Bioinfo-fr.net

La bio-informatique au service de l’antibiorésistance

27 février 2019

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par

Gwenaelle

dans Actualité

En ces temps hivernaux, virus et infections bactériennes sont de retour (pour vous jouer un mauvais tour…). Les campagnes de prévention et de soin sont donc de sortie, et parmi elles la célèbre : "Les antibiotiques, c'est pas automatique". Si ce slogan est bien rentré dans la tête des gens, la raison pour laquelle il a été édicté l'est moins. Je vous propose donc d'explorer celle-ci à travers le spectre bio-informatique ! 1. Au commencement, il n'y avait que des mauvaises habitudes… Les premiers antibiotiques purifiés sont apparus dans le panel de soin entre les deux guerres mondiales (avant cela, ils existaient…
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C'est la reprise !

13 février 2019

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Les jours rallongent et se réchauffent, nous sortons doucement de la torpeur hivernale pour te concocter de nouveaux articles. On ne le répétera jamais assez, Bioinfo-fr est un blog communautaire, il vit grâce à la contribution de plusieurs dizaines de bénévoles. Si tu es curieux et que tu veux en apprendre plus sur comment contribuer, tu peux venir discuter en direct live avec nous sur le canal IRC ou bien nous contacter par e-mail à cette adresse : contribuerATbioinfo-fr.net*. L'année 2018 en quelque chiffres : 132 507 : c'est le nombre de visiteurs total sur le blog en 2018 😎 623 : c'est le nombre…
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Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

13 février 2019

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par

I. Stévant

dans Découverte

L'étude de la régulation de l'expression des gènes est une discipline complexe qui recoupe des données provenant de divers types d'expériences. Dans un précédent article, nous avions vu trois techniques de biologie moléculaire couplées à du séquençage haut débit classiquement employées pour mettre en évidence les régions accessibles de l'ADN, et donc potentiellement des régions régulatrices de l'expression de gènes, à savoir le DNase-seq, le FAIRE-seq et également le ChIP-seq (même si cette dernière a un usage plus large). Une nouvelle méthode développée en 2013 semble faire des émules et se répand de plus en plus grâce à sa facilité…
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BioinfoHoHoH !

20 décembre 2018

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Chère lectrice, Cher lecteur, Il est temps pour nous de te souhaiter de bonnes fêtes de fin d'année. On va nous aussi prendre un peu de recul pour revenir encore plus en forme ! On s'est d'ailleurs donné pour mission de séquencer le génome du bonhomme de neige. Pas une mince affaire ! On espère revenir l'année prochaine avec tout plein de beaux résultats à te présenter ! Profite bien des tiens et doucement sur les chocolats, on te connait que trop bien 😉 Joyeuses fêtes !
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Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

22 novembre 2018

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par

Florian Jeanneret

dans Didacticiel

Nous revoilà pour de nouvelles aventures sur Inkscape ! Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inkscape, quand des outils qu’on utilise tous les jours le font très bien, que de se familiariser avec un outil puissant en manipulant des notions de bases qui peuvent servir ensuite notamment dans l’élaboration de posters scientifiques. Pour d’autres articles sur les outils d’Inkscape voir les tutos déjà existants sur Inkscape l'outil idéal pour vos posters et Inkscape pour biologistes. Sera abordé ici une initiation aux outils de : Voici le CV que vous allez construire : I - Création de la structure…
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Les grandes questions du doctorant en devenir/débutant

8 novembre 2018

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par

Gwenaelle

dans Opinion

… et ses "presque" réponses ! Dans cet article, je vais tenter de reprendre les grandes interrogations que l'on peut avoir avant ou en commençant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa carrière pour certaines) et plus particulièrement en bioinformatique (mais pas que). Si certaines seront très détaillées, d'autres resteront plus évasives. Cela non pas, forcément, par manque de connaissance, mais plutôt par difficulté d'être très précis au vu de la variété des thèses et des thématiques en bioinformatique. Les personnes visées sont autant les jeunes que les aspirants doctorants, voire même les diplômés de longue date pour…
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ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

24 octobre 2018

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par

Raphael Schneider

dans Découverte

Pour mon premier article, je vais vous présenter un outil que j'ai développé lorsque je travaillais sur le projet "Myocapture"; un projet national de séquençage d'exomes qui portait sur les myopathies (https://www.afm-telethon.fr/myopathie-congenitale-6675). Ce projet visait à trouver de nouvelles mutations responsables de ces maladies rares. Il a également permis d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans des myopathies congénitales. Pour ce projet, nous avons suivi les Best Practices du Broad Institute pour réaliser l'ensemble des étapes bioinformatiques ; incluant les contrôles qualités, le nettoyage et l'alignement des reads sur le génome de référence (GRCh37). L'étape suivante consiste à retrouver les différences entre…
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Bioconvert - simplifier les conversions de formats

17 octobre 2018

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par

Nico M.

dans Découverte

Bioconvert Qui n'a jamais eu à convertir un fichier de données biologiques dans un autre format ? Il y a bien sur le classique fastq vers fasta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un convertisseur "maison", pas forcément optimal. D'autres formats sont parfois plus problématiques, par exemple la conversion vers et depuis GFF2/GFF3. De ces différents constats − convertisseurs "maison" (donc pas toujours parfaits), grande diversité de formats (parfois très complexes et peu documentés) nouveaux formats ou formats obsolètes, etc − est née l'idée de créer un outil de conversion dédié aux formats utilisés en bioinformatique : Bioconvert. Disponible via pip (pip3 install…
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