Catégorie : Découverte
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Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaire
Introduction Cet article, d'une très longue série, a pour but de donner plus de détails et peut-être - qui sait - vous titiller suffisamment pour enjamber la barrière physique (au sens littéral) et rejoindre le fabuleux monde d'Oz de la bioinformatique structurale. Avant de commencer, je vous conseille de prendre du papier, un crayon, un…
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Représenter le métabolisme - les réseaux métaboliques
*grosse voix très sérieuse* Attention ! L'article qui suit est le premier d'une série d'articles sur la représentation du métabolisme sous forme de réseaux et leur analyse. Il existe, en bioinformatique, plusieurs catégories de modèles pour décrire le métabolisme.Tout d’abord, les modèles pour l’analyse structurelle du métabolisme. Cette catégorie regroupe principalement les modèles reposant sur la théorie…
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Les dev' jam c'est bon pour vous !
Les tribulations de bioinformaticiens en territoire sarthois. Ou pourquoi les dev' jam, c'est le bien. Préambule glorieux. Bonjour à tous ! Vous trouverez dans cet article (mon premier sur internet <3) mon retour sur ma première dev' jam, et l'intérêt qu'il peut y avoir, en tant que bioinformaticien, à se rendre à un tel évènement. Pour…
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Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)
Bonjour à tous, et bienvenue dans le premier épisode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipeline : Snakemake. Si vous ne connaissez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûrement passés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les bénéfices de retranscrire vos pipelines déjà…
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BIOASTER
Le tour des laboratoires proposant d'exercer notre métier de bioinformaticien continue avec la présentation du tout jeune Institut de Technologie en Microbiologie BIOASTER. Histoire et géographie BIOASTER ne s'est pas fondé en un jour et ne s'est surtout pas fondé tout seul. Parmi le collège de fondateurs qui a permis à cet institut de voir le…
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Compareads et Commet
Après vous avoir parlé de Métagénomique et de filtre de Bloom, voici un article fusionnant les deux concepts en un algorithme ! Pour rappel, la métagénomique vise à étudier le contenu génétique et génomique d'un milieu donné. On passe généralement par un séquençage NGS et on récupère un grand nombre de courtes séquences d'ADN (lectures, ou…
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3D XPoint : une nouvelle technologie de stockage
Vous n'avez pas encore équipé votre ordinateur de SSD ? Et bien vous pouvez abandonner le projet… En effet Intel, en partenariat avec Micron, a présenté le 28 juillet une nouvelle technologie de stockage 3D XPoint (prononcez trois dés ixe point three di cross point). 3D XPoint est bien plus rapide que le stockage flash équipant les SSD, mais…
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Vers une meilleure encryption des données génétiques
La démocratisation du séquençage du génome humain, ouvrant les portes de la médecine personnalisée, provoque aussi beaucoup d'inquiétudes au sujet de la protection des données. La séquence unique de l'ADN d'un individu, en effet, peut indiquer entre autres les prédispositions à des maladies, la tolérance à diverses substances, les traits potentiels de la descendance, le…