Catégorie : Découverte
-
Introduction à la structure secondaire des ARN
Quand j'étais étudiante en master, la grande majorité des cours de structure étaient réservés aux protéines, ce qui fait que la structure des ARN n'a pas été très développée au cours de mon cursus. Du coup, je vous livre ici une partie de ce que j'ai appris en stage. Définition 0 : ARN L'ARN (acide ribonucléique) est…
-
Généralité autour du concept de machine learning à partir d'automate
Pour beaucoup de personnes, le machine learning consiste à apprendre un classifieur de données. Un exemple d'application principal serait d'être capable de différencier de manière automatique plusieurs variétés d'iris selon la taille de leurs pétales. Mais selon moi, le machine learning représente beaucoup plus : c'est une science qui permet d'expliquer à un ordinateur comment réaliser une tâche d'apprentissage…
-
Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaire
Introduction Cet article, d'une très longue série, a pour but de donner plus de détails et peut-être - qui sait - vous titiller suffisamment pour enjamber la barrière physique (au sens littéral) et rejoindre le fabuleux monde d'Oz de la bioinformatique structurale. Avant de commencer, je vous conseille de prendre du papier, un crayon, un…
-
Représenter le métabolisme - les réseaux métaboliques
*grosse voix très sérieuse* Attention ! L'article qui suit est le premier d'une série d'articles sur la représentation du métabolisme sous forme de réseaux et leur analyse. Il existe, en bioinformatique, plusieurs catégories de modèles pour décrire le métabolisme.Tout d’abord, les modèles pour l’analyse structurelle du métabolisme. Cette catégorie regroupe principalement les modèles reposant sur la théorie…
-
Les dev' jam c'est bon pour vous !
Les tribulations de bioinformaticiens en territoire sarthois. Ou pourquoi les dev' jam, c'est le bien. Préambule glorieux. Bonjour à tous ! Vous trouverez dans cet article (mon premier sur internet <3) mon retour sur ma première dev' jam, et l'intérêt qu'il peut y avoir, en tant que bioinformaticien, à se rendre à un tel évènement. Pour…
-
Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)
Bonjour à tous, et bienvenue dans le premier épisode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipeline : Snakemake. Si vous ne connaissez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûrement passés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les bénéfices de retranscrire vos pipelines déjà…
-
BIOASTER
Le tour des laboratoires proposant d'exercer notre métier de bioinformaticien continue avec la présentation du tout jeune Institut de Technologie en Microbiologie BIOASTER. Histoire et géographie BIOASTER ne s'est pas fondé en un jour et ne s'est surtout pas fondé tout seul. Parmi le collège de fondateurs qui a permis à cet institut de voir le…
-
Compareads et Commet
Après vous avoir parlé de Métagénomique et de filtre de Bloom, voici un article fusionnant les deux concepts en un algorithme ! Pour rappel, la métagénomique vise à étudier le contenu génétique et génomique d'un milieu donné. On passe généralement par un séquençage NGS et on récupère un grand nombre de courtes séquences d'ADN (lectures, ou…