Voici un article d'un nouveau genre sur bioinfo-fr : après les lieux pour vous former à la bioinformatique, voici les lieux où postuler pour un stage ou pour travailler une fois votre diplôme en poche. Et aujourd'hui je m'attaque à une grosse pièce puisque je vais vous parler de l'EMBL (European Molecular Biology Laboratory ).
Un peu d'histoire-géo
Créé en 1974 par une organisation intergouvernementale composée de 10 pays (Allemagne, Autriche, Danemark, France, Israël, Italie, Pays-Bas, Royaume-Unis, Suède et Suisse), l'EMBL comprend aujourd'hui 20 états membres (pour la liste complète : EMBL sur wikipédia). Une partie de l'argent public de ces pays, destiné à la recherche, finance le laboratoire. L'objectif de cette association entre états est bien sûr de promouvoir la biologie moléculaire en Europe, notamment pour proposer aux chercheurs une alternative attractive aux États-Unis. Et ça marche : fin 2012 l'EMBL comptait 1724 membres répartis sur les 5 sites de recherche.
En effet, les 85 groupes de recherche ne se trouvent pas tous au même endroit. Le siège est à Heidelberg en Allemagne ; c'est là que se trouve la plus grande partie du personnel, répartie dans les unités de biologie cellulaire et biophysique, biologie du développement, génomique et bioinformatique. Les autres sites sont plus spécialisés. Le deuxième en terme de taille est l'EBI (European Bioinformatics Institute) à Hinxton en Grande-Bretagne : comme son nom l'indique, les groupes qui y travaillent sont spécialisés en bioinformatique. Ce sont notamment eux qui maintiennent les bases de données et les services web de l'EMBL (site de l'EBI). Viennent ensuite Grenoble (France) et Hambourg (Allemagne) pour la biologie structurale (organisation spatiale de macromolécules biologiques). Enfin le site de Monterotondo (Italie) spécialisé dans l'étude des souris.
La recherche et la bioinformatique à l'EMBL
Ne vous laissez pas avoir par les apparences, en tant que bioinformaticien vous n'êtes en rien restreint à postuler à l'EBI. Presque tous les domaines de la biologie (moléculaire) demandent l'intervention de bioinformaticiens, que ce soit pour le traitement d'image, la gestion de bases de données, le traitement des résultats de séquençage produit à grande échelle…
Il devient de plus en plus difficile pour un laboratoire de totalement se passer de bioinformaticiens et l'EMBL ne se contente pas d'envoyer toutes ses données à l'EBI. Cela ne fonctionnerait pas, la quantité et la variété des données à traiter sont trop importantes. Dans ces conditions, chaque groupe qui peut financièrement se le permettre, engage des bioinformaticiens.
Avec la variété des unités qui compose l'EMBL, on trouve les trois types de postes auxquels un bioinformaticien peut accéder. Le premier est le poste dans une plate-forme : certaines structures à l'EMBL ont pour rôle de préparer des données pour plusieurs groupes, à la demande de ces derniers. C'est notamment le cas pour les données de séquençage à haut débit. Le deuxième est celui du bioinformaticien isolé dans un groupe majoritairement constitué de biologistes. Ce n'est pas forcement le cauchemar que certains s'imaginent, les chercheurs sont très proches de leurs données et préfèrent passer quelques heures dans leur coin et produire leur analyse, que de tout laisser au bioinformaticien. Dans ces postes on peut très bien vous demander de mettre en place une base de données, créer un service web, mettre en place des pipelines et encore mille autres choses. Certains devront jongler entre toutes ces tâches, d'autres seront engagés pour un seul type de travail. Enfin vient le dernier type de poste, celui dans une équipe de bioinformaticiens où la recherche se concentre sur le développement d’algorithmes et de logiciels pour traiter les problèmes biologiques.
J'espère ne pas être trop caricatural, mais je pense que ça pourra être utile à ceux d'entre vous qui cherchent un stage ou un premier emploi. Ne regardez pas que le projet que l'on vous propose, mais aussi l'environnement, la composition de l'équipe pouvant énormément influencer vos conditions de travail.
L'EMBL Heidelberg
![L'ATC à Heidelberg (CC BY-NC-SA 2.0)](https://i0.wp.com/bioinfo-fr.net/wp-content/uploads/2013/07/P1010167.jpg?resize=300%2C225&ssl=1)
Je vais vous faire part de mon expérience personnelle sur le travail à Heidelberg où j'ai effectué un stage de 6 mois en 2010 dans l'unité 'Genome Biology'. J'étais à l'interface entre la plateforme en charge de la production des données de séquençage et les biologistes qui veulent leurs analyses. L'objectif était de mettre en place des solutions automatisées pour le pré-traitement des données de séquençage. Cela a donné le développement d'un package R (EasyRNAseq) et une première installation de Galaxy suivie de quelques modifications. Pour en savoir plus sur Galaxy n'hésitez pas à lire l'article de Nisaea Galaxy : Bien plus qu'un gestionnaire de workflows, l'auteure a eu la joie (si, si) de prendre ma place pour le stage l'année suivante et a dû tout réinstaller.
Mais pour en revenir à l'EMBL, c'est une place centrale de la biologie pas seulement pour l'Europe, mais pour le monde entier. Travailler là-bas vous donne accès à de très nombreux cours et conférences, dans de nombreux domaines de la biologie et toujours à la pointe de la recherche.
La diversité et la complémentarité des équipes présentes sur place sont propices aux collaborations et cela crée une véritable dynamique de recherche. Cela, combiné avec les moyens financiers et techniques, fait que bien souvent ces groupes sont des leaders dans leur domaine (au moins en Europe).
Petit détail intéressant, les bâtiments de l'EMBO (European Molecular Biologie Organisation) sont sur le même site. L'EMBO est une organisation qui mériterait un article à elle-seule. Mais pour faire simple elle a pour objectif de promouvoir la biologie moléculaire, à travers des publications, des cours et des conférences. C'est une organisation importante et nombre de ses évènements sont organisés sur place.
Et pour ce qui est de la partie vie sociale dans le laboratoire, pizza/apéro tous les vendredis en fin d'après-midi (selon les unités), plusieurs grandes fêtes organisées sur place pendant l'année. Et comme c'est le centre Européen pour la biologie moléculaire, de nombreux événements ont lieu dans l'ATC (Advanced Training Centre), un grand bâtiment, plein de vide, qui représente une double hélice d'ADN.
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Voila, c'est ce que je peux dire sur l'EMBL. Pour ceux qui veulent en apprendre plus rendez-vous sur leur site internet. Et pour ceux qui aiment bien les vidéos sachez que l'EMBL à sa propre chaine youtube , une autre preuve je pense du dynamisme de cette organisation.
Un grand merci à Yoann M., Estel, ZaZo0o, Wocka et Nisaea pour leur relecture.
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