Automne 2016

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Autumn falls... | Paul Bica

L'automne est là, le deuil de l'été est maintenant fait et nous sommes prêts à finir l'année en beauté.

De beaux articles sont en préparation et de ce qu'on a déjà vu, ça promet d'être du lourd !

En parallèle, nous avons pour projet d'enrichir l'expérience bioinfo-fr.net.

Forts de nos quelques années d'existence, nous avons maintenant le recul nécessaire pour tenter de passer à la vitesse supérieure.

Plusieurs axes d'améliorations sont actuellement à l'étude en interne et nous avons bon espoir de vous satisfaire avec nos nouvelles idées de Geekus biologicus.

Nous ne manquerons pas de vous tenir au courant des avancées avant la fin de l'année, que nous vous souhaitons bien bonne !

 

Isabelle, Nolwenn, Yoann et Yohan les admins de bioinfo-fr.net

Édito

Entretien :
Questions à… Laurent Mouchard

Avec un peu beaucoup de retard, retrouvez la retranscription de la TOBi organisée par JeBiF en mai 2016 avec Laurent Mouchard, maître de conférence à l'Université de Rouen et modérateur de la liste bioinfo.
Nous le remercions d'être venu nous raconter la petite histoire de la bioinformatique !

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Laurent Mouchard : Je suis vieux… J'ai donc eu le temps d'accumuler un parcours un peu particulier...

Astuce :
C'est l'enfeR.

Certains bio-informaticiens ne jurent que par R (j'en fais partie). Je suis amoureux de sa simplicité (sic), son élégance (re-sic), sa documentation et ses innombrables packages tous plus utiles les uns que les autres. Et surtout c'est le seul langage que je maîtrise un peu convenablement, alors forcément je trouve tous les autres langages nuls, en toute objectivité.
Et pourtant R est universellement reconnu comme étant un langage de programmation ésotérique...

Suivez l'guide :
Ajoutez une interface graphique à votre script en 4 lignes avec Gooey

Vous venez de terminer votre analyse bio-informatique. Pour cette dernière, vous avez réalisé un script qui pour l'instant, il faut le dire, n'est pas du tout réutilisable par une tierce personne. Même vous dans 6 mois vous n'êtes pas sûr de vous souvenir de ce que vous avez fait. Pourtant, l'un des intérêts de la programmation est de pouvoir répéter des calculs de manière automatique. Par conséquent, ce serait pratique de rendre votre script un peu plus souple afin de ne pas devoir modifier son code source à chaque fois qu'un paramètre de votre analyse change...

Didacticiel :
Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités

Le deuxième article sur la représentation du métabolisme et son analyse!
Pour rappel, le premier volet est ici!

Un grand nombre de phénomènes biologiques peuvent être représentés sous la forme d'un réseau. Qui n'a jamais entendu parler de réseaux d'intéraction protéine-protéine (fameux réseaux "PPI"), de réseaux de gènes ou encore de réseaux métaboliques? En fait, dès qu'il s'agit de représenter des connexions ou des intéractions entre des entités, que ce soit en biologie ou dans un autre domaine...

Actualité :
État de l'emploi bioinformatique en France : analyse des offres de la SFBI (2ème partie)

Nous revoilà pour la suite de notre premier article sur l'analyse des offres de la SFBI. On vous avait promis une analyse de l'évolution du marché, et c'est ce dont nous allons parler dans cet article.
Je vous renvoie au premier article si vous voulez plus d'informations sur l'origine des données et la disponibilité du code. Les contributions sur le Github du projet ont été bien ternes... ou plutôt inexistantes...

Découverte :
Software Carpentry ou la transmission de bonnes pratiques en informatique

Avec l’augmentation de la capacité des ordinateurs et de la qualité des algorithmes, l’informatique prend une place de plus en plus importante dans la vie de tous les jours, mais aussi dans la recherche. Cela est rendu aussi possible grâce à la programmation et aux améliorations des languages, des outils et des pratiques. Les développeurs sont devenus plus productifs.

Mais l’impact sur les scientifiques est plus mitigé...

Didacticiel :
Snakemake aller plus loin avec la parallélisation

Bonjour à tous, bienvenue dans un nouvel épisode de tutoriels sur Snakemake (épisode précédent).
Aujourd'hui nous allons voir ensemble comment paralléliser facilement par la donnée grâce à Snakemake. L'idée générale consiste à découper les fichiers bruts au début de notre pipeline et de les rassembler après les étapes lourdes en calcul.

Nous allons également voir comment utiliser le fichier de configuration au format Json...

Formation :
Le Master de Bordeaux s'internationalise!

Le Master Bioinformatique de Bordeaux propose à présent 3 parcours, dès la rentrée 2016-2017:

Le parcours "Biologie Computationnelle" est centré sur l'acquisition de compétences en développement logiciel et les méthodologies de gestion de données incluant la modélisation, la simulation de processus et l'analyse d'images biologiques.
Le parcours "Du Génome aux Ecosystèmes" est focalisé sur l'utilisation avancée des logiciels de bioinformatique avec une spécialisation possible sur les applications moléculaire ("omics") et/ou environnementale (génétique des populations)...

Didacticiel :
Introduction à l'analyse des SNPs

Introduction
Un SNP (Single Nucleotid Polymorphism) est la mutation d'un seul nucléotide à une position donnée, entre individus d'une même population. Ces substitutions ponctuelles permettent d'identifier des sous-populations.
Vous avez sûrement étudié en cours l'exemple de la drépanocytose, une maladie causée par la mutation ponctuelle d'un gène. L'origine de cette maladie génétique peut être observée en analysant les SNPs dans la population humaine...

En image :

Quand je demande pour la nième fois "Quel est le meilleur OS pour faire de la bioinfo ?"

Un troll classique

Un troll classique