Bioinfo-fr.net

Transformer une carte de contact chromosomique en une structure 3D

10 octobre 2018

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par

Léopold Carron

dans Suivez l'guide

Après vous avoir montré tout un tas de choses sur comment visualiser et extraire une carte, je vais vous montrer aujourd'hui comment une carte de contact chromosomique peut être observée sous la forme d'une structure 3D à partir de VMD. Pour cela nous allons partir de la méthode développée dans mon laboratoire : Shrec3D. Cet article étant relativement technique, il se repose sur de nombreux concepts déjà expliqués dans d'autres articles du blog que je vous recommande fortement de lire : comprendre ce qu'on visualise, comment on traite les données en amont. On présentera aujourd'hui un tutoriel détaillant la méthodologie de réalisation…
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En Automne, les articles tombent des arbres

3 octobre 2018

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Nous revoilà de notre pause estivale ! C'est l'Automne et nous distinguons déjà quelques articles prêts à tomber de notre bel arbre ! Nous en profitons pour rappeler que sans le travail des auteurs et des relecteurs, ce blog n'en serait pas là aujourd'hui. Nous sommes toujours ouverts à de nouvelles collaborations, chacun d'entre nous ayant quelque chose à partager, nous en sommes convaincus. Alors ? Qu'attendez-vous pour proposer votre pierre à l'édifice et devenir contributeur officiel sur bioinfo-fr.net ? 🙂
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#JOBIM2018 : une étude de réseau

3 octobre 2018

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par

eorn

dans Suivez l'guide

Comme une partie de la communauté bioinformatique française, et probablement du lectorat de ce blog, je me suis rendu à la 19è édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM). Celle-ci se tenait à Marseille, au Palais du Pharo, et pour celles et ceux d'entre vous curieux·ses de connaître le contenu scientifique, voilà le résumé des interventions. Et pour l'ambiance, voilà les photos ! Si vous suivez ce blog depuis longtemps, vous n'êtes pas sans savoir qu'on aime analyser les tweets : c'était le cas pour JOBIM2013, JOBIM/ECCB2014, JOBIM2015… En effet, la communauté bioinformatique francophone gazouille pas mal, et il…
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Vacances estivales

6 juillet 2018

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Notre mission d'avant l'été est remplie : Maintenant, il ne tient qu'à vous de faire vivre tout ça. Nous proposons, vous disposez. Avant de vous souhaiter de bonnes vacances d'été nous voulions aussi vous rappeler que sans vous ce blog n'en serait pas là.C'est un peu de tous ceux qui ont voulu y ajouter leur petit quelque chose, et nous espérons vraiment que cette notion de partage et d'échange perdurera encore longtemps.Le support est là et nous nous engageons à le maintenir, mais c'est aussi à vous de le faire prospérer !Pour cela, n'hésitez pas à nous contacter pour écrire un ou…
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canSnippet : le voilà !

4 juillet 2018

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par

Les admin·e·s

dans Découverte

Nous vous l'avions annoncé il y a quasiment un an jour pour jour lors de notre présentation à JOBIM2017 à Lille. Il est maintenant là, disponible, consultable et à portée de tous : canSnippet Community Edition. A vos marques pages, c'est ici que ça se passera dorénavant : https://cansnippet.bioinfo-fr.net/ ! Le principe Avoir une collection de snippets (petits bouts de codes réutilisables) axés autour de la bioinformatique facilement trouvables et retrouvables pour le commun des bioinformaticiens. La notion de partage est une notion importante dans notre communauté. Certes, de tels outils existaient déjà, mais aucun d'entre eux n'étaient alors dédié vraiment à…
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Enquête Bioinfo-fr 2018 : un portrait de la bioinformatique

28 juin 2018

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par

Gwenaelle

dans Bioinformatique

Après 1 mois et demi d'enquête et 1 mois et demi d'attente, voici donc l'article tant promis qui va décortiquer vos réponses ! Nous tenons par ailleurs à remercier tout les répondants qui ont donné de leur temps et qui auront partagé ce sondage dans leur entourage. Merci d'avoir contribué à cette enquête. 🙂 L'intégralité des données a été traitée via R dont les scripts sont disponibles sur le GitHub du blog. Les données sont quant à elles disponibles par demande à notre mail habituel. 1. Quelques statistiques descriptives Comme nous vous l'annoncions dans notre édito précédent, nous avons obtenu 417…
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Clôture de l'enquête !

14 mai 2018

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Notre recueil d'informations est à présent terminé. Un grand merci à tout.es nos 417 répondant.e.s ! Nous sommes heureux de voir la mobilisation de la communauté bioinfo. Place maintenant à l'analyse des réponses pour en tirer la substantifique moelle et dresser un portrait des bio-informaticiens 😉 On se retrouve d'ici fin mai/début juin pour un article riche en information qui vous révélera tout ça !
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LaTeX : les lettres (de motivation) !

28 mars 2018

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par

Maria Pommeret

dans Didacticiel

Après avoir appris à compiler, à insérer des flottants, à mettre en forme les paragraphes et à insérer des mathématiques, il est temps de faire une petite pause hors de la classe article et de se pencher sur les lettres (notamment parce que si mes prédictions sont justes, certain·e·s d'entre vous doivent écrire des lettres de motivation à l'heure qu'il est). Chose étonnante, cet article sera très court \o/. Fichier d'identité Alors comme votre identité n'est pas supposée changer tous les jours, je vous propose de la stocker à part dans un fichier que vous pourrez lier dans le dossier…
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