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Manipulation d'intervalles génomiques dans R
Lire la suite : Manipulation d'intervalles génomiques dans RIntroduction Nous avons abordé, dans le précédent article de cette série, les bases de la manipulation d'intervalles dans R. Ce deuxième article a pour objectif de montrer comment manipuler des intervalles génomiques. Au niveau le plus basique, un intervalle est défini par deux nombres entiers positifs délimitant son début et sa fin. Nous allons pouvoir […]
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Putain, 10 ans !
Lire la suite : Putain, 10 ans !Voilà une décennie que ce blog existe, et même deux ans de plus pour le canal IRC qui était sa genèse ! Ce projet a été rendu possible grâce à une communauté d'une trentaine d'auteurs initialement motivés pour faire découvrir la bioinfo au monde francophone et répondre aux questions les plus fréquentes qu'ils pouvaient entendre. La […]
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Qu'est-ce qu'un bon fichier Lisez-moi.txt
Lire la suite : Qu'est-ce qu'un bon fichier Lisez-moi.txtVous venez de finir votre outil sur lequel vous travaillez depuis 1 semaine/1 mois/1 an/10 ans (rayez la mention inutile) qui va révolutionner votre domaine. Votre code est versionné, formaté, commenté, documenté, testé, les résultats sont évalués selon le gold standard de la discipline sur des jeux de données représentatifs de la réalité, votre publication […]
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Mets ta main dans la boite
Lire la suite : Mets ta main dans la boiteQu'il y a-t-il dans la boîte ? Spoiler : ça sera beaucoup moins douloureux que dans le film, c'est une promesse ! 🙂 Lorsque nous proposons de venir écrire sur le blog, nous avons souvent comme réponse "Mais je ne saurais même pas de quoi parler !".Pourtant, cher lecteur ou lectrice, nous sommes persuadés que ce que tu […]
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De beaux outils pour la rentrée
Lire la suite : De beaux outils pour la rentréeComme chaque année, le blog rentre en décalé pour mieux se ressourcer ! Nos auteurs sont à bloc et on espère voir de nombreux contributeurs les rejoindre pour toujours plus d'articles de qualité. Que vous soyez étudiant, technicien, ingénieur, chercheur, autodidacte, vous pouvez tous venir nous parler de votre champ de recherche, d'une nouveauté lue, d'un […]
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Introduction à la manipulation d'intervalles dans R
Lire la suite : Introduction à la manipulation d'intervalles dans RIntroduction "Quelle est la profondeur de ce séquençage ?" "Quelle proportion de SNPs se situent dans des exons ?" "Y a-t-il des pics dans ces données de ChIP-seq ?" "Quelle proportion de promoteurs chevauchent des îlots CpG ?" Voilà le genre de questions rencontrées fréquemment en bioinformatique. Nous pouvons y répondre à l'aide de la […]
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Métabarcodes de l'ADN environnemental
Lire la suite : Métabarcodes de l'ADN environnementalL'une des technologies en génomique les plus prometteuses pour l'évaluation de la biodiversité est le métabarcode (de l'anglais metabarcoding) de l'ADN environnemental (ADNe). J'ai travaillé longuement sur ces méthodes et développé plusieurs workflows pour traiter et analyser les données de métabarcodes. J'ai notamment été en charge du traitement des données génomiques récoltées par l’expédition scientifique […]
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Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs
Lire la suite : Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheursGaëlle Lelandais et Pierre Poulain Qui sommes-nous ? Tous les deux passionnés par l’enseignement, les problématiques de big data et d’analyse de données en biologie, nous nous côtoyons professionnellement depuis 15 ans, avec écoute et bienveillance. Si l’étiquette de « bioinformaticien » nous est souvent attribuée, nous sommes pourtant très différents. Je (Gaëlle) travaille sur des problématiques de […]
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