Découverte :
Rendre ses projets R plus accessibles grâce à Shiny

Bonjour à tous !

Vous avez un script que vous souhaitez partager avec une équipe expérimentale? Vous ne voulez pas que les utilisateurs modifient le code pour paramétrer votre programme? Vous codez avec R ? Alors cet article est fait pour vous ! Nous allons voir comment créer une application web avec R et permettre à votre utilisateur d’exécuter votre code sans le voir.

Shiny

Le package que nous utiliserons est shiny...

Formation :
Présentation du parcours de bio-informatique BIM à Nice

crédits: Université Côte d'Azur

Le parcours bio-informatique BIM existe en licence et en master, à Nice, depuis plus de 10 ans. À l'occasion de sa refonte en 2019, une petite présentation s'impose !

Présentation

Le parcours bio-informatique BIM a pour objectif de former des étudiants ayant une formation initiale en biologie et/ou bio-informatique aux approches de bio-informatique, d'analyse de données de grande dimension, et de modélisation, notamment pour des applications dans les domaines des Omiques et de l'Imagerie...

Découverte :
La programmation concurrente en python

Python (source : wikimedia commons, licence CC-BY-SA-4.0 )

Ce tutoriel est une traduction infidèle d'un article de realpython.com https://realpython.com/python-concurrency/#when-to-use-concurrency

Merci à eux pour leur formidable travail et leur autorisation.

Vous avez certainement entendu parler de la librairie asyncio qui a été ajouté à Python 3 et vous êtes curieux de savoir comment elle se place par rapport aux autres méthodes de programmations concurrentes ? Vous voulez savoir ce qu'est la programmation concurrente et comment cela pourrait accélérer vos programmes ? Vos données sont trop grosses et vos calculs ou vos requêtes prennent des heures ? Vous êtes au bon endroit !Dans ce tutoriel nous allons voir :- ce qu'est la programmation concurrente- ce qu'est la parallélisation- les différence entre les méthodes de programmation concurrente (threading, asyncio et multiprocessing)- comment utiliser la programmation concurrente dans vos programmes...

Suivez l'guide :
La data visualisation sans aucune compétence en programmation (et en graphisme)

Aujourd'hui, la visualisation des données est une chose qui est complètement intégrée dans notre quotidien. Que cela soit dans notre vie de tous les jours ou dans notre univers professionnel. Pas un jour ne passe sans que nous soyons confrontés à une représentation visuelle d'une enquête, d'un sondage, d'une succession d'événements chronologiques ou non. C'est un fait : l'explication par l'image à tendance à mieux passer qu'un gros pavé de texte accompagné de plusieurs tableaux de chiffres en colonne...

Astuce :
Trouver un emploi/une thèse en bioinformatique : quelques pistes [maj]

Job Search (Nick Youngson CC BY-SA 3.0 Alpha Stock Images)

Comme le disait Estel en 2012, trouver un job en bioinfo n'est pas évident. Contrairement à certains métiers qui concentrent l'entièreté des offres d'emploi de leur pays en une seule plateforme, les emplois de bioinfo sont distribuées aléatoirement entre des dizaines de sites d'annonces plus ou moins spécifiques à la bioinformatique...

Actualité :
La bio-informatique au service de l’antibiorésistance

En ces temps hivernaux, virus et infections bactériennes sont de retour (pour vous jouer un mauvais tour...). Les campagnes de prévention et de soin sont donc de sortie, et parmi elles la célèbre : "Les antibiotiques, c'est pas automatique". Si ce slogan est bien rentré dans la tête des gens, la raison pour laquelle il a été édicté l'est moins. Je vous propose donc d'explorer celle-ci à travers le spectre bio-informatique !
 
1...

Découverte :
Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

L'étude de la régulation de l'expression des gènes est une discipline complexe qui recoupe des données provenant de divers types d'expériences. Dans un précédent article, nous avions vu trois techniques de biologie moléculaire couplées à du séquençage haut débit classiquement employées pour mettre en évidence les régions accessibles de l'ADN, et donc potentiellement des régions régulatrices de l'expression de gènes, à savoir le DNase-seq, le FAIRE-seq et également le ChIP-seq (même si cette dernière a un usage plus large)...

Didacticiel :
Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

Nous revoilà pour de nouvelles aventures sur Inkscape !
Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inkscape, quand des outils qu’on utilise tous les jours le font très bien, que de se familiariser avec un outil puissant en manipulant des notions de bases qui peuvent servir ensuite notamment dans l’élaboration de posters scientifiques.
Pour d’autres articles sur les outils d’Inkscape voir les tutos déjà existants sur Inkscape l'outil idéal pour vos posters et Inkscape pour biologistes...

Opinion :
Les grandes questions du doctorant en devenir/débutant

... et ses "presque" réponses !
 
Dans cet article, je vais tenter de reprendre les grandes interrogations que l'on peut avoir avant ou en commençant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa carrière pour certaines) et plus particulièrement en bioinformatique (mais pas que). Si certaines seront très détaillées, d'autres resteront plus évasives. Cela non pas, forcément, par manque de connaissance, mais plutôt par difficulté d'être très précis au vu de la variété des thèses et des thématiques en bioinformatique...

Découverte :
ViLoVar: un outil pour la visualisation de variations génétiques

Pour mon premier article, je vais vous présenter un outil que j'ai développé lorsque je travaillais sur le projet "Myocapture"; un projet national de séquençage d'exomes qui portait sur les myopathies (https://www.afm-telethon.fr/myopathie-congenitale-6675). Ce projet visait à trouver de nouvelles mutations responsables de ces maladies rares. Il a également permis d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans des myopathies congénitales...