• Les commandements du stagiaire en bioinformatique

  17 janvier 2018

  -

  par

  Yoann M.

  dans Opinion

  

  La période des stages n'est pas loin et toi, jeune étudiant(e) bioinformaticien(ne) - futur(e) sta­giaire, te demandes com­ment choi­sir par­mi toutes ces annonces. Pas de panique, c'est tout à fait nor­mal de se poser toute une ribam­belle de ques­tions, nous y sommes tous pas­sés. La bonne nou­velle c'est que c'est ton jour de chance : les […]

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• Fêtes de fin d'année et hibernation annuelle

  22 décembre 2017

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Editorial

  

  Les pre­miers flo­cons de neige sont tom­bés, le vin chaud emplit les narines, les sapins conquièrent les salons, et un cer­tain bar­bu enva­hit notre envi­ron­ne­ment. En cette fin d'année, voi­ci pour nous le moment de faire notre courte hiber­na­tion pour pré­pa­rer la tran­si­tion vers la nou­velle année. Nous tenions cepen­dant, avant de par­tir, à remer­cier […]

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• Qu'est-ce qu'un site d'initiation de la transcription ?

  21 décembre 2017

  -

  par

  Guillaume Devailly

  dans Découverte

  

  Comment je me suis posé la question. Chez les euca­ryotes, l'ADN est orga­ni­sé en domaines plus ou moins com­pac­tés, avec des taux de trans­crip­tion plus ou moins éle­vés, et qui sont mar­qués dif­fé­ren­tiel­le­ment par un cer­tain nombre de marques épi­gé­né­tiques (méthy­la­tion de l'ADN, modi­fi­ca­tions post-tra­duc­tion­nelles des his­tones, variants d'histones, etc.). Il est fré­quent d'essayer de […]

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• LaTeX : automatisez le traitement des CSV

  7 décembre 2017

  -

  par

  m4rsu

  dans Didacticiel

  

  Vous avez peut-être vu l'excellent article de Cho­po­pope sur l'utilisation des flot­tants en LaTeX, et en par­ti­cu­lier la par­tie sur la créa­tion de tableaux. Non ? Pour les retar­da­taires, c'est par ici… Vous vous êtes sur­ement ren­du compte que créer des tableaux peut être long et fas­ti­dieux. De plus, en bons bio­in­for­ma­ti­ciens, vos don­nées tabu­lées sont […]

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• Customiser matplotlib (faire son matplotlibrc)

  30 novembre 2017

  -

  par

  Maria Pommeret

  dans Astuce

  

  Suite à une mésa­ven­ture liée à mat­plot­lib sur le chan IRC #bioin­fo-fr (mésa­ven­ture suite aux fameuses erreurs de dis­play ; si vous vou­lez tout savoir : si on confi­gure mal son mat­plot­lib on peut géné­rer des erreurs qui font qu'on obtient des images vides… voir la par­tie sur le backend plus tard :o), j'ai par­lé de la […]

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• Les bases de données de séquençage : GEO, SRA, ENA, ArrayExpress

  22 novembre 2017

  -

  par

  Guillaume Devailly

  dans Découverte

  

  De nos jours, lors de la publi­ca­tion de résul­tats, il est néces­saire de rendre public les éven­tuelles don­nées de séquen­çage géné­rées. Si un faible nombre d’irréductibles conti­nuent à ne four­nir les don­nées que sur demande, les bonnes pra­tiques poussent à les dépo­ser dans des bases de don­nées libre­ment acces­sibles. Quatre grandes bases de don­nées de séquen­çage […]

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• Maîtrisez le cache de Rmarkdown !

  15 novembre 2017

  -

  par

  Aurélien C.

  dans Astuce, Didacticiel

  

  Pour des rai­sons de repro­duc­tion de la science, il est impor­tant de conser­ver une trace de tout ce que l'on fait sur son ordi­na­teur. Pour cela, faire des rap­ports est la meilleure manière que je connaisse qui per­mette d'inclure le code et les résul­tats d'une ana­lyse. Pour faire ça bien avec R, on a déjà […]

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• LaTeX : les maths !

  2 novembre 2017

  -

  par

  Maria Pommeret

  dans Didacticiel

  

  Après avoir appris à com­pi­ler, à insé­rer des flot­tants et à mettre en forme les para­graphes, on va s'attaquer à un truc plu­tôt coolish qui fait la force de LaTeX : la mise en forme de maths ! Comme c'est long et vaste, on va faire ça en plu­sieurs fois 😉 ! Tables des matières : 1. Ce qu'il […]

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