Un reporter en congrès: GGMM et GFPP

Trophée GGMM

L’un des trophées distribués lors du congrès.

L’un de nos contributeur est actuellement en congrès à GGMM (Groupe de Graphisme et de Modélisation Moléculaire) vous pouvez suivre ses live-tweet sur @BioinfoFr . Pour ceux qui ne le savent pas, GGMM est un congrès francophone, qui a lieu une fois tous les deux ans et qui parle de… graphisme et modélisation moléculaire. Alors si vous aimez les champs de force, les “docking” et autres “folding”, ça risque de vous intéresser. Le congrès est presque terminé, mais vous pouvez toujours suivre les derniers tweets et voir les sujets qui ont été traités.

La semaine prochaine, notre super reporter sera à GFPP , le groupe français des peptides et protéines. Bref, il n’est pas trop tard pour s’abonner et savoir où en est l’une des branches de la bioinformatique en France.

En attendant un compte rendu détaillé qui arrivera pendant le mois de juin, un peu avant JOBIM … que de congrès.


Publié le par Gophys

Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

Langage : shell
Commande présentée : join
Niveau : débutant

Présentation de la commande join

La commande join est disponible nativement sur les systèmes d’exploitation GNU/Linux. Il s’agit d’une commande POSIX et elle est donc présente sur tous les systèmes d’exploitation UNIX et UNIX-Like. La plupart des gens utilisent cette commande pour récupérer les lignes communes entre deux fichiers mais elle ne se limite pas à ce seul cas.
Join vous permet de fusionner des champs (colonnes) précis de deux fichiers textes et d’en récupérer la liste des données communes ou encore de vous afficher un résultat proche de ce que vous pourriez faire en SQL avec une requête JOIN.
Dans ce billet je vais vous montrer différentes façons dont on pourrait se servir de cette commande pour récupérer de l’information biologique à partir de données textuelles.

Exemple de résultat de la commande join | Auteur : Norore. Image libre de droit.

Exemple de résultat de la commande join | Auteur : Norore. Image libre de droit.

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Publié le par Nolwenn

J’ai lu: Statistiques pour statophobes

Bonjour à tous. J’aimerais partager avec vous un ouvrage qui a changé ma vie professionnelle, à plusieurs niveaux. En lieu et place d’une introduction, je vous offre quelques morceaux choisis, avec lesquels mes talents de rédactrice ne peuvent pas espérer lutter.

sadistics

Sadistics?! – Inspiré par Dr Nic

Abstract:

” Une introduction au monde des tests statistiques à l’intention des étudiants qui n’y entravent que pouic et qui détestent les maths par-dessus le marché ”

 

Extrait de l’avant-propos:

“J’en ai tant bavé pour comprendre le peu que je sais dans cette discipline, que j’ai soigneusement évité les “explications” telles que : « soit (Ω, F, p) un espace probabilisé modélisant une espérance  finie » qui m’ont toujours donné envie de posséder un lance-flammes. Ce livre est donc écrit en français normal. Il contient même nombre de remarques plus ou moins saugrenues, parce que je suis viscéralement incapable de résister à l’envie de dire (et d’écrire) des bêtises, juste pour rire.”

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Publié le par Nisaea

Jouez avec vos données : utilisez un ORM

Il y a quelques temps, je vous ai parlé de base de données , un super moyen pour structurer vos données.

Vous êtes maintenant j’en suis sûr, des professionnels du SELECT, des JOIN et autres ALTER . C’est bien, très bien même, mais maintenant je vais vous apprendre à vous en passer. Et oui, la ligne de commande c’est sympa pour des choses simples et/ou rapides, mais dès que vous voulez plus de complexité, il devient difficile de travailler sans un langage de plus haut niveau.

läskig-orm by henrik larsson

läskig-orm by henrik larsson

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Publié le par nahoy

DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d’analyse de la régulation de l’expression des gènes

ADN extrait de Cliococca selaginoides (Josh*m, CC BY-NC-SA)

ADN extrait de Cliococca selaginoides ( Josh*m , CC BY-NC-SA)

La régulation de la transcription est un processus indispensable aux cellules pour permettre leur différenciation, exprimer leur spécificité, assurer leur développement, leur prolifération ou encore pour leur permettre de s’adapter à un environnement. L’étude de la régulation de la transcription passe par l’identification d’éléments clés gouvernant ces processus biologiques.
Ces éléments de régulations se distinguent en deux groupes : les régions cis -régulatrices (région de l’ADN ayant la particularité de contrôler l’expression de gènes plus ou moins éloignés), et les éléments trans (protéines de liaison à l’ADN reconnaissant la plupart du temps les séquences cis ).

L’apparition des technologies de séquençage haut débit a bouleversé notre manière d’étudier le génome et son expression. Le couplage des méthodes de biologie moléculaire et du séquençage a permis l’émergence de nouveaux outils permettant d’analyser finement et à l’échelle d’un génome entier l’expression et la régulation des gènes. Dans cet article nous allons nous intéresser à trois de ces techniques : DNase-seq, FAIRE-seq et ChIP-seq. Lire la suite →


Publié le par ZaZo0o

Quel bioinformaticien êtes-vous ?

Il est temps de reprendre le clavier et de calmer votre manque d’articles. Nous allons nous y remettre tout doucement en vous proposant aujourd’hui une vision que nous pensons juste, bien que parfois un peu décalée, des divers types de bioinformaticiens existants.

Si vous êtes vous-même un bioinformaticien averti, ces différents “portraits” devraient vous rappeler des collègues ou même, tout simplement, vous. Alors que si vous êtes sur le devenir, cela vous permettra de découvrir les différents types de personnes que vous pourrez avoir la chance de côtoyer après l’obtention de votre diplôme.

Vous l’aurez donc compris, l’idée ici est d’arriver à présenter des profils de bioinformaticiens avec leurs atouts et leurs faiblesses à la fois.

Une dernière précision : on parle dans cet article de différents genres de bioinformaticiens, mais cela ne veut absolument pas dire qu’il n’y a pas de bioinformaticiennes, bien au contraire. Il s’agit juste ici du coté pratique de la rédaction. Merci pour votre compréhension et bonne découverte.

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Publié le par Yoann M.

Chasse aux oeufs…et aux articles !

Nous profitons de ce long week-end pour vous souhaiter de joyeuses fêtes de Pâques !

Lapins de Pâques par stux | CC0 1.0

Lapins de Pâques par stux | CC0 1.0

Nous travaillons d’arrache-pied à vous préparer un nouveau thème ainsi qu’une belle page de présentation de l’équipe.
En ce moment le travail étant assez intense pour la plupart d’entre nous, les articles paraissent plus lentement. Mais ne vous faites pas de soucis pour autant : nous sommes déterminés et la flamme est toujours là !
Si par ailleurs vous êtes passionné(e) par la bioinformatique, vous aimez ce qu’on fait et vous souhaitez faire découvrir vos connaissances à la Terre entière : n’hésitez plus et contactez nous ( contribuer@bioinfo-fr.net ) ! La porte est ouverte à toutes et à tous, nous serons heureux de vous accueillir parmi nous même si vous avez peu de temps à nous consacrer.
Beaucoup de choses sont à venir. Restez connectés !
Bonne chasse aux oeufs à tous !


Publié le par Yoann M.

Comment organiser son travail ?

L’organisation du travail peut sembler facile, ce n’est pas toujours le cas, surtout lorsque l’on est impliqué dans 2 ou 3 projets à la fois. Comment se souvenir de ce que l’on a fait il y a un mois alors même que l’on ne sait plus ce que l’on a fait la veille ? Où sont mes documents dont j’ai besoin pour finir ce script ? Qu’est-ce que j’ai fait de ce foutu papier qui parle de la méthode que je dois appliquer ?

Qui d’entre nous ne s’est jamais retrouvé confronté à ce genre de casse-tête ? Très peu j’imagine. Dans ce billet je vais essayer, sans prétention, de vous donner des pistes pour vous organiser sur votre lieu de travail. Bien que je n’applique pas toujours ces pistes, elles pourront peut-être vous sauver la mise !

Et maintenant, je fais quoi ? | Auteur PublicDomainPictures, licence CC0

Et maintenant, je fais quoi ? | Auteur PublicDomainPictures , licence CC0

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Publié le par Nolwenn

Questions à… Ioannis Xenarios

Il s’agit de notre deuxième interview et après Jean-François Gibrat nous avons décidé d’aller nous promener un peu en Suisse. Nous y avons rencontré Ioannis Xenarios , directeur des groupes Vital-IT et Swiss-Prot du SIB: institut Suisse de Bioinformatique , mais aussi professeur à l’ Université de Lausanne , et nous en avons profité pour lui poser quelques questions.

Ioannis Xenarios

Ioannis Xenarios

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SQLite

Dans un précédent article , nous vous avons parlé des bases de données, leur importance et leur intérêt. Ici je vais vous parler de SQLite , une bibliothèque donnant accès à un moteur de base de données relationnelle qui vous permettra de travailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de configurer ou d’installer quoi que ce soit : simple, rapide et efficace. Vous pouvez à loisir l’inclure dans tous vos projets, le code source de SQLite étant dans le domaine public .

Logo SQLite

Logo SQLite

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Publié le par nahoy