• C'est la reprise !

  13 février 2019

  -

  par

  Les admin·e·s

  dans Editorial

  

  Les jours ral­longent et se réchauffent, nous sor­tons dou­ce­ment de la tor­peur hiver­nale pour te concoc­ter de nou­veaux articles. On ne le répé­te­ra jamais assez, Bioin­fo-fr est un blog com­mu­nau­taire, il vit grâce à la contri­bu­tion de plu­sieurs dizaines de béné­voles. Si tu es curieux et que tu veux en apprendre plus sur com­ment contri­buer, […]

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• Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

  13 février 2019

  -

  par

  Isabelle S. (ZaZo0o)

  dans Découverte

  

  L'étude de la régu­la­tion de l'expression des gènes est une dis­ci­pline com­plexe qui recoupe des don­nées pro­ve­nant de divers types d'expériences. Dans un pré­cé­dent article, nous avions vu trois tech­niques de bio­lo­gie molé­cu­laire cou­plées à du séquen­çage haut débit clas­si­que­ment employées pour mettre en évi­dence les régions acces­sibles de l'ADN, et donc poten­tiel­le­ment des régions […]

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• BioinfoHoHoH !

  20 décembre 2018

  -

  par

  Yoann M.

  dans Editorial

  

  Chère lec­trice, Cher lec­teur, Il est temps pour nous de te sou­hai­ter de bonnes fêtes de fin d'année. On va nous aus­si prendre un peu de recul pour reve­nir encore plus en forme ! On s'est d'ailleurs don­né pour mis­sion de séquen­cer le génome du bon­homme de neige. Pas une mince affaire ! On espère reve­nir l'année […]

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• Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

  22 novembre 2018

  -

  par

  Florian Jeanneret

  dans Didacticiel

  

  Nous revoi­là pour de nou­velles aven­tures sur Inks­cape ! Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inks­cape, quand des outils qu’on uti­lise tous les jours le font très bien, que de se fami­lia­ri­ser avec un outil puis­sant en mani­pu­lant des notions de bases qui peuvent ser­vir ensuite notam­ment dans l’élaboration de […]

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• Les grandes questions du doctorant en devenir/​débutant

  8 novembre 2018

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Opinion

  

  … et ses "presque" réponses ! Dans cet article, je vais ten­ter de reprendre les grandes inter­ro­ga­tions que l'on peut avoir avant ou en com­men­çant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa car­rière pour cer­taines) et plus par­ti­cu­liè­re­ment en bio­in­for­ma­tique (mais pas que). Si cer­taines seront très détaillées, d'autres res­te­ront plus éva­sives. Cela […]

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• ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

  24 octobre 2018

  -

  par

  Raphael Schneider

  dans Découverte

  

  Pour mon pre­mier article, je vais vous pré­sen­ter un outil que j'ai déve­lop­pé lorsque je tra­vaillais sur le pro­jet "Myo­cap­ture"; un pro­jet natio­nal de séquen­çage d'exomes qui por­tait sur les myo­pa­thies (https://​www​.afm​-tele​thon​.fr/​m​y​o​p​a​t​h​i​e​-​c​o​n​g​e​n​i​t​a​l​e​-​6​675). Ce pro­jet visait à trou­ver de nou­velles muta­tions res­pon­sables de ces mala­dies rares. Il a éga­le­ment per­mis d'identifier de nou­veaux gènes impli­qués dans […]

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• Bioconvert — simplifier les conversions de formats

  17 octobre 2018

  -

  par

  Nico M.

  dans Découverte

  Bioconvert Qui n'a jamais eu à conver­tir un fichier de don­nées bio­lo­giques dans un autre for­mat ? Il y a bien sur le clas­sique fastq vers fas­ta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un conver­tis­seur "mai­son", pas for­cé­ment opti­mal. D'autres for­mats sont par­fois plus pro­blé­ma­tiques, par exemple la conver­sion vers et depuis GFF2/​GFF3. De ces dif­fé­rents […]

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• Transformer une carte de contact chromosomique en une structure 3D

  10 octobre 2018

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Suivez l'guide

  

  Après vous avoir mon­tré tout un tas de choses sur com­ment visua­li­ser et extraire une carte, je vais vous mon­trer aujourd'hui com­ment une carte de contact chro­mo­so­mique peut être obser­vée sous la forme d'une struc­ture 3D à par­tir de VMD. Pour cela nous allons par­tir de la méthode déve­lop­pée dans mon labo­ra­toire : Shrec3D. Cet article […]

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