Opinion :
Doctorant dis toi que...

Je vous propose aujourd'hui un petit article résumant les travers typiques pendant une thèse. Ces propos sont purement issus de mon expérience récente de thèse (finie en 2019) de thèse ainsi que d'autres doctorants/docteurs dans mon entourage. Toute la suite de l'article ne reflète que mon opinion personnelle de ce grand moment de la vie qu'est la thèse.

Il est assez connu que l'état de santé mentale des chercheurs n'est pas toujours glorieux (principalement chez les doctorants, ref 1 et 2), et que le syndrome de l'imposteur (ref3) est autant présent que la boite de nouille chinoise sur le bureau au cas où "on oublierait de manger"...

Opinion :
Le déclin (relatif) de la production bioinformatique française

L’idée de cet article vient d’une étude réalisée en 2008 par Jean Lobry, Professeur à l’Université Claude Bernard – Lyon 1, ceci dans le cadre de ses enseignements en bioinformatique (plus exactement ses TD sur le langage R). Mon objectif était de regarder la dynamique de publication de la France dans le domaine de la bioinformatique depuis qu’il existe des revues spécialisées dans ce domaine...

J'ai lu :
J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

Couverture de "Programmation en Python pour les sciences de la vie", par P. Fuchs et P. Poulain

Python et la bioinformatique associés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de conférences passionnés de l'Université Paris Diderot que sont Patrick Fuchs et Pierre Poulain : nous nous devions de nous procurer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retranscription !

Ce bouquin date de juillet 2019 et c'est tout simplement 275 pages de pur bonheur ! Décomposé en 22 chapitres s'imbriquant tous parfaitement les uns après les autres, il ne peut que (et doit !) devenir une référence dans l'apprentissage du langage Python, avec ou sans bio-informatique derrière...

Découverte :
Génomique des paysages

Introduction

Edunia par Eduardo Kac, une fleur érigée au rang d'oeuvre d'art. L'ADN de cette fleur contient une partie du génome humain de son jardinier. Crédit : CC-BY-NC-ND Ars Electronica pour Eduardo Kac

« Génomique des paysages » cela sonne comme le titre d’une œuvre d’Eduardo Kac. Ce nom un peu post-moderne désigne en fait une discipline scientifique qui a connu une expansion fulgurante au cours de la dernière décennie...

Découverte :
Sept problèmes fascinants posés par les récepteurs olfactifs

Le cinquième va vous étonner !

Introduction: l'olfaction, un sens assez bien compris et compréhensible

L’olfaction n'est peut-être pas le plus noble des sens, comparé à la vue ou l’ouïe par exemple, mais il s'agit d'un sens assez bien compris aujourd'hui. C'est notamment grâce aux travaux des biologistes Linda B. Buck et Richard Axel, récompensés par un prix Nobel de physiologie et de médecine en 2004...

Opinion :
L'intérêt d'une communauté scientifique bioinformatique

"Tout seul on va plus vite, ensemble, on va plus loin".
Proverbe africain

Il est un constat que je fais de plus en plus souvent et qui m'attriste à chaque fois un peu plus : notre belle société semble tendre vers l'individualisme. Il est probable que l'émergence des réseaux sociaux et à l'actuel culte du nombrilisme associé y soit pour quelque chose. Mais discuter de tout cela ici serait totalement hors-sujet et inadapté à la ligne éditoriale de notre blog bio-informatique...

Didacticiel :
Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformes

"Trans-Alaska Pipeline" by Ted LaBar
Pour avoir été client des articles ("Snakemake pour les nuls",  "Formaliser ses protocoles avec Snakemake" et "Snakemake, aller plus loin avec la parallélisation") de mon prédécesseur lelouar, j'ai décidé d'apporter ma pierre à l'édifice et de continuer cette série sur Snakemake. Je vais ici vous parler de généralisation de pipeline pour l'utilisation intensive au sein d'une plateforme par exemple...

Conférence :
ISMB/ECCB 2019 & live-tweet : comment raconter l'un en utilisant l'autre avec R ?

En cette magnifique rentrée 2019/2020, laissez-moi vous parler encore un peu de cet été, et plus particulièrement de la conférence ISMB/ECCB, référence en bio-informatique, qui s'est déroulée du 21 au 25 juillet dernier à Bâle. Et pour cela, je vais allier l'utile à l'agréable en vous présentant ce qu'est le live-tweet et comment bien le réussir à une conférence pour en ressortir un rapport de celle-ci avec quelques visualisations sympathiques...

Découverte :
Les tests en bioinformatique

Tester est-ce douter ?

Aujourd'hui on va parler d'un truc très connu des informaticiens mais encore trop peu connu en bio-informatique : les tests.
Cette pratique est pourtant conseillée dans le guide du bon broinformaticien . Alors, qu'est ce qu'un test ?
Un test désigne une procédure de vérification d'un système. Son objectif principal est d'identifier un nombre maximum de comportements problématiques du logiciel afin d'en augmenter la qualité (si les problèmes identifiés lors des tests sont corrigés)...

Opinion :
Pourquoi vous avez besoin d'un blog scientifique !

Mon titre étant volontairement provocateur je vais commencer par le modérer et l'expliquer.

Vous n'avez pas forcément besoin de votre blog, vous avez besoin d'un espace ou vous pouvez écrire des textes structurés avec des tableaux, des images et la possibilité de les rendre publics facilement. Un dépôt Github comme un compte Twitter peuvent ainsi convenir. Si ces plateformes peuvent apparaître comme ayant des contraintes différentes, elles sont en réalité complémentaires...