Rentrée et ECCB14

Nous revoilà en pleine forme avec de beaux articles en préparation.

Les vacances ont été bonnes et il est temps de reprendre le chemin des labos/bureaux/bancs de la fac.

En ce moment même se déroule à Strasbourg l'ECCB14, c'est un très bon moyen pour reprendre en douceur. Nous vous proposons donc un "live-tweet" autour de cet événement grâce à nos envoyés spéciaux !

Bonne reprise à tous !

Édito

Découverte :
Cython: votre programme Python mais 100x plus vite

Python est un langage extrêmement pratique car il est facile à lire et à écrire, comparé à un langage de "bas niveau" et compilé comme le C. D'un autre côté, à l'exécution il est beaucoup plus lent. C'est un compromis entre les deux qu'offre Cython, permettant d'accélérer votre programme d'un facteur 2 à plus de 100, et d'intégrer facilement des fonctions déjà écrites en C - d'où son nom...

Découverte :
Introduction aux systèmes multi-agents

Dans le monde merveilleux de l'intelligence artificielle, il existe une catégorie de systèmes de simulation inspirés de la nature et particulièrement adaptés à de nombreuses problématiques en biologie : les systèmes multi-agents. Ces systèmes sont composés d'entités autonomes (les agents) qui interagissent entre elles et avec un environnement dans lequel elles évoluent. Bien évidemment, l'inspiration "biologique" provient des insectes sociaux (fourmis, termites, etc...

Suivez l'guide :
Guide de démarrage pour ggplot2, un package graphique pour R

Le traitement et l’analyse de données sont une part importante des tâches demandées à un bioinformaticien. L’utilisation de R facilite grandement la manipulation des données et permet également leur représentation de multiples façons. Malgré le potentiel de R, ce dernier est souvent sous-exploité à cause d’une syntaxe parfois trop complexe. Je vais vous présenter aujourd’hui un package R, « ggplot2 », permettant la production de graphiques très élaborés en peu de temps...

Astuce :
Ping en JavaScript (jQuery.ajax)

Dans cet article, nous allons découvrir un moyen de vous faire gagner du temps à travers deux notions étrangères à la Biologie : Le ping et Ajax. Pour les termes techniques, reportez vous au glossaire juste après l'introduction.

Mesurer le délai entre un serveur et un client web (on utilisera facilement anglicisme "ping", francisé en "pinguer") d'un site consiste à lui demander juste l'en-tête de sa page principale (afin de diminuer l'impact du poids du site) et à mesurer le temps passé pour recevoir la réponse...

Astuce :
The Bio Code : guide du bon broinformaticien

Malgré la multitude d’outils déjà existants, les occasions d'écrire du code sont nombreuses en bioinformatique. Hormis pour les pousse-boutons avertis, le développement fait souvent partie du quotidien d’un bioinformaticien. Personnellement, c’est une activité qui me plaît beaucoup dans ce métier. Développer ses propres applications et outils apporte toujours une certaine satisfaction (et quand ça fonctionne, c’est encore mieux !)...

Opinion :
De l'explosion du tout séquençage à la médecine personnalisée

 

Un génome, c'est quoi ?
Avant de plonger dans le vif du sujet, mieux vaut s'assurer qu'on ait les bases. Nous allons parler de séquençage de génome. Pour les notions sur le séquençage je vous redirige vers cet excellent article et pour le génome on va partir d'une définition simple et efficace : il s'agit de l'ensemble de l'information génétique portée par l'ADN d'un être vivant...

Astuce :
Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq

Le ChIP-seq est une méthode aujourd'hui répandue qui consiste à cibler une partie du génome grâce à une protéine et à séquencer uniquement les parties du génome auxquelles celle-ci s'est fixée. On la capture ensuite avec un anticorps spécifique et on séquence uniquement l'ADN qu'elle protégeait (voir notre article : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de la régulation de l'expression des gènes )...

Opinion :
Watson, un système expert en diagnostic

Le 11 Février 2013, le magazine Numérama annonçait un partenariat commercial signé aux États-Unis par l'entreprise informatique IBM. Cet article présente tout particulièrement le système expert Watson dont nous vous avions fait une brève description lors de notre compte-rendu sur l'ECCB 2012. Dans ce billet, je me propose de vous présenter rapidement Watson et les systèmes experts, puis de vous exposer mon avis sur un système expert en diagnostic...

Suivez l'guide :
BLAST en pratique

Cet article a pour but de vous montrer une application pratique de BLAST, le fameux programme d'alignement de séquences détenant un record de citations, avec certains problèmes qu'on peut rencontrer et ce qu'on peut tirer de son résultat. BLAST a au moins deux usages typiques en génomique :

Trouver les occurrences similaires à une séquence de bases ou d'acides aminés donnée ("query") dans une séquence de référence, par exemple un génome entier...

Didacticiel :
Introduction à la ligne de commande

Langage : Shell
Niveau : Grand débutant
Ce tutoriel n'a originellement pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bioinformaticiens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se familiariser avec la ligne de commande et sera sûrement très utile pour par exemple des biologistes qui veulent s'essayer à la bioinformatique...