Automne 2016

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Autumn falls... | Paul Bica

L'automne est là, le deuil de l'été est maintenant fait et nous sommes prêts à finir l'année en beauté.

De beaux articles sont en préparation et de ce qu'on a déjà vu, ça promet d'être du lourd !

En parallèle, nous avons pour projet d'enrichir l'expérience bioinfo-fr.net.

Forts de nos quelques années d'existence, nous avons maintenant le recul nécessaire pour tenter de passer à la vitesse supérieure.

Plusieurs axes d'améliorations sont actuellement à l'étude en interne et nous avons bon espoir de vous satisfaire avec nos nouvelles idées de Geekus biologicus.

Nous ne manquerons pas de vous tenir au courant des avancées avant la fin de l'année, que nous vous souhaitons bien bonne !

 

Isabelle, Nolwenn, Yoann et Yohan les admins de bioinfo-fr.net

Édito

Didacticiel :
LaTeX : le premier document !

On s'est rendu compte sur #bioinfo-fr et sur #jebif (les canaux IRC sur freenode) qu'au cours des rédactions de rapports de stage ou même de thèse on avait plein de questions portant sur LaTeX et on a décidé qu'on allait se fendre de quelques articles sur LaTeX pour avoir une suite de liens appropriés à donner pour répondre aux questions. 🙂
Alors voilà le premier article, très basique, qui reprend tout (presque) au début pour prendre de bonnes habitudes...

Didacticiel :
Automatiser la récupération de données biologiques : version avancée

Dans cette version avancée, nous allons nous intéresser à une autre manière de récupérer des données depuis un site internet : via l'utilisation de formulaires.
Les formulaires, ce sont ces pages avec plein de champs à remplir et que vous soumettez ensuite pour vous créer un compte, contacter votre hotline ou que sais-je. Leur utilisation permet de contourner une limitation importante de la soumission d'informations via des adresses internet (ou URL pour "Uniform Resource Locator") : le volume de données (au fait, saviez-vous qu'un Geek ne crie pas, mais qu'il URL? ;-))...

Brèves :
AMBB : Colloque « Les futurs de la bio-informatique »

L’Association du Master Bio-informatique de Bordeaux (AMBB) organise son premier colloque sur la thématique : « Les futurs de la bio-informatique ». Il aura lieu Jeudi 08 Décembre 2016 de 13H à 17H30 dans l’amphithéâtre B du bâtiment A29 sur le campus de Talence de l’Université de Bordeaux (351 Cours de la Libération, 33800 Talence).
Cette demi-journée a pour but de donner l’occasion aux étudiants de biologie intéressés par le domaine de la bio-informatique de venir assister à des conférences de professionnels qui présenteront leurs différents parcours et montreront ainsi les différentes possibilités qui peuvent s’offrir dans la carrière d’un bio-informaticien...

Découverte :
Nextflow, pour votre prochain pipeline ?

Pour commencer
Vous savez déjà tout sur les pipelines et les bonnes pratiques de développement. Vous faites bien évidemment de la recherche reproductive. Vous travaillez peut-être avec un cluster. Vous avez écrit votre propre pipeline en Bash, Python ou même en Perl qui gérait les appels à différents scripts et outils (voire même l'appel à l'ordonnanceur). Vous développez un pipeline, ou le maintenez...

Didacticiel :
Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomique

Vous ne connaissez pas le Hi-C ? Avant de commencer cette lecture, peut être vous faut-il la base, précédemment expliquée (maladroitement certes, premier article oblige) sur cet autre article.
 
Sur la fin de mon stage de Master 2, j'ai eu la joie de revenir faire un tour dans les cartes de contacts chromosomiques (Hi-C) pour diverses raisons. Par amusement (on va le dire ainsi), j'ai joué avec les échelles de couleur afin d’étudier l'impact sur les images obtenues...

Découverte :
Rust, un super héros au secours de la bio-informatique ?

 
Rust est la traduction du mot "rouille" en anglais, ainsi qu'un jeu vidéo de survie post-apocalyptique, mais c'est aussi un langage de programmation. Et vous devez maintenant vous demander :
Encore un autre langage, mais pourquoi ?
Les origines
En 2006 Graydon Hoare, un développeur chez Mozilla, commence un projet personnel, un nouveau langage de programmation qu'il va nommer Rust. Trois ans plus tard, le langage est jugé suffisamment mature pour intéresser Mozilla, qui décide de le prendre sous son aile...

Découverte :
Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes

N'importe quel bioinformaticien, débutant ou confirmé, s'est confronté au moins une fois dans sa vie à ce problème : l'annotation d'une séquence. Vous me direz, faciiiiiile ! Il y a désormais des tonnes d'outils qui permettent, très rapidement en plus, de trouver une fonction pour une séquence ! Alors, déjà, il y a BLAST, InterPro, Pfam, PRIAM, HMMER, ... et bien d'autres ! Puis il y a tellement de séquences déjà annotées dans des bases de données manuellement curées comme SwissProt que l'annotation fonctionnelle n'est plus vraiment un problème !
Bon, vous vous doutez bien que si on écrit un article sur l'annotation fonctionnelle sur ce blog, c'est que tout n'est pas aussi simple...

En image :

Quand le bioinfo gère une bdd et est musicien

Tout est une question d'int...uition :D

Tout est une question d'int...uition :D

Formation :
Cartographie des formations en bioinformatique en France

L'origine du projet :
Dans le cadre d'un projet tutoré du master de Bioinformatique de Rennes, nous avons mis en place un pipeline d'analyse des mails envoyés par la SFBI durant l'année 2014. Plusieurs modules ont été développés sous la forme de scripts Python, par un ou plusieurs étudiants. Je me chargeais de développer un module capable de générer des cartes à partir des données extraites des mails par d'autres modules...

Astuce :
S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

TL;DR La reproductibilité, c’est la vie (dans le monde scientifique) ! Tout résultat doit pouvoir être reproduit. La technologie permet de faciliter la recherche de reproductibilité. Les cahiers de laboratoire papiers ne sont plus du tout adaptés à la recherche actuelle et au besoin de reproductibilité. Je préconise donc d’utiliser git et GitHub, de bien organiser ses projets et d’utiliser des cahiers de laboratoire électroniques...