JOBIM2015, c'est reparti !

L'année dernière l'ECCB incluait les JOBIM, « soulageant » les français assistant à ces deux conférences d'un déplacement et de frais en plus. Cette année, nous reprenons nos bonnes vieilles habitudes !

Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ouvriront leurs portes à Clermont-Ferrand du Lundi 6 Juillet, au Jeudi 9 Juillet. Comme à notre habitude, nous essayerons de live-tweeter cet événement, mais également de vous faire un résumé de la conférence tout comme nous l'avions fait à l'occasion de l'ECCB'2014.

Bien sûr nous serons présents sur place, avec une présentation courte durant la conférence. Mais ce n'est pas tout ! Nos amis de l'association JeBiF seront sur place dès le dimanche 5 Juillet, et nous serons également présent au cours de la matinée d'ateliers de travail du lundi matin pour une présentation auprès des étudiants, entre autres !

Si vous souhaitez nous poser des questions, n'hésitez pas à venir nous embêter interroger avant, pendant, et après nos présentations. Nous serons ravis de vous répondre !

D'ici là, soyez sages et n'hésitez pas à postuler pour proposer des articles sur le blog :) !

Édito

Découverte :
Vers une meilleure encryption des données génétiques

La démocratisation du séquençage du génome humain, ouvrant les portes de la médecine personnalisée, provoque aussi beaucoup d'inquiétudes au sujet de la protection des données. La séquence unique de l'ADN d'un individu, en effet, peut indiquer entre autres les prédispositions à des maladies, la tolérance à diverses substances, les traits potentiels de la descendance, le phénotype de l'individu, son origine, etc...

Découverte :
Twitter, arme de communication massive et outil scientifique

Twitter est un réseau social incontournable. Son principe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "followers", des messages ou "tweets" de 140 charactères maximum. Il est surtout utilisé aux Etats-Unis, mais la fièvre Twitter gagne peu à peu l'Europe.  De nombreux scientifiques, chefs de labos, doctorants et même des institutions informent par ce biais. En créant votre compte vous pourrez avoir un accès direct à toutes ces personnes (en tant que suiveur) et vous pourrez leur poser des questions au moyen de messages directs (DM)...

Didacticiel :
Git : cloner un projet, travailler à plusieurs et créer des branches

 Git est un logiciel de contrôle de versions de fichiers. Il est distribué sous licence GNU GPLv2 et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation.
Dans l'article précédent, nous avions vu comment installer et configurer git, comment créer un dépôt pour un projet, ainsi que les principes de base de gestion de versions.
Dans cet article, nous verrons comment cloner un projet (par exemple pour travailler à plusieurs ou pour faire des sauvegardes), comment synchroniser les différentes copies tout en détectant et résolvant les problèmes éventuels, et comment créer des branches et indiquer les étapes qui correspondent à des versions...

Actualité :
La bière décodée dans un Hackuarium

Vous aimez la bière et la science ? Vous voulez connaître la composition de votre mousse favorite ? Vous avez envie de goûter de nouvelles bières proches de celles que vous connaissez, ou complètement différentes ?
Il y a quelques temps déjà, je vous ai décrit la place de la bioinformatique dans les laboratoires citoyens. Aujourd'hui, un projet sympathique de séquençage et d’analyse biochimique voit le jour à Renens (Suisse, VD)...

Astuce :
Créer sa carte géographique avec R

Aujourd’hui je vais vous montrer comment, en utilisant R, on peut faire de belles cartes géographiques.
Et là, vous allez me demander, mais pourquoi faire des cartes géographique ? Et pourquoi avec R ?
Et bien imaginons que, vous, bioinformaticien de terrain, soyez allé échantillonner des animaux à l’autre bout du monde sur plusieurs sites, par exemple des Marsupilami (totalement au hasard !)...

Découverte :
Gérer les versions de vos fichiers : premiers pas avec git

Git est un logiciel de contrôle de versions de fichiers. Il est distribué sous licence GNU GPLv2 et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation.
Cet article est le premier d'une série de deux. Nous allons voir ici (1) à quoi sert le contrôle de versions, (2) comment configurer git et (3) les bases de son utilisation.
Dans l'article suivant, nous verrons comment cloner un projet (par exemple pour travailler à plusieurs ou pour faire des sauvegardes) et comment synchroniser les différentes copies...

Didacticiel :
De la procrastination dans l'R

Connaissances requises

Connaissances basiques en R. Si vous ne faites pas la différence entre un test exact de Fisher et le test du Chi-2, cela ne devrait pas poser de problème.
Euh, bah c'est tout !

Introduction
Si l'on s'en réfère à la définition :
Un informaticien, et a fortiori un bioinformaticien, fera tout pour mettre en œuvre des stratégies lui permettant d'automatiser les tâches répétitives qui lui incombe...

Formation :
Présentation du Master Bioinformatique & Génomique de Rennes

Présentation
Le Master Bioinformatique & Génomique (BIG) de l'Université de Rennes 1 a pris en 2013 la suite du Master Modélisation de Systèmes Biologiques (MSB). L’objectif principal de ce Master est de former des étudiants issus d’un cursus biologique, informatique ou mathématique aux besoins pluridisciplinaires en bio-informatique et en technologies à haut-débit de génomique fonctionnelle et post-génomique...

Didacticiel :
Automatiser le parcours et la manipulation d’arbres phylogénétiques avec le module Bio.Phylo de BioPython

La génomique comparative permet d'étudier l'évolution d'organismes par comparaison de leur génome. La représentation de la proximité entre les organismes, élément essentiel de la génomique comparative, repose sur des arbres phylogénétiques. Mais comment manipuler ces arbres facilement? Quand il n’y en a qu’un, pas de problème : on utilise un visualisateur comme ceux proposés dans l’article sur les arbres phylogénétiques...

Astuce :
L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. 
Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques). Dans le cas des analyses ChIP-seq, on souhaite caractériser les gènes cibles du facteur de transcription étudié sur tout le génome (genome-wide), pour comprendre la fonction biologique de ce facteur...

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