JOBIM2015, c'est reparti !

L'année dernière l'ECCB incluait les JOBIM, « soulageant » les français assistant à ces deux conférences d'un déplacement et de frais en plus. Cette année, nous reprenons nos bonnes vieilles habitudes !

Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ouvriront leurs portes à Clermont-Ferrand du Lundi 6 Juillet, au Jeudi 9 Juillet. Comme à notre habitude, nous essayerons de live-tweeter cet événement, mais également de vous faire un résumé de la conférence tout comme nous l'avions fait à l'occasion de l'ECCB'2014.

Bien sûr nous serons présents sur place, avec une présentation courte durant la conférence. Mais ce n'est pas tout ! Nos amis de l'association JeBiF seront sur place dès le dimanche 5 Juillet, et nous serons également présent au cours de la matinée d'ateliers de travail du lundi matin pour une présentation auprès des étudiants, entre autres !

Si vous souhaitez nous poser des questions, n'hésitez pas à venir nous embêter interroger avant, pendant, et après nos présentations. Nous serons ravis de vous répondre !

D'ici là, soyez sages et n'hésitez pas à postuler pour proposer des articles sur le blog :) !

Édito

Découverte :
Gérer les versions de vos fichiers : premiers pas avec git

Git est un logiciel de contrôle de versions de fichiers. Il est distribué sous licence GNU GPLv2 et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation.
Cet article est le premier d'une série de deux. Nous allons voir ici (1) à quoi sert le contrôle de versions, (2) comment configurer git et (3) les bases de son utilisation.
Dans l'article suivant, nous verrons comment cloner un projet (par exemple pour travailler à plusieurs ou pour faire des sauvegardes) et comment synchroniser les différentes copies...

Didacticiel :
De la procrastination dans l'R

Connaissances requises

Connaissances basiques en R. Si vous ne faites pas la différence entre un test exact de Fisher et le test du Chi-2, cela ne devrait pas poser de problème.
Euh, bah c'est tout !

Introduction
Si l'on s'en réfère à la définition :
Un informaticien, et a fortiori un bioinformaticien, fera tout pour mettre en œuvre des stratégies lui permettant d'automatiser les tâches répétitives qui lui incombe...

Formation :
Présentation du Master Bioinformatique & Génomique de Rennes

Présentation
Le Master Bioinformatique & Génomique (BIG) de l'Université de Rennes 1 a pris en 2013 la suite du Master Modélisation de Systèmes Biologiques (MSB). L’objectif principal de ce Master est de former des étudiants issus d’un cursus biologique, informatique ou mathématique aux besoins pluridisciplinaires en bio-informatique et en technologies à haut-débit de génomique fonctionnelle et post-génomique...

Didacticiel :
Automatiser le parcours et la manipulation d’arbres phylogénétiques avec le module Bio.Phylo de BioPython

La génomique comparative permet d'étudier l'évolution d'organismes par comparaison de leur génome. La représentation de la proximité entre les organismes, élément essentiel de la génomique comparative, repose sur des arbres phylogénétiques. Mais comment manipuler ces arbres facilement? Quand il n’y en a qu’un, pas de problème : on utilise un visualisateur comme ceux proposés dans l’article sur les arbres phylogénétiques...

Astuce :
L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. 
Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques). Dans le cas des analyses ChIP-seq, on souhaite caractériser les gènes cibles du facteur de transcription étudié sur tout le génome (genome-wide), pour comprendre la fonction biologique de ce facteur...

Astuce :
RNA-seq : plus de profondeur ou plus d'échantillons ?

Lorsque l'on se lance dans l'aventure du séquençage haut débit de transcriptome, on est amené à se poser LA question, oui LA, celle que l'on redoute à peu près tous quand on a un budget serré :
À quelle profondeur dois-je séquencer mes échantillons ?
Toutes les publications s'accordent à le dire, plus on a de réplicats, plus on a de puissance statistique pour détecter les gènes différentiellement exprimés...

Découverte :
SARTools : l'analyse différentielle pour tous

Un article court aujourd’hui pour présenter SARTools, un outil d’analyse différentielle de données de RNA-seq.
Plus qu’un outil, SARTools est plutôt un pipeline simplifié pour traiter des données d’analyses réalisées dans un plan d’expérience assez basique.
En effet le cadre d’utilisation de SARTools est volontairement limité aux plans d’expérience simples, à savoir des comparaisons de deux (ou plus) conditions/mutants avec au moins deux réplicats par condition...

Actualité :
Ecole doctorale Française en Bio-informatique: Les dates à ne pas manquer

En France, pour faire une thèse, il faut dans la plus grande partie des cas candidater à une école doctorale. Ces écoles, souvent assignées à une ville ou à une région, ont chacune leurs propres emplois du temps et leurs propres règles. Nous vous proposons ici une liste des dates à ne pas manquer pour s'inscrire à certaines d'entre elles.

/!\ : Les dates présentées ici sont celles de l'année 2015 à condition que le site web associé à l'école soit à jour...

Découverte :
iPath partout !

Depuis quelques mois j'utilise un outil nommé iPath2.0 qui peut être très utile pour certains.

Présentation de l'outil
iPath2.0 est un outil en ligne, accessible à l'adresse http://pathways.embl.de/iPath2.cgi. Son principal intérêt est la visualisation et l'analyse de voies métabolique.

Brèves :
Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

Dans cet article, je vous présenterai un nouveau site qui peut être intéressant aussi bien pour les étudiants que pour les enseignants, voire également pour les bioinformaticiens déjà en fonction. Ici je ne vous noierai pas sous les lignes de code, mais je vous décrirai ce que le portail GOBLET vous propose en terme d'exercice. Prêts ? À vos claviers !
À propos de GOBLET
GOBLET, the Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training, est une fondation dont les mission sont, entre autres, de :

fournir un support global de formation à l'intention des étudiants et des formateurs en bioinformatique au travers d'un réseau structuré et stable ;
faciliter les capacités de développement en bioinformatique dans tous les pays ;
développer des standards et des guides pour la formation en bioinformatique...

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