Bioinfo-fr.net

L'alignement multiple en étoile ⭐

8 octobre 2025

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par

Évoluscope

dans Bioinformatique, Découverte

Introduction Dans le domaine de la bioinformatique l'alignement de séquences est une opération courante pour comparer des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines). Nous avons vu dans un précédent article le principe de l'algorithme de Needleman-Wunsch qui produit un alignement global optimal de deux séquences. Au-delà de l'alignement par paire, l'alignement multiple de séquences (Multiple Sequence Alignment ou MSA) permet de comparer simultanément plusieurs séquences afin de mettre en évidence des régions conservées, de repérer des motifs fonctionnels ou de faciliter des analyses phylogénétiques. La généralisation naïve de l'algorithme de Needleman-Wunsch pour plus de deux séquences est malheureusement irréalisable à cause…
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Bonne rentrée 2025 à tous 🎓

27 août 2025

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par

Les admin·e·s

dans Brèves, Editorial

À tous les p'tits veinards qui ont profité de vacances cet été 🌴— et aux autres aussi — on vous souhaite une belle rentrée 🎓. C’est cette période de l’année où l’on prend un nouvel élan : on planifie, on se projette, on fixe de nouveaux objectifs. Peut-être un nouveau poste pour certains, une formation pour d’autres, ou encore les premiers pas dans la recherche d’un travail pour les jeunes diplômés. Quelle que soit votre situation, on vous souhaite une rentrée sereine, pleine d’énergie et d’étoiles dans les yeux ✨. Et n’oubliez pas : même si le monde est loin d’être parfait,…
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Licence Bio-Informatique, Statistique et Modélisation (BISM) à Lyon 1

9 avril 2025

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par

BISM_Lyon BISM_Lyon

dans Formation

Cet article est une mise à jour de https://bioinfo-fr.net/presentation-de-la-licence-miv-a-lyon-1. Cette formation pluridisciplinaire existe depuis 2010 (ex. Modélisation et Informatique du Vivant), et bénéficie de la recherche historique lyonnaise en analyses de données biologiques et notamment en biométrie et statistiques. Les aspects liés à la bioinformatique ont été renforcés à partir de 2018, en lien avec la création du master de Bioinformatique Moléculaire à Lyon 1. Présentation La licence BISM (Bio-Informatique, Statistique et Modélisation) de l'université Lyon 1 est un parcours spécifique de la licence Science de la vie qui débute en L2. Ce parcours est dédié à la formation d'étudiants…
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Alignement de séquences : bien comprendre l'incontournable algorithme de Needleman-Wunsch

5 mars 2025

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par

Évoluscope

dans Bioinformatique, Découverte

Introduction L'analyse des séquences biologiques (ADN, ARN ou protéines) est un sujet central de la biologie moléculaire et de la bioinformatique. Dans ce cadre, chercher à savoir à quel point deux séquences sont similaires ou dissimilaires est une des questions qu'on se pose le plus souvent (par exemple dans le but d'analyser des relations phylogénétiques). Alors comment fait-on pour quantifier cette dissimilarité ? La dissimilarité entre deux séquences peut se mesurer simplement par le nombre minimal de transformations qui sont nécessaires pour passer de l'une à l'autre. On pourrait donc compter les différences position par position. Disons que l'on ait les…
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Des molécules et des données !

26 février 2025

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par

Léopold Carron

dans Découverte

Vu que nous sommes sur un blog de bio-informatique, je vous propose aujourd'hui de parler chimie ! Enfin plutôt, chémoinformatique* et quelques notions de la façon dont une molécule est stockée en ligne en fonction des réglementations chimiques et cosmétiques. Je ne suis pas un expert de ce domaine, mais alors vraiment pas du tout. Par contre, j'ai commencé à accumuler quelques notions qui ne sont pas inintéressantes pour un bioinformaticien… et ça fait surtout un très bel article d'aide-mémoire pour votre humble serviteur. Voyons maintenant ensemble comment une molécule est notée en ligne. Liste non exhaustive des identifiants possibles d'une…
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Software Heritage : l'archive universelle des codes sources logiciels

19 février 2025

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par

Pierre Poulain

dans Bioinformatique, Découverte

Dans cet article, je vous propose de découvrir Software Heritage, l’archive universelle dédiée à la collecte, la préservation et le partage des codes sources logiciels. En 2021, je suis devenu ambassadeur pour Software Heritage, c’est-à-dire représentant de la communauté bioinformatique, dans l’infrastructure Software Heritage. Pourquoi archiver son code source ? Aujourd’hui, les scientifiques utilisent très souvent des logiciels pour leurs recherches, et en sont même régulièrement les auteur.e.s. Selon une étude datant de 2014, 92 % des chercheurs et des chercheuses utilisent des logiciels dans leurs travaux et 56 % développent leurs propres outils. Quand je parle de logiciel, il faut comprendre ce terme au…
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Conda et le piège de la licence Anaconda

12 février 2025

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par

Jacques Dainat

dans Actualité, Astuce, Bioinformatique

Conda est apparu en 2012 et a été distribué par Continuum Analytics, connue sous le nom d’Anaconda Inc depuis 2017. Conda est distribué sous la licence MIT, l’une des licences open-source les plus permissives, permettant aux utilisateurs d’adopter, d’adapter et de partager le logiciel presque sans restrictions. Conda a été conçu pour gérer les environnements Python, mais il s’est rapidement imposé comme un gestionnaire de paquets et d’environnements multiplateforme capable de gérer n’importe quel langage, grâce à sa flexibilité. Avec la croissance du nombre d’outils disponibles et les dépendances de plus en plus complexes nécessaires pour faire fonctionner les outils,…
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ABSD : base de données d'anticorps non redondants et standardisés

29 janvier 2025

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par

Nico M.

dans Actualité, Bioinformatique, Découverte

Les anticorps (immunoglobulines) jouent un rôle crucial dans la réponse immunitaire contre les menaces extérieures, telles les infections virales. Une immunoglobuline est composée de deux molécules en interaction appelées chaîne légère et chaîne lourde : la combinaison d’une chaîne légère et d’une chaîne lourde donne une immunoglobuline (voir Figure 1). Bien que le nombre théorique d'immunoglobulines humaines dépasse le trillion, le nombre total de séquences protéiques (uniques) d'anticorps accessibles dans les bases de données est encore faible. Pour diverses applications, par exemple pour aider au développement de sérodiagnostics ou de thérapies à base d'anticorps, il est nécessaire de disposer d'autant de…
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