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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Catégorie : Découverte

  • iPath partout !

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    par

    Nico M.
    dans ,
    iPath partout !

    Depuis quelques mois j'utilise un outil nom­mé iPath2.0 qui peut être très utile pour cer­tains. Présentation de l'outil iPath2.0 est un outil en ligne, acces­sible à l'adresse http://​path​ways​.embl​.de/​i​P​a​t​h​2​.​cgi. Son prin­ci­pal inté­rêt est la visua­li­sa­tion et l'analyse de voies méta­bo­lique.

  • Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

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    par

    Nolwenn
    dans ,
    Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

    Dans cet article, je vous pré­sen­te­rai un nou­veau site qui peut être inté­res­sant aus­si bien pour les étu­diants que pour les ensei­gnants, voire éga­le­ment pour les bio­in­for­ma­ti­ciens déjà en fonc­tion. Ici je ne vous noie­rai pas sous les lignes de code, mais je vous décri­rai ce que le por­tail GOBLET vous pro­pose en terme d'exercice.…

  • L'analyse en composantes principales (avec R)

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    par

    Julien Delafontaine
    dans ,
    L'analyse en composantes principales (avec R)

    L'ACP, ou Ana­lyse en Com­po­santes Prin­ci­pales, est une méthode d'exploration de don­nées qui consiste à réduire la dimen­sion­na­li­té du pro­blème pour en extraire l'essentiel. Par une pro­jec­tion dans un espace plus petit, on réduit le nombre de variables, et si on réduit suf­fi­sam­ment on peut en faire un outil de diag­nos­tic gra­phique. Comme c'est une…

  • Open Refine

    —

    par

    nahoy
    dans
    Open Refine

     Un grand coup de balai Le net­toyage de don­nées est un défi en bio­in­for­ma­tique. Entre les per­sonnes qui veulent réin­ven­ter les stan­dards et les per­sonnes qui ne savent pas les suivre, nous nous trou­vons sou­vent en train de net­toyer, de for­ma­ter et de chan­ger la struc­ture de nos don­nées pour qu'elles soient conformes à une…

  • Python fait la numba

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    par

    nahoy
    dans ,
    Python fait la numba

    Suite à cet article, j'ai eu envie de com­pa­rer les temps d'exécution de Cython et Num­ba.Il est tou­jours inté­res­sant de faire des tests de per­for­mances (bench­marks) de temps à autre, pour voir si on ne peut pas amé­lio­rer cer­tains de nos algo­rithmes 🙂 Cython est un très bon moyen pour opti­mi­ser vos pro­grammes, mais il…

  • Les 10 ans du World Community Grid

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    par

    Estel
    dans ,
    Les 10 ans du World Community Grid

    Le 16 novembre 2014, le World Com­mu­ni­ty Grid (WCG) fête ses 10 ans d’existence. Créé par IBM en 2004, ce pro­jet de grille de cal­cul dis­tri­bué par ordi­na­teur se donne pour mis­sion de sou­te­nir des pro­jets de recherche à fins huma­ni­taires. Selon Wiki­pe­dia, une grille de cal­cul est une infra­struc­ture vir­tuelle "qui exploite la puis­sance…

  • Comparaison de structures : le TM-Score

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    Comparaison de structures : le TM-Score

    Pour com­pa­rer des struc­tures 3D de pro­téines, nous avons vu le RMSD dans un pré­cé­dent article. Je vous pro­pose cette semaine de par­ler du TM-Score décrit par Zhang et Skol­nick en 2004. Les bases Le TM-Score a été déve­lop­pé afin de cal­cu­ler la qua­li­té des struc­tures de pro­téines pré­dites lors de la com­pé­ti­tion CASP5. Le but…

  • Hi-C : Quelques bases

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    par

    Léopold Carron
    dans
    Hi-C : Quelques bases

    Aujourd'hui on va décou­vrir ensemble une des petites der­nières dans la famille des tech­niques hauts débits : le High Chro­mo­some Contact map (Hi C)[1] . Reve­nons sur quelques bases : un gène ne pour­ra être expri­mé que si l'ADN qui le code est déplié. Par consé­quent les régions dans les­quelles les gènes ne sont pas expri­més sont…