• Big Day 2020 : Invitation à un événement de partage autour de la bioinformatique

  25 novembre 2020

  -

  par

  association e-bigo

  dans Actualité

  

  Que faites-vous le ven­dre­di 27 novembre pro­chain ? Et pour­quoi ne pas réser­ver ce jour pour décou­vrir le Big Day 2020 ? C’est un évé­ne­ment gra­tuit, orga­ni­sé par des étudiant⋅e⋅s pour des étudiant⋅e⋅s, mais aus­si pour n’importe quelle per­sonne inté­res­sée par le domaine de la bio­in­for­ma­tique. Qu'est-ce que le Big Day ? Le Big Day se veut être […]

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• La transcriptomique spatiale

  14 octobre 2020

  -

  par

  Isabelle S. (ZaZo0o)

  dans Découverte

  

  Non, on ne va pas par­tir faire du RNA-seq dans la sta­tion spa­tiale inter­na­tio­nale, ras­su­rez-vous. Je vais vous par­ler de cette (rela­ti­ve­ment) nou­velle tech­nique qui per­met en une seule expé­rience de mesu­rer l'expression des gènes et de loca­li­ser cette expres­sion dans un organe plus ou moins com­plexe. Pour faire une ana­lyse à large échelle du […]

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• Rentrée masquée

  10 septembre 2020

  -

  par

  Yoann M.

  dans Editorial

  

  Tout comme cet été la ren­trée 2020 s'annonce très spé­ciale. Nous reve­nons mal­gré tout pour enta­mer la route vers notre 9ème année à vos côtés.On espère que vous et vos proches allez tous bien et que le coro­na­vi­rus aura su vous lais­ser tran­quille.Comme beau­coup de scien­ti­fiques, nous pré­co­ni­sons le port du masque comme mesure bar­rière contre […]

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• Qu'est ce qu'un TAD ? (Topological associated domain)

  10 septembre 2020

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Suivez l'guide

  

  Dans l'article pré­cé­dent, j'ai par­lé des dif­fé­rentes échelles d'organisation de la chro­ma­tine mais me suis attar­dé sur les éche­lons les plus grands. Cette obser­va­tion glo­bale de la carte a alors per­mis de défi­nir la notion de com­par­ti­ment géno­mique. Mais com­ment l'ADN s'organise loca­le­ment ? Qu'observe-t-on sur une carte de contact chro­mo­so­mique en zoo­mant fine­ment sur une […]

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• Pourquoi et comment déposer un package R sur Bioconductor ?

  18 juin 2020

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Didacticiel

  

  Ça y est, votre code R un poil brut com­mence à avoir de la sub­stance et vous envi­sa­gez d'en faire un outil à part entière. Comme tout bio­in­for­ma­ti­cien qui se res­pecte, vous envi­sa­gez donc de packa­ger (ou paque­ter en fran­çais) pro­pre­ment cet ensemble de scripts R. Non on ne largue pas une nuée de scripts […]

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• Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R

  11 juin 2020

  -

  par

  Guillaume Devailly

  dans Astuce

  

  En géno­mique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons sou­vent de tra­cer des grosses matrices sous forme d'heat­map. Par grosse matrice, j'entends une matrice dont le nombre de lignes et/​ou de colonnes est plus grand que le nombre de pixels sur l'écran que vous uti­li­sez. Par exemples, […]

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• Qu'est-ce qu'un compartiment génomique ?

  3 juin 2020

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Suivez l'guide

  

  Cette ques­tion est la pre­mière que m'a posé mon jury de thèse lors de ma sou­te­nance. Aujourd'hui, je vous pro­pose d'y répondre le plus sim­ple­ment pos­sible. Pour com­prendre cet article, il est pro­ba­ble­ment néces­saire de connaître les bases du Hi‑C, déjà résu­mées par votre humble ser­vi­teur en visua­li­sa­tion, ou en ana­lyse sur ce blog au […]

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• 1… 2… 3… 4C ! Ou comment capturer l'état de la chromatine.

  28 mai 2020

  -

  par

  Émilien Nguyen

  dans Découverte

  

  Une cel­lule euca­ryote com­porte un noyau qui contient l’information géné­tique por­tée par les chro­mo­somes, eux même com­po­sés d’ADN. Chez l'Homme, l'ADN des chro­mo­somes mis bouts à bouts mesure 1,9 mètre de long. Or, tout ce maté­riel géné­tique doit tenir dans le noyau des cel­lules, qui lui mesure 5 à 7 micro­mètres de dia­mètre (en moyenne […]

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