Rentrée et ECCB14

Nous revoilà en pleine forme avec de beaux articles en préparation.

Les vacances ont été bonnes et il est temps de reprendre le chemin des labos/bureaux/bancs de la fac.

En ce moment même se déroule à Strasbourg l'ECCB14, c'est un très bon moyen pour reprendre en douceur. Nous vous proposons donc un "live-tweet" autour de cet événement grâce à nos envoyés spéciaux !

Bonne reprise à tous !

Édito

Brèves :
Portrait ADN

Ce post est le premier d'une nouvelle catégorie du blog vous proposant des articles plus courts et plus légers sur la bioinformatique.

Je commence en douceur en vous encourageant à regarder les travaux d'une artiste : Heather Dewey-Hagborg.
Les questions posées par son travail et ses recherches sont intéressantes, et à mon avis ne sont plus du tout de la science fiction.
Voici une première vidéo (en anglais) où Heather y raconte sa récolte de cheveux dans des endroits publics ...

Conférence :
ECCB'14 à Strasbourg - le bilan

ECCB'14

La conférence ECCB 2014 s’est déroulée cette année du 7 au 10 septembre 2014 à Strasbourg. Elle était couplée avec JOBIM et donc co-organisée par la SFBI. La conférence était précédée par 2 journées de workshops et tutoriels.
Le programme complet est accessible à l’adresse suivante : www.eccb14.org
Les workshops et tutoriels en marge de la conférence se sont déroulés à la faculté de médecine de Strasbourg...

Découverte :
École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL)

Il y a quelque temps, Akira vous présentait l'EMBL en Allemagne. Place maintenant à la Suisse et à sa mythique EPFL, lieu où vous pourrez espérer décrocher un stage ou même poser vos bagages pour un contrat un peu plus long.

Histoire et géographie
Pour commencer, L'EPFL ne se situe pas tout à fait comme son nom l'indique à Lausanne même (Suisse), mais plutôt à sa périphérie. Elle bénéficie d'un magnifique cadre environnemental puisqu'on retrouve, à quelques centaines de mètres de certains de ses bâtiments, le célèbre lac Léman et qu'on peut également y admirer les Alpes au-delà de celui-ci (juste derrière la berge d'Évian, Thonon ou encore Yvoire (France))...

Actualité :
Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifs

Y a-t-il une place pour la bioinformatique dans les structures du type « Do it yourself biology », « Bio-hackers spaces » et autres FabLabs ?
Avant de répondre à cette question, quelques précisions sur ces espaces collaboratifs sont nécessaires. Il s’agit de curieux et de passionnés qui se retrouvent dans des caves… ou des laboratoires pour élaborer des projets créatifs et novateurs, et défendre la philosophie du libre accès à la connaissance...

Découverte :
Comparaison de structures : le RMSD

En 1973, Anfinsen montrait qu'une protéine se replie en une structure unique et stable. Même si des exceptions existent, cette règle s'applique à la plupart des petites protéines globulaires. La structure des protéines est non seulement stable mais aussi plus conservée que la séquence au cours de l'évolution. En effet, des protéines ayant des séquences très divergentes présentent des repliements similaires...

Découverte :
Cython: votre programme Python mais 100x plus vite

Python est un langage extrêmement pratique car il est facile à lire et à écrire, comparé à un langage de "bas niveau" et compilé comme le C. D'un autre côté, à l'exécution il est beaucoup plus lent. C'est un compromis entre les deux qu'offre Cython, permettant d'accélérer votre programme d'un facteur 2 à plus de 100, et d'intégrer facilement des fonctions déjà écrites en C - d'où son nom...

Découverte :
Introduction aux systèmes multi-agents

Dans le monde merveilleux de l'intelligence artificielle, il existe une catégorie de systèmes de simulation inspirés de la nature et particulièrement adaptés à de nombreuses problématiques en biologie : les systèmes multi-agents. Ces systèmes sont composés d'entités autonomes (les agents) qui interagissent entre elles et avec un environnement dans lequel elles évoluent. Bien évidemment, l'inspiration "biologique" provient des insectes sociaux (fourmis, termites, etc...

Suivez l'guide :
Guide de démarrage pour ggplot2, un package graphique pour R

Le traitement et l’analyse de données sont une part importante des tâches demandées à un bioinformaticien. L’utilisation de R facilite grandement la manipulation des données et permet également leur représentation de multiples façons. Malgré le potentiel de R, ce dernier est souvent sous-exploité à cause d’une syntaxe parfois trop complexe. Je vais vous présenter aujourd’hui un package R, « ggplot2 », permettant la production de graphiques très élaborés en peu de temps...

Astuce :
Ping en JavaScript (jQuery.ajax)

Dans cet article, nous allons découvrir un moyen de vous faire gagner du temps à travers deux notions étrangères à la Biologie : Le ping et Ajax. Pour les termes techniques, reportez vous au glossaire juste après l'introduction.

Mesurer le délai entre un serveur et un client web (on utilisera facilement anglicisme "ping", francisé en "pinguer") d'un site consiste à lui demander juste l'en-tête de sa page principale (afin de diminuer l'impact du poids du site) et à mesurer le temps passé pour recevoir la réponse...

Astuce :
The Bio Code : guide du bon broinformaticien

Malgré la multitude d’outils déjà existants, les occasions d'écrire du code sont nombreuses en bioinformatique. Hormis pour les pousse-boutons avertis, le développement fait souvent partie du quotidien d’un bioinformaticien. Personnellement, c’est une activité qui me plaît beaucoup dans ce métier. Développer ses propres applications et outils apporte toujours une certaine satisfaction (et quand ça fonctionne, c’est encore mieux !)...