Bioinfo-fr.net

Au boulot !

4 octobre 2017

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Comme diraient quelques personnes de petites tailles mondialement connues : "♫ Eh oh, eh oh, on s'en va au boulot ! ♫ ". Car oui, c'est aujourd'hui la reprise chez bioinfo-fr.net ! On espère vous avoir manqué (un peu) et que ce qu'on vous a préparé pour la rentrée vous satisfera ! Le planning de publication a été refait, de nouveaux auteurs se sont manifestés, d'autres ont tiré leur révérence. C'est un nouveau cycle qui commence et c'est toujours bon de partir sur une nouvelle dynamique ! Si vous aussi vous désirez participer, n'hésitez pas à nous contacter : contribuer]AT[bioinfo-fr]DOT[net CanSnippet Community edition, notre nouvel outil…
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Vacances bien méritées !

27 juillet 2017

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Comme chaque année le blog se met en pause estivale durant le mois d'août, on en profite pour aller faire bronzer nos claviers 🙂 Nous vous remercions toutes et tous pour vos encouragements. Vous êtes chaque semaine de plus en plus nombreuses et nombreux à nous suivre. N'hésitez pas à venir rejoindre l'équipe si vous souhaitez apporter votre pierre à l'édifice bioinfo-fr.net. Bon été et on se dit à septembre pour plein de nouveaux articles et de belles surprises !
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Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse

27 juillet 2017

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par

Guillaume Devailly

dans Didacticiel

Dans un précédent article, nous avions regardé le fichier d'annotation des gènes du génome humain d’après Gencode. J'avais utilisé pour cela la puissante combinaison dplyr + ggplot2 (packages centraux du tidyverse), particulièrement adaptée à tout ce qui est manipulation et visualisation de données tabulaires. Mais notre génome n'est pas constitué que de gènes, loin s'en faut ! Les éléments répétés sont en fait bien plus majoritaires. Je ne vais pas me risquer à donner ici une définition précise de ce qu'est un élément répété, je me contenterai de rappeler que si les éléments transposables sont des éléments répétés, tout les éléments…
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Le site du NCBI "un peu" plus moderne grâce aux extensions de navigateurs

5 juillet 2017

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par

Pierre Jacquet

dans Découverte

« Pour la semaine prochaine vous allez devoir trouver et étudier l’article sur le site du NCBI [insérer un nom bien compliqué ici] » Passée la déception d’avoir à se plonger dans un article obscur en anglais, on ouvre l’article en question et là… on découvre un énorme pavé de texte ma foi fort intéressant mais assez pénible à lire. Ça c’est le cas auquel j’ai été le plus confronté mais vous pouvez l’adapter à toutes situations où il faut aller sur le site du NCBI (que ce soit pour chercher une séquence FASTA ou compléter sa biblio). La problématique ici…
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Créez vos documents collaboratifs en LaTeX

29 juin 2017

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par

eorn

dans Découverte, Didacticiel, Suivez l'guide

Aujourd'hui, on vous présente une méthode pour créer vos documents collaboratifs en ligne, en utilisant LaTeX, ainsi que quelques astuces qui pourront peut-être vous simplifier la vie ! Un petit peu de contexte Imaginons : vous êtes un jeune chercheur dynamique, et vous voulez rédiger un papier avec vos collaborateurs. Ou bien vous êtes un étudiant, et vous devez rendre un rapport quelconque à partir d'un travail fait en groupe. Vous pourriez ainsi travailler de manière solitaire, et vouloir créer vos documents directement dans le cloud, pour pouvoir les ouvrir de n'importe quelle station de travail. De multiples solutions à ces situations…
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Virtualisez pour plus de reproductibilité

21 juin 2017

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par

max

dans Découverte

Virtualisez pour plus de reproductibilité Pour commencer Vous avez entendu parler de reproductibilité. Vous voulez vous y mettre ? Vous vous dites que la virtualisation vous aiderait à utiliser toujours la même version d'un outil précis. En savoir plus sur Docker vous aiderait bien ? Cet article est donc pour vous. Je profite de l'occasion pour parler aussi de Singularity. Mais pour bien commencer, on va expliquer le concept des Machines Virtuelles. Une Machine Virtuelle c'est quoi ? Alors pour tous ceux qui se posent la question, un grille-pain en réalité virtuelle n'est pas une Machine Virtuelle. Une Machine Virtuelle c'est la simulation…
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Pimp my workstation : avoir le terminal le plus classe du bureau !

15 juin 2017

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par

David Picard

dans Didacticiel, Suivez l'guide

Mise en place de zsh et d'un dossier .dotfiles Introduction Qu'est-ce que c'est que zsh ? Il s'agit (comme nous indique aimablement sa page Wikipédia) d'un shell unix. En gros, il s'agit d'un remplaçant potentiel pour votre vénérable interpréteur bash. Mais pourquoi se casser le beignet à installer zsh, alors que j'ai déjà bash ? zsh a plusieurs atouts sur bash :- Une autocomplétion avancée (incluant une correction orthographique).- Un historique partagé entre les différents shells.- Et surtout, le support de plugins permettant une personnalisation TRÈS agréable de son outil de travail. Et du coup, c'est quoi le rapport avec un dossier .dotfiles ?…
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We are still alive !

31 mai 2017

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Cela faisait trop longtemps que nous n'avions pas posté de nouvel édito !Pour faire court : Très bon ensoleillement à tous !
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