Catégorie : Découverte
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Formaliser ses protocoles avec Snakemake
Vous avez dit protocole ? Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement…
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Il était une fois… l’analyse de séquences d’ADN
L'analyse de séquences est une mission centrale de la bioinformatique. Quelques mots sur celle de l'ADN, un domaine incontournable dans lequel les chercheurs s’attèlent à comprendre la fonction des régions régulatrices du génome et des gènes grâce aux nouvelles technologies. Le credo de la bio En biologie, il existe de nombreuses macromolécules renfermant un code permettant…
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SIB (Swiss Institute of Bioinformatics)
Suite à l'article sur l'EMBL, voici la présentation d'un autre grand employeur dans le domaine de la bioinformatique. Cette fois-ci c'est un peu plus compliqué, contrairement à l'EMBL qui a ses propres bâtiments et finalement un nombre de lieux de travail réduit, le SIB, dont on va parler aujourd'hui, est réparti sur tout le territoire…
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Flux Balance Analysis ou la simulation du métabolisme d'une cellule
"I thought there couldn't be anything as complicated as the universe, until I started reading about the cell.“ (Systems Biologist Eric de Silva ‑astrophysicist by training‑, Imperial College London.) Avec l'arrivée des technologies de séquençage à haut débit (NGS pour les intimes), de plus en plus de génomes complets sont disponibles dans les banques de données…
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Bioservices, un module Python très utile
Dans notre domaine si vaste, il existe de nombreuses bases de données (cf. Bases de données, notions par nahoy), et parmi ces bases, un certain nombre d'entre elles propose un service web pour accéder à leurs données à partir d'un script. Le problème principal qui peut nous freiner, ou nous faire peur, lorsque l'on se…
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Introduction aux ontologies
Qu'est-ce que c'est ? Les ontologies telles qu'on les emploie en informatique (car le concept est philosophique avant tout) ont d'abord été mises au point pour l'intelligence artificielle. Leur objectif est de décrire ce qui existe et la définition formelle est assez complexe mais je vais m'efforcer de présenter les choses plus simplement. Dans sa définition,…
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Single-cell sequencing : le séquençage à la cellule près
Dans la grande famille du séquençage, on distingue le DNAseq et le RNAseq. Le premier capture la séquence d'ADN contenue dans un organisme, un tissu, une tumeur. C'est un peu comme décompiler le code source d'un être vivant pour comprendre comment il fonctionne. Le postulat de l'ADN est qu'il est sensé être le même dans…
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Assembler un génome sur un Raspberry Pi
Assembler un génome est une tâche fastidieuse et surtout très coûteuse. Pour un génome de 100 Mbp (Million de paires de bases), Velvet ou SOAPdenovo utilisent 20 à 30 Go de mémoire, voire plus. Je voudrais partager avec vous une idée complètement farfelue qui nous est venue et qui nous a fait gagner (Guillaume Rizk et…