Rentrée et ECCB14

Nous revoilà en pleine forme avec de beaux articles en préparation.

Les vacances ont été bonnes et il est temps de reprendre le chemin des labos/bureaux/bancs de la fac.

En ce moment même se déroule à Strasbourg l'ECCB14, c'est un très bon moyen pour reprendre en douceur. Nous vous proposons donc un "live-tweet" autour de cet événement grâce à nos envoyés spéciaux !

Bonne reprise à tous !

Édito

Opinion :
Le recrutement en bioinfo

Oncle Sam le dit : "I want you". Et il n'est pas le seul. En cette période de crise, le marché de la bioinfo se porte plutôt pas trop mal. Cela dit, il y a beaucoup de candidats et on peut facilement passer à coté d'une offre si on ne fait pas attention à quelques détails. C'est pourquoi j'ai eu envie d'écrire ce petit guide sur les étapes du recrutement en bioinfo ; petit guide qui n'a ni la prétention d'être exhaustif, ni de détenir la vérité universelle sur le recrutement...

Actualité :
Les 10 ans du World Community Grid

Le 16 novembre 2014, le World Community Grid (WCG) fête ses 10 ans d’existence. Créé par IBM en 2004, ce projet de grille de calcul distribué par ordinateur se donne pour mission de soutenir des projets de recherche à fins humanitaires. Selon Wikipedia, une grille de calcul est une infrastructure virtuelle "qui exploite la puissance de calcul (processeurs, mémoires, ...) de milliers d'ordinateurs afin de donner l'illusion d'un ordinateur virtuel très puissant"...

Découverte :
Comparaison de structures : le TM-Score

Pour comparer des structures 3D de protéines, nous avons vu le RMSD dans un précédent article. Je vous propose cette semaine de parler du TM-Score décrit par Zhang et Skolnick en 2004.

Les bases
Le TM-Score a été développé afin de calculer la qualité des structures de protéines prédites lors de la compétition CASP5. Le but est donc de comparer une prédiction avec un modèle de référence...

Découverte :
Hi-C: Quelques bases

Aujourd'hui on va découvrir ensemble une des petites dernières dans la famille des techniques hauts débits: le High Chromosome Contact map (Hi C)[1] . Revenons sur quelques bases : un gène ne pourra être exprimé que si l'ADN qui le code est déplié. Par conséquent les régions dans lesquelles les gènes ne sont pas exprimés sont quant à elles repliées et forment ce qu'on appelle les domaines topologiques (TADs)...

Entretien :
Questions à... nos admins

Cela fait maintenant plusieurs années que Bioinfo-fr.net a été lancé mais connaissez-vous bien les administrateurs de ce site ? Nous vous proposons un entretien croisé de deux de nos administrateurs: Guillaume Collet (Bilouweb) et Isabelle Stévant (ZaZo0o).
GC : Bonjour ZaZo0o, merci d'avoir accepter cet entretien croisé, commençons par ton parcours. Qu'est-ce qui t'a menée à la bioinformatique ?

IS : Quand j'ai commencé ma licence de biologie, j'ai pris dans mes bagages l'ordinateur familial que mon grand frère avait amoureusement monté quelque temps auparavant...

Brèves :
Portrait ADN

Ce post est le premier d'une nouvelle catégorie du blog vous proposant des articles plus courts et plus légers sur la bioinformatique.

Je commence en douceur en vous encourageant à regarder les travaux d'une artiste : Heather Dewey-Hagborg.
Les questions posées par son travail et ses recherches sont intéressantes, et à mon avis ne sont plus du tout de la science fiction.
Voici une première vidéo (en anglais) où Heather y raconte sa récolte de cheveux dans des endroits publics ...

Conférence :
ECCB'14 à Strasbourg - le bilan

ECCB'14

La conférence ECCB 2014 s’est déroulée cette année du 7 au 10 septembre 2014 à Strasbourg. Elle était couplée avec JOBIM et donc co-organisée par la SFBI. La conférence était précédée par 2 journées de workshops et tutoriels.
Le programme complet est accessible à l’adresse suivante : www.eccb14.org
Les workshops et tutoriels en marge de la conférence se sont déroulés à la faculté de médecine de Strasbourg...

Découverte :
École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL)

Il y a quelque temps, Akira vous présentait l'EMBL en Allemagne. Place maintenant à la Suisse et à sa mythique EPFL, lieu où vous pourrez espérer décrocher un stage ou même poser vos bagages pour un contrat un peu plus long.

Histoire et géographie
Pour commencer, L'EPFL ne se situe pas tout à fait comme son nom l'indique à Lausanne même (Suisse), mais plutôt à sa périphérie. Elle bénéficie d'un magnifique cadre environnemental puisqu'on retrouve, à quelques centaines de mètres de certains de ses bâtiments, le célèbre lac Léman et qu'on peut également y admirer les Alpes au-delà de celui-ci (juste derrière la berge d'Évian, Thonon ou encore Yvoire (France))...

Actualité :
Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifs

Y a-t-il une place pour la bioinformatique dans les structures du type « Do it yourself biology », « Bio-hackers spaces » et autres FabLabs ?
Avant de répondre à cette question, quelques précisions sur ces espaces collaboratifs sont nécessaires. Il s’agit de curieux et de passionnés qui se retrouvent dans des caves… ou des laboratoires pour élaborer des projets créatifs et novateurs, et défendre la philosophie du libre accès à la connaissance...

Découverte :
Comparaison de structures : le RMSD

En 1973, Anfinsen montrait qu'une protéine se replie en une structure unique et stable. Même si des exceptions existent, cette règle s'applique à la plupart des petites protéines globulaires. La structure des protéines est non seulement stable mais aussi plus conservée que la séquence au cours de l'évolution. En effet, des protéines ayant des séquences très divergentes présentent des repliements similaires...

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