2016, nous voilà !

2016

"Bio-2016" | CC-BY-SA Kumquatum

Nouvelle année, nouveaux projets, nouveaux articles, nouveaux auteurs.

2016 s'annonce riche en créations et en échanges. Nous fêterons également dans quelques jours nos 4 ans d'existence. Wahou ! Merci à vous tous pour votre soutien et vos encouragements.

Bioinfo-fr c'est nous, mais c'est surtout vous !

Allez, 2016, en avant ! Et n'oubliez pas : si vous souhaitez rejoindre l'équipe, c'est ouvert à tous !

Édito

Didacticiel :
Introduction à l'analyse des SNPs

Introduction
Un SNP (Single Nucleotid Polymorphism) est la mutation d'un seul nucléotide à une position donnée, entre individus d'une même population. Ces substitutions ponctuelles permettent d'identifier des sous-populations.
Vous avez sûrement étudié en cours l'exemple de la drépanocytose, une maladie causée par la mutation ponctuelle d'un gène. L'origine de cette maladie génétique peut être observée en analysant les SNPs dans la population humaine...

En image :

Quand je demande pour la nième fois "Quel est le meilleur OS pour faire de la bioinfo ?"

Un troll classique

Un troll classique

Entretien :
Questions à… Gabriel Chandesris

Comme chaque mois à présent, retrouvez la retranscription du TOBi organisé par JeBiF.

 
Gwenaëlle Lemoine (Gwenaëlle L.) : Bonjour Gabriel, nous sommes ravis de te recevoir pour ce 4ème TOBi !  Tu travailles actuellement chez Dassault Systèmes et plus précisément Biovia mais n'en dévoilons pas plus. Je te laisse nous présenter ta formation, ton parcours professionnel ...
Gabriel Chandesris (Gabriel C...

Découverte :
Introduction à la structure secondaire des ARN

Quand j'étais étudiante en master, la grande majorité des cours de structure étaient réservés aux protéines, ce qui fait que la structure des ARN n'a pas été très développée au cours de mon cursus. Du coup, je vous livre ici une partie de ce que j'ai appris en stage.

Définition 0 : ARN
L'ARN (acide ribonucléique) est une macromolécule biologique qui remplit de nombreuses fonctions biologiques telle que :

support intermédiaire de la traduction de l'ADN en protéines,
catalyseur de l'activité peptidyltransférase menant à la formation d'une liaison peptidique,
régulateur de l'expression génique grâce aux riboswitch ou a de petites molécules interférenetes,
ou encore l'inactivation de chromosome par de longs ARN interférents...

Découverte :
Généralité autour du concept de machine learning à partir d'automate

Pour beaucoup de personnes, le machine learning consiste à apprendre un classifieur de données. Un exemple d'application principal serait d'être capable de différencier de manière automatique plusieurs variétés d'iris selon la taille de leurs pétales.
Mais selon moi, le machine learning représente beaucoup plus : c'est une science qui permet d'expliquer à un ordinateur comment réaliser une tâche d'apprentissage de manière automatique...

Découverte :
Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaire

Introduction
Cet article, d'une très longue série, a pour but de donner plus de détails et peut-être - qui sait - vous titiller suffisamment pour enjamber la barrière physique (au sens littéral) et rejoindre le fabuleux monde d'Oz de la bioinformatique structurale.
Avant de commencer, je vous conseille de prendre du papier, un crayon, un thé ou un café. Ces breuvages serviront à illustrer mes exemples et faire une pause dans votre lecture...

Didacticiel :
Automatiser la récupération de données biologiques

Qui dit bioinformatique, dit récupération et manipulation des données. Ces données peuvent être générées à partir d'algorithmes ou bien récupérées depuis des bases de données biologiques. Aujourd'hui, le nombre de ces bases de données est en constante augmentation. Chaque mécanisme biologique, famille moléculaire ou organisme est associé à un ou plusieurs de ces dépôts de données...

Entretien :
Questions à… Sophie Schbath

Ca y est ! Le concept des Tables Ouvertes en BioInformatique (TOBi), petit descendant des feus JeBiF Pub Paris, commence à bien s’implanter ! Un rapide rappel du concept pour les retardataires : tous les deuxièmes jeudi du mois au Café Six, retrouvez autour d'un verre l'association JeBiF et son invité du jour qui viendra présenter ses travaux, son parcours, une technique, un institut, etc. Et qui répondra à toutes vos questions !
Les deux premières éditions ayant rencontré un franc succès, nous avons décidé avec nos chers admins de retranscrire ici le contenu de ces rencontres...

En image :

Au détour d'une ruelle

Une vente sous le manteau d'un autre genre ...

Une vente sous le manteau d'un autre genre ...

 

 

Découverte :
Représenter le métabolisme - les réseaux métaboliques

*grosse voix très sérieuse*
Attention! L'article qui suit est le premier d'une série d'articles sur la représentation du métabolisme sous forme de réseaux et leur analyse.

 
Il existe, en bioinformatique, plusieurs catégories de modèles pour décrire le métabolisme.
Tout d’abord, les modèles pour l’analyse structurelle du métabolisme. Cette catégorie regroupe principalement les modèles reposant sur la théorie des graphes...