Catégorie : Découverte
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BIOASTER
Le tour des laboratoires proposant d'exercer notre métier de bioinformaticien continue avec la présentation du tout jeune Institut de Technologie en Microbiologie BIOASTER. Histoire et géographie BIOASTER ne s'est pas fondé en un jour et ne s'est surtout pas fondé tout seul. Parmi le collège de fondateurs qui a permis à cet institut de voir le…
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Compareads et Commet
Après vous avoir parlé de Métagénomique et de filtre de Bloom, voici un article fusionnant les deux concepts en un algorithme ! Pour rappel, la métagénomique vise à étudier le contenu génétique et génomique d'un milieu donné. On passe généralement par un séquençage NGS et on récupère un grand nombre de courtes séquences d'ADN (lectures, ou…
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3D XPoint : une nouvelle technologie de stockage
Vous n'avez pas encore équipé votre ordinateur de SSD ? Et bien vous pouvez abandonner le projet… En effet Intel, en partenariat avec Micron, a présenté le 28 juillet une nouvelle technologie de stockage 3D XPoint (prononcez trois dés ixe point three di cross point). 3D XPoint est bien plus rapide que le stockage flash équipant les SSD, mais…
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Vers une meilleure encryption des données génétiques
La démocratisation du séquençage du génome humain, ouvrant les portes de la médecine personnalisée, provoque aussi beaucoup d'inquiétudes au sujet de la protection des données. La séquence unique de l'ADN d'un individu, en effet, peut indiquer entre autres les prédispositions à des maladies, la tolérance à diverses substances, les traits potentiels de la descendance, le…
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Twitter, arme de communication massive et outil scientifique
Twitter est un réseau social incontournable. Son principe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "followers", des messages ou "tweets" de 140 charactères maximum. Il est surtout utilisé aux Etats-Unis, mais la fièvre Twitter gagne peu à peu l'Europe. De nombreux scientifiques, chefs de labos, doctorants et même des institutions informent par ce biais. En créant…
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Gérer les versions de vos fichiers : premiers pas avec git
Git est un logiciel de contrôle de versions de fichiers. Il est distribué sous licence GNU GPLv2 et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation. Cet article est le premier d'une série de deux. Nous allons voir ici (1) à quoi sert le contrôle de versions, (2) comment configurer git et (3) les bases de…
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L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement
Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques). Dans le cas des analyses de ChIP-seq, on souhaite caractériser les gènes cibles du…
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SARTools : l'analyse différentielle pour tous
Un article court aujourd’hui pour présenter SARTools, un outil d’analyse différentielle de données de RNA-seq. Plus qu’un outil, SARTools est plutôt un pipeline simplifié pour traiter des données d’analyses réalisées dans un plan d’expérience assez basique. En effet le cadre d’utilisation de SARTools est volontairement limité aux plans d’expérience simples, à savoir des comparaisons de…