il se pas­sait dans son domaine, il a déci­dé de par­ta­ger sa stra­té­gie sur son blog. Avec une immen­si­té de sources à dis­po­si­tion, la dif­fi­cul­té n’est pas vrai­ment de trou­ver ce qui est inté­res­sant, mais plu­tôt de fil­trer ce qui ne l’est pas. Ce que vous ne lisez pas est aus­si impor­tant (voire plus) que ce que vous lisez. Donc avec des outils comme les flux RSS, Twit­ter, et sur­tout les emails, il est essen­tiel d’abandonner les sources dont le conte­nu n’est ni per­ti­nent ni inté­res­sant. Voi­ci une façon d'organiser votre veille, libre à vous de vous en ins­pi­rer et de l'adapter. N’hésitez pas à lais­ser des com­men­taires avec ce que vous lisez et trou­ve­riez utiles et qui ont été oublié ici.

RSS

La majo­ri­té des news pro­viennent de flux RSS (aide de Google sur grea­der) de blogs et jour­naux.

Jour­naux. La plu­part des jour­naux ont des flux RSS sépa­rés pour leurs articles en cours, ain­si que pour leurs articles publiés en ligne avant impres­sion.

Blogs. Pour évi­ter l'effet cata­logue, j'ai déci­dé de ne gar­der que les plus inté­res­sants à mes yeux. Si vous vou­lez d'autres blogs à suivre, je vous conseille de lire l'article ori­gi­nal, la réponse sur Homo­lo­gus, ou d'en deman­der dans les com­men­taires.

Blogs col­lec­tifs (fré­quences des articles assez éle­vée) :

Blogs per­son­nels à ne man­quer sous aucun pré­texte (tota­le­ment sub­jec­tif, mais ils sont pour moi indis­pen­sables à suivre) :

Blogs per­son­nels à ne pas man­quer (tota­le­ment sub­jec­tif encore, indis­pen­sables aus­si):

Blogs per­son­nels (très inté­res­sants à suivre éga­le­ment, mais que je classe sub­jec­ti­ve­ment un cran en des­sous des autres):

Forums

Google Scholar

Une des récentes mise à jour de Google Scho­lar per­met la décou­verte de nou­velles connec­tions, c'est à dire de nou­veaux articles en se basant sur ceux que vous avez publié pour vous en pro­po­ser d'autres en rap­port. Et même avec un article ça marche, je le conseille à tous ceux qui sont en train de cher­cher de la biblio. (cf l'article sur le blog de google scho­lar, ou celui sur le blog Tree of Life)

Listes de diffusion

Ste­phen pré­fère gar­der ses mails de bou­lot et ses mails per­son­nels sépa­rés, mais il lit ses listes de dif­fu­sion via Gmail, parce qu'il trouve leur outil de recherche meilleur. Il uti­lise un filtre auto­ma­tique pour les anno­ter avec un label “Tra­vail” pour pou­voir les retrou­ver ou les fil­trer faci­le­ment.

  • Bio­con­duc­tor (dai­ly digest — résu­mé quo­ti­dien)
  • Galaxy. Steve a sous­crit aux -announce, -user, and -dev des listes de dif­fu­sion (il y a éga­le­ment une liste -france), mais il a confi­gu­ré son filtre Gmail pour mar­quer auto­ma­ti­que­ment comme lu les mes­sages des listes ‑user et ‑dev. Il ne trouve pas impor­tant de les regar­der tous les jours, mais c’est pra­tique en uti­li­sant les outils de recherche de Gmail de regar­der par­mi les anciennes réponses à la listes de dif­fu­sion.

Per­son­nel­le­ment j’utilise plu­tôt les listes de dif­fu­sion pour regar­der les offres d’emploi et les annonces des confé­rences avec notam­ment la liste de dif­fu­sion de la SFBI.

Alertes par Email & Abonnements

Les emails peuvent vite deve­nir incon­trô­lables, il vaut mieux gar­der uni­que­ment les choses à ne pas man­quer par email, et uti­li­ser les flux RSS pour le reste.

  • SeqAns­wers. Impor­tant de suivre les ques­tions en rap­port avec votre tra­vail, vous pou­vez sous­crire au sujet pour des emails d'alertes chaque fois qu'une nou­velle réponse est pos­tée.
  • Google Scho­lar. Vous pou­vez vous faire aler­ter par emails sur cer­tains sujets (e.g. [ rna-seq | trans­crip­tome sequen­cing | RNA-sequen­cing ] or [ intitle:"chip-seq" ]), ou quand cer­taines per­sonnes publient (e.g. ["rit­chie md" & van­der­bilt]). Il uti­lise aus­si les alertes quand cer­tains consor­tia publient (e.g. ["Popu­la­tion Archi­tec­ture using Geno­mics and Epi­de­mio­lo­gy"]).
  • Pub­Med — MyNC­BI, parce que Google Scho­lar ne trouve pas tout, vous pou­vez éga­le­ment vous faire aler­ter via myNC­BI (eg : RNA-seq, ChIP-Seq, bio­in­for­ma­tics methods, etc).
  • Geno­me­Web. La plu­part sont heb­do­ma­daires, sauf les Dai­ly Scan (quo­ti­dien). C'est bien pour récu­pé­rer des choses qui ont pu pas­ser au tra­vers des alertes Google Sco­lar et Pub­med.

Twitter et les réseaux sociaux, et d'autres outils de communication…

Il y aurait matière à écrire un dos­sier com­plet sur l'utilisation de ces outils de com­mu­ni­ca­tion, voire même sur cha­cun des outils, je laisse donc cela de côté pour de pro­chains articles… Mais j'insiste ici en disant que mis à part Face­book qui me sert rare­ment pour trou­ver des sources en bio­in­for­ma­tique d'autres outils peuvent être utiles si on s'y penche un peu. Si vous vou­lez quelques sug­ges­tions, n'hésitez pas à les deman­der…

Un grand mer­ci à tous ceux qui m'ont conseillé et relu pour l'édition de cet article, en par­ti­cu­lier Mali­cia, Hau­bit, nal­liasnahoy et Yoann M. pour leurs com­men­taires et dis­cus­sion.



Pour continuer la lecture :


Commentaires

8 réponses à “Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?”

  1. mer­ci pour la men­tion 😉

    Pierre

    1. On aime bien te lire 🙂 Si tu sou­haites expli­quer com­ment fonc­tionne Sta­ckEx­change et ce qu'on y trouve, n'hésite pas !

  2. Mer­ci pour ce billet fort utile (et pour les men­tions du C@fé des sciences).

    Quelques remarque :
    — pour moi Twit­ter est deve­nu une source majeure de réfé­rences ;
    — par contre j'ai tota­le­ment arrê­té d'utiliser les RSS ou ToC des jour­naux ; trop de choses, pas assez de signal /​ bruit ;
    — je pla­ce­rais le blog byte­si­ze­bio­lo­gy par­mi les plus utiles en ce qui me concerne.

    Enfin, un point pas abor­dé dans le billet c'est les emails des col­lègues, très utiles, et ce que l'on entends dans les sémi­naires. Allez à vos sémi­naires de dépar­te­ment etc, vous ne savez jamais ce que vous appren­drez.

    Et donc un appel : quand vous voyez un article inté­res­sant, twit­tez-le, et/​ou envoyez un email aux col­lègues proches de votre sujet (moi j'aime bien rece­voir des emails de mes doc­to­rants par exemple).

    1. Per­son­nel­le­ment je me sers aus­si énor­mé­ment de Google+ qui est une mine d'or d'informations une fois ses hash­tags (com­plé­te­ment ins­pi­rés de Twit­ter) pré­fé­rés confi­gu­rés. Il y a une belle com­mu­nau­té bio­in­for­ma­tique sur ce réseau com­mu­nau­taire et faci­le­ment acces­sible éga­le­ment.

  3. @Pierre, de rien, j'ai fait une sélec­tion des blogs qui me plaisent, et le tien en fai­sait par­ti 😉
    @MRR, Tota­le­ment vrai, j'ai pas du tout abor­dé les emails des col­lègues, les sémi­naires, etc… Alors que c'est super impor­tant, j'ai un des séniors de mon labo, qui bosse pas du tout dans mon domaine qui m'a don­né un lien vers un article fan­tas­tique en plein dans mon sujet de thèse. Après c'est vrai que j'ai pas assez par­lé de twit­ter et des autres outils de réseaux sociaux, qu'ils soient vir­tuels ou réels. Aller en confé­rence peut être aus­si l'occasion de se faire de nou­veaux contacts :-D, et de trou­ver d'autres tra­vaux, voire de prendre les réfé­rences d'un pos­ter trai­tant un sujet simi­laire…

  4. @MRR + Max : J'ai conseillé que nous ne mélan­geons pas Twit­ter dans cette article. Je pré­fère qu'on y consacre un billet spé­ci­fique, sur­tout avec l'idée en tête que nous avons pré­vu de lan­cer un compte @bioinfofr dédié et que c'est fort pro­ba­ble­ment bibi qui s'occupera d'en déve­lop­per l'audience.

    Du coup, je me disais que ça pour­rait faire un bon article de non seule­ment par­ler de Twit­ter comme source d'information avec la néces­si­té inhé­rente de fil­trer l'info mais aus­si de dis­cu­ter com­ment on déve­loppe un lec­to­rat fran­co­phone dans le domaine qu'est le nôtre et avec toutes les réserves de la part d'une bonne par­tie de nos col­lègues quand il s'agit de "nou­velles tech­no­lo­gies" 🙂

  5. Ah oui, nous avons oublié ce blog qui est vrai­ment mar­rant. C'est de la vul­ga­ri­sa­tion mais bien faite : http://​tumour​ras​moins​bete​.blog​spot​.fr/

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