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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Catégorie : Découverte

  • Les 10 ans du World Community Grid

    Les 10 ans du World Community Grid

    Le 16 novembre 2014, le World Com­mu­ni­ty Grid (WCG) fête ses 10 ans d’existence. Créé par IBM en 2004, ce pro­jet de grille de cal­cul dis­tri­bué par ordi­na­teur se donne pour mis­sion de sou­te­nir des pro­jets de recherche à fins huma­ni­taires. Selon Wiki­pe­dia, une grille de cal­cul est une infra­struc­ture vir­tuelle "qui exploite la puis­sance…

  • Comparaison de structures : le TM-Score

    Comparaison de structures : le TM-Score

    Pour com­pa­rer des struc­tures 3D de pro­téines, nous avons vu le RMSD dans un pré­cé­dent article. Je vous pro­pose cette semaine de par­ler du TM-Score décrit par Zhang et Skol­nick en 2004. Les bases Le TM-Score a été déve­lop­pé afin de cal­cu­ler la qua­li­té des struc­tures de pro­téines pré­dites lors de la com­pé­ti­tion CASP5. Le but…

  • Hi‑C : Quelques bases

    Hi‑C : Quelques bases

    Aujourd'hui on va décou­vrir ensemble une des petites der­nières dans la famille des tech­niques hauts débits : le High Chro­mo­some Contact map (Hi C)[1] . Reve­nons sur quelques bases : un gène ne pour­ra être expri­mé que si l'ADN qui le code est déplié. Par consé­quent les régions dans les­quelles les gènes ne sont pas expri­més sont…

  • École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL)

    École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL)

    Il y a quelque temps, Aki­ra vous pré­sen­tait l'EMBL en Alle­magne. Place main­te­nant à la Suisse et à sa mythique EPFL, lieu où vous pour­rez espé­rer décro­cher un stage ou même poser vos bagages pour un contrat un peu plus long. Histoire et géographie Pour com­men­cer, L'EPFL ne se situe pas tout à fait comme…

  • Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifs

    Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifs

    Y a‑t-il une place pour la bioinformatique dans les structures du type « Do it yourself biology », « Bio-hackers spaces » et autres FabLabs ? Avant de répondre à cette ques­tion, quelques pré­ci­sions sur ces espaces col­la­bo­ra­tifs sont néces­saires. Il s’agit de curieux et de pas­sion­nés qui se retrouvent dans des caves… ou des labo­ra­toires pour éla­bo­rer des pro­jets…

  • Comparaison de structures : le RMSD

    Comparaison de structures : le RMSD

    En 1973, Anfin­sen mon­trait qu'une pro­téine se replie en une struc­ture unique et stable. Même si des excep­tions existent, cette règle s'applique à la plu­part des petites pro­téines glo­bu­laires. La struc­ture des pro­téines est non seule­ment stable mais aus­si plus conser­vée que la séquence au cours de l'évolution. En effet, des pro­téines ayant des séquences très…

  • Cython : votre programme Python mais 100x plus vite

    Cython : votre programme Python mais 100x plus vite

    Python est un lan­gage extrê­me­ment pra­tique car il est facile à lire et à écrire, com­pa­ré à un lan­gage de "bas niveau" et com­pi­lé comme le C. D'un autre côté, à l'exécution il est beau­coup plus lent. C'est un com­pro­mis entre les deux qu'offre Cython, per­met­tant d'accélérer votre pro­gramme d'un fac­teur 2 à plus de…

  • Introduction aux systèmes multi-agents

    Introduction aux systèmes multi-agents

    Dans le monde mer­veilleux de l'intelligence arti­fi­cielle, il existe une caté­go­rie de sys­tèmes de simu­la­tion ins­pi­rés de la nature et par­ti­cu­liè­re­ment adap­tés à de nom­breuses pro­blé­ma­tiques en bio­lo­gie : les sys­tèmes mul­ti-agents. Ces sys­tèmes sont com­po­sés d'entités auto­nomes (les agents) qui inter­agissent entre elles et avec un envi­ron­ne­ment dans lequel elles évo­luent. Bien évi­dem­ment, l'inspiration "bio­lo­gique"…