Bioinfo-fr.net

Les problèmes limités par les entrées/sorties (IObound)

29 mai 2019

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par

Aurélien Béliard

dans Didacticiel

Dans la première partie de ce tutoriel , j'ai expliqué ce qu’était la programmation concurrente et parallèle, ainsi que détaillé les différents types de programmation concurrente et leurs spécificités. Si vous ne l'avez pas lue, je vous conseille de la lire avant de démarrer. Dans cette deuxième partie, nous allons nous concentrer sur l'optimisation d'un programme limité par les entrées/sorties grâce à la programmation concurrente. Qu'est ce qu'un programme limités par les entrées/sorties ? C'est un programme qui communique régulièrement avec une ressource plus lente que le CPU (accès au disque dur, bande passante d'un réseau, etc.). Lors de ces communications…
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Télécharger des données de séquençage sur le NCBI.. pour les débutants !

15 mai 2019

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par

Léopold Carron

dans Didacticiel, Suivez l'guide

Toi petit étudiant de M1 qui arrive en premier jour de stage… Viens par ici… Oui TOI ! Toi à qui ton maître de stage te demande de récupérer les données de séquençage d'un article vachement bien, sans que tu saches le faire… TOI ! Toi le physicien qui se met à la biologie mais qui ignore comment les bio-informaticiens rangent les données… VOUS ! VOUS RESTEZ ICI, TOUT de suite ! Aujourd'hui, on va parler de l'archivage des données de génomique. Comment sauvegarde-t-on les séquences d'ADN ? Quels outils existent pour ça ? Et quel est le vocabulaire à avoir pour comprendre ce que font…
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Rendre ses projets R plus accessibles grâce à Shiny

24 avril 2019

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par

Thomas Denecker

dans Découverte, Didacticiel

Vous avez un script que vous souhaitez partager avec une équipe expérimentale ? Vous ne voulez pas que les utilisateurs modifient le code pour paramétrer votre programme ? Vous codez avec R ? Alors cet article est fait pour vous ! Nous allons voir comment créer une application web avec R et permettre à votre utilisateur d’exécuter votre code sans le voir. Shiny Le package que nous utiliserons est shiny. Il est proposé par Rstudio (https://shiny.rstudio.com/) et disponible sur le CRAN. Ce package permet de construire des applications web très simplement sans connaissances particulières en HTML et CSS. Les fonctions que nous appellerons dans…
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Présentation du parcours de bio-informatique BIM à Nice

10 avril 2019

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par

marcbaillybechet

dans Formation

Le parcours bio-informatique BIM existe en licence et en master, à Nice, depuis plus de 10 ans. À l'occasion de sa refonte en 2019, une petite présentation s'impose ! Présentation Le parcours bio-informatique BIM a pour objectif de former des étudiants ayant une formation initiale en biologie et/ou bio-informatique aux approches de bio-informatique, d'analyse de données de grande dimension, et de modélisation, notamment pour des applications dans les domaines des Omiques et de l'Imagerie. Ces compétences leur permettront d’analyser, interpréter, modéliser et gérer les données numériques massives en sciences de la vie, quel que soit le champ d’application envisagé (génétique, écologie,…
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La programmation concurrente en python

2 avril 2019

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par

Aurélien Béliard

dans Découverte

Ce tutoriel est une traduction infidèle d'un article de realpython.com https://realpython.com/python-concurrency/#when-to-use-concurrency Merci à eux pour leur formidable travail et leur autorisation. Vous avez certainement entendu parler de la librairie asyncio qui a été ajouté à Python 3 et vous êtes curieux de savoir comment elle se place par rapport aux autres méthodes de programmations concurrentes ? Vous voulez savoir ce qu'est la programmation concurrente et comment cela pourrait accélérer vos programmes ? Vos données sont trop grosses et vos calculs ou vos requêtes prennent des heures ? Vous êtes au bon endroit !Dans ce tutoriel nous allons voir :- ce qu'est la programmation concurrente- ce…
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La data visualisation sans aucune compétence en programmation (et en graphisme)

27 mars 2019

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par

Yoann M.

dans Suivez l'guide

Aujourd'hui, la visualisation des données est une chose qui est complètement intégrée dans notre quotidien. Que cela soit dans notre vie de tous les jours ou dans notre univers professionnel. Pas un jour ne passe sans que nous soyons confrontés à une représentation visuelle d'une enquête, d'un sondage, d'une succession d'événements chronologiques ou non. C'est un fait : l'explication par l'image à tendance à mieux passer qu'un gros pavé de texte accompagné de plusieurs tableaux de chiffres en colonne. Cette démocratisation de la data visualisation est une bonne chose, mais elle peut rapidement amener à une frustration. En effet, jusque-là pour…
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Partage ta bioinfo !

20 mars 2019

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Nous venons de fêter nos 7 ans d'existence sur les Internets. Ce n'est pas rien !En 7 ans, c'est 317 articles qui ont été publiés. 317 articles qui ont été relus avant publication par au moins 2 personnes. 317 articles qui n'auraient pas pu être lus sans le temps que chacun de leurs auteurs respectifs leur ont consacré. 317 articles qui résultent chacun d'un "et si je partageais à la communauté ?".C'est grâce à ces presque 100 contributeurs que bioinfo-fr.net vit encore aujourd'hui. Nous profitons de cet édito pour leur re-adresser à toutes et à tous un grand merci.Et vous dans…
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Trouver un emploi/une thèse en bioinformatique : quelques pistes [maj]

6 mars 2019

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par

azerin

dans Astuce

Comme le disait Estel en 2012, trouver un job en bioinfo n'est pas évident. Contrairement à certains métiers qui concentrent l'entièreté des offres d'emploi de leur pays en une seule plateforme, les emplois de bioinfo sont distribuées aléatoirement entre des dizaines de sites d'annonces plus ou moins spécifiques à la bioinformatique. C'est pourquoi l'article d'Estel était une bonne initiation. Il n'y avait qu'à commencer par là pour trouver d'autres sites d'offres pertinents (en liens sur ces sites, sur les offres elles-mêmes…). Cependant le temps s'est écoulé depuis la sortie de son article. Il est donc à présent caché sous des tas…
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