ROSALIND : devenez le meilleur bioinformaticien du monde

ROSALIND est un nou­veau site web com­men­çant à se faire un nom dans le milieu de la bio­in­for­ma­tique. C'est une pla­te­forme per­met­tant d’apprendre la bio­in­for­ma­tique de manière ludique en don­nant des pro­blèmes a résoudre.

Chez bioin­fo-fr on aime bien et on a trou­vé judi­cieux de vous le pré­sen­ter afin que vous puis­siez vous en faire votre propre avis. Bonne décou­verte !

V.O. uniquement

Bon, autant vous pré­ve­nir tout de suite : pour les anglo­phobes il fau­dra repas­ser… En effet cette nou­velle res­source est uni­que­ment dis­po­nible dans la langue de Sha­kes­peare. Mais peut être que si la sauce prend avec la ver­sion bêta actuelle, il y aura des petits ROSALIND décli­nés en plu­sieurs langues dont le fran­çais. Si cela vous tente de tra­duire les pro­blèmes, vous pou­vez tou­jours contac­ter l'équipe ROSALIND. En atten­dant nous ferons avec la ver­sion actuelle qui nous est pro­po­sée par les uni­ver­si­tés de San Die­go et de Saint Peters­burg.

Un peu d'histoire

Pour com­men­cer, la pre­mière ques­tion qui nous vient à l'esprit est "Pour­quoi ROSALIND ?". Cette ques­tion c'est à son fon­da­teur russe qu'il fau­drait la poser : Niko­lay Vyah­hi (twit­ter). C'est un clin d’œil à l'une des plus grandes scien­ti­fiques connues, Rosa­lind Frank­lin.

Petite piqûre de rap­pel : on lui doit entre autre les pre­mières radio­gra­phies aux rayons X de l'ADN qui ame­nèrent à la décou­verte de la célèbre struc­ture en hélice. Une polé­mique est d'ailleurs née à la suite de cela : Wat­son aurait été en contact avec ces radio­gra­phies avant leur publi­ca­tion offi­cielle et en aurait pro­fi­té allé­gre­ment. Rosa­lind ne sera d'ailleurs "que" remer­ciée dans le papier de Wat­son et Crick. Mais arrê­tons nous là pour ce qui est de l'anecdote car nous ris­que­rions de nous éloi­gner du sujet pre­mier de cet article 🙂

Le sys­tème de pro­blèmes à résoudre pro­po­sé sur ROSALIND est tiré des sites déjà exis­tants comme pro​jec​teu​ler​.net, Google Code Jam ou encore les cours en ligne mis à dis­po­si­tion par le MIT, Har­vard et Ber­ke­ley.

L'apprentissage se fait par la pra­tique et en géné­ral c'est tou­jours mieux vu que d'apprendre par cœur bête­ment un bou­quin.

Fonctionnement du site

Pour citer l'équipe ROSALIND (et en tra­dui­sant) : "Nous espé­rons que Rosa­lind ins­pi­re­ra une nou­velle géné­ra­tion d'étudiants en bio­in­for­ma­tique, en atti­rant les bio­lo­gistes qui veulent déve­lop­per des com­pé­tences en pro­gram­ma­tion à leur propre rythme dans un envi­ron­ne­ment unique, ain­si que les pro­gram­meurs qui n'ont jamais été expo­sés à cer­tains des pro­blèmes sti­mu­lants de cal­cul géné­rés par la bio­lo­gie molé­cu­laire".

Vous voi­là donc le doigt dans l'engrenage et afin de pou­voir par­ti­ci­per à la réso­lu­tion d'un quel­conque pro­blème de votre choix, il vous fau­dra vous créer un compte. Pour cela vous aurez plu­sieurs pos­si­bi­li­tés : soit vous créez un compte à par­tir du site, soit vous vous connec­tez à par­tir de vos comptes Face­book, Twit­ter,  Google+ ou encore Sta­ckEx­change.

Une fois connec­té, vous pour­rez alors vous mesu­rer aux autres cyber-bio­in­for­ma­ti­ciens. En effet un sys­tème de clas­se­ment a été mis en place et il est pos­sible d'observer en temps réel sa posi­tion au niveau mon­dial. Ils ont tout com­pris, l'esprit de com­pé­ti­tion prend le des­sus assez rapi­de­ment. On peut noter aus­si le sys­tème de badges à la sta­cko­ver­flow mis en place éga­le­ment : pour ceux qui ne voient pas ce qu'il en est il ne s'agit ni plus ni moins que d'un sys­tème de récom­penses pour tout un tas d'actions que vous pou­vez réa­li­ser. Par exemple vous pour­rez en obte­nir une pour avoir réso­lu le pro­blème numé­ro 17 le plus rapi­de­ment ou encore obte­nir le rang de "Roi de la bioin­fo" pas­sé le niveau 50 (ceci sont des exemples et n'existent peut être pas, vous pou­vez repo­ser votre chro­no­mètre et par­tir à la chasse au récom­penses afin de nous faire une liste de celle-ci 😉 ). Tous les ingré­dients pour que la recette plaise sont réunis.

Et la cerise sur le gâteau : on vous annonce que si vous résol­vez plus de 80% des pro­blèmes pré­sents sur le site, les portes du para­dis du cyber-bio­in­for­ma­ti­cien s'ouvriront à vous. Vous aurez alors le droit de décou­vrir et résoudre de nou­veaux pro­blèmes inédits.

Enfin, il est bon de savoir que dès que vous cli­quez sur "Down­load data­set", un comp­teur se met en marche et vous n'avez alors plus que 5 minutes pour pro­po­ser une réponse en cli­quant sur "Sub­mit". Pre­nez donc le temps de résoudre le pro­blème avec le jeu de don­nées de test four­ni dans l'énoncé avant de l'appliquer au jeu de don­nées final qui vous sera four­ni lors du début du compte à rebours. Par jeu de don­nées, j'entends par exemple une séquence d'ADN "ATGATGCCTACG" en exemple qui se trans­for­me­ra en "ATGCGTAGGTAAACCTGTTCAACGTGGGAT" pour la sou­mis­sion de la réponse finale qui sera donc tota­le­ment dif­fé­rente de celle de l'exemple. Si votre réponse est fausse, vous pour­rez reten­ter votre chance autant de fois qu'il vous fau­dra donc pas de panique.

Der­nière pré­ci­sion : les jeux de don­nées pour chaque exer­cice sont géné­rés aléa­toi­re­ment, vous n'aurez donc pas les mêmes don­nées à exploi­ter que votre voi­sin de bureau si vous faites un concours entre col­lègues 😉

(même si c'est gra­tuit)

Les problèmes posés

L'équipe ROSALIND conseille de résoudre les pro­blèmes à par­tir du lan­gage Python, mais per­mettent éga­le­ment de le faire à par­tir de n'importe quel autre lan­gage. On retrouve ici la ten­dance qui se des­sine ces der­nières années : le Python prend peu à peu la place de lea­der dans le milieu de la bio­in­for­ma­tique.

Les pro­blèmes sont clas­sés par sujet (topic) et pos­sèdent un ID (iden­ti­fiant) afin de mieux repé­rer ceux de votre goût dans le tableau de choix.

À savoir éga­le­ment, vous pou­vez lors de votre recherche de pro­blème bas­cu­ler en mode gra­phique. Cela nous rap­pelle for­te­ment les gra­phiques à la Gra­ph­viz. Un simple clic sur une des caté­go­ries vous per­met alors de consta­ter le taux de réus­site des joueurs ayant ten­té leur chance. Vrai­ment très bien pen­sé !

Enfin, sachez que si le cœur vous en dit, il vous est pos­sible de pro­po­ser vos propres pro­blèmes à la com­mu­nau­té. Pour cela, il fau­dra cli­quer sur le lien "sug­gest a new pro­blem" en bas de page. À la suite de quoi, celui-ci sera vali­dé et sou­mis dans un pre­mier temps aux votes des par­ti­ci­pants avant de faire par­tie inté­grante du bou­quet de pro­blèmes pro­po­sés.

Aide à disposition

Ter­mi­nons la pré­sen­ta­tion par une belle ini­tia­tive : un glos­saire ! Il est assez com­plet et contient de très bonnes expli­ca­tions et de très belles illus­tra­tions. Idéal pour les néo­phytes ou pour un confir­mé qui aurait besoin d'un petit rap­pel. Il est de sur­croît très agréable à par­cou­rir.

De plus une sec­tion " courses" (tra­dui­sez par "cours") est à dis­po­si­tion et a pour but de recen­ser les pro­fes­seurs de bio­in­for­ma­tique du monde entier pro­po­sant des cours en libre accès sur leur site web. Si vous êtes vous même pro­fes­seur, ou que vous en connais­sez autour de vous, n'hésitez pas à vous/​les réfé­ren­cer.

 C'est à vous !

Vous avez main­te­nant toutes les cartes en main, c'est donc à vous de jouer pour deve­nir le meilleur cyber-bio­in­for­ma­ti­cien du monde !

Il y a actuel­le­ment 64 pro­blèmes à résoudre, dans de nom­breux domaines que ras­semble la bio­in­for­ma­tique.

Si vous arri­vez à figu­rer dans le top 10, vous pour­rez alors vous per­mettre de le pla­cer volon­tiers lors d'un dîner ou sur votre CV.

Bonne bioin­fo à vous !

Un grand mer­ci à Muriel, Nol­wenn, max, Haut­bit, nahoy (et sexy loutre) et Papy tadai­ma pour leur relec­ture pré-publi­ca­tion sans faille.