• Qu'est ce qu'un TAD ? (Topological associated domain)

  10 septembre 2020

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Suivez l'guide

  

  Dans l'article pré­cé­dent, j'ai par­lé des dif­fé­rentes échelles d'organisation de la chro­ma­tine mais me suis attar­dé sur les éche­lons les plus grands. Cette obser­va­tion glo­bale de la carte a alors per­mis de défi­nir la notion de com­par­ti­ment géno­mique. Mais com­ment l'ADN s'organise loca­le­ment ? Qu'observe-t-on sur une carte de contact chro­mo­so­mique en zoo­mant fine­ment sur une […]

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• Pourquoi et comment déposer un package R sur Bioconductor ?

  18 juin 2020

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Didacticiel

  

  Ça y est, votre code R un poil brut com­mence à avoir de la sub­stance et vous envi­sa­gez d'en faire un outil à part entière. Comme tout bio­in­for­ma­ti­cien qui se res­pecte, vous envi­sa­gez donc de packa­ger (ou paque­ter en fran­çais) pro­pre­ment cet ensemble de scripts R. Non on ne largue pas une nuée de scripts […]

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• Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R

  11 juin 2020

  -

  par

  Guillaume Devailly

  dans Astuce

  

  En géno­mique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons sou­vent de tra­cer des grosses matrices sous forme d'heat­map. Par grosse matrice, j'entends une matrice dont le nombre de lignes et/​ou de colonnes est plus grand que le nombre de pixels sur l'écran que vous uti­li­sez. Par exemples, […]

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• Qu'est-ce qu'un compartiment génomique ?

  3 juin 2020

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Suivez l'guide

  

  Cette ques­tion est la pre­mière que m'a posé mon jury de thèse lors de ma sou­te­nance. Aujourd'hui, je vous pro­pose d'y répondre le plus sim­ple­ment pos­sible. Pour com­prendre cet article, il est pro­ba­ble­ment néces­saire de connaître les bases du Hi‑C, déjà résu­mées par votre humble ser­vi­teur en visua­li­sa­tion, ou en ana­lyse sur ce blog au […]

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• 1… 2… 3… 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

  28 mai 2020

  -

  par

  Émilien Nguyen

  dans Découverte

  

  Une cel­lule euca­ryote com­porte un noyau qui contient l’information géné­tique por­tée par les chro­mo­somes, eux même com­po­sés d’ADN. Chez l'Homme, l'ADN des chro­mo­somes mis bouts à bouts mesure 1,9 mètre de long. Or, tout ce maté­riel géné­tique doit tenir dans le noyau des cel­lules, qui lui mesure 5 à 7 micro­mètres de dia­mètre (en moyenne […]

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• On sort de quarantaine !

  28 mai 2020

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Editorial

  

  L'heure est au décon­fi­ne­ment par­tiel pour le blog éga­le­ment. Après une période assez char­gée en chan­ge­ments et tra­vail, le blog repart de plus belle. Nos auteurs ont su pro­fi­ter du confi­ne­ment pour vous pré­pa­rer quelques articles que nous vous dévoi­le­rons lors de ces pro­chaines semaines. En atten­dant, on vous sou­haite de res­ter en san­té et […]

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• Covid-19 : Des liens utiles pour aider à la recherche contre le SARS-CoV‑2

  3 avril 2020

  -

  par

  lhtd

  dans Actualité

  

  Pen­dant cette pan­dé­mie du Covid-19, bon nombre de per­son­nel scien­ti­fique vou­drait pou­voir appor­ter un peu d'aide. Voi­ci une liste des liens qui nous sont par­ve­nus. Covid-19 est la mala­die cau­sée par le virus SARS-CoV2, vous ver­rez appa­raître ces deux termes dans les liens ci-bas. De l'aide à la recherche Crowd Fight Covid19 : Des scien­ti­fiques demandent […]

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• Blagues de bioinformaticiens

  1 avril 2020

  -

  par

  Guillaume Devailly

  dans Actualité

  

  Plu­tôt que de vous col­ler un pois­son en papier dans le dos en ce 1er Avril 2020 (de toute façon c'est dif­fi­cile avec le confi­ne­ment), je vous pro­pose plu­tôt une col­lec­tion de blagues dont la qua­li­té géné­rale n'est pas néces­sai­re­ment à la hau­teur de la répu­ta­tion de ce blog. Les blagounettes Savez-vous quel est le […]

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