• Métabarcodes de l'ADN environnemental

  30 septembre 2021

  -

  par

  Pierre-Edouard Guerin

  dans Découverte

  

  L'une des tech­no­lo­gies en géno­mique les plus pro­met­teuses pour l'évaluation de la bio­di­ver­si­té est le méta­bar­code (de l'anglais meta­bar­co­ding) de l'ADN envi­ron­ne­men­tal (ADNe). J'ai tra­vaillé lon­gue­ment sur ces méthodes et déve­lop­pé plu­sieurs work­flows pour trai­ter et ana­ly­ser les don­nées de méta­bar­codes. J'ai notam­ment été en charge du trai­te­ment des don­nées géno­miques récol­tées par l’expédition scien­ti­fique […]

  Lire la suite : Métabarcodes de l'ADN environnemental

• Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs

  22 septembre 2021

  -

  par

  Gaëlle Lelandais

  dans Opinion

  

  Gaëlle Lelan­dais et Pierre Pou­lain Qui sommes-nous ? Tous les deux pas­sion­nés par l’enseignement, les pro­blé­ma­tiques de big data et d’analyse de don­nées en bio­lo­gie, nous nous côtoyons pro­fes­sion­nel­le­ment depuis 15 ans, avec écoute et bien­veillance. Si l’étiquette de « bio­in­for­ma­ti­cien » nous est sou­vent attri­buée, nous sommes pour­tant très dif­fé­rents. Je (Gaëlle) tra­vaille sur des pro­blé­ma­tiques de […]

  Lire la suite : Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs

• On s'en va se reposer au soleil

  29 juillet 2021

  -

  par

  Les admin·e·s

  dans Editorial

  

  Juillet est déjà bien­tôt ter­mi­né, cer­tains de nos auteurs sont déjà en ran­don­née en mon­tagne ou les pieds dans le sable, alors il est temps de faire notre pause esti­vale ! On se revoit à la ren­trée avec tout plein de super articles qu'on a déjà en stock. Au pro­gramme : un échange d'avis sur R et […]

  Lire la suite : On s'en va se reposer au soleil

• Pourquoi écrire sur un blog communautaire ?

  28 juillet 2021

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Opinion

  

  7 ans… 7 ans entre l'écriture de mon pre­mier article ici et aujourd'hui. De cette longue route m'est venue l'envie de faire un billet per­son­nel sur pour­quoi à mon sens, un blog com­mu­nau­taire a plus d'importance qu'un blog per­son­nel. Les réflexions qui suivent sont tota­le­ment per­son­nelles et n'engagent que moi. * Mon histoire sur ce […]

  Lire la suite : Pourquoi écrire sur un blog communautaire ?

• Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?

  17 juin 2021

  -

  par

  Guillaume Devailly

  dans Découverte

  

  Sur le chan IRC du blog, un de nos membres se deman­dait pour­quoi les noms de fichiers FASTQ devait finir par _001.fastq sur la pla­te­forme de cloud com­pu­ting d'Illumina BaseS­pace. Mais avant de répondre à cette ques­tion pres­sante, repar­tons du début. Les fichiers FASTQ En cette période de domi­na­tion du séquen­çage haut débit de l'ADN, […]

  Lire la suite : Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?

• Migration de notre IRC de Freenode vers Libera

  16 juin 2021

  -

  par

  bjonnh bjonnh

  dans Actualité

  

  Vous le savez sûre­ment, Bioin­fo-fr ce n'est pas qu'un blog, c'est aus­si un salon de dis­cus­sion (ou chat) en ligne pour dis­cu­ter en direct. His­to­ri­que­ment, notre salon IRC (Inter­net Relay Chat) #bioin­fo-fr était héber­gé sur un réseau nom­mé Free­node, dédié aux pro­jets et logi­ciels libres en tous genres. Ce réseau fon­dé en 1994, comp­tait en […]

  Lire la suite : Migration de notre IRC de Freenode vers Libera

• Installer JupyterHub pour des Notebooks hébergés sur votre serveur

  6 mai 2021

  -

  par

  Samuel Ortion

  dans Didacticiel

  

  Vous connais­sez sans doute déjà les note­books Jupy­ter [1], ces docu­ments web où l'on peut rédi­ger du conte­nu en Mark­down, pou­vant conte­nir des for­mules mathé­ma­tiques en LaTeX, mêlées à des cel­lules de code Python, (ou R, Julia etc.) que l'on peut exé­cu­ter au cas par cas de façon inter­ac­tive. Ils sont pas mal uti­li­sés en […]

  Lire la suite : Installer JupyterHub pour des Notebooks hébergés sur votre serveur

• Organiser une conférence en ligne : trucs et astuces

  28 avril 2021

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Astuce, Conférence, Didacticiel

  

  Orga­ni­ser une confé­rence est com­plexe. Mais orga­ni­ser une confé­rence en ligne… c'est TRÈS com­plexe. Si l'ordinateur qui dif­fuse la confé­rence plante… com­ment pré­ve­nir l'audience ? La moindre erreur tech­nique fait d'avantage peur car il devient plus dif­fi­cile de rebon­dir et d’expliquer l'issue à la 'salle'. Aujourd'hui je vous pro­pose un par­tage de toutes les stra­té­gies envi­sa­gées pour […]

  Lire la suite : Organiser une conférence en ligne : trucs et astuces

Articles les plus lus ces 7 derniers jours

Conda et le piège de la licence Anaconda12 février 2025Jacques Dainat

Tests Statistiques : suivez l'guide9 octobre 2013Delphine-L

Les arbres phylogénétiques : construction et interprétation2 août 2012Yoann M.