2016, nous voilà !

2016

"Bio-2016" | CC-BY-SA Kumquatum

Nouvelle année, nouveaux projets, nouveaux articles, nouveaux auteurs.

2016 s'annonce riche en créations et en échanges. Nous fêterons également dans quelques jours nos 4 ans d'existence. Wahou ! Merci à vous tous pour votre soutien et vos encouragements.

Bioinfo-fr c'est nous, mais c'est surtout vous !

Allez, 2016, en avant ! Et n'oubliez pas : si vous souhaitez rejoindre l'équipe, c'est ouvert à tous !

Édito

Découverte :
Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaire

Introduction
Cet article, d'une très longue série, a pour but de donner plus de détails et peut-être - qui sait - vous titiller suffisamment pour enjamber la barrière physique (au sens littéral) et rejoindre le fabuleux monde d'Oz de la bioinformatique structurale.
Avant de commencer, je vous conseille de prendre du papier, un crayon, un thé ou un café. Ces breuvages serviront à illustrer mes exemples et faire une pause dans votre lecture...

Didacticiel :
Automatiser la récupération de données biologiques

Qui dit bioinformatique, dit récupération et manipulation des données. Ces données peuvent être générées à partir d'algorithmes ou bien récupérées depuis des bases de données biologiques. Aujourd'hui, le nombre de ces bases de données est en constante augmentation. Chaque mécanisme biologique, famille moléculaire ou organisme est associé à un ou plusieurs de ces dépôts de données...

Entretien :
Questions à… Sophie Schbath

Ca y est ! Le concept des Tables Ouvertes en BioInformatique (TOBi), petit descendant des feus JeBiF Pub Paris, commence à bien s’implanter ! Un rapide rappel du concept pour les retardataires : tous les deuxièmes jeudi du mois au Café Six, retrouvez autour d'un verre l'association JeBiF et son invité du jour qui viendra présenter ses travaux, son parcours, une technique, un institut, etc. Et qui répondra à toutes vos questions !
Les deux premières éditions ayant rencontré un franc succès, nous avons décidé avec nos chers admins de retranscrire ici le contenu de ces rencontres...

En image :

Au détour d'une ruelle

Une vente sous le manteau d'un autre genre ...

Une vente sous le manteau d'un autre genre ...

 

 

Découverte :
Représenter le métabolisme - les réseaux métaboliques

*grosse voix très sérieuse*
Attention! L'article qui suit est le premier d'une série d'articles sur la représentation du métabolisme sous forme de réseaux et leur analyse.

 
Il existe, en bioinformatique, plusieurs catégories de modèles pour décrire le métabolisme.
Tout d’abord, les modèles pour l’analyse structurelle du métabolisme. Cette catégorie regroupe principalement les modèles reposant sur la théorie des graphes...

Actualité :
Résultat du concours IFB

Le tirage au sort ayant été effectué par nos experts, nous sommes heureux d'annoncer que la place pour la formation de l'Institut Français de Bioinformatique, à savoir: IBI-1 - Utilisation de base du cloud IFB a été remportée par Julien Fumey !
Nous lui enverrons donc plus de précisions en privé dans la journée.
 
Bravo à lui et une bonne continuation à tous sur bioinfo-fr.net...

Actualité :
Concours IFB : gagne ta formation !

En partenariat avec l'Institut Français de Bioinformatique, nous vous proposons aujourd'hui de gagner votre place à la prochaine session de formation "Utilisation de base du cloud IFB" qui aura lieu le mardi 19 avril 2016. Le workshop aura lieu à Gif-sur-Yvette.
Le concours ne couvre pas le déplacement de l'heureux/se élu(e).
Le nombre de places par formation se limite à 20. Vous aurez donc l'honneur d'être l'un des heureux élus à pouvoir y participer si jamais vous êtes tiré au sort...

Opinion :
État de l'emploi bioinformatique en France : analyse des offres de la SFBI

 
Encore une nouvelle journée de code qui commence, j'ouvre ma boîte et... tiens donc, trois nouvelles annonces de la Société Française de BioInformatique. Ça tombe bien, dans quelques mois je soutiens ma thèse, je devrais peut-être commencer à chercher du boulot. Voyons voir ça... CDD développeur web... Post-Doc développeur logiciel... CDD Ingénieur développement logiciel... Bon sang, mais y'en a que pour les devs ! C'est à croire que la bioinfo se limite à ça...

Didacticiel :
Écrire son parseur à la main — chroniques d'une mauvaise bonne idée

Partie 1
Où l'on prend conscience de l'existence de standards, et de leur nécessité.

Tout petit programme s'éveillant au monde se trouvera un jour face à ses obligations : s’interfacer avec ce dernier. La lumière extérieure devra alors pénétrer son petit antre, apportant malicieusement l'information de mille autres petits programmes, si hétéroclites et désordonnés que nul ne sais vraiment qui fait quoi...

Découverte :
Les dev' jam c'est bon pour vous !

Les tribulations de bioinformaticiens en territoire sarthois.
Ou pourquoi les dev' jam, c'est le bien.
Préambule glorieux.
Bonjour à tous !
Vous trouverez dans cet article (mon premier sur internet <3) mon retour sur ma première dev' jam, et l'intérêt qu'il peut y avoir, en tant que bioinformaticien, à se rendre à un tel évènement. Pour ceux qui ne connaitraient pas, une development jam est une sorte de concours de programmation en équipe sur un ou plusieurs sujets imposés, sur une durée de temps limitée (généralement un week-end)...