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Meet-4EU+, le bilan !

25 janvier 2021

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par

Léopold Carron

dans Actualité, Conférence

Bien le bonjour amis lecteurs. Pour le billet du jour je vous propose une visite dans les coulisses d'un cours/projet déroulé cette année à l'université de la Sorbonne : Meet-4EU+. J'apporterai ainsi mon regard sur l'organisation de cette année, agrémentée de quelques petites anecdotes subjectives. L'idée de ce cours est de proposer aux étudiants de master 2 de bio-informatique un projet qu'ils devront réaliser et présenter à la fin du semestre à une conférence devant un jury d'experts. Après 4 années de pratique sur des questions de structure des protéines, cette 5ème édition avait pour but l'extraction de motifs ( ou…
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Big Day 2020 : Invitation à un événement de partage autour de la bioinformatique

25 novembre 2020

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par

e-bigo association

dans Actualité

Que faites-vous le vendredi 27 novembre prochain ? Et pourquoi ne pas réserver ce jour pour découvrir le Big Day 2020 ? C’est un événement gratuit, organisé par des étudiant⋅e⋅s pour des étudiant⋅e⋅s, mais aussi pour n’importe quelle personne intéressée par le domaine de la bioinformatique. Qu'est-ce que le Big Day ? Le Big Day se veut être une journée de découverte et de partage autour de la bioinformatique. À l’origine simple remise de diplôme, c’est aujourd’hui un évènement complet fait de conférences dispensées par des professionnel⋅le⋅s du milieu ainsi que d’ancien⋅ne⋅s diplômé⋅e⋅s du master ! C’est donc depuis sept années que les étudiant⋅e⋅s…
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La transcriptomique spatiale

14 octobre 2020

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par

I. Stévant

dans Découverte

Non, on ne va pas partir faire du RNA-seq dans la station spatiale internationale, rassurez-vous. Je vais vous parler de cette (relativement) nouvelle technique qui permet en une seule expérience de mesurer l'expression des gènes et de localiser cette expression dans un organe plus ou moins complexe. Pour faire une analyse à large échelle du niveau d'expression des gènes dans un tissu, rien ne vaut la transcriptomique. D'abord développée avec la technologie microarray (ou puce à ADNc), elle s'est maintenant démocratisée avec le RNA-seq grâce à l’avènement du séquençage à haut débit. Depuis quelques années, la transcriptomique en cellule unique…
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Rentrée masquée

10 septembre 2020

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Tout comme cet été la rentrée 2020 s'annonce très spéciale. Nous revenons malgré tout pour entamer la route vers notre 9ème année à vos côtés.On espère que vous et vos proches allez tous bien et que le coronavirus aura su vous laisser tranquille.Comme beaucoup de scientifiques, nous préconisons le port du masque comme mesure barrière contre la COVID19 et nous nous sommes même amusés à vous en proposer quelques modèles dans notre boutique. Nous espérons qu'ils réussiront au moins à vous faire sourire et au mieux à vous faire craquer. Pour information nous pensons que le prix proposé par Tunetoo est…
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Qu'est ce qu'un TAD ? (Topological associated domain)

10 septembre 2020

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par

Léopold Carron

dans Suivez l'guide

Dans l'article précédent, j'ai parlé des différentes échelles d'organisation de la chromatine mais me suis attardé sur les échelons les plus grands. Cette observation globale de la carte a alors permis de définir la notion de compartiment génomique. Mais comment l'ADN s'organise localement ? Qu'observe-t-on sur une carte de contact chromosomique en zoomant finement sur une région plutôt que regarder un chromosome entier ? Aujourd'hui je vous propose de continuer d'en apprendre plus sur le sujet en essayant de comprendre ce qu'est un TAD (pour topological associated domain). Ces deux articles étant écrits en miroir l'un de l'autre, je vous conseille vivement…
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Pourquoi et comment déposer un package R sur Bioconductor ?

18 juin 2020

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par

Gwenaelle

dans Didacticiel

Ça y est, votre code R un poil brut commence à avoir de la substance et vous envisagez d'en faire un outil à part entière. Comme tout bioinformaticien qui se respecte, vous envisagez donc de packager (ou paqueter en français) proprement cet ensemble de scripts R. Non on ne largue pas une nuée de scripts non commentés, non documentés, avec juste un mail disant "Non mais tu changes tel et tel paramètres et ça fonctionne"… Quand j'essaie d'expliquer le concept de reproductibilité à un mauvais bioinformaticien Votre package R étant évidemment d'une grande utilité à la communauté bioinformatique, vous envisagez…
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Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R

11 juin 2020

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par

Guillaume Devailly

dans Astuce

En génomique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons souvent de tracer des grosses matrices sous forme d'heatmap. Par grosse matrice, j'entends une matrice dont le nombre de lignes et/ou de colonnes est plus grand que le nombre de pixels sur l'écran que vous utilisez. Par exemples, si vous avez une matrice de 50 colonnes et de 20 000 lignes (cas assez fréquent quand il y a une ligne par gène), il y a de forte chances que cette matrice aura plus de lignes qu'il n'y a de pixels sur votre écran…
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Qu'est-ce qu'un compartiment génomique ?

3 juin 2020

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par

Léopold Carron

dans Suivez l'guide

Cette question est la première que m'a posé mon jury de thèse lors de ma soutenance. Aujourd'hui, je vous propose d'y répondre le plus simplement possible. Pour comprendre cet article, il est probablement nécessaire de connaître les bases du Hi-C, déjà résumées par votre humble serviteur en visualisation, ou en analyse sur ce blog au cours des années passées. L'organisation spatiale de la chromatine dans le noyau Définir un compartiment génomique, c'est définir la répartition spatiale (organisation 3D) de la chromatine dans le noyau. Pour comprendre cette notion il est nécessaire de faire un petit cours de biologie accéléré. L'ADN…
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