Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012
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Créer une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/CD GitLab
Je me suis amusé à écrire une mini librairie C++ pour l'algèbre linéaire (matrices et vecteurs, …) et j'ai eu envie de générer une documentation à partir du code source. Je me suis renseigné un peu et j'ai découvert Doxygen, un outil écrit en C++ qui permet de générer de la documentation à partir des…
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Fréquences des dinucléotides dans le génome d'organismes modèles
L'analyse de séquences est au cœur de nombreux domaines de la bio-informatique. Le billet du jour s'intéressera aux séquences ADN, en se proposant de compter la fréquence en dinucléotides dans quelques génomes d'organismes modèles (avec une petite arrière-pensée derrière la tête). Qu'est-ce qu'un dinucléotide ? L'ADN double brins est classiquement structuré sous forme de double hélice,…
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Bioinfo-fr.net débarque sur Discord
TLDR ; pour les impatients, c'est par là : https://bioinfo-fr.net/discord On sait, on sait, ça fait des années qu'on nous répète que notre IRC c'est un truc de vieux barbus, que plus personne ne veut s'y mettre, que c'est dépassé. On y pense depuis un moment à rajouter ce nouveau canal de communication, mais il nous fallait…
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Installer Overleaf pour des documents LaTeX collaboratifs sur votre serveur
Overleaf est le successeur de ShareLaTeX, il résulte de la fusion de l'ancienne version d'Overleaf avec ShareLaTeX. Il permet d'éditer des documents LaTeX en collaboratif [1]. L'interface se divise en trois parties. Un bandeau pour naviguer dans les fichiers du projet, un éditeur de texte avec coloration syntaxique, et suggestion de commandes LaTeX au fur…
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Manipulation d'intervalles génomiques dans R
Introduction Nous avons abordé, dans le précédent article de cette série, les bases de la manipulation d'intervalles dans R. Ce deuxième article a pour objectif de montrer comment manipuler des intervalles génomiques. Au niveau le plus basique, un intervalle est défini par deux nombres entiers positifs délimitant son début et sa fin. Nous allons pouvoir…
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Putain, 10 ans !
Voilà une décennie que ce blog existe, et même deux ans de plus pour le canal IRC qui était sa genèse ! Ce projet a été rendu possible grâce à une communauté d'une trentaine d'auteurs initialement motivés pour faire découvrir la bioinfo au monde francophone et répondre aux questions les plus fréquentes qu'ils pouvaient entendre. La…
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Qu'est-ce qu'un bon fichier Lisez-moi.txt
Vous venez de finir votre outil sur lequel vous travaillez depuis 1 semaine/1 mois/1 an/10 ans (rayez la mention inutile) qui va révolutionner votre domaine. Votre code est versionné, formaté, commenté, documenté, testé, les résultats sont évalués selon le gold standard de la discipline sur des jeux de données représentatifs de la réalité, votre publication…
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Mets ta main dans la boite
Qu'il y a‑t-il dans la boîte ? Spoiler : ça sera beaucoup moins douloureux que dans le film, c'est une promesse ! 🙂 Lorsque nous proposons de venir écrire sur le blog, nous avons souvent comme réponse "Mais je ne saurais même pas de quoi parler !".Pourtant, cher lecteur ou lectrice, nous sommes persuadés que ce que tu…
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De beaux outils pour la rentrée
Comme chaque année, le blog rentre en décalé pour mieux se ressourcer ! Nos auteurs sont à bloc et on espère voir de nombreux contributeurs les rejoindre pour toujours plus d'articles de qualité. Que vous soyez étudiant, technicien, ingénieur, chercheur, autodidacte, vous pouvez tous venir nous parler de votre champ de recherche, d'une nouveauté lue, d'un…