Découverte :
Conda le meilleur ami du bioinformaticien

Conda, le meilleur ami du bioinformaticien

Conda est un package manager écrit en python, comme pypi. Mais contrairement à celui-ci, il permet d'installer des programmes écrits dans d'autres langages. Notamment vos outils bioinformatiques préférés par l’intermédiaire du dépôt bioconda. C'est-à-dire que tous vos outils, que ce soit samtools, bwa, bowtie, trimmomatic, fastqc et j'en passe, sont disponibles et mis à jour par l’intermédiaire de conda...

Actualité :
Petit panel des journées bioinformatiques organisées par les masters en France!

En collaboration avec JeBiF et dans le cadre des bioinformations , nous mettons aujourd'hui des initiatives locales de masters à l'honneur ! Plusieurs masters ont, petit à petit, structuré leurs activités et créé des journées dédiées à la bioinformatique.
Nous partagerons (sans modération 😉 ) les retours que nous ont fournis 3 villes : Rennes, Montpellier et Bordeaux. Chacun de ces articles est la version complète de ceux proposés dans les bioinformations du mois de mars prochain, qui, pour des raisons éditoriales, ne permettent pas de restituer l'intégralité de ces retranscriptions...

Découverte :
Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

Après les différentes méthodes d'analyse et de représentation de réseaux métaboliques biologiques, je vais vous parler des différents outils de visualisation.  Car oui, la visualisation d'un réseau ou de ses sous-parties peut être le début de son analyse, car elle permet de se rendre compte de sa topologie, de sa complexité, sa connectivité...

En biologie, on peut mettre sous la forme d'un réseau à peu près n'importe quel type de données à condition qu'elles présentent des relations entre elles...

Brèves :
Dessiner vos gènes à partir d'un GFF3

Je découvre à l'instant genometools, un outil multifonction qui est capable de générer une image représentant des annotations sur un génome de référence. Idéal par exemple, si vous voulez vous passer d'un genome browser comme UCSC ou Ensembl pour incruster des images dans votre rapport.
Installation
Vous pouvez récupérer et compiler le code source depuis le site officiel. Pour ma part j'ai directement récupéré le binaire après un échec de compilation...

Didacticiel :
LaTeX : les flottants !

Chose promise, chose due dans le précédent article voilà les flottants dans LaTeX
Les flottants sont l'ensemble des éléments qui perturbent le flot du texte (pour faire simple) et désignent classiquement les tables et les figures ;on peut définir des environnements custom de flottants, mais on y reviendra dans un autre article ;).
Les flottants « nagent » dans le texte, et vont se positionner là où il faut pour que la lecture soit fluide...

Suivez l'guide :
dplyr et le génome humain

Introduction
Non, ne fuyez pas tout de suite, chers lecteurs, tout va s'éclaircir : dplyr, c’est plyr pour les data.frame (les tableaux de données). Attendez, j’y viens, plyr, c’est un package R pour appliquer (apply) des fonctions. Donc, dplyr (prononcez “diplir”), c’est un package R, pour appliquer des fonctions à un tableau de données.
Et ça, mes amis, c'est super cool.
Rendez-vous service : imprimez immédiatement cette feuille d’astuces le concernant (pdf, 0...

Découverte :
La magie de LXD

Écrire un pipeline en bioinformatique, c'est bien ! Le rendre portable c'est encore mieux ! Les bioinformaticiens oublient souvent ce dernier point et rare sont les pipelines qui marchent du premier coup. À vrai dire les circonstances ne sont pas en leur faveur. Un pipeline c'est plein de dépendances d'applications dans telle ou telle version, qu'il faut souvent compiler à la main. Sans oublier les différentes versions de langages comme Python 2 et Python 3...

Didacticiel :
LaTeX : le premier document !

On s'est rendu compte sur #bioinfo-fr et sur #jebif (les canaux IRC sur freenode) qu'au cours des rédactions de rapports de stage ou même de thèse on avait plein de questions portant sur LaTeX et on a décidé qu'on allait se fendre de quelques articles sur LaTeX pour avoir une suite de liens appropriés à donner pour répondre aux questions. 🙂
Alors voilà le premier article, très basique, qui reprend tout (presque) au début pour prendre de bonnes habitudes...

Didacticiel :
Automatiser la récupération de données biologiques : version avancée

Dans cette version avancée, nous allons nous intéresser à une autre manière de récupérer des données depuis un site internet : via l'utilisation de formulaires.
Les formulaires, ce sont ces pages avec plein de champs à remplir et que vous soumettez ensuite pour vous créer un compte, contacter votre hotline ou que sais-je. Leur utilisation permet de contourner une limitation importante de la soumission d'informations via des adresses internet (ou URL pour "Uniform Resource Locator") : le volume de données (au fait, saviez-vous qu'un Geek ne crie pas, mais qu'il URL? ;-))...

Brèves :
AMBB : Colloque « Les futurs de la bio-informatique »

L’Association du Master Bio-informatique de Bordeaux (AMBB) organise son premier colloque sur la thématique : « Les futurs de la bio-informatique ». Il aura lieu Jeudi 08 Décembre 2016 de 13H à 17H30 dans l’amphithéâtre B du bâtiment A29 sur le campus de Talence de l’Université de Bordeaux (351 Cours de la Libération, 33800 Talence).
Cette demi-journée a pour but de donner l’occasion aux étudiants de biologie intéressés par le domaine de la bio-informatique de venir assister à des conférences de professionnels qui présenteront leurs différents parcours et montreront ainsi les différentes possibilités qui peuvent s’offrir dans la carrière d’un bio-informaticien...