Joyeux code et bonnes analyses !

Toute l'équipe de bioinfo-fr.net se joint à moi pour vous souhaiter de très bonnes fêtes de fin d'année !
On espère que vous avez été sages et gentils durant cette année qui s'achève et que le Papa Noël vous amènera plein de nouveaux projets, de nouvelles données et de nouvelles publications.

Quant à nous, nous reviendrons avec tout plein de nouveaux articles à la mi-janvier ! Bonnes vacances !

Père Noel connecté (source)

Père Noel connecté (source)

Édito

Opinion :
De la nécessité d’une pratique collaborative en bioinformatique

Depuis l’avènement des algorithmes d’alignement de séquences jusqu’aux outils d’analyses de réseaux de protéines, la bioinformatique se cherche une définition et une place dans la science. Est-ce une discipline ? Est-ce un outil ? Quelle formation faut-il avoir pour être bioinformaticien ? Et à quoi ressemblerait idéalement un diplôme en bioinformatique ?
On sera tous d’accord qu’il n’y a pas une seule réponse à ces questions...

Découverte :
Open Refine

 Un grand coup de balai
Le nettoyage de données est un défi en bioinformatique. Entre les personnes qui veulent réinventer les standards et les personnes qui ne savent pas les suivre, nous nous trouvons souvent en train de nettoyer, de formater et de changer la structure de nos données pour qu'elles soient conformes à une certaine norme ou compréhensibles par nos programmes.

Il existe une grande variété de types de donnés, et l'un des plus couramment utilisés est le format TSV (Tabulation-Separated Value): il permet de structurer assez facilement les données et reste compatible avec la plupart des outils bioinformatiques...

Découverte :
Python fait la numba

Suite à cet article, j'ai eu envie de comparer les temps d'exécution de Cython et Numba.
Il est toujours intéressant de faire des tests de performances (benchmarks) de temps à autre, pour voir si on ne peut pas améliorer certains de nos algorithmes Cython est un très bon moyen pour optimiser vos programmes, mais il est encore compliqué (pour moi) à appréhender et nécessite de faire des efforts d'apprentissage pour accéder à toute sa puissance...

Opinion :
Le recrutement en bioinfo

Oncle Sam le dit : "I want you". Et il n'est pas le seul. En cette période de crise, le marché de la bioinfo se porte plutôt pas trop mal. Cela dit, il y a beaucoup de candidats et on peut facilement passer à coté d'une offre si on ne fait pas attention à quelques détails. C'est pourquoi j'ai eu envie d'écrire ce petit guide sur les étapes du recrutement en bioinfo ; petit guide qui n'a ni la prétention d'être exhaustif, ni de détenir la vérité universelle sur le recrutement...

Actualité :
Les 10 ans du World Community Grid

Le 16 novembre 2014, le World Community Grid (WCG) fête ses 10 ans d’existence. Créé par IBM en 2004, ce projet de grille de calcul distribué par ordinateur se donne pour mission de soutenir des projets de recherche à fins humanitaires. Selon Wikipedia, une grille de calcul est une infrastructure virtuelle "qui exploite la puissance de calcul (processeurs, mémoires, ...) de milliers d'ordinateurs afin de donner l'illusion d'un ordinateur virtuel très puissant"...

Découverte :
Comparaison de structures : le TM-Score

Pour comparer des structures 3D de protéines, nous avons vu le RMSD dans un précédent article. Je vous propose cette semaine de parler du TM-Score décrit par Zhang et Skolnick en 2004.

Les bases
Le TM-Score a été développé afin de calculer la qualité des structures de protéines prédites lors de la compétition CASP5. Le but est donc de comparer une prédiction avec un modèle de référence...

Découverte :
Hi-C: Quelques bases

Aujourd'hui on va découvrir ensemble une des petites dernières dans la famille des techniques hauts débits: le High Chromosome Contact map (Hi C)[1] . Revenons sur quelques bases : un gène ne pourra être exprimé que si l'ADN qui le code est déplié. Par conséquent les régions dans lesquelles les gènes ne sont pas exprimés sont quant à elles repliées et forment ce qu'on appelle les domaines topologiques (TADs)...

Entretien :
Questions à... nos admins

Cela fait maintenant plusieurs années que Bioinfo-fr.net a été lancé mais connaissez-vous bien les administrateurs de ce site ? Nous vous proposons un entretien croisé de deux de nos administrateurs: Guillaume Collet (Bilouweb) et Isabelle Stévant (ZaZo0o).
GC : Bonjour ZaZo0o, merci d'avoir accepter cet entretien croisé, commençons par ton parcours. Qu'est-ce qui t'a menée à la bioinformatique ?

IS : Quand j'ai commencé ma licence de biologie, j'ai pris dans mes bagages l'ordinateur familial que mon grand frère avait amoureusement monté quelque temps auparavant...

Brèves :
Portrait ADN

Ce post est le premier d'une nouvelle catégorie du blog vous proposant des articles plus courts et plus légers sur la bioinformatique.

Je commence en douceur en vous encourageant à regarder les travaux d'une artiste : Heather Dewey-Hagborg.
Les questions posées par son travail et ses recherches sont intéressantes, et à mon avis ne sont plus du tout de la science fiction.
Voici une première vidéo (en anglais) où Heather y raconte sa récolte de cheveux dans des endroits publics ...

Conférence :
ECCB'14 à Strasbourg - le bilan

ECCB'14

La conférence ECCB 2014 s’est déroulée cette année du 7 au 10 septembre 2014 à Strasbourg. Elle était couplée avec JOBIM et donc co-organisée par la SFBI. La conférence était précédée par 2 journées de workshops et tutoriels.
Le programme complet est accessible à l’adresse suivante : www.eccb14.org
Les workshops et tutoriels en marge de la conférence se sont déroulés à la faculté de médecine de Strasbourg...

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