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Le déclin (relatif) de la production bioinformatique française
Lire la suite : Le déclin (relatif) de la production bioinformatique françaiseL’idée de cet article vient d’une étude réalisée en 2008 par Jean Lobry, Professeur à l’Université Claude Bernard – Lyon 1, ceci dans le cadre de ses enseignements en bioinformatique (plus exactement ses TD sur le langage R). Mon objectif était de regarder la dynamique de publication de la France dans le domaine de la […]
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J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie
Lire la suite : J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la viePython et la bioinformatique associés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de conférences passionnés de l'Université Paris Diderot que sont Patrick Fuchs et Pierre Poulain : nous nous devions de nous procurer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retranscription ! Ce bouquin date de juillet 2019 et c'est tout simplement […]
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Concours : Noël avant l'heure !
Lire la suite : Concours : Noël avant l'heure !A l'occasion de la sortie de notre fiche de lecture sur le livre "Programmation en Python pour les sciences de la vie" et sur une gentille proposition de Pierre Poulain & Patrick Fuchs, nous vous proposons un petit jeu concours avant Noël. Pour participer : il y a dans le livre un petit easter egg placé […]
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Génomique des paysages
Lire la suite : Génomique des paysagesIntroduction « Génomique des paysages » cela sonne comme le titre d’une œuvre d’Eduardo Kac. Ce nom un peu post-moderne désigne en fait une discipline scientifique qui a connu une expansion fulgurante au cours de la dernière décennie. Les enjeux environnementaux et de conversation actuels ont rendus pressante la nécessité de mieux comprendre et décrire les espèces […]
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Sept problèmes fascinants posés par les récepteurs olfactifs
Lire la suite : Sept problèmes fascinants posés par les récepteurs olfactifsLe cinquième va vous étonner ! Introduction : l'olfaction, un sens assez bien compris et compréhensible L’olfaction n'est peut-être pas le plus noble des sens, comparé à la vue ou l’ouïe par exemple, mais il s'agit d'un sens assez bien compris aujourd'hui. C'est notamment grâce aux travaux des biologistes Linda B. Buck et Richard Axel, récompensés par […]
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L'intérêt d'une communauté scientifique bioinformatique
Lire la suite : L'intérêt d'une communauté scientifique bioinformatique"Tout seul on va plus vite, ensemble, on va plus loin". Proverbe africain Il est un constat que je fais de plus en plus souvent et qui m'attriste à chaque fois un peu plus : notre belle société semble tendre vers l'individualisme. Il est probable que l'émergence des réseaux sociaux et à l'actuel culte du nombrilisme […]
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Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformes
Lire la suite : Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformesPour avoir été client des articles ("Snakemake pour les nuls", "Formaliser ses protocoles avec Snakemake" et "Snakemake, aller plus loin avec la parallélisation") de mon prédécesseur lelouar, j'ai décidé d'apporter ma pierre à l'édifice et de continuer cette série sur Snakemake. Je vais ici vous parler de généralisation de pipeline pour l'utilisation intensive au sein […]
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ISMB/ECCB 2019 & live-tweet : comment raconter l'un en utilisant l'autre avec R ?
Lire la suite : ISMB/ECCB 2019 & live-tweet : comment raconter l'un en utilisant l'autre avec R ?En cette magnifique rentrée 2019/2020, laissez-moi vous parler encore un peu de cet été, et plus particulièrement de la conférence ISMB/ECCB, référence en bio-informatique, qui s'est déroulée du 21 au 25 juillet dernier à Bâle. Et pour cela, je vais allier l'utile à l'agréable en vous présentant ce qu'est le live-tweet et comment bien le […]
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