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Mets ta main dans la boite
Lire la suite : Mets ta main dans la boiteQu'il y a-t-il dans la boîte ? Spoiler : ça sera beaucoup moins douloureux que dans le film, c'est une promesse ! 🙂 Lorsque nous proposons de venir écrire sur le blog, nous avons souvent comme réponse "Mais je ne saurais même pas de quoi parler !".Pourtant, cher lecteur ou lectrice, nous sommes persuadés que ce que tu […]
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De beaux outils pour la rentrée
Lire la suite : De beaux outils pour la rentréeComme chaque année, le blog rentre en décalé pour mieux se ressourcer ! Nos auteurs sont à bloc et on espère voir de nombreux contributeurs les rejoindre pour toujours plus d'articles de qualité. Que vous soyez étudiant, technicien, ingénieur, chercheur, autodidacte, vous pouvez tous venir nous parler de votre champ de recherche, d'une nouveauté lue, d'un […]
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Introduction à la manipulation d'intervalles dans R
Lire la suite : Introduction à la manipulation d'intervalles dans RIntroduction "Quelle est la profondeur de ce séquençage ?" "Quelle proportion de SNPs se situent dans des exons ?" "Y a-t-il des pics dans ces données de ChIP-seq ?" "Quelle proportion de promoteurs chevauchent des îlots CpG ?" Voilà le genre de questions rencontrées fréquemment en bioinformatique. Nous pouvons y répondre à l'aide de la […]
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Métabarcodes de l'ADN environnemental
Lire la suite : Métabarcodes de l'ADN environnementalL'une des technologies en génomique les plus prometteuses pour l'évaluation de la biodiversité est le métabarcode (de l'anglais metabarcoding) de l'ADN environnemental (ADNe). J'ai travaillé longuement sur ces méthodes et développé plusieurs workflows pour traiter et analyser les données de métabarcodes. J'ai notamment été en charge du traitement des données génomiques récoltées par l’expédition scientifique […]
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Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs
Lire la suite : Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheursGaëlle Lelandais et Pierre Poulain Qui sommes-nous ? Tous les deux passionnés par l’enseignement, les problématiques de big data et d’analyse de données en biologie, nous nous côtoyons professionnellement depuis 15 ans, avec écoute et bienveillance. Si l’étiquette de « bioinformaticien » nous est souvent attribuée, nous sommes pourtant très différents. Je (Gaëlle) travaille sur des problématiques de […]
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On s'en va se reposer au soleil
Lire la suite : On s'en va se reposer au soleilJuillet est déjà bientôt terminé, certains de nos auteurs sont déjà en randonnée en montagne ou les pieds dans le sable, alors il est temps de faire notre pause estivale ! On se revoit à la rentrée avec tout plein de super articles qu'on a déjà en stock. Au programme : un échange d'avis sur R et […]
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Pourquoi écrire sur un blog communautaire ?
Lire la suite : Pourquoi écrire sur un blog communautaire ?7 ans… 7 ans entre l'écriture de mon premier article ici et aujourd'hui. De cette longue route m'est venue l'envie de faire un billet personnel sur pourquoi à mon sens, un blog communautaire a plus d'importance qu'un blog personnel. Les réflexions qui suivent sont totalement personnelles et n'engagent que moi. * Mon histoire sur ce […]
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Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?
Lire la suite : Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?Sur le chan IRC du blog, un de nos membres se demandait pourquoi les noms de fichiers FASTQ devait finir par _001.fastq sur la plateforme de cloud computing d'Illumina BaseSpace. Mais avant de répondre à cette question pressante, repartons du début. Les fichiers FASTQ En cette période de domination du séquençage haut débit de l'ADN, […]
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