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Sept problèmes fascinants posés par les récepteurs olfactifs

6 novembre 2019

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par

Guillaume Devailly

dans Découverte

Le cinquième va vous étonner ! Introduction : l'olfaction, un sens assez bien compris et compréhensible L’olfaction n'est peut-être pas le plus noble des sens, comparé à la vue ou l’ouïe par exemple, mais il s'agit d'un sens assez bien compris aujourd'hui. C'est notamment grâce aux travaux des biologistes Linda B. Buck et Richard Axel, récompensés par un prix Nobel de physiologie et de médecine en 2004. Essayons d'expliquer le principe de fonctionnement de ce sens, dans les grandes lignes et en simplifiant un peu. Attention, la suite de l'introduction est assez dense (principalement pour des questions de vocabulaire) mais ne vous…
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L'intérêt d'une communauté scientifique bioinformatique

17 octobre 2019

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par

Yoann M.

dans Opinion

"Tout seul on va plus vite, ensemble, on va plus loin". Proverbe africain Il est un constat que je fais de plus en plus souvent et qui m'attriste à chaque fois un peu plus : notre belle société semble tendre vers l'individualisme. Il est probable que l'émergence des réseaux sociaux et à l'actuel culte du nombrilisme associé y soit pour quelque chose. Mais discuter de tout cela ici serait totalement hors-sujet et inadapté à la ligne éditoriale de notre blog bio-informatique. Je vais donc me permettre de sortir du côté scientifique purement applicatif pour m'intéresser plus à sa dynamique, son contexte…
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Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformes

10 octobre 2019

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par

Xavier Mialhe

dans Didacticiel

Pour avoir été client des articles ("Snakemake pour les nuls", "Formaliser ses protocoles avec Snakemake" et "Snakemake, aller plus loin avec la parallélisation") de mon prédécesseur lelouar, j'ai décidé d'apporter ma pierre à l'édifice et de continuer cette série sur Snakemake. Je vais ici vous parler de généralisation de pipeline pour l'utilisation intensive au sein d'une plateforme par exemple. Pourquoi rendre mon pipeline générique ? C'est une très bonne question Jamy ! Les articles précédents se basent sur le fait que les fichiers attendus en fin de pipeline (règle target) sont tous écrits "en dur". Pas très pratique si vous devez utiliser…
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ISMB/ECCB 2019 & live-tweet : comment raconter l'un en utilisant l'autre avec R ?

3 octobre 2019

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par

Gwenaelle

dans Conférence

En cette magnifique rentrée 2019/2020, laissez-moi vous parler encore un peu de cet été, et plus particulièrement de la conférence ISMB/ECCB, référence en bio-informatique, qui s'est déroulée du 21 au 25 juillet dernier à Bâle. Et pour cela, je vais allier l'utile à l'agréable en vous présentant ce qu'est le live-tweet et comment bien le réussir à une conférence pour en ressortir un rapport de celle-ci avec quelques visualisations sympathiques. Qu'est ce que l'ISMB/ECCB ? Comme le nom l'indique, c'est en fait le regroupement de deux conférences, l'Intelligent Systems for Molecular Biology Conference et l'European Conference on Computational Biology. Cette conférence…
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Les tests en bioinformatique

26 septembre 2019

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par

Aurélien Béliard

dans Découverte

Tester est-ce douter ? Aujourd'hui on va parler d'un truc très connu des informaticiens mais encore trop peu connu en bio-informatique : les tests. Cette pratique est pourtant conseillée dans le guide du bon broinformaticien . Alors, qu'est ce qu'un test ? Un test désigne une procédure de vérification d'un système. Son objectif principal est d'identifier un nombre maximum de comportements problématiques du logiciel afin d'en augmenter la qualité (si les problèmes identifiés lors des tests sont corrigés). Merci Wikipédia ! Il existe 3 types de tests : les tests unitaires, les tests fonctionnels et les tests d'intégration. Les tests fonctionnels correspondent la phase de…
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Rentrée 2019/2020, la bio-informatique de retour !

26 septembre 2019

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Les bureaux sont à nouveau pleins, les projets arrivent en masse, l'IRC du blog se repeuple petit à petit avec des nouvelles têtes… Pas de doutes, c'est bien la rentrée, et le site sort de sa torpeur pour relancer la machine à articles autour de la bioinformatique ! On espère voir de nouveaux auteurs se manifester, étudiants comme professionnels, afin de voir cette année remplie de beaux articles. En attendant, les admins n'ont pas chômé cet été et vous préparent une petite surprise pour les fêtes de fin d'année. Vous en saurez plus dans les mois à venir 😉
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Une pause s'impose

26 juillet 2019

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

La chaleur est là, les collègues se font tour à tour plus rares dans les bureaux, et qu'on soit en congés ou pas encore, on apprécie cette période estivale pour ce qu'elle signifie : repos et calme. Pour le blog, auteurs comme admins, tout le monde a le droit à sa période de pause. Mais il paraît que certains ont tellement un manque qu'on les a vu écrire des articles à la plage ou sur transat avec la montagne en décors ! Alors on vous garde tout ça en réserve (et bien d'autres) pour la rentrée et on vous dit rendez-vous en…
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Pourquoi vous avez besoin d'un blog scientifique !

17 juillet 2019

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par

Pierre Marijon

dans Opinion

Mon titre étant volontairement provocateur je vais commencer par le modérer et l'expliquer. Vous n'avez pas forcément besoin de votre blog, vous avez besoin d'un espace ou vous pouvez écrire des textes structurés avec des tableaux, des images et la possibilité de les rendre publics facilement. Un dépôt Github comme un compte Twitter peuvent ainsi convenir. Si ces plateformes peuvent apparaître comme ayant des contraintes différentes, elles sont en réalité complémentaires. Dans la suite de l'article quand je dirai blog vous pourrez quasiment toujours le remplacer par twitter/github/la solution que vous adorez mais que j'ai oublié de citer. Quand je…
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