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J’ai lu : Bioinformatique – Génomique et post-génomique
Lire la suite : J’ai lu : Bioinformatique – Génomique et post-génomiqueSuite à l'article de Guillaume, voici le deuxième article de la rubrique J’ai lu, portant sur le livre « Bioinformatique – Génomique et post-génomique ». Bioinformatique – Génomique et post-génomique Ouvrage de Frédéric Dardel et François Képès, professeurs à l'École polytechnique, publié en 2002 aux Éditions École polytechnique. Une partie de l’œuvre est disponible sur google docs. © Éditions École […]
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Les éléments transposables : de l’appellation "ADN poubelle" à leur étude.
Lire la suite : Les éléments transposables : de l’appellation "ADN poubelle" à leur étude.Les éléments transposables sont des séquences d'ADN mobiles dont l'existence à été mise en évidence par Barbara McClintock dans les années 40 chez le maïs. Ces séquences sont présentes dans toutes les branches de l'arbre du vivant et peuvent représenter une grande partie du génome (environ 40% du génome chez l'Homme et jusqu'à 90% chez […]
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Introduction à Circos
Lire la suite : Introduction à CircosLa visualisation de données est un problème récurrent dans un grand nombre de disciplines. En bioinformatique, il est souvent difficile de représenter de manière efficace des quantités massives de données. Une « bonne » représentation graphique doit être adaptée au type de données que l’on souhaite visualiser et surtout aux résultats que l’on souhaite mettre en évidence. Par […]
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Command line Tips : passage de variable dans awk
Lire la suite : Command line Tips : passage de variable dans awkBut : Dans un fichier organisé en colonnes, nous allons extraire les lignes contenant un mot (donné en argument) dans une colonne fixée à l'avance (1ère colonne). Prérequis : Connaître un peu le shell (pour l'exercice). Difficulté : 2/5 (Facile) Exercice : Pour agrémenter la note, on extraira dans quatre fichiers distincts les lignes contenant les quatre mots les […]
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Bioconductor
Lire la suite : BioconductorBioconductor Voilà le sujet que l'on va aborder ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, comment l'installer et bien-sûr l'utiliser. Qu'est-ce donc ? Je décrirais Bioconductor comme un projet participatif. Il est libre d'accès et son développement dépend de ce que la communauté veut bien y apporter. L'objectif est simple, offrir […]
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Edito — Un peu de nouvelles
Lire la suite : Edito — Un peu de nouvellesLe mois de juin est maintenant bien entamé, nous gardons notre vitesse de croisière et espérons que cela vous convient toujours. JOBIM arrive à grand pas, nous remercions d'ailleurs les organisateurs qui nous offrent du temps de parole pendant l'événement. Nous travaillons actuellement sur la présentation qui sera faite là-bas et nous vous encourageons vivement […]
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