Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012
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Une communauté d'étudiants et de professionnels
Une base d'articles libres pour tous niveaux
Des salons de discussion actifs au quotidien
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L'intérêt d'une communauté scientifique bioinformatique
"Tout seul on va plus vite, ensemble, on va plus loin". Proverbe africain Il est un constat que je fais de plus en plus souvent et qui m'attriste à chaque fois un peu plus : notre belle société semble tendre vers l'individualisme. Il est probable que l'émergence des réseaux sociaux et à l'actuel culte du nombrilisme…
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Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformes
Pour avoir été client des articles ("Snakemake pour les nuls", "Formaliser ses protocoles avec Snakemake" et "Snakemake, aller plus loin avec la parallélisation") de mon prédécesseur lelouar, j'ai décidé d'apporter ma pierre à l'édifice et de continuer cette série sur Snakemake. Je vais ici vous parler de généralisation de pipeline pour l'utilisation intensive au sein…
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ISMB/ECCB 2019 & live-tweet : comment raconter l'un en utilisant l'autre avec R ?
En cette magnifique rentrée 2019/2020, laissez-moi vous parler encore un peu de cet été, et plus particulièrement de la conférence ISMB/ECCB, référence en bio-informatique, qui s'est déroulée du 21 au 25 juillet dernier à Bâle. Et pour cela, je vais allier l'utile à l'agréable en vous présentant ce qu'est le live-tweet et comment bien le…
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Les tests en bioinformatique
Tester est-ce douter ? Aujourd'hui on va parler d'un truc très connu des informaticiens mais encore trop peu connu en bio-informatique : les tests. Cette pratique est pourtant conseillée dans le guide du bon broinformaticien . Alors, qu'est ce qu'un test ? Un test désigne une procédure de vérification d'un système. Son objectif principal est d'identifier un nombre…
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Rentrée 2019/2020, la bio-informatique de retour !
Les bureaux sont à nouveau pleins, les projets arrivent en masse, l'IRC du blog se repeuple petit à petit avec des nouvelles têtes… Pas de doutes, c'est bien la rentrée, et le site sort de sa torpeur pour relancer la machine à articles autour de la bioinformatique ! On espère voir de nouveaux auteurs se manifester,…
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Une pause s'impose
La chaleur est là, les collègues se font tour à tour plus rares dans les bureaux, et qu'on soit en congés ou pas encore, on apprécie cette période estivale pour ce qu'elle signifie : repos et calme. Pour le blog, auteurs comme admins, tout le monde a le droit à sa période de pause. Mais il…
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Pourquoi vous avez besoin d'un blog scientifique !
Mon titre étant volontairement provocateur je vais commencer par le modérer et l'expliquer. Vous n'avez pas forcément besoin de votre blog, vous avez besoin d'un espace ou vous pouvez écrire des textes structurés avec des tableaux, des images et la possibilité de les rendre publics facilement. Un dépôt Github comme un compte Twitter peuvent ainsi…
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Les problèmes limités par les entrées/sorties (IObound)
Dans la première partie de ce tutoriel , j'ai expliqué ce qu’était la programmation concurrente et parallèle, ainsi que détaillé les différents types de programmation concurrente et leurs spécificités. Si vous ne l'avez pas lue, je vous conseille de la lire avant de démarrer. Dans cette deuxième partie, nous allons nous concentrer sur l'optimisation d'un…
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Télécharger des données de séquençage sur le NCBI.. pour les débutants !
Toi petit étudiant de M1 qui arrive en premier jour de stage… Viens par ici… Oui TOI ! Toi à qui ton maître de stage te demande de récupérer les données de séquençage d'un article vachement bien, sans que tu saches le faire… TOI ! Toi le physicien qui se met à la biologie mais qui ignore…