Étiquette : tutoriel
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Jouer avec l'API de KEGG
Il n'est pas rare que nous ayons un jour besoin de récupérer des informations de la base de données KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Cette base de données fournit un nombre conséquent d'informations sur les génomes et les réseaux de gènes mais également sur les voies métaboliques ou les maladies. Dans ces cas…
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"IRC ? Mais c'est quoi en fait ?"
EDIT Nous avons migré du réseau freenode au réseau libera. Plus d'informations dans cet article : Migration de notre IRC de Freenode vers Libera. Les informations concernant IRC en général restent toutefois à jour dans l'article ci-dessous. Cette question, je l'entends maintenant depuis pas mal de temps quand je parle du blog à mon entourage…
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Packrat ou comment gérer ses packages R par projet
Qui ne s'est jamais retrouvé coincé entre deux projets R utilisant deux versions différentes d'un même package ? Qui n'a jamais eu cette idée folle, un jour d'inventer un cas d'école (via R) qu'il souhaitait partager ? Qui n'a jamais eu à chercher quelle version de package est nécessaire avec un code récupéré d'un collègue pour qu'il fonctionne comme celui…
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Automatiser la récupération de données biologiques : version avancée
Dans cette version avancée, nous allons nous intéresser à une autre manière de récupérer des données depuis un site internet : via l'utilisation de formulaires. Les formulaires, ce sont ces pages avec plein de champs à remplir et que vous soumettez ensuite pour vous créer un compte, contacter votre hotline ou que sais-je. Leur utilisation permet…
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Snakemake aller plus loin avec la parallélisation
Bonjour à tous, bienvenue dans un nouvel épisode de tutoriels sur Snakemake (épisode précédent). Aujourd'hui nous allons voir ensemble comment paralléliser facilement par la donnée grâce à Snakemake. L'idée générale consiste à découper les fichiers bruts au début de notre pipeline et de les rassembler après les étapes lourdes en calcul. Nous allons également voir comment…
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Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaire
Introduction Cet article, d'une très longue série, a pour but de donner plus de détails et peut-être — qui sait — vous titiller suffisamment pour enjamber la barrière physique (au sens littéral) et rejoindre le fabuleux monde d'Oz de la bioinformatique structurale. Avant de commencer, je vous conseille de prendre du papier, un crayon, un…
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Automatiser la récupération de données biologiques
Qui dit bioinformatique, dit récupération et manipulation des données. Ces données peuvent être générées à partir d'algorithmes ou bien récupérées depuis des bases de données biologiques. Aujourd'hui, le nombre de ces bases de données est en constante augmentation. Chaque mécanisme biologique, famille moléculaire ou organisme est associé à un ou plusieurs de ces dépôts de données. Si un…
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Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)
Bonjour à tous, et bienvenue dans le premier épisode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipeline : Snakemake. Si vous ne connaissez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûrement passés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les bénéfices de retranscrire vos pipelines déjà…
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Comment faire de Sozi présentations avec inkscape
Vous avez sûrement vu le billet sur inkscape écrit par Zazo0o. Maintenant que vous avez franchi le pas et que vous maîtrisez cet outil, nous allons voir qu'il est également possible de créer des présentations dynamiques grâce au plugin Sozi (qui est en plus développé par des français "cocorico"). Les auteurs ont arrêté le développement…