• Les grandes questions du doctorant en devenir/​débutant

  8 novembre 2018

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Opinion

  

  … et ses "presque" réponses ! Dans cet article, je vais ten­ter de reprendre les grandes inter­ro­ga­tions que l'on peut avoir avant ou en com­men­çant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa car­rière pour cer­taines) et plus par­ti­cu­liè­re­ment en bio­in­for­ma­tique (mais pas que). Si cer­taines seront très détaillées, d'autres res­te­ront plus éva­sives. Cela […]

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• ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

  24 octobre 2018

  -

  par

  Raphael Schneider

  dans Découverte

  

  Pour mon pre­mier article, je vais vous pré­sen­ter un outil que j'ai déve­lop­pé lorsque je tra­vaillais sur le pro­jet "Myo­cap­ture"; un pro­jet natio­nal de séquen­çage d'exomes qui por­tait sur les myo­pa­thies (https://​www​.afm​-tele​thon​.fr/​m​y​o​p​a​t​h​i​e​-​c​o​n​g​e​n​i​t​a​l​e​-​6​675). Ce pro­jet visait à trou­ver de nou­velles muta­tions res­pon­sables de ces mala­dies rares. Il a éga­le­ment per­mis d'identifier de nou­veaux gènes impli­qués dans […]

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• Bioconvert - simplifier les conversions de formats

  17 octobre 2018

  -

  par

  Nico M.

  dans Découverte

  Bioconvert Qui n'a jamais eu à conver­tir un fichier de don­nées bio­lo­giques dans un autre for­mat ? Il y a bien sur le clas­sique fastq vers fas­ta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un conver­tis­seur "mai­son", pas for­cé­ment opti­mal. D'autres for­mats sont par­fois plus pro­blé­ma­tiques, par exemple la conver­sion vers et depuis GFF2/​GFF3. De ces dif­fé­rents […]

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• Transformer une carte de contact chromosomique en une structure 3D

  10 octobre 2018

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Suivez l'guide

  

  Après vous avoir mon­tré tout un tas de choses sur com­ment visua­li­ser et extraire une carte, je vais vous mon­trer aujourd'hui com­ment une carte de contact chro­mo­so­mique peut être obser­vée sous la forme d'une struc­ture 3D à par­tir de VMD. Pour cela nous allons par­tir de la méthode déve­lop­pée dans mon labo­ra­toire : Shrec3D. Cet article […]

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• En Automne, les articles tombent des arbres

  3 octobre 2018

  -

  par

  Yoann M.

  dans Editorial

  

  Nous revoi­là de notre pause esti­vale ! C'est l'Automne et nous dis­tin­guons déjà quelques articles prêts à tom­ber de notre bel arbre ! Nous en pro­fi­tons pour rap­pe­ler que sans le tra­vail des auteurs et des relec­teurs, ce blog n'en serait pas là aujourd'hui. Nous sommes tou­jours ouverts à de nou­velles col­la­bo­ra­tions, cha­cun d'entre nous ayant quelque […]

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• #JOBIM2018 : une étude de réseau

  3 octobre 2018

  -

  par

  Eorn

  dans Suivez l'guide

  

  Comme une par­tie de la com­mu­nau­té bio­in­for­ma­tique fran­çaise, et pro­ba­ble­ment du lec­to­rat de ce blog, je me suis ren­du à la 19è édi­tion des Jour­nées Ouvertes en Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques (JOBIM). Celle-ci se tenait à Mar­seille, au Palais du Pha­ro, et pour celles et ceux d'entre vous curieux·ses de connaître le conte­nu scien­ti­fique, voi­là […]

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• Vacances estivales

  6 juillet 2018

  -

  par

  Yoann M.

  dans Editorial

  

  Notre mis­sion d'avant l'été est rem­plie : Main­te­nant, il ne tient qu'à vous de faire vivre tout ça. Nous pro­po­sons, vous dis­po­sez. Avant de vous sou­hai­ter de bonnes vacances d'été nous vou­lions aus­si vous rap­pe­ler que sans vous ce blog n'en serait pas là.C'est un peu de tous ceux qui ont vou­lu y ajou­ter leur petit […]

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• canSnippet : le voilà !

  4 juillet 2018

  -

  par

  Yoann M.

  dans Découverte

  

  Nous vous l'avions annon­cé il y a qua­si­ment un an jour pour jour lors de notre pré­sen­ta­tion à JOBIM2017 à Lille. Il est main­te­nant là, dis­po­nible, consul­table et à por­tée de tous : canS­nip­pet Com­mu­ni­ty Edi­tion. A vos marques pages, c'est ici que ça se pas­se­ra doré­na­vant : https://​cans​nip​pet​.bioin​fo​-fr​.net/ ! Le principe Avoir une col­lec­tion de snip­pets […]

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