Jamais 2 sans 3 !

Birthday Cake | Will Clayton

Birthday Cake | Will Clayton

C'est avec un immense plaisir que l'ensemble de l'équipe de bioinfo-fr.net souffle sa deuxième bougie cette année.
Nous espérons être toujours à la hauteur de vos attentes et souhaitons bien entendu faire encore mieux dans l'avenir.
Notre rythme de croisière à un article par semaine, sauf exception, est maintenant bien ancré et semble satisfaire à la fois nos auteurs, nos relecteurs et vous-même nos chers lecteurs !
Quelques petits chiffres en vrac. En deux ans, bioinfo-fr.net ça a été :

  • 140 articles publiés et 565 commentaires
  • 100 000 visites
  • 60 000 visiteurs uniques
  • 185 000 pages vues
  • environ 2 pages par visite pour une durée de visite moyenne approchant les 3 minutes
  • au moins une page vue dans un total de 142 pays (merci les robots)
  • une quarantaine de contributeurs motivés pour vous faire découvrir leur milieu professionnel

 

Merci à vous pour vos encouragements, votre fidélité et vos partages.

Édito

Suivez l'guide :
BLAST en pratique

Cet article a pour but de vous montrer une application pratique de BLAST, le fameux programme d'alignement de séquences détenant un record de citations, avec certains problèmes qu'on peut rencontrer et ce qu'on peut tirer de son résultat. BLAST a au moins deux usages typiques en génomique :

Trouver les occurrences similaires à une séquence de bases ou d'acides aminés donnée ("query") dans une séquence de référence, par exemple un génome entier...

Didacticiel :
Introduction à la ligne de commande

Langage : Shell
Niveau : Grand débutant
Ce tutoriel n'a originellement pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bioinformaticiens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se familiariser avec la ligne de commande et sera sûrement très utile pour par exemple des biologistes qui veulent s'essayer à la bioinformatique...

Didacticiel :
Parser des fichiers HTML en Python

Langage : Python
Bibliothèques : bioservices, HTMLParser, re (partiellement)
Niveau : débutant-intermédiaire
Dans un article précédent, je vous ai présenté le module bioservices en Python. Au cours de mon travail j'ai été amenée à récupérer des informations sur les termes Gene Ontology, et notamment sur les relations entre différents termes. Cependant, les formats de fichiers récupérés sont différents en fonction des données qu'ils renferment...

Entretien :
Questions à... Bertrand Braunschweig

Suite de notre rubrique Questions à... sur Bioinfo-Fr.net. Après avoir questionné de nombreux chercheurs, il est maintenant temps de prendre du recul lors d'un entretien avec Bertrand Braunschweig directeur du centre Inria de Rennes-Bretagne Atlantique, centre qui abrite notamment deux équipes de recherche en bioinformatique et une plate-forme dédiée à la bioinformatique.

Sylvain Prigent (S...

Formation :
Présentation de la licence MIV à Lyon 1

Présentation
La licence MIV (Modélisation et Informatique du Vivant) est un parcours de spécialisation de la licence de Biologie, à l'université Claude Bernard Lyon 1. L’accent dans la formation est mis sur la modélisation, les statistiques et la bioinformatique, les thématiques biologiques de spécialisation étant offertes par des options ; l’idée est de former des personnes à l’interface des différents domaines, capables de travailler aussi bien avec des biologistes que des informaticiens ou des statisticiens...

Didacticiel :
Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

Gephi est un logiciel de visualisation et d'analyse de graphes. Il est distribué sous les licences CDDL 1.0 et GPLv3, et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation.
Gephi est prévu d'emblée pour tous types de graphes (pas seulement en bioinformatique) dans les principaux formats. Tulip et Cytoscape sont des outils similaires. Cependant, chez moi Cytoscape demande plein de dépendances difficiles à satisfaire, et Tulip fait un segfault au lancement...

Astuce :
Formaliser ses protocoles avec Snakemake

Vous avez dit protocole?

Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement pragmatiques et éprouvées par les années...

Opinion :
De l’utilité (ou pas) d’une thèse en bioinformatique

“Et pourquoi pas une thèse ?” vous êtes-vous peut-être demandé en sortant du TD de statistiques de mardi dernier. Pas forcément en biostatistiques, la thèse, hein. Mais la bioinformatique, ça vous parle vraiment. Vous adorez travailler sur des projets concrets, seul ou en groupe. Par contre, pour ce qui est de penser à l’après-Master… Certains de vos collègues ont déjà des plans de carrière précis (“une thèse en 4 ans + deux postdocs à l’étranger + concours maître de conf’”), mais ça n’est pas votre cas...