Bioinfo-fr.net

On s'en va se reposer au soleil

29 juillet 2021

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Juillet est déjà bientôt terminé, certains de nos auteurs sont déjà en randonnée en montagne ou les pieds dans le sable, alors il est temps de faire notre pause estivale ! On se revoit à la rentrée avec tout plein de super articles qu'on a déjà en stock. Au programme : un échange d'avis sur R et Python garantis sans trolls (ou presque), des metacodes barre, des réseaux et… On ne va pas tout vous divulgâcher quand même ! Et si vous sentez que cette année c'est la vôtre, contactez nous pour devenir un des célèbres auteurs de bioinfo-fr, nous nous ferons un…
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Pourquoi écrire sur un blog communautaire ?

28 juillet 2021

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par

Léopold Carron

dans Opinion

7 ans… 7 ans entre l'écriture de mon premier article ici et aujourd'hui. De cette longue route m'est venue l'envie de faire un billet personnel sur pourquoi à mon sens, un blog communautaire a plus d'importance qu'un blog personnel. Les réflexions qui suivent sont totalement personnelles et n'engagent que moi. * Mon histoire sur ce blog Sans aucune prétention de profiter de ce billet pour m'auto-interviewer, il me semble important de raconter un peu mon chemin sur cette plateforme avant de donner quelques arguments plus concrets. C'était en 2013, j'étais alors en master 1 et je lisais déjà assidument ce…
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Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?

17 juin 2021

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par

Guillaume Devailly

dans Découverte

Sur le chan IRC du blog, un de nos membres se demandait pourquoi les noms de fichiers FASTQ devait finir par _001.fastq sur la plateforme de cloud computing d'Illumina BaseSpace. Mais avant de répondre à cette question pressante, repartons du début. Les fichiers FASTQ En cette période de domination du séquençage haut débit de l'ADN, le format de fichier .fastq est extrêmement commun et très manipulé par les bio-informaticiens. Il s'agit d'un format de fichier texte stockant des séquences de l'ADN tel un fichier FASTA, mais rajoutant pour chaque base des informations sur la qualité des bases (le q de…
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Migration de notre IRC de Freenode vers Libera

16 juin 2021

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par

bjonnh bjonnh

dans Actualité

Vous le savez sûrement, Bioinfo-fr ce n'est pas qu'un blog, c'est aussi un salon de discussion (ou chat) en ligne pour discuter en direct. Historiquement, notre salon IRC (Internet Relay Chat) #bioinfo-fr était hébergé sur un réseau nommé Freenode, dédié aux projets et logiciels libres en tous genres. Ce réseau fondé en 1994, comptait en moyenne jusqu'à 50 000 utilisateurs connectés. En ce mois de juin 2021, suite à un rachat du réseau par une compagnie privée, une majeur partie des administrateurs ont démissionné par crainte du non respect de la philosophie open source du réseau originel. Ces mêmes administrateurs…
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Installer JupyterHub pour des Notebooks hébergés sur votre serveur

6 mai 2021

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par

Samuel Ortion

dans Didacticiel

Vous connaissez sans doute déjà les notebooks Jupyter [1], ces documents web où l'on peut rédiger du contenu en Markdown, pouvant contenir des formules mathématiques en LaTeX, mêlées à des cellules de code Python, (ou R, Julia etc.) que l'on peut exécuter au cas par cas de façon interactive. Ils sont pas mal utilisés en data science pour explorer un jeu de données où créer un modèle de machine learning progressivement, par exemple. Il existe de nombreux outils en ligne comme Google Colab, Kaggle, CoCalc ou encore Binder qui implémentent leur versions de Jupyter. Installer JupyterHub sur votre serveur rendra…
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Organiser une conférence en ligne : trucs et astuces

28 avril 2021

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par

Léopold Carron

dans Astuce, Conférence, Didacticiel

Organiser une conférence est complexe. Mais organiser une conférence en ligne… c'est TRÈS complexe. Si l'ordinateur qui diffuse la conférence plante… comment prévenir l'audience ? La moindre erreur technique fait d'avantage peur car il devient plus difficile de rebondir et d’expliquer l'issue à la 'salle'. Aujourd'hui je vous propose un partage de toutes les stratégies envisagées pour l'organisation de Meet-4EU+. Voyons donc deux stratégies gagnantes pour organiser une conférence en ligne. Avant d'aller plus loin dans cet article je tiens à remercier l'association E-bigo de Rennes à qui j'ai largement piqué les astuces que je vous explique aujourd’hui ! Les questions à se…
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C'est le printemps, on refait sa garde robe !

14 avril 2021

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Cela fait un an maintenant que la boutique du blog est disponible, il est temps de renouveler les modèles pour que vous puissiez défiler fièrement dans la rue, dans vos labo, dans vos facs avec vos nouveaux t-shirts, tote bags, ou encore mugs et tapis de souris. On vous propose de nouveaux modèles en plus : des sweat zippés et des hoodies, parce qu'il fait beau mais encore un peu frisquet, et des gourdes en inox. Voici un échantillon des nouveaux visuels que l'on vous propose : Côté bilan financier, vous savez que cette boutique a pour but de nous aider à…
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9 ans, c'est pas tout neuf ! Et si c'était la dernière ?

4 mars 2021

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Cette année nous n'avons pas soufflé notre neuvième bougie car ce n'est "pas très COVID". Cette année nous avons regardé derrière nous et nous avons été plutôt fiers de tout ce que nous avons pu faire ici, tous ensemble. Et cette année enfin et surtout nous nous sommes demandés si cela n'allait pas être la dernière année pour nous. Le temps de tirer notre révérence. Ce questionnement ne date pas d'aujourd'hui. Cela fait malheureusement depuis quelque temps qu'on remarque que bizarrement notre niveau d'audience monte encore et toujours à chaque nouvelle publication, que vos retours sont excellents via les commentaires…
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