Bioinfo-fr.net

Pourquoi je ne lis pas tous les CVs de la même manière

5 juillet 2023

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par

Léopold Carron

dans Opinion

Dans un précédent billet je me suis laissé vagabonder autour de l'idée qu'un bioinformaticien était un data truc comme un autre. Dans ces lignes je vais exprimer pourquoi il est important à mon sens de bien travailler son CV… et ce qui personnellement me fait réfléchir sur la forme de CV liée à nos métiers. On tentera grâce aux humbles relecteurs d'évoquer tous les cas concernant notre formidable métier ! /!\ Warning : Comme toujours dans un article d'opinion, ces paroles n'engagent que moi. Surprise de lecture : je ne détiens pas la vérité, juste une opinion franche et tranchée. Si tu es…
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Les mystérieuses cités d'or

21 juin 2023

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par

Pierre Marijon

dans Découverte

La bioinformatique est un domaine de recherche donc, avec régulièrement de nouveaux logiciels et très souvent* votre premier contact avec ce nouveau logiciel se fait via la forge logiciel GitHub. Sur GitHub la première chose que l'utilisateur voit c'est le Readme (pour plus de détails sur ce fichier aller lire cet excellent billet de blog). Ce fichier qui résume l'objectif du projet/outil, comment le compiler/l'installer/l'utiliser (rayer les mentions inutiles), mais aussi quand c'est un outil de recherche, quelle publication citer quand on a utilisé l'outil. Hélas c'est là qu'est l'os, il n'y a pas de norme. De nombreuses solutions cohabitent :…
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Bioinformatique et IA : un premier pas

14 juin 2023

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par

Sébastien Gradit

dans Suivez l'guide

Intelligence Artificielle, Machine Learning, Deep-Learning, quid du Data-Scientist Intelligence artificielle (IA), Machine learning (Apprentissage machine, pour les francophones), Deep-learning (Apprentissage profond), autant de termes si étrangers et familiers à la fois… Comment se retrouver dans cette jungle de termes techniques ? Commençons par définir ce qu'est l'IA. Base de science-fiction pour certains, source d'inquiétudes pour d'autres, nous aborderons l'IA d'un point de vue technique. Inspirée de la biologie et des sciences cognitives, sur fondements mathématiques, l'intelligence artificielle se définit comme un ensemble d'algorithmes visant à reproduire les décisions prises par un être humain dans le but d'accomplir une tâches spécifique. Qui…
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De bioinformaticien à data scientist, un simple pas ?

7 juin 2023

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par

Léopold Carron

dans Opinion

Nombreux parmi nous se retrouvent un jour en fin de master/thèse ou postdoc de bioinformatique. A ce moment là, dans les difficultés de la recherche d'emplois on vient à se demander : "Et si je postulais à toutes ces offres de data scientist ?"Dans ces lignes, je vais donner mon avis de manière libre, sur pourquoi à mon sens c'est possible. Il n'existe pas un seul profil de bioinformaticien On va se poser une petite minute et réfléchir tous ensemble à nos amis bioinformaticiens, nos collègues et sur nous même. En quoi somme-nous des bioinformaticiens ? Nous avons tous des compétences…
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Créer une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/CD GitLab

2 juin 2023

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par

Samuel Ortion

dans Didacticiel

Je me suis amusé à écrire une mini librairie C++ pour l'algèbre linéaire (matrices et vecteurs, …) et j'ai eu envie de générer une documentation à partir du code source. Je me suis renseigné un peu et j'ai découvert Doxygen, un outil écrit en C++ qui permet de générer de la documentation à partir des codes sources de différents langages (C++, Java, etc.). Cela fonctionne bien, mais la sortie HTML n'est vraiment pas terrible. J'ai donc décidé, avec l'avis du forum Discord de l'association des Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBif) de me pencher sur Sphinx, un générateur de documentation Python,…
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Fréquences des dinucléotides dans le génome d'organismes modèles

8 septembre 2022

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par

Guillaume Devailly

dans Suivez l'guide

L'analyse de séquences est au cœur de nombreux domaines de la bio-informatique. Le billet du jour s'intéressera aux séquences ADN, en se proposant de compter la fréquence en dinucléotides dans quelques génomes d'organismes modèles (avec une petite arrière-pensée derrière la tête). Qu'est-ce qu'un dinucléotide ? L'ADN double brins est classiquement structuré sous forme de double hélice, avec deux brins de direction opposée. À chaque position il y a deux acides nucléiques formant une paire, les appariements classiques étant A en face de T et C en face de G. Ce qu'on appelle dinucléotide est une séquence de deux nucléotides successifs, à…
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Bioinfo-fr.net débarque sur Discord

5 septembre 2022

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par

Les admin·e·s

dans Actualité

TLDR ; pour les impatients, c'est par là : https://bioinfo-fr.net/discord On sait, on sait, ça fait des années qu'on nous répète que notre IRC c'est un truc de vieux barbus, que plus personne ne veut s'y mettre, que c'est dépassé. On y pense depuis un moment à rajouter ce nouveau canal de communication, mais il nous fallait d'abord, par respect pour ceux qui chaque jour font l'esprit constant de bioinfo-fr.net, leur demander leur avis. Nous avons profité de la période estivale pour cela et c'est maintenant chose faite ! Bioinfo-fr.net a donc ajouté la (dis)cord(e) à son arc en plus du canal historique…
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Installer Overleaf pour des documents LaTeX collaboratifs sur votre serveur

1 septembre 2022

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par

Samuel Ortion

dans Didacticiel

Overleaf est le successeur de ShareLaTeX, il résulte de la fusion de l'ancienne version d'Overleaf avec ShareLaTeX. Il permet d'éditer des documents LaTeX en collaboratif [1]. L'interface se divise en trois parties. Un bandeau pour naviguer dans les fichiers du projet, un éditeur de texte avec coloration syntaxique, et suggestion de commandes LaTeX au fur et à mesure de la saisie, et enfin, un visionneur de pdf pour voir le rendu du code source. Comment installer Overleaf sur son serveur ? Overleaf se présente comme un conteneur docker. Je prendrais l'exemple d'une installation sur Debian et distributions GNU/Linux dérivées avec Nginx…
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