Bioinfo-fr.net

Manipulation d'intervalles génomiques dans R

29 juin 2022

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par

Sébastien Gradit

dans Suivez l'guide

Introduction Nous avons abordé, dans le précédent article de cette série, les bases de la manipulation d'intervalles dans R. Ce deuxième article a pour objectif de montrer comment manipuler des intervalles génomiques. Au niveau le plus basique, un intervalle est défini par deux nombres entiers positifs délimitant son début et sa fin. Nous allons pouvoir ajouter des couches supplémentaires d'informations, telles que les chromosomes et leurs tailles ainsi que le brin. Nous allons pour cela utiliser une bibliothèque de la suite Bioconductor, GenomicRanges. Cette bibliothèque est en quelque sorte l'équivalent des fameux bedtools, très utilisés pour les analyses en génomique.…
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Putain, 10 ans !

2 mars 2022

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par

Les admin·e·s

dans Bioinformatique

Voilà une décennie que ce blog existe, et même deux ans de plus pour le canal IRC qui était sa genèse ! Ce projet a été rendu possible grâce à une communauté d'une trentaine d'auteurs initialement motivés pour faire découvrir la bioinfo au monde francophone et répondre aux questions les plus fréquentes qu'ils pouvaient entendre. La pérennité a ensuite été assurée par le renfort de nouveaux venus, apportant avec eux de nouvelles idées d'articles, de formats, et son lot de discussions. Avec cet édito, nous souhaitons remercier chacun d'entre vous, auteurs et lecteurs, nous l'équipe d'admin qui a également variée au…
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Qu'est-ce qu'un bon fichier Lisez-moi.txt

2 février 2022

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par

Pierre Marijon

dans Opinion

Vous venez de finir votre outil sur lequel vous travaillez depuis 1 semaine/1 mois/1 an/10 ans (rayez la mention inutile) qui va révolutionner votre domaine. Votre code est versionné, formaté, commenté, documenté, testé, les résultats sont évalués selon le gold standard de la discipline sur des jeux de données représentatifs de la réalité, votre publication est prête, vous allez l'envoyer sur le dépôt de preprint et au journal, le thread Twitter d'annonce est rédigé. Mais là patatras vous vous rendez compte que vous avez oublié de rédiger le Readme qui va accompagner votre code. Retour aux sources Le fichier Readme…
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Mets ta main dans la boite

9 novembre 2021

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Qu'il y a-t-il dans la boîte ? Spoiler : ça sera beaucoup moins douloureux que dans le film, c'est une promesse ! 🙂 Lorsque nous proposons de venir écrire sur le blog, nous avons souvent comme réponse "Mais je ne saurais même pas de quoi parler !".Pourtant, cher lecteur ou lectrice, nous sommes persuadés que ce que tu fais dans ton travail lié à la bioinfo mérite un article. Alors voilà, en cette rentrée de Toussaint, nous te proposons une boîte, mais pas n'importe laquelle : une boîte à idées. Dedans tu y retrouveras de nombreux sujets d'articles pas encore traités et des questions…
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De beaux outils pour la rentrée

7 octobre 2021

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Comme chaque année, le blog rentre en décalé pour mieux se ressourcer ! Nos auteurs sont à bloc et on espère voir de nombreux contributeurs les rejoindre pour toujours plus d'articles de qualité. Que vous soyez étudiant, technicien, ingénieur, chercheur, autodidacte, vous pouvez tous venir nous parler de votre champ de recherche, d'une nouveauté lue, d'un outil, etc. tant qu'il présente un lien avec la bioinfo ! Et en parlant d'outil, on vous invite à découvrir nos deux superbes articles de la rentrée : Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs par Gaëlle Lelandais et Pierre Poulain, pour…
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Introduction à la manipulation d'intervalles dans R

7 octobre 2021

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par

Sébastien Gradit

dans Suivez l'guide

Introduction "Quelle est la profondeur de ce séquençage ?" "Quelle proportion de SNPs se situent dans des exons ?" "Y a-t-il des pics dans ces données de ChIP-seq ?" "Quelle proportion de promoteurs chevauchent des îlots CpG ?" Voilà le genre de questions rencontrées fréquemment en bioinformatique. Nous pouvons y répondre à l'aide de la manipulation d'intervalles. Un intervalle est défini par ses positions de début et de fin. Nous allons voir comment travailler avec ce genre de données en utilisant des packages de la suite Bioconductor pour R. Il existe l'équivalent dans d'autres langages, notamment bedtools et PyRanges. Au…
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Métabarcodes de l'ADN environnemental

30 septembre 2021

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par

Pierre-Edouard Guerin

dans Découverte

L'une des technologies en génomique les plus prometteuses pour l'évaluation de la biodiversité est le métabarcode (de l'anglais metabarcoding) de l'ADN environnemental (ADNe). J'ai travaillé longuement sur ces méthodes et développé plusieurs workflows pour traiter et analyser les données de métabarcodes. J'ai notamment été en charge du traitement des données génomiques récoltées par l’expédition scientifique d'exploration marine de Monaco entre 2018 et 2020. Un point d'horizon : pourquoi évaluer la biodiversité marine ? Les environnements marins, qu'ils soient sur les côtes ou au large sont tous sévèrement impactés par les activités humaines récentes ou traditionnelles. Il peut s'agir de régressions ou de…
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Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs

22 septembre 2021

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par

Pierre Poulain

dans Opinion

Gaëlle Lelandais et Pierre Poulain Qui sommes-nous ? Tous les deux passionnés par l’enseignement, les problématiques de big data et d’analyse de données en biologie, nous nous côtoyons professionnellement depuis 15 ans, avec écoute et bienveillance. Si l’étiquette de « bioinformaticien » nous est souvent attribuée, nous sommes pourtant très différents. Je (Gaëlle) travaille sur des problématiques de génomique fonctionnelle des champignons. Je me considère comme une analyste de données « omiques » (transcriptomique essentiellement). J’aime les statistiques et (un peu) l’informatique. Sans surprise, mon langage de programmation préféré est R. Je (Pierre) travaille sur des problématiques d’analyse et de recyclage des données en biologie…
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