JOBIM2016 : BioInfuse

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JOBIM2016 @ Lyon du 28 au 30 juin

Un petit édito car :

  • le dernier commençait à dater ;
  • nous voulions vous annoncer que nous serons à JOBIM2016, et qu'on aura même un magnifique poster à vous présenter. Donc n'hésitez surtout pas à venir nous offrir une bière interpeller ;
  • on voulait aussi vous signaler l'existence du concours BioInfuse proposé par nos copains de JeBiF. Le principe : créer une courte vidéo de vulgarisation scientifique autour de la bioinfo. Le/la gagnant(e) verra son œuvre cinématographique projeté dans l'amphi de JOBIM cet été et une petite récompense accompagnera la séance. Vulgarisateurs en herbe : n'hésitez plus, c'est votre chance !

On se voit à JOBIM @ Lyon !

Édito

Actualité :
État de l'emploi bioinformatique en France : analyse des offres de la SFBI (2ème partie)

Nous revoilà pour la suite de notre premier article sur l'analyse des offres de la SFBI. On vous avait promis une analyse de l'évolution du marché, et c'est ce dont nous allons parler dans cet article.
Je vous renvoie au premier article si vous voulez plus d'informations sur l'origine des données et la disponibilité du code. Les contributions sur le Github du projet ont été bien ternes... ou plutôt inexistantes...

Découverte :
Software Carpentry ou la transmission de bonnes pratiques en informatique

Avec l’augmentation de la capacité des ordinateurs et de la qualité des algorithmes, l’informatique prend une place de plus en plus importante dans la vie de tous les jours, mais aussi dans la recherche. Cela est rendu aussi possible grâce à la programmation et aux améliorations des languages, des outils et des pratiques. Les développeurs sont devenus plus productifs.

Mais l’impact sur les scientifiques est plus mitigé...

Didacticiel :
Snakemake aller plus loin avec la parallélisation

Bonjour à tous, bienvenue dans un nouvel épisode de tutoriels sur Snakemake (épisode précédent).
Aujourd'hui nous allons voir ensemble comment paralléliser facilement par la donnée grâce à Snakemake. L'idée générale consiste à découper les fichiers bruts au début de notre pipeline et de les rassembler après les étapes lourdes en calcul.

Nous allons également voir comment utiliser le fichier de configuration au format Json...

Formation :
Le Master de Bordeaux s'internationalise!

Le Master Bioinformatique de Bordeaux propose à présent 3 parcours, dès la rentrée 2016-2017:

Le parcours "Biologie Computationnelle" est centré sur l'acquisition de compétences en développement logiciel et les méthodologies de gestion de données incluant la modélisation, la simulation de processus et l'analyse d'images biologiques.
Le parcours "Du Génome aux Ecosystèmes" est focalisé sur l'utilisation avancée des logiciels de bioinformatique avec une spécialisation possible sur les applications moléculaire ("omics") et/ou environnementale (génétique des populations)...

Didacticiel :
Introduction à l'analyse des SNPs

Introduction
Un SNP (Single Nucleotid Polymorphism) est la mutation d'un seul nucléotide à une position donnée, entre individus d'une même population. Ces substitutions ponctuelles permettent d'identifier des sous-populations.
Vous avez sûrement étudié en cours l'exemple de la drépanocytose, une maladie causée par la mutation ponctuelle d'un gène. L'origine de cette maladie génétique peut être observée en analysant les SNPs dans la population humaine...

En image :

Quand je demande pour la nième fois "Quel est le meilleur OS pour faire de la bioinfo ?"

Un troll classique

Un troll classique

Entretien :
Questions à… Gabriel Chandesris

Comme chaque mois à présent, retrouvez la retranscription du TOBi organisé par JeBiF.

 
Gwenaëlle Lemoine (Gwenaëlle L.) : Bonjour Gabriel, nous sommes ravis de te recevoir pour ce 4ème TOBi !  Tu travailles actuellement chez Dassault Systèmes et plus précisément Biovia mais n'en dévoilons pas plus. Je te laisse nous présenter ta formation, ton parcours professionnel ...
Gabriel Chandesris (Gabriel C...

Découverte :
Introduction à la structure secondaire des ARN

Quand j'étais étudiante en master, la grande majorité des cours de structure étaient réservés aux protéines, ce qui fait que la structure des ARN n'a pas été très développée au cours de mon cursus. Du coup, je vous livre ici une partie de ce que j'ai appris en stage.

Définition 0 : ARN
L'ARN (acide ribonucléique) est une macromolécule biologique qui remplit de nombreuses fonctions biologiques telle que :

support intermédiaire de la traduction de l'ADN en protéines,
catalyseur de l'activité peptidyltransférase menant à la formation d'une liaison peptidique,
régulateur de l'expression génique grâce aux riboswitch ou a de petites molécules interférenetes,
ou encore l'inactivation de chromosome par de longs ARN interférents...

Découverte :
Généralité autour du concept de machine learning à partir d'automate

Pour beaucoup de personnes, le machine learning consiste à apprendre un classifieur de données. Un exemple d'application principal serait d'être capable de différencier de manière automatique plusieurs variétés d'iris selon la taille de leurs pétales.
Mais selon moi, le machine learning représente beaucoup plus : c'est une science qui permet d'expliquer à un ordinateur comment réaliser une tâche d'apprentissage de manière automatique...

Découverte :
Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaire

Introduction
Cet article, d'une très longue série, a pour but de donner plus de détails et peut-être - qui sait - vous titiller suffisamment pour enjamber la barrière physique (au sens littéral) et rejoindre le fabuleux monde d'Oz de la bioinformatique structurale.
Avant de commencer, je vous conseille de prendre du papier, un crayon, un thé ou un café. Ces breuvages serviront à illustrer mes exemples et faire une pause dans votre lecture...