Bioinfo-fr.net

Analyses bioinformatiques du coronavirus 2019-nCoV : pourquoi et comment ?

5 février 2020

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par

Yoann M.

dans Actualité

À l'époque de parution de cet article, le nouveau nom de la pneumonie de Wuhan 'COVID-19' et le nom définitif du virus 'SARS-CoV-2' n'étaient pas connus. C'est pourquoi vous trouverez encore dans l'article ci-dessous l'ancien nom 2019-nCoV. Ce n'est plus un secret : à l'heure où ces lignes sont écrites le coronavirus, 2019-nCoV de son petit nom scientifique, est en train de se propager dans le monde entier. La famille des coronavirus étant particulièrement connue pour son pouvoir de mutation rapide [réf. 1], la psychose s'installe petit à petit dans nos têtes et on se voit déjà contaminé. Mais heureusement nous…
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Doctorant dis toi que…

29 janvier 2020

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par

Léopold Carron

dans Opinion

Je vous propose aujourd'hui un petit article résumant les travers typiques pendant une thèse. Ces propos sont purement issus de mon expérience récente de thèse (finie en 2019) de thèse ainsi que d'autres doctorants/docteurs dans mon entourage. Toute la suite de l'article ne reflète que mon opinion personnelle de ce grand moment de la vie qu'est la thèse. Il est assez connu que l'état de santé mentale des chercheurs n'est pas toujours glorieux (principalement chez les doctorants, ref 1 et 2), et que le syndrome de l'imposteur (ref3) est autant présent que la boite de nouille chinoise sur le bureau…
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Et si votre bonne résolution vous rapportait un cadeau ?

9 janvier 2020

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Bonne année très chers lecteurs ! Nous vous souhaitons que 2020 vous soit favorable dans vos projets professionnels comme personnels. Si vous faites partie de la team "nouvelles résolutions", vous devez déjà avoir fixé votre liste. Mais si nous vous disions qu'en rajouter une vous ferait gagner un de nos goodies, ne serais-ce pas le moment de se lancer dans une dernière ? Pour fêter ce début d'année en beauté, nous offrons le goodie (issu de la nouvelle boutique) de son choix à notre premier auteur ou contributeur qui publiera le premier article de l'année ! Pour rappel, vous pouvez devenir auteur/contributeurs simplement…
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Portons la bioinfo !

18 décembre 2019

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

On vous parlait à la rentrée de septembre d'une surprise à venir sur le blog avant la fin de l'année. Eh bien juste à temps pour Noël, la voici : nous ouvrons une boutique bioinfo-fr.net ! Vous y retrouverez des goodies (t-shirts, pulls, tote bag, tapis de souris, etc.) avec le logo du blog, mais également des visuels à thématique bioinfo et plus produits par nos deux talentueuses admins ZaZo0o et Gwenaëlle. Et si jamais l'inspiration vous habite, nous serions heureux de proposer votre visuel sur la boutique. L'idée derrière ce lancement est simplement de permettre aux amoureux du blog d'en porter…
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Le déclin (relatif) de la production bioinformatique française

28 novembre 2019

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par

Guy Perriere

dans Opinion

L’idée de cet article vient d’une étude réalisée en 2008 par Jean Lobry, Professeur à l’Université Claude Bernard – Lyon 1, ceci dans le cadre de ses enseignements en bioinformatique (plus exactement ses TD sur le langage R). Mon objectif était de regarder la dynamique de publication de la France dans le domaine de la bioinformatique depuis qu’il existe des revues spécialisées dans ce domaine. Méthodologie Afin d’avoir des éléments de comparaison, j’ai introduit deux autres pays dans mon panel : l’Allemagne et la Chine. L’Allemagne parce qu’il s’agit d’un pays européen, non anglophone et de taille comparable à la France.…
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J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

20 novembre 2019

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par

Yoann M.

dans J'ai lu

Python et la bioinformatique associés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de conférences passionnés de l'Université Paris Diderot que sont Patrick Fuchs et Pierre Poulain : nous nous devions de nous procurer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retranscription ! Ce bouquin date de juillet 2019 et c'est tout simplement 275 pages de pur bonheur ! Décomposé en 22 chapitres s'imbriquant tous parfaitement les uns après les autres, il ne peut que (et doit !) devenir une référence dans l'apprentissage du langage Python, avec ou sans bio-informatique derrière. Car en effet, même si une grande partie…
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Concours : Noël avant l'heure !

20 novembre 2019

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

A l'occasion de la sortie de notre fiche de lecture sur le livre "Programmation en Python pour les sciences de la vie" et sur une gentille proposition de Pierre Poulain & Patrick Fuchs, nous vous proposons un petit jeu concours avant Noël. Pour participer : il y a dans le livre un petit easter egg placé volontairement (et malicieusement) par nos deux auteurs. La ou le premier qui trouvera cette petite chose rigolote gagnera un livre dédicacé des deux auteurs (idéal pour un cadeau de Noël !) ainsi qu'une belle boite de chocolats ! Gourmandes, gourmands : à vous de jouer ! Participation uniquement…
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Génomique des paysages

14 novembre 2019

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par

Pierre-Edouard Guerin

dans Découverte

Introduction « Génomique des paysages » cela sonne comme le titre d’une œuvre d’Eduardo Kac. Ce nom un peu post-moderne désigne en fait une discipline scientifique qui a connu une expansion fulgurante au cours de la dernière décennie. Les enjeux environnementaux et de conversation actuels ont rendus pressante la nécessité de mieux comprendre et décrire les espèces et leurs populations habitantes sur la Terre. Récemment, les progrès des technologies de séquençage ont permis d’affiner cette compréhension au travers de la génomique. Comprendre et décrire les populations d’organismes vivants dans un environnement donné, en exploitant les données de séquençage est le but ultime…
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